genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.102.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  102  of  199  ( 23844 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28813682--28814115	119	3.6	120	95	1	791	51	4	2	41	1.34
28818456--28818547	22	4.2	22	81	13	100	30	29	0	40	1.57
28818497--28818599	52	2.0	51	81	12	122	33	33	0	33	1.58
28818549--28818590	22	1.9	22	90	0	66	33	33	0	33	1.58
28818625--28818683	27	2.2	27	82	8	68	40	1	1	55	1.20
28818634--28818685	27	1.9	27	88	7	79	38	0	1	59	1.08
28818777--28818839	24	2.7	23	75	18	58	28	0	4	66	1.12
28820970--28821005	18	2.1	18	89	5	56	50	19	0	30	1.48
28820958--28821047	24	3.8	24	78	10	105	46	24	0	28	1.53
28820998--28821560	28	20.8	28	74	20	411	47	24	0	28	1.52
28821110--28821289	23	7.3	23	81	14	209	46	26	0	27	1.53
28821411--28821472	23	2.8	20	97	0	61	46	19	0	33	1.50
28820981--28821560	51	10.8	52	76	18	446	47	24	0	28	1.52
28824725--28824979	124	2.1	124	87	3	361	31	23	15	29	1.95
28825934--28825966	11	3.1	11	82	8	50	18	3	0	78	0.87
28832034--28832087	28	2.0	28	85	3	74	53	14	3	27	1.58
28833392--28833439	24	2.0	24	100	0	96	25	16	12	45	1.82
28836303--28836337	18	1.9	18	88	11	54	8	2	34	54	1.46
28838039--28838164	41	3.1	41	79	6	114	30	16	24	27	1.97
28838398--28838462	32	2.1	31	85	2	85	38	7	13	40	1.74
28839567--28839606	15	2.5	17	80	19	50	55	20	5	20	1.62
28840224--28840272	16	3.0	16	80	11	55	30	2	4	63	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28840328--28840381	25	2.1	25	83	10	65	50	0	3	46	1.19
28843289--28843330	21	2.0	21	86	9	59	16	0	38	45	1.48
28843318--28843375	28	2.1	28	83	6	73	39	0	17	43	1.49
28843331--28843391	28	2.2	28	82	5	70	39	0	16	44	1.48
28858609--28858747	25	5.6	25	83	1	127	32	17	27	23	1.96
28860843--28860910	33	2.1	33	83	5	84	47	4	2	45	1.38
28860941--28861043	37	2.7	39	80	14	119	53	3	2	39	1.34
28864249--28864299	18	2.9	18	71	5	52	43	3	1	50	1.31
28864333--28864381	20	2.7	18	77	22	57	51	4	2	42	1.32
28869653--28869761	53	2.1	53	100	0	218	38	3	11	46	1.57
28871103--28871137	18	1.9	18	88	0	52	57	8	28	5	1.52
28872687--28872752	6	11.3	6	82	14	77	50	1	0	48	1.10
28878779--28878811	14	2.2	16	89	10	52	60	33	0	6	1.21
28879735--28879810	9	8.4	9	95	0	125	23	9	23	43	1.82
28879974--28879998	12	2.1	12	100	0	50	16	24	36	24	1.94
28880075--28880102	8	3.5	8	100	0	56	89	0	0	10	0.49
28880179--28880211	16	2.1	16	88	11	50	48	0	0	51	1.00
28881837--28881876	19	2.1	19	86	9	55	32	7	0	60	1.25
28892169--28892295	62	2.0	62	98	0	245	36	21	12	29	1.90
28892865--28892916	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
28896421--28896605	79	2.3	82	83	7	229	25	27	22	24	2.00
28896402--28896605	40	5.1	40	81	8	229	25	26	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28898518--28898571	13	4.4	13	75	11	51	68	1	1	27	1.10
28898695--28898734	20	2.0	20	100	0	80	10	10	40	40	1.72
28899466--28899937	125	3.8	125	89	1	687	31	14	20	33	1.93
28903050--28903074	10	2.5	10	100	0	50	48	0	8	44	1.32
28903140--28903202	21	3.3	21	68	25	66	42	1	15	39	1.57
28903123--28903202	36	2.2	37	95	2	144	45	2	13	38	1.58
28903065--28903260	92	2.1	93	93	1	331	45	4	13	36	1.64
28903160--28903376	56	3.9	56	87	5	334	46	5	11	36	1.63
28903159--28903375	110	2.0	111	97	0	409	46	5	12	35	1.64
28903374--28903952	29	19.8	29	78	15	536	22	0	32	45	1.54
28903374--28903952	58	9.9	58	80	13	620	22	0	32	45	1.54
28903619--28903689	6	12.5	6	79	10	62	18	0	40	40	1.50
28903643--28903738	22	4.3	21	74	19	79	20	0	37	41	1.53
28903699--28903735	17	2.1	19	90	10	60	16	0	37	45	1.47
28903566--28903773	103	2.0	104	85	0	283	21	0	35	43	1.53
