genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.103.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29088307--29088556	40	6.3	40	88	3	319	29	27	20	23	1.98
29104873--29105044	27	6.4	27	87	2	247	18	17	20	43	1.89
29106158--29106204	24	1.9	24	91	4	76	25	36	0	38	1.56
29110395--29110482	45	1.9	46	83	2	115	43	4	19	32	1.71
29116891--29116958	31	2.2	30	82	12	77	50	20	7	22	1.73
29117080--29117117	3	13.0	3	88	5	60	71	0	28	0	0.87
29118073--29118102	3	10.0	3	92	0	51	0	70	0	30	0.88
29118428--29118461	17	2.0	17	88	0	50	52	0	0	47	1.00
29119308--29119902	294	2.0	294	98	0	1136	31	13	24	30	1.93
29128377--29128419	21	2.0	22	82	13	54	41	18	2	37	1.63
29132994--29133077	24	3.2	26	83	6	91	53	1	1	44	1.16
29132996--29133124	61	2.1	60	84	7	172	53	1	1	43	1.19
29133027--29133114	24	3.6	24	74	7	72	52	1	2	44	1.21
29134948--29135002	20	2.7	21	83	11	69	47	16	10	25	1.79
29137084--29137343	40	6.7	38	79	10	251	25	26	21	25	2.00
29137084--29137343	78	3.3	78	83	7	284	25	26	21	25	2.00
29154880--29154947	31	2.2	30	82	12	77	50	20	7	22	1.73
29155069--29155104	3	13.0	3	88	11	51	72	0	27	0	0.85
29156056--29156085	3	10.0	3	92	0	51	0	70	0	30	0.88
29156409--29156446	18	2.1	18	90	0	58	52	0	0	47	1.00
29157289--29157883	294	2.0	294	98	0	1136	31	13	24	30	1.93
29161397--29161453	29	1.9	30	82	3	71	57	5	22	14	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29166386--29166428	21	2.0	22	82	13	54	41	18	2	37	1.63
29170437--29170463	13	2.1	13	100	0	54	22	29	14	33	1.94
29171040--29171123	24	3.3	27	75	22	76	54	1	1	42	1.15
29171070--29171137	24	2.9	24	76	4	77	52	1	1	44	1.19
29173038--29173092	20	2.7	21	83	11	69	47	16	10	25	1.79
29175198--29175405	39	5.3	39	91	2	303	25	27	21	25	1.99
29175198--29175459	78	3.3	78	85	7	284	25	27	21	25	2.00
29176537--29176561	13	1.9	13	100	0	50	0	8	4	88	0.64
29187157--29187237	27	3.0	28	83	8	78	23	18	18	39	1.92
29187172--29187356	80	2.3	81	83	11	238	19	16	20	43	1.88
29187172--29187356	27	6.9	27	85	3	232	19	16	20	43	1.88
29189620--29189754	25	5.5	25	72	16	129	34	26	15	22	1.94
29189620--29189759	48	2.8	49	88	6	212	34	27	15	22	1.95
29196474--29196582	28	3.9	28	79	5	96	9	32	33	24	1.87
29201775--29201907	66	2.0	66	100	0	266	35	21	12	31	1.90
29213600--29213648	21	2.3	21	85	0	62	38	32	2	26	1.68
29214603--29214700	47	2.1	47	98	0	187	31	7	44	16	1.74
29217885--29217916	15	2.0	17	88	11	50	21	0	21	56	1.43
29219583--29219728	78	1.9	78	86	2	213	32	14	21	30	1.93
29231482--29231627	67	2.2	67	83	0	175	28	23	17	31	1.97
29231689--29231782	27	3.5	27	73	0	80	23	28	12	35	1.92
29233099--29233146	25	1.9	25	82	0	60	39	33	6	20	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29233296--29233809	51	10.1	51	85	0	589	38	18	12	30	1.87
29233302--29233809	153	3.3	152	87	0	692	38	18	11	31	1.86
29233672--29233753	24	3.3	24	65	15	67	36	18	9	35	1.84
29233691--29233772	27	3.1	27	61	22	66	39	14	10	35	1.82
29234333--29234642	43	7.3	43	84	4	380	25	30	19	25	1.98
29234333--29234642	42	7.3	42	83	4	340	25	30	19	25	1.98
29239257--29239302	23	2.0	23	91	4	76	54	6	15	23	1.64
29239259--29239304	22	2.0	23	87	4	67	54	6	13	26	1.62
29240085--29240184	41	2.4	41	86	0	146	28	26	22	24	1.99
29240256--29240366	40	2.8	40	80	1	134	15	24	25	35	1.94
29241288--29241320	10	3.4	10	87	8	50	27	0	3	69	1.03
29244450--29244491	9	4.7	9	84	0	57	33	11	19	35	1.88
29244455--29244489	18	1.9	18	100	0	70	31	11	17	40	1.85
29247182--29247296	25	4.6	25	79	5	108	33	20	22	22	1.97
29247278--29247425	74	2.0	74	98	0	287	34	18	16	31	1.93
29253941--29254187	50	4.8	50	81	8	250	28	21	27	22	1.99
29256713--29256770	25	2.3	25	82	8	73	32	24	18	24	1.97
