genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.196.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  196  of  199  ( 23844 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57030565--57030778	100	2.1	99	80	6	234	37	20	8	33	1.83
57043361--57043394	18	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
57043519--57043561	22	2.0	22	82	13	54	65	2	0	32	1.06
57044307--57044337	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
57045395--57045448	27	2.0	26	85	3	72	62	7	5	24	1.42
57047727--57047789	30	2.1	30	90	0	99	31	12	28	26	1.93
57050265--57050291	13	2.1	13	100	0	54	77	0	0	22	0.76
57050241--57050281	19	2.2	19	90	0	64	73	2	0	24	0.96
57058108--57058406	146	2.0	146	96	0	544	42	23	6	27	1.79
57065681--57065715	4	8.8	4	100	0	70	25	0	22	51	1.48
57065356--57065691	174	2.0	173	89	3	518	36	20	12	31	1.90
57066481--57066509	15	1.9	15	100	0	58	34	6	6	51	1.55
57080234--57080359	55	2.3	55	86	8	186	23	8	34	34	1.85
57086375--57086416	21	2.0	21	90	4	68	21	45	0	33	1.52
57088627--57088673	14	3.5	13	80	11	51	70	2	0	27	0.99
57090396--57090433	19	2.0	19	100	0	76	26	15	15	42	1.87
57092631--57092724	47	2.0	47	95	0	170	43	7	9	39	1.65
57106882--57106906	6	4.2	6	100	0	50	36	48	16	0	1.46
57111172--57111203	4	8.0	4	100	0	64	50	25	0	25	1.50
57118921--57118964	23	1.9	23	86	9	63	36	0	2	61	1.09
57125250--57125311	28	2.3	27	86	8	81	4	17	9	67	1.36
57139030--57139069	14	2.9	15	85	10	50	35	2	15	47	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57139039--57139104	34	1.9	34	87	6	98	31	6	13	48	1.67
57141484--57141512	12	2.5	12	94	5	51	27	0	6	65	1.18
57145466--57145508	20	2.2	20	82	0	50	16	16	46	20	1.84
57145772--57145834	5	11.6	5	87	12	81	17	23	0	58	1.38
57145772--57145834	28	2.3	27	91	5	108	17	23	0	58	1.38
57145829--57145890	22	2.9	21	81	11	81	27	9	0	62	1.26
57145821--57145869	25	2.0	24	84	11	64	24	10	0	65	1.23
57145829--57145891	21	3.0	21	82	13	76	26	11	0	61	1.29
57145949--57146040	11	8.7	11	68	20	54	32	18	0	48	1.48
57145930--57146041	28	3.8	28	75	13	100	31	18	0	50	1.48
57145941--57146041	5	18.4	5	76	17	58	30	18	0	50	1.47
57146113--57146151	16	2.5	16	91	4	62	23	10	0	66	1.22
57146113--57146156	16	2.9	15	83	6	52	22	11	0	65	1.24
57146200--57146241	20	2.0	21	82	13	52	33	7	0	59	1.25
57146449--57146539	17	5.5	16	80	13	96	19	13	1	65	1.32
57146449--57146539	22	4.1	22	84	8	123	19	13	1	65	1.32
57146443--57146539	5	17.6	5	77	12	50	18	12	1	68	1.27
57146508--57146895	47	8.2	48	88	3	551	26	12	0	61	1.33
57146814--57146893	21	3.7	20	74	19	61	23	12	1	62	1.37
57146937--57147129	44	4.4	44	96	0	350	37	1	11	49	1.48
57150474--57150518	20	2.1	23	88	12	69	17	4	11	66	1.38
57154490--57154561	21	3.3	21	71	23	60	75	5	9	9	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57154520--57154623	51	2.1	49	82	10	122	72	4	14	8	1.26
57155387--57155420	7	5.0	7	92	7	61	70	0	14	14	1.17
57155387--57155420	13	2.5	14	95	4	61	70	0	14	14	1.17
57156647--57157773	44	25.7	44	71	11	387	30	19	21	27	1.98
57156647--57157167	219	2.4	217	87	3	713	30	20	22	26	1.98
57156781--57157641	265	3.3	264	86	3	1101	30	19	21	28	1.98
57157000--57157946	308	3.1	309	82	6	1094	31	19	21	28	1.97
57157484--57157814	175	1.9	173	88	3	504	30	19	21	29	1.97
57157618--57158035	129	3.2	129	91	0	640	31	20	20	27	1.97
57157672--57158258	44	13.6	41	67	13	175	30	20	22	26	1.98
57156698--57158173	44	33.8	44	68	12	332	30	19	21	27	1.98
57160025--57160067	3	14.3	3	90	0	68	34	0	2	62	1.08
57161899--57162104	113	1.8	113	90	2	333	31	21	17	29	1.96
57162954--57162990	18	2.1	18	90	10	58	67	0	0	32	0.91
