genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  78  of  199  ( 23844 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22230237--22230327	27	3.4	26	79	7	94	40	16	15	27	1.88
22236396--22236434	13	3.0	12	85	14	51	53	15	17	12	1.72
22238464--22238537	37	2.0	37	89	0	112	35	27	9	28	1.88
22238750--22238959	41	5.1	41	92	0	330	23	28	18	29	1.98
22239180--22239223	17	2.7	17	89	6	65	43	18	2	36	1.63
22259401--22259433	17	2.0	17	94	5	59	54	3	0	42	1.15
22262064--22262140	19	3.7	21	76	13	68	41	16	3	37	1.67
22262100--22262153	19	2.8	19	94	0	99	37	16	9	37	1.81
22262507--22262556	18	2.8	18	84	3	75	54	2	0	44	1.11
22263898--22263953	27	2.1	27	93	0	94	37	14	17	30	1.90
22264203--22264242	21	1.9	21	85	10	55	32	2	7	57	1.40
22267358--22267412	22	2.4	23	82	14	78	25	29	1	43	1.65
22267358--22267412	11	4.9	11	80	8	67	25	29	1	43	1.65
22267427--22267463	11	3.2	12	88	7	51	29	18	0	51	1.47
22268615--22268646	7	4.6	7	100	0	64	28	0	12	59	1.34
22269298--22269337	18	2.2	18	90	0	62	20	30	5	45	1.72
22269878--22269931	7	8.0	7	79	6	58	42	37	1	18	1.61
22269891--22269929	20	2.0	20	94	0	69	43	38	2	15	1.60
22269919--22269961	22	2.0	22	95	4	79	44	27	0	27	1.55
22269891--22270064	27	6.5	28	66	25	83	40	33	1	24	1.63
22269971--22270061	20	4.4	21	78	12	100	38	36	1	24	1.63
22269913--22270057	63	2.3	61	80	13	145	40	32	1	25	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22269919--22270057	21	6.6	21	74	9	115	41	32	0	25	1.61
22273141--22273586	126	3.5	126	89	2	646	29	22	16	31	1.96
22273703--22273732	9	3.3	9	90	0	51	60	26	0	13	1.34
22273717--22273758	21	2.0	22	90	4	68	54	33	0	11	1.37
22274860--22274890	16	1.9	16	93	0	53	19	22	22	35	1.96
22275678--22275721	21	2.1	21	83	8	54	34	18	20	27	1.96
22280190--22280230	21	2.0	21	95	0	73	17	29	21	31	1.96
22280266--22280551	143	2.0	143	100	0	572	28	17	11	42	1.83
22281264--22281306	19	2.4	19	88	7	63	37	16	11	34	1.85
22281274--22281339	22	3.1	22	89	6	93	40	10	15	33	1.81
22281881--22281956	36	2.1	36	80	11	84	38	9	1	51	1.42
22282027--22282101	27	2.8	26	70	22	64	34	6	1	57	1.33
22284587--22284620	18	1.9	17	94	5	59	17	20	14	47	1.83
22287382--22289118	45	39.0	45	76	5	1459	29	17	23	29	1.97
22288333--22288827	44	11.3	43	65	10	135	28	18	24	28	1.98
22288284--22289139	351	2.4	352	84	1	1108	28	19	24	27	1.98
22288341--22288827	43	11.1	44	65	9	177	28	18	24	28	1.98
22288921--22289076	44	3.5	44	70	6	127	30	19	27	22	1.98
22288890--22289204	89	3.5	89	80	3	276	29	20	23	26	1.99
22289212--22289473	131	2.0	132	87	3	377	29	19	26	24	1.99
22289940--22289993	19	2.8	19	100	0	108	37	11	16	35	1.84
22290283--22290315	15	2.1	16	94	5	59	30	9	0	60	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22293100--22293172	10	7.5	10	73	6	69	31	2	1	64	1.16
22293100--22293172	19	3.8	19	75	7	67	31	2	1	64	1.16
22293099--22293172	29	2.6	29	82	4	96	32	2	1	63	1.17
22293333--22293570	88	2.7	87	84	5	300	32	7	22	36	1.83
22303829--22303905	32	2.4	32	80	0	91	24	24	6	44	1.77
22310133--22310409	137	2.0	137	97	0	518	46	11	13	28	1.78
22318013--22318047	15	2.3	15	95	0	61	31	17	2	48	1.61
22318020--22318052	15	2.2	15	94	0	57	42	12	6	39	1.67
22318162--22318275	61	1.9	60	83	5	151	50	8	4	36	1.54
22318253--22318304	20	2.8	18	73	21	54	50	5	3	40	1.45
22323100--22323134	15	2.2	16	90	5	54	42	0	5	51	1.25
22343622--22343666	23	2.0	23	81	0	54	51	0	2	46	1.13
22346224--22346254	16	1.9	16	100	0	62	48	6	25	19	1.72
22352671--22352716	24	1.9	24	95	0	83	39	2	30	28	1.69
22352672--22352723	24	2.2	24	85	0	68	46	1	26	25	1.63
22353046--22353181	11	12.4	11	64	9	53	23	4	6	65	1.35
