genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.57.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16556256--16556329	29	2.5	29	82	4	85	47	16	12	24	1.80
16557290--16557333	24	1.9	24	90	9	74	36	0	2	61	1.09
16557430--16557457	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
16557400--16557600	59	3.1	68	84	13	298	45	8	4	40	1.57
16557589--16557630	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
16559391--16559433	21	2.0	21	90	0	68	53	11	11	23	1.69
16560103--16560165	20	3.2	20	79	2	74	60	6	0	33	1.22
16560097--16560186	39	2.3	39	80	7	101	60	6	0	33	1.23
16563208--16563372	34	4.8	34	86	1	222	38	14	24	23	1.92
16563220--16563419	69	2.9	68	82	3	231	39	16	22	22	1.92
16563230--16563418	103	1.8	103	94	0	333	39	16	22	22	1.92
16563656--16563693	14	2.8	13	88	7	58	36	13	2	47	1.56
16566341--16566370	3	10.0	3	100	0	60	66	0	33	0	0.92
16571528--16571565	13	3.0	13	85	14	53	47	5	0	47	1.24
16576692--16576762	33	2.2	33	86	0	97	23	26	16	32	1.96
16576711--16576827	33	3.5	32	75	4	108	20	29	19	30	1.97
16582705--16582760	15	4.0	15	73	17	57	55	0	0	44	0.99
16582715--16582777	26	2.5	25	82	10	83	58	1	0	39	1.07
16582710--16582908	59	3.3	59	70	19	196	53	4	1	41	1.29
16582688--16582927	120	2.0	120	95	0	435	50	4	2	42	1.34
16589807--16589834	13	2.2	13	100	0	56	28	7	7	57	1.52
16593700--16593814	37	3.1	37	71	12	117	52	0	6	40	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16593693--16593852	75	2.1	75	77	2	178	51	1	6	40	1.35
16594348--16594391	21	2.1	21	83	8	54	61	2	0	36	1.09
16594342--16594392	20	2.5	21	72	15	52	58	3	0	37	1.16
16598545--16598569	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
16610416--16610975	280	2.0	281	91	1	917	38	11	13	36	1.81
16622990--16623066	23	3.3	23	79	0	100	31	16	20	31	1.95
16623203--16623259	30	2.0	29	86	6	80	21	17	29	31	1.96
16623344--16623446	30	3.4	30	86	2	118	25	18	28	28	1.98
16639654--16639683	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
16639868--16639911	23	2.0	22	95	4	79	54	2	6	36	1.40
16639922--16639959	9	4.2	9	93	6	60	89	0	2	7	0.57
16639923--16639961	14	2.7	14	88	4	51	87	0	2	10	0.65
16640667--16640723	21	2.7	21	91	0	96	35	14	8	42	1.76
16646269--16647703	714	2.0	716	84	3	1864	36	19	12	31	1.89
16649131--16649281	43	3.5	43	78	8	137	27	17	24	29	1.98
16649681--16649731	23	2.2	23	89	0	75	41	19	9	29	1.84
16653293--16653320	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
16655442--16655568	23	5.4	23	70	14	73	34	24	16	24	1.95
16655469--16655592	24	5.3	23	69	14	74	37	24	14	23	1.92
16655422--16655639	47	4.6	47	85	4	271	37	24	15	22	1.93
16655415--16655639	94	2.4	94	90	0	342	36	25	15	22	1.93
16656309--16656362	20	2.7	20	88	0	72	38	24	29	7	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16661996--16662025	3	10.0	3	100	0	60	66	0	33	0	0.92
16673478--16673502	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
16673663--16673732	9	7.8	9	96	0	122	37	30	10	22	1.87
16675723--16675781	29	2.0	29	100	0	118	35	3	27	33	1.74
16676203--16676227	13	1.9	13	100	0	50	40	0	20	40	1.52
16695994--16696129	72	1.9	71	92	1	227	36	18	18	27	1.94
16699762--16699795	15	2.4	14	90	9	52	47	2	11	38	1.55
16706031--16706082	21	2.7	19	88	8	70	19	5	9	65	1.42
16709231--16709283	25	2.1	26	86	10	74	67	1	1	28	1.11
16713347--16713384	14	2.7	14	88	8	51	18	15	0	65	1.27
16716177--16716219	3	14.3	3	80	9	52	34	0	2	62	1.08
16716177--16716225	15	3.1	16	82	11	57	36	0	2	61	1.08
16716178--16716220	21	2.1	20	91	4	68	37	0	2	60	1.10
16716184--16716229	24	2.0	23	86	4	65	36	0	2	60	1.09
16716189--16716228	18	2.2	18	86	8	55	37	0	0	62	0.95