28903937--28903962	5	5.2	5	100	0	52	19	0	42	38	1.51
28905161--28905192	7	4.6	7	100	0	64	59	12	0	28	1.34
28906481--28906543	29	2.2	28	88	8	92	55	12	9	22	1.65
28909886--28909934	21	2.2	23	78	7	57	22	4	12	61	1.48
28918037--28918069	17	1.9	17	100	0	66	48	0	9	42	1.35
28918963--28918999	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
28920056--28920099	20	2.3	20	85	11	58	31	9	2	56	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28925084--28925118	17	2.0	18	88	5	54	31	5	0	62	1.18
28936558--28936633	26	3.0	25	84	3	91	39	6	17	36	1.75
28936558--28936633	25	3.0	25	80	3	89	39	6	17	36	1.75
28940042--28940219	27	6.6	27	85	3	214	30	28	14	26	1.95
28940063--28940218	82	1.9	81	89	3	242	30	28	14	26	1.95
28948087--28948264	27	6.6	27	85	3	214	30	28	14	26	1.95
28948108--28948263	82	1.9	81	89	3	242	30	28	14	26	1.95
28968356--28968394	12	3.2	12	85	0	51	20	23	5	51	1.67
28968642--28968834	50	3.7	50	83	4	224	22	29	22	25	1.99
28970269--28970371	47	2.2	47	87	1	154	29	18	8	43	1.80
28972485--28972530	22	2.1	22	87	0	65	47	21	15	15	1.81
28975142--28975205	31	2.1	31	96	0	119	28	25	15	31	1.96
28996085--28996132	20	2.4	20	96	0	87	33	20	20	25	1.97
29002473--29002548	27	2.8	27	86	7	93	47	11	13	27	1.77
29004181--29004252	26	2.8	25	81	4	90	50	9	9	30	1.68
29005399--29005437	11	3.5	11	78	0	51	23	2	5	69	1.21
29005399--29005473	33	2.3	33	80	0	96	26	4	6	62	1.38
29005532--29005565	17	1.9	18	88	5	52	38	2	2	55	1.30
29005552--29005613	23	2.8	22	77	2	61	35	1	0	62	1.05
29010302--29010345	23	2.0	21	83	12	54	45	2	0	52	1.13
29011215--29011265	20	2.5	20	87	6	66	68	0	0	31	0.90
29011542--29011579	16	2.3	17	86	4	51	63	0	0	36	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29011788--29011838	26	2.0	25	82	17	61	66	3	0	29	1.09
29011804--29011845	18	2.4	18	84	4	59	64	4	0	30	1.14
29011989--29012019	15	2.0	16	93	6	55	22	0	0	77	0.77
29013275--29013327	20	2.7	20	82	8	63	3	24	7	64	1.37
29015825--29015876	27	1.9	27	84	0	68	30	17	34	17	1.93
29020077--29020148	31	2.4	30	79	6	74	37	6	6	48	1.57
29020103--29020159	30	1.9	29	85	3	78	35	3	7	54	1.45
29026597--29026645	21	2.4	21	93	3	82	61	0	2	36	1.08
29027135--29027178	16	2.8	15	86	6	52	40	0	0	59	0.98
29027639--29027677	14	2.7	14	88	4	51	25	2	0	71	0.98
29028546--29028599	26	2.1	26	85	0	72	55	1	5	37	1.34
29030507--29030567	23	2.8	21	69	11	52	40	22	19	16	1.90
29031656--29031691	18	1.9	19	94	5	65	50	5	0	44	1.25
29031660--29031702	18	2.3	18	84	11	52	51	6	0	41	1.29
29041914--29041969	19	2.9	19	76	10	69	44	0	0	55	0.99
29048138--29048176	16	2.4	16	82	0	51	51	2	10	35	1.50
29049090--29049131	17	2.5	17	80	0	57	4	11	0	83	0.79
29052716--29052761	20	2.1	21	84	11	58	34	8	0	56	1.30
29056120--29056249	65	2.0	65	100	0	260	32	21	15	30	1.94
29057928--29057972	23	2.0	23	82	8	56	33	4	11	51	1.58
29058550--29058680	42	3.1	42	94	0	217	32	19	19	29	1.96
29068379--29068408	6	4.8	6	95	4	51	83	3	13	0	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29069720--29069854	42	3.1	41	71	9	126	27	25	22	25	2.00
29069703--29069928	86	2.6	87	87	3	319	30	20	23	25	1.99
29069883--29070454	218	2.6	218	93	0	966	30	21	23	24	1.99
29070279--29070625	176	2.0	175	88	0	514	29	22	22	25	1.99
29070530--29070812	44	6.4	45	68	8	170	27	23	25	23	2.00
29070530--29070871	88	3.9	87	86	2	459	26	23	25	25	2.00
29070854--29071087	44	5.3	44	80	7	294	29	13	23	32	1.93
29070845--29071116	89	3.1	89	87	5	399	30	13	24	31	1.93
29075507--29075549	21	2.0	21	90	0	68	25	30	16	27	1.97
29076643--29076813	90	1.9	90	86	0	243	33	13	29	23	1.93

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