22353644--22353692	19	2.8	17	79	14	55	42	0	30	26	1.55
22358103--22358128	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
22368115--22368437	43	7.5	43	85	3	400	23	26	19	30	1.98
22368739--22368809	21	3.4	21	78	3	72	7	42	14	36	1.72
22368759--22368949	87	2.2	87	93	1	321	13	29	16	41	1.86
22369608--22369687	31	2.6	31	87	0	106	46	20	15	18	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22370847--22370964	45	2.5	46	80	6	130	31	8	15	44	1.76
22371096--22371121	7	3.7	7	100	0	52	46	26	0	26	1.53
22371172--22371208	14	2.6	14	91	0	56	37	43	0	18	1.51
22371214--22371252	7	5.6	7	84	0	51	51	33	0	15	1.44
22371297--22371400	7	14.6	7	65	15	52	37	40	0	21	1.60
22371301--22371381	21	3.8	22	77	9	69	34	45	1	18	1.57
22371348--22371405	22	2.7	22	83	2	73	39	34	0	25	1.56
22371387--22371473	39	2.2	39	91	4	140	48	21	2	27	1.62
22371496--22371536	15	2.8	14	85	10	55	43	34	0	21	1.53
22371608--22371805	102	2.0	101	86	7	276	29	19	17	33	1.94
22371710--22372027	111	2.8	110	83	5	363	29	19	18	32	1.96
22382635--22382710	31	2.4	31	77	16	77	55	6	1	36	1.34
22382698--22382771	19	3.9	19	75	19	59	59	4	0	36	1.16
22382758--22382785	7	4.0	7	100	0	56	71	0	0	28	0.86
22383287--22383427	67	2.1	67	93	2	239	36	7	3	52	1.46
22386276--22386650	184	2.0	185	98	1	725	34	20	12	32	1.90
22394898--22394959	14	4.5	13	84	8	61	12	9	3	74	1.19
22396402--22396448	23	2.0	23	100	0	94	29	21	4	44	1.71
22399021--22399068	19	2.6	18	80	6	51	25	0	6	68	1.12
22399118--22399168	25	2.0	25	84	3	66	27	0	7	64	1.21
22410340--22410427	45	2.0	45	97	0	167	25	20	11	43	1.85
22410754--22410796	17	2.5	17	76	0	50	79	0	11	9	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22410860--22410900	19	2.2	19	86	0	55	73	2	17	7	1.17
22416773--22416833	25	2.4	25	83	0	77	37	6	16	39	1.75
22419530--22419593	26	2.5	26	94	2	112	37	7	17	37	1.79
22425479--22425633	73	2.1	73	83	2	186	32	21	26	19	1.97
22425539--22425685	48	2.9	51	78	13	155	34	21	23	19	1.96
22425539--22425681	25	5.7	26	73	10	102	35	21	23	18	1.96
22427553--22427626	30	2.6	29	76	4	69	62	2	0	35	1.10
22427571--22427629	10	6.0	10	78	13	61	64	1	0	33	1.04
22427577--22427628	28	1.9	26	85	14	70	63	1	0	34	1.06
22428947--22429151	43	4.8	43	87	0	275	27	29	18	24	1.98
22428947--22429151	86	2.4	86	89	0	311	27	29	18	24	1.98
22435449--22435493	7	6.4	7	84	0	63	33	46	0	20	1.51
22435449--22435493	21	2.1	21	92	8	74	33	46	0	20	1.51
22435453--22435637	94	1.9	98	84	4	252	40	32	1	25	1.63
22435806--22435842	14	2.6	14	91	0	65	45	29	0	24	1.53
22436212--22436414	41	5.0	41	93	0	325	29	29	22	19	1.98
22436455--22436584	40	3.3	39	80	7	138	22	22	21	33	1.97
22437312--22437342	9	3.4	9	90	0	53	25	9	22	41	1.84
22438779--22438887	43	2.6	43	83	1	130	31	26	15	26	1.96
22445778--22445803	5	5.2	5	100	0	52	42	19	19	19	1.90
22446283--22446330	19	2.6	19	78	18	57	60	0	2	37	1.09
22446825--22446861	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22452134--22452174	12	3.3	12	89	3	55	17	24	0	58	1.38
22452133--22452174	18	2.3	19	87	4	59	16	23	0	59	1.37
22456857--22457091	43	5.5	43	87	2	294	32	19	22	25	1.97
22456872--22457089	42	5.1	42	88	0	283	33	18	21	26	1.97
22456857--22457155	85	3.5	86	80	5	306	33	19	21	25	1.97
22457614--22457654	21	2.0	21	95	0	73	2	34	21	41	1.67
22460961--22460989	10	2.9	10	100	0	58	41	17	0	41	1.49
22463048--22463115	14	4.9	14	74	16	61	41	32	0	26	1.56
22463598--22463837	41	5.9	40	76	3	210	34	21	25	19	1.96
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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