genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.41.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  41  of  199  ( 23844 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12410509--12410533	13	1.9	13	100	0	50	64	4	0	32	1.12
12411908--12411943	10	3.5	10	88	3	54	36	41	2	19	1.66
12416683--12416723	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
12427883--12428264	45	8.6	45	71	2	209	31	19	23	26	1.98
12427964--12428230	88	3.0	88	89	2	383	31	19	23	25	1.98
12427964--12428260	89	3.3	89	86	1	382	31	19	23	25	1.98
12428712--12428851	44	3.2	44	69	11	124	32	20	22	25	1.98
12429175--12429199	7	3.6	7	100	0	50	88	12	0	0	0.53
12429888--12429945	25	2.3	25	100	0	116	6	37	22	32	1.81
12431911--12431975	20	3.5	20	67	16	57	32	4	1	61	1.26
12431958--12431987	15	1.9	16	93	6	53	40	0	6	53	1.27
12432790--12432849	21	3.0	20	80	7	59	33	6	5	55	1.48
12435221--12435257	15	2.5	15	86	0	56	13	37	0	48	1.43
12436530--12436876	72	4.7	72	77	5	284	36	11	24	26	1.90
12438602--12438670	27	2.6	27	76	4	86	20	21	36	21	1.95
12438727--12438775	18	2.6	18	87	9	62	71	2	24	2	1.07
12441730--12441796	27	2.4	27	92	2	116	53	8	0	37	1.32
12443861--12443939	36	2.2	37	97	2	151	41	2	2	53	1.28
12443973--12444094	60	2.0	60	85	6	167	54	13	0	31	1.45
12444117--12444205	21	4.0	21	64	24	56	52	12	1	33	1.46
12444082--12444206	48	2.5	48	87	3	187	54	12	0	32	1.43
12444246--12444309	19	3.2	19	85	12	92	56	12	0	31	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12444241--12444307	22	3.2	22	83	12	95	59	11	0	28	1.33
12444376--12444401	12	2.2	12	100	0	52	46	15	0	38	1.46
12444475--12444507	3	11.3	3	87	6	50	0	36	0	63	0.95
12444479--12444515	14	2.6	14	91	0	56	0	40	0	59	0.97
12444471--12444507	17	2.2	16	90	4	56	0	35	0	64	0.94
12446092--12446121	3	10.0	3	92	0	51	3	30	33	33	1.74
12450553--12450614	16	3.8	17	76	4	56	37	8	6	48	1.59
12450834--12450895	13	4.8	13	76	4	63	41	8	12	37	1.73
12452752--12452800	24	2.0	24	92	0	80	42	28	4	24	1.73
12460279--12460308	14	2.1	15	93	6	53	66	0	6	26	1.16
12460287--12460354	28	2.4	29	80	14	79	66	2	10	20	1.35
12460401--12460447	18	2.5	20	86	13	64	70	0	6	23	1.10
12460404--12460479	14	5.7	13	72	21	59	69	1	7	21	1.21
12460403--12460467	4	15.8	4	79	7	51	70	1	6	21	1.17
12462358--12462853	44	10.9	44	72	10	275	28	21	17	32	1.96
12462359--12462525	45	3.7	45	80	5	187	29	23	15	30	1.96
12462352--12462853	89	5.5	88	71	11	251	28	21	17	33	1.96
12465533--12465701	84	2.0	84	96	0	311	24	28	14	32	1.94
12467390--12467427	15	2.5	15	95	0	67	5	34	5	55	1.45
12468570--12468665	31	3.1	31	95	3	174	45	13	9	31	1.75
12473190--12473236	13	3.5	13	77	11	58	0	14	12	72	1.13
12473194--12473277	10	8.5	10	69	21	52	1	16	13	69	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12473203--12473308	41	2.5	41	75	17	119	2	17	10	68	1.30
12473222--12473299	22	3.7	21	77	17	90	3	19	10	66	1.37
12473252--12473343	9	9.7	9	73	23	66	2	14	13	70	1.26
12473222--12473310	41	2.2	41	91	2	144	3	17	11	67	1.35
12473293--12473328	8	4.4	8	89	3	54	0	11	16	72	1.12
12473559--12473589	4	8.0	4	92	7	55	74	0	0	25	0.82
12473889--12473984	31	3.1	31	95	3	174	45	13	9	31	1.75
12475013--12475047	3	11.7	3	100	0	70	68	0	31	0	0.90
12475107--12475155	23	2.3	21	80	20	57	65	0	6	28	1.16
12475123--12475157	15	2.3	15	90	9	54	65	0	5	28	1.15
12475123--12475226	26	4.1	25	75	15	90	64	1	10	23	1.35
12475221--12475368	4	36.5	4	70	6	84	66	3	7	22	1.33
12475915--12475974	24	2.5	24	94	2	102	41	5	0	53	1.23
12484339--12484380	22	1.9	22	85	0	57	54	4	9	30	1.53
12486455--12486501	19	2.5	19	83	16	62	42	0	2	55	1.12
