genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  64  of  199  ( 23844 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18196072--18196138	9	7.4	9	89	0	98	44	23	7	23	1.79
18196894--18196936	18	2.4	18	88	0	59	23	25	9	41	1.84
18197351--18197398	25	1.9	25	87	8	71	33	0	4	62	1.14
18197442--18197489	25	1.9	25	87	8	71	33	2	4	60	1.27
18197515--18197544	9	3.4	9	90	9	53	36	0	0	63	0.95
18200689--18200720	15	2.1	15	94	0	55	28	12	0	59	1.34
18200923--18201051	34	3.8	33	77	4	123	45	17	0	37	1.48
18203462--18203508	2	23.5	2	95	0	85	53	0	46	0	1.00
18211448--18211473	11	2.4	11	100	0	52	38	7	0	53	1.30
18211426--18211537	49	2.3	50	83	7	140	36	2	0	59	1.17
18211432--18211538	39	2.7	40	78	8	105	37	2	0	58	1.19
18211477--18211538	21	3.1	19	80	15	72	38	1	1	58	1.18
18211478--18211545	21	3.3	20	75	16	68	38	1	1	58	1.16
18220693--18220835	41	3.5	39	79	9	108	26	25	20	27	1.99
18220734--18220851	41	2.9	41	79	5	123	28	26	20	24	1.99
18222423--18222447	13	1.9	13	100	0	50	68	24	0	8	1.16
18236851--18236890	22	1.9	21	85	10	55	62	10	2	25	1.39
18237243--18237273	16	1.9	16	93	0	53	29	16	0	54	1.42
18237473--18237521	21	2.3	21	83	13	57	46	0	4	48	1.20
18240468--18240582	12	9.0	13	70	14	55	66	0	1	32	1.02
18240469--18240568	11	9.1	11	73	18	59	66	0	2	32	1.03
18240474--18240624	40	3.6	39	75	18	142	64	0	2	32	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18240518--18240596	23	3.3	23	75	25	90	65	0	2	31	1.06
18240469--18240596	50	2.5	54	87	8	178	65	0	2	32	1.05
18240582--18240607	11	2.4	11	100	0	52	53	0	7	38	1.30
18240492--18240607	50	2.3	52	86	5	184	62	0	3	34	1.12
18241194--18241367	10	18.7	9	66	16	52	63	1	5	28	1.27
18241194--18241289	27	3.5	28	79	8	92	65	2	2	30	1.15
18241194--18241391	19	10.6	19	67	16	92	62	2	5	30	1.28
18241572--18241646	19	4.0	19	79	8	82	36	2	0	61	1.10
18241572--18241642	9	7.6	9	81	9	79	33	2	0	63	1.09
18241634--18241668	13	2.7	13	100	0	70	42	0	0	57	0.99
18241795--18242044	90	2.8	90	84	4	316	33	9	18	38	1.83
18246215--18246288	29	2.4	31	76	14	73	10	27	9	52	1.67
18247158--18247199	18	2.4	18	88	4	59	40	21	0	38	1.53
18255820--18255931	49	2.3	49	98	0	215	27	22	13	36	1.92
18259490--18259550	22	2.9	21	81	13	63	68	0	1	29	0.99
18259480--18259537	30	1.9	31	85	3	82	67	0	3	29	1.07
18262279--18262303	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
18262887--18262945	31	1.9	31	100	0	118	23	30	6	38	1.81
18263367--18263409	21	2.1	21	86	4	61	48	13	9	27	1.73
18269500--18269536	19	1.9	19	100	0	74	16	5	18	59	1.55
18273795--18273829	17	2.1	17	88	0	52	31	17	5	45	1.71
18278197--18278234	17	2.1	19	85	9	53	31	0	15	52	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18279838--18279889	23	2.3	22	76	3	59	61	5	0	32	1.20
18280583--18280641	21	2.8	20	69	16	57	30	6	23	38	1.81
18282819--18282860	22	1.9	22	95	0	75	21	23	35	19	1.96
18286195--18286227	15	2.2	15	94	0	57	36	3	18	42	1.66
18290731--18290793	35	1.9	32	84	12	83	28	19	7	44	1.78
18290865--18290928	27	2.4	27	89	2	94	53	6	1	39	1.36
18290914--18290946	17	1.9	17	93	0	57	51	12	6	30	1.63
18294276--18294571	152	1.9	152	97	0	556	37	7	15	39	1.76
18294569--18294786	69	3.1	69	68	10	177	24	21	25	28	1.99
18299995--18300020	6	4.3	6	100	0	52	34	34	0	30	1.58
18301449--18301485	17	2.1	18	90	5	58	43	0	2	54	1.14
18307087--18307195	42	2.6	42	95	0	191	28	22	26	22	1.99
18310144--18310301	43	3.7	43	78	9	130	30	27	17	25	1.97
18320761--18321174	210	2.0	204	91	3	677	34	14	18	32	1.91
18321070--18321262	103	1.9	103	88	0	296	36	16	17	30	1.91
18322387--18322423	3	12.3	3	100	0	74	32	32	0	35	1.58
18327509--18327549	20	2.0	20	100	0	82	46	0	24	29	1.53