29258183--29258295	25	4.5	25	76	12	97	25	25	20	28	1.99
29258180--29258295	50	2.3	50	82	5	153	25	25	19	28	1.99
29280713--29280754	10	4.4	10	82	8	52	11	9	0	78	0.96
29280713--29280754	19	2.2	19	91	0	66	11	9	0	78	0.96
29281960--29282385	108	4.0	107	89	1	620	33	16	16	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29281962--29282385	215	2.0	214	88	2	627	32	16	16	33	1.92
29283803--29283849	19	2.5	19	86	6	60	25	19	10	44	1.82
29287986--29288189	9	23.7	9	68	14	108	30	2	21	45	1.67
29287984--29288080	25	3.9	24	73	16	90	31	1	21	45	1.59
29288022--29288179	34	4.8	33	74	13	139	30	2	21	45	1.65
29288040--29288167	63	2.0	62	91	7	206	28	3	22	45	1.68
29288056--29288189	63	2.2	63	82	9	152	30	3	20	44	1.69
29288180--29288213	12	2.8	12	81	0	50	29	11	14	44	1.81
29288263--29288425	16	10.0	16	66	21	72	34	1	18	46	1.57
29288323--29288476	9	17.7	9	66	18	76	32	2	19	45	1.64
29288288--29288374	34	2.5	35	82	10	108	36	0	18	44	1.50
29288350--29288476	25	5.3	25	73	12	113	32	3	19	44	1.66
29288429--29288467	20	2.0	19	90	5	60	28	2	15	53	1.55
29288532--29288576	23	2.0	22	86	4	63	46	0	6	46	1.29
29288525--29288585	30	2.0	30	84	6	79	47	0	6	45	1.28
29290262--29290311	22	2.3	22	96	0	91	44	18	14	24	1.86
29291035--29291294	106	2.5	104	81	5	326	28	13	13	43	1.82
29291142--29291673	251	2.1	250	90	1	827	26	14	14	44	1.83
29291541--29291810	137	2.0	137	88	4	411	26	14	13	45	1.82
29291519--29291834	137	2.3	136	77	13	356	25	14	13	46	1.81
29292102--29292217	14	8.1	14	76	12	76	34	38	1	25	1.66
29292466--29292492	14	1.9	14	100	0	54	37	37	0	25	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29292588--29293148	115	4.9	114	82	4	637	28	27	20	24	1.99
29292604--29293142	229	2.3	229	85	2	695	28	27	20	24	1.99
29293047--29293219	73	2.4	72	84	1	211	24	24	24	26	2.00
29299281--29299335	21	2.6	22	82	8	69	25	9	38	27	1.86
29299499--29299537	18	2.2	18	95	4	71	58	0	0	41	0.98
29299499--29299552	19	3.0	16	82	17	54	59	1	0	38	1.08
29299870--29299907	6	6.2	6	87	6	58	39	0	60	0	0.97
29299870--29299905	18	2.0	18	100	0	72	38	0	61	0	0.96
29299875--29299914	18	2.2	18	86	0	53	42	0	57	0	0.98
29308874--29308919	16	2.7	19	72	27	50	73	0	13	13	1.09
29314914--29314958	24	2.0	23	83	12	58	22	11	4	62	1.46
29315186--29315262	14	5.0	15	71	20	52	42	15	9	32	1.78
29315202--29315241	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
29315190--29315256	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
29315225--29315264	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
29320052--29320101	18	2.6	20	75	6	50	60	2	2	36	1.20
29320038--29320081	19	2.3	18	81	11	52	61	0	0	38	0.96
29320615--29320719	9	11.3	9	69	9	59	38	1	1	58	1.20
29337103--29337142	19	2.1	19	85	0	53	45	0	0	55	0.99
29337121--29337250	69	1.9	69	87	3	190	41	2	6	50	1.40
29340273--29340302	15	2.0	15	93	0	51	13	10	6	70	1.34
29351422--29351460	18	2.2	17	86	13	53	43	20	2	33	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29352748--29352798	9	5.7	9	81	6	59	66	1	1	29	1.13
29353775--29353808	16	2.1	17	88	5	52	55	2	2	38	1.30
29360439--29360505	32	2.1	31	83	8	82	43	1	13	41	1.53
29361127--29361262	40	3.4	39	88	4	200	16	24	19	38	1.92
29361131--29361294	80	2.1	80	83	3	206	16	25	20	37	1.93
29374816--29374858	4	10.8	4	80	9	52	27	0	0	72	0.85
29375033--29375076	17	2.5	17	81	7	52	6	4	13	75	1.17
29375149--29375192	15	2.8	16	83	10	54	36	2	2	59	1.23
29406771--29406918	62	2.4	62	78	10	158	21	22	29	27	1.99
29408123--29408149	14	1.9	14	100	0	54	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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