16728913--16729016	44	2.4	44	86	3	138	29	22	20	27	1.98
16729676--16729715	21	1.9	21	84	0	53	7	5	7	80	1.03
16730773--16730816	23	1.9	23	81	9	54	47	4	4	43	1.44
16730921--16731028	40	2.7	40	80	7	121	36	18	22	23	1.95
16731089--16731453	41	8.9	41	86	3	403	20	23	30	26	1.98
16731089--16731453	82	4.5	82	86	2	457	20	23	30	26	1.98
16731095--16731451	122	2.9	120	85	5	439	19	23	30	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16732232--16732285	22	2.5	21	79	8	56	24	0	27	48	1.52
16732310--16732354	7	6.4	7	85	10	56	22	0	46	31	1.52
16732310--16732354	14	3.2	14	83	0	63	22	0	46	31	1.52
16736609--16736699	43	2.1	43	87	2	130	34	12	9	43	1.75
16736913--16736944	16	2.0	16	93	0	55	59	0	6	34	1.23
16736959--16737152	44	4.5	44	89	1	284	19	15	32	32	1.93
16736959--16737152	87	2.2	88	90	3	304	19	15	32	32	1.93
16738040--16738073	13	2.5	13	90	4	50	47	0	2	50	1.16
16738152--16738193	21	2.0	21	86	9	59	59	0	2	38	1.10
16741605--16741662	27	2.1	27	83	0	71	24	29	10	36	1.88
16741621--16741678	27	2.1	27	80	0	62	25	29	12	32	1.92
16742686--16742717	16	2.0	16	93	0	55	37	3	37	21	1.70
16742940--16742981	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
16742966--16743153	61	3.1	61	67	14	172	48	6	1	43	1.38
16743069--16743104	18	2.1	18	89	5	56	61	0	0	38	0.96
16743027--16743215	66	3.2	58	67	19	163	50	4	2	42	1.35
16742931--16743226	120	2.5	120	94	1	522	49	4	2	43	1.35
16743208--16743557	47	7.7	46	69	19	232	47	3	3	46	1.34
16743242--16743630	91	4.3	91	98	0	733	46	3	3	46	1.36
16743289--16743613	47	7.1	46	70	17	257	48	3	3	45	1.34
16746688--16746713	6	4.3	6	100	0	52	50	0	0	50	1.00
16747481--16747505	13	1.9	13	100	0	50	20	16	8	56	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16747470--16747574	51	2.1	51	87	0	147	32	12	6	48	1.67
16748154--16748216	23	2.7	24	79	16	87	52	22	7	17	1.70
16759128--16759197	29	2.4	28	79	6	77	61	2	7	28	1.37
16759662--16759728	34	1.9	34	81	6	80	35	5	1	56	1.33
16759733--16759775	20	2.2	20	87	4	61	27	0	4	67	1.10
16777080--16777125	23	2.0	22	87	4	65	45	4	8	41	1.55
16778550--16778608	25	2.3	27	80	16	72	44	3	23	28	1.70
16783495--16783529	18	2.0	17	88	5	52	77	2	14	5	1.07
16784385--16784577	44	4.5	44	79	5	187	30	17	22	30	1.97
16784380--16784536	85	1.8	85	88	0	242	29	17	22	30	1.97
16784385--16784617	129	1.8	129	85	1	333	30	17	21	30	1.96
16793297--16793344	19	2.5	18	80	12	51	41	6	18	33	1.76
16799220--16799270	23	2.2	23	86	6	68	29	9	17	43	1.81
16802244--16802312	28	2.4	30	87	7	115	52	2	0	44	1.16
16806972--16807017	20	2.3	21	81	11	60	63	4	2	30	1.26
16807625--16807666	22	1.9	22	85	0	57	57	0	4	38	1.20
16809295--16809341	13	3.4	14	80	11	51	25	6	2	65	1.27
16809529--16809557	12	2.4	12	100	0	58	41	10	0	48	1.37
16814212--16814301	47	1.9	46	86	2	126	45	16	24	13	1.83
16817920--16817962	19	2.3	18	84	15	52	20	23	13	41	1.88
16819799--16819854	9	6.3	9	93	4	96	80	8	0	10	0.91
16819800--16819854	17	3.2	17	94	2	92	80	9	0	10	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16819799--16819854	26	2.1	26	93	3	94	80	8	0	10	0.91
16820814--16820860	21	2.2	21	88	0	67	29	10	34	25	1.90
16821912--16822679	46	16.7	46	92	0	1241	25	16	27	29	1.97
16822690--16823658	132	7.3	132	95	0	1661	31	18	23	26	1.97
16822690--16823658	395	2.4	396	94	0	1661	31	18	23	26	1.97
16824098--16824135	19	2.0	20	89	5	60	13	55	15	15	1.70
16825158--16825188	3	10.3	3	92	0	53	29	0	0	70	0.87
16829953--16829980	14	2.0	14	100	0	56	85	0	14	0	0.59
16834505--16834541	18	2.1	18	89	0	56	35	2	0	62	1.10
16846677--16846790	43	2.7	43	91	1	176	23	17	22	35	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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