18332155--18332184	12	2.5	12	94	0	51	90	3	0	6	0.56
18332155--18332185	11	2.7	12	95	5	55	87	3	0	9	0.66
18332057--18332468	111	3.7	111	89	5	632	43	15	15	25	1.86
18332381--18332413	11	2.8	12	86	9	50	81	3	0	15	0.80
18333297--18333505	111	1.9	107	92	3	346	25	17	16	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18336781--18336878	25	4.0	25	81	1	108	21	28	18	31	1.97
18338467--18338541	37	2.0	37	81	5	87	56	0	2	41	1.13
18339513--18339565	21	2.5	20	81	6	61	32	7	30	30	1.85
18339734--18339889	30	5.2	30	88	3	233	36	9	1	51	1.46
18339926--18340041	36	3.1	35	74	19	110	11	51	3	33	1.54
18339952--18339980	13	2.2	13	100	0	58	13	48	0	37	1.43
18339972--18340037	21	3.5	20	66	30	54	9	56	4	30	1.51
18345768--18345964	98	2.0	98	93	0	340	37	24	10	28	1.88
18346709--18346736	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
18347600--18347642	22	2.0	22	90	0	68	55	4	9	30	1.52
18348144--18348183	19	2.1	19	95	0	71	32	20	10	37	1.85
18348397--18348901	44	11.6	43	73	13	292	26	23	20	29	1.99
18348398--18348865	217	2.2	217	92	0	776	26	23	20	29	1.99
18348849--18349574	132	5.5	132	94	0	1245	24	24	20	30	1.98
18348802--18349430	44	14.3	44	63	15	185	24	24	20	30	1.99
18350778--18350810	13	2.5	13	85	14	50	6	18	0	75	1.00
18350787--18350835	20	2.5	19	80	9	55	2	22	0	75	0.90
18350802--18350826	12	2.1	12	100	0	50	0	32	0	68	0.90
18354920--18355116	98	2.0	98	95	0	358	37	25	10	27	1.88
18355744--18355785	22	1.9	22	90	0	66	57	4	7	30	1.47
18356290--18356369	19	4.1	19	80	6	97	33	16	11	38	1.84
18360586--18360690	44	2.4	44	88	1	147	34	6	5	53	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18364042--18364140	2	49.5	2	97	0	189	50	48	0	1	1.07
18382374--18382400	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
18382366--18382400	15	2.3	15	90	0	52	22	0	2	74	0.95
18385784--18385999	87	2.5	87	87	4	321	32	11	11	43	1.77
18388600--18388639	18	2.1	18	86	9	53	42	15	5	37	1.68
18396960--18397088	52	2.4	52	90	2	195	30	9	12	48	1.72
18398400--18398477	30	2.6	30	84	10	104	28	2	16	52	1.57
18398423--18398476	14	3.7	15	77	20	60	25	0	14	59	1.36
18400575--18400618	17	2.6	17	89	3	63	56	0	0	43	0.99
18402383--18402414	5	6.4	5	100	0	64	62	18	0	18	1.33
18403862--18403900	13	3.2	12	86	13	53	15	2	7	74	1.15
18403908--18403940	15	2.2	15	94	0	57	24	0	12	63	1.28
18406917--18406995	41	1.9	41	100	0	158	50	13	21	13	1.77
18406920--18406987	22	3.2	22	67	12	70	50	13	22	14	1.77
18407708--18407753	24	1.9	24	86	0	65	45	17	26	10	1.81
18415893--18416013	44	2.7	44	80	11	138	31	19	23	24	1.98
18415935--18416256	167	1.9	168	91	1	522	28	18	22	29	1.98
18416149--18417946	44	41.6	43	66	17	255	29	18	23	28	1.98
18416102--18417860	217	8.1	216	77	11	973	29	18	23	28	1.98
18416410--18416868	84	5.3	87	68	17	296	28	17	23	30	1.97
18416540--18416732	45	4.4	45	65	22	133	27	18	24	29	1.98
18416317--18416956	346	1.8	346	92	0	1084	29	17	24	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18416537--18416775	129	1.9	129	87	5	358	28	18	23	28	1.98
18416321--18416874	173	3.2	172	77	10	644	28	17	24	29	1.97
18416410--18416956	173	3.2	173	77	10	639	28	17	23	29	1.97
18417059--18417296	45	5.5	44	71	20	162	29	19	23	26	1.98
18416030--18417992	563	3.5	562	88	3	2657	28	18	23	28	1.98
18417099--18417337	127	1.9	129	91	5	396	29	19	23	27	1.98
18416958--18417648	172	4.0	172	84	8	972	29	19	23	27	1.98
18416882--18417642	344	2.2	344	90	3	1151	29	19	23	28	1.98
18417575--18417693	45	2.7	44	82	13	154	28	21	24	26	1.99
18417616--18417985	173	2.1	174	90	3	586	28	19	22	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199