12486454--12486494	18	2.3	18	80	12	50	41	0	2	56	1.13
12491844--12491886	13	3.4	13	78	18	54	65	2	0	32	1.06
12491845--12491888	12	3.6	12	82	14	54	61	2	0	36	1.09
12513579--12513642	29	2.2	30	77	8	78	57	9	4	28	1.50
12514813--12514855	21	2.0	22	86	13	63	32	13	0	53	1.41
12515804--12515833	16	1.9	16	93	6	53	30	10	0	60	1.30
12527391--12527443	26	2.0	26	92	0	88	32	9	13	45	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12527489--12527613	62	2.0	62	95	0	223	41	9	7	41	1.65
12527827--12528002	93	1.9	93	85	2	246	39	12	18	29	1.88
12529538--12529597	31	1.9	32	83	16	81	38	0	0	61	0.96
12533405--12533447	21	2.0	22	86	4	61	41	34	6	16	1.75
12536758--12536834	28	2.7	28	77	16	70	74	2	16	6	1.15
12541665--12541695	16	1.9	16	93	0	53	61	0	3	35	1.12
12558907--12558975	31	2.3	31	85	7	88	44	20	8	26	1.80
12559491--12559516	7	3.7	7	100	0	52	88	0	11	0	0.52
12561438--12561494	13	4.4	12	74	20	53	50	0	5	43	1.24
12561459--12561511	12	4.5	11	81	11	52	52	1	3	41	1.30
12574596--12574662	34	1.9	35	84	3	91	46	11	10	31	1.75
12574631--12574670	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
12575358--12575572	92	2.3	92	95	0	376	37	10	10	41	1.74
12576698--12576816	60	1.9	62	88	5	179	35	11	21	31	1.90
12576930--12576973	9	5.1	9	89	10	74	56	11	0	31	1.35
12576939--12576976	16	2.4	16	95	0	67	55	10	0	34	1.34
12577046--12577095	23	2.2	23	85	3	66	42	6	2	50	1.38
12576955--12577088	66	2.0	68	81	11	161	47	7	4	41	1.52
12578403--12578483	31	2.6	31	82	9	103	44	9	4	40	1.59
12585481--12585530	15	3.3	15	78	10	57	26	6	8	60	1.48
12587143--12587194	11	4.7	11	97	0	95	40	9	1	48	1.47
12590220--12590288	27	2.6	27	83	4	95	18	21	36	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12590351--12590402	19	2.7	19	79	8	52	63	3	28	3	1.30
12593322--12593365	16	2.8	15	83	10	61	59	2	2	36	1.23
12593747--12593807	19	3.2	19	83	4	86	54	13	1	31	1.49
12593740--12593806	20	3.3	20	81	6	82	56	11	1	29	1.44
12593980--12594011	14	2.3	15	84	15	50	0	31	0	68	0.90
12594146--12594209	27	2.4	27	86	5	76	18	28	21	31	1.97
12595863--12596030	25	6.8	25	70	13	87	20	26	19	33	1.96
12595885--12596002	49	2.4	49	83	7	132	19	25	19	35	1.95
12595924--12596026	50	2.1	49	81	5	118	21	25	20	33	1.97
12606155--12606226	35	2.1	35	94	0	126	18	15	30	36	1.91
12606662--12606696	17	2.1	17	88	0	52	74	2	2	20	1.08
12613277--12613349	19	3.9	18	75	8	56	57	20	8	13	1.62
12623506--12623571	33	2.0	33	100	0	132	36	12	12	39	1.80
12625498--12625577	3	27.3	3	74	14	69	31	5	1	62	1.24
12625501--12625588	19	4.6	19	72	21	69	30	6	1	61	1.29
12625595--12625686	22	3.9	22	75	17	85	32	5	8	53	1.55
12625626--12625693	28	2.4	28	82	7	84	36	7	7	48	1.59
12626445--12626524	3	27.3	3	74	14	69	31	5	1	62	1.24
12626448--12626535	19	4.6	19	72	21	69	30	6	1	61	1.29
12626542--12626636	24	4.0	25	78	12	110	32	6	8	52	1.57
12626542--12626634	46	2.0	47	97	2	179	32	6	8	52	1.57
12626548--12626624	22	3.4	22	83	13	111	32	5	6	55	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12624874--12626770	948	2.0	948	98	0	3687	26	15	15	41	1.88
12627024--12627086	33	1.9	33	86	0	90	36	12	1	49	1.51
12627272--12627308	15	2.5	15	90	0	56	40	2	5	51	1.39
12629700--12629728	10	2.9	10	100	0	58	72	0	0	27	0.85
12630828--12630866	21	1.9	19	90	10	60	71	7	15	5	1.26
12631424--12631481	30	2.0	30	82	3	73	29	10	17	43	1.82
12631622--12631672	18	2.8	18	80	13	59	66	5	1	25	1.24
12631739--12631787	19	2.6	19	77	9	55	65	4	0	30	1.11
12632146--12632224	3	26.7	3	97	2	151	68	0	31	0	0.90
12645234--12645419	89	2.1	89	83	2	228	30	1	13	53	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199