57163658--57163682	12	2.1	12	100	0	50	16	16	8	60	1.58
57164571--57164609	20	2.0	20	89	0	60	74	2	2	20	1.06
57164569--57164610	14	3.0	14	79	10	50	73	4	2	19	1.12
57173980--57174009	9	3.3	9	95	0	51	3	23	0	73	0.98
57181522--57181548	6	4.5	6	100	0	54	33	0	51	14	1.43
57192197--57192242	7	6.9	7	85	5	60	26	0	2	71	0.97
57192198--57192240	13	3.3	13	76	23	54	25	0	2	72	0.97
57192588--57192666	30	2.7	28	74	12	70	37	8	10	43	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57192888--57192913	13	2.0	13	100	0	52	53	15	7	23	1.67
57192932--57192989	20	2.9	19	76	5	62	43	8	8	39	1.66
57192948--57192985	19	2.0	19	90	10	60	39	10	7	42	1.69
57198369--57198739	103	3.6	105	89	4	549	31	29	19	19	1.96
57199071--57199128	30	1.9	30	85	0	80	31	22	6	39	1.80
57201421--57201487	7	9.7	7	73	3	64	55	26	1	16	1.50
57201442--57201520	21	3.8	20	71	3	59	50	31	2	15	1.57
57201428--57201481	28	1.9	28	84	0	72	53	27	1	16	1.53
57201425--57201535	48	2.3	48	81	6	118	50	29	2	17	1.59
57208537--57208569	11	3.1	11	82	8	50	15	27	6	51	1.66
57208997--57209113	34	3.5	33	86	5	139	37	37	9	15	1.80
57208997--57209125	33	3.9	34	88	5	158	37	35	10	16	1.82
57208989--57209140	33	4.5	33	86	4	155	39	36	8	15	1.78
57212030--57212059	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
57213585--57213615	16	2.0	16	93	6	55	58	29	0	12	1.35
57213941--57213967	14	1.9	14	100	0	54	59	22	0	18	1.38
57224662--57224702	20	2.1	20	86	13	59	60	4	2	31	1.30
57226240--57226270	16	1.9	16	100	0	62	58	6	0	35	1.24
57227594--57227694	42	2.4	42	79	0	112	23	26	26	22	2.00
57229903--57229932	14	2.2	13	94	5	51	0	20	0	80	0.72
57232870--57232928	21	2.8	21	92	2	91	16	30	18	33	1.94
57240140--57240277	40	3.5	39	76	7	118	42	20	18	18	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57240314--57240592	41	6.7	40	76	14	237	18	20	27	33	1.96
57240346--57240521	87	2.0	90	86	8	252	16	21	30	31	1.95
57240449--57240592	40	3.7	37	81	12	157	18	19	27	34	1.95
57241620--57241646	14	1.9	14	100	0	54	33	0	22	44	1.53
57242124--57242166	22	2.0	22	90	0	68	30	41	0	27	1.56
57242764--57242808	13	3.4	13	84	6	54	31	17	26	24	1.97
57245694--57245800	42	2.5	43	87	3	153	19	14	31	33	1.93
57245803--57245898	43	2.2	43	85	3	122	27	27	19	26	1.99
57253954--57253993	21	1.9	21	89	0	62	17	10	5	67	1.37
57294569--57294666	46	2.1	46	84	3	135	35	8	26	29	1.85
57294996--57295053	22	2.6	22	94	0	98	29	55	3	12	1.53
57296688--57296897	40	5.3	39	87	5	217	24	20	28	26	1.99
57296750--57296932	79	2.3	80	80	1	199	25	20	27	26	1.99
57299346--57299432	38	2.3	38	83	11	117	29	5	4	59	1.41
57299497--57299551	3	18.3	3	79	20	62	29	3	0	67	1.08
57299484--57299552	12	6.0	12	72	23	51	30	4	0	65	1.12
57299489--57299552	15	4.5	14	76	19	62	31	3	0	65	1.08
57299489--57299551	21	3.0	21	88	11	94	30	3	0	66	1.07
57312037--57312172	72	1.9	72	84	0	182	22	14	27	35	1.93
57312442--57312677	74	3.2	73	79	4	253	24	15	22	38	1.93
57313412--57313469	22	2.6	22	94	0	98	29	55	3	12	1.53
57314001--57314046	20	2.3	21	78	10	53	0	56	2	41	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57314745--57314802	3	19.3	3	80	19	68	29	3	0	67	1.07
57314731--57314800	12	6.2	11	78	17	72	28	4	0	67	1.10
57314745--57314803	24	2.5	23	91	8	100	30	3	0	66	1.08
57320280--57320333	24	2.3	23	83	6	63	51	0	0	48	1.00
57329592--57329652	26	2.5	24	85	15	81	22	24	22	29	1.99
57330694--57331333	44	14.5	44	75	6	535	30	26	15	27	1.96
57330694--57331211	132	3.9	132	88	1	734	29	26	16	27	1.96
57330693--57331321	220	2.9	220	82	3	669	30	26	15	27	1.96
57332542--57332570	6	4.8	6	100	0	58	0	13	0	86	0.58
57336948--57337016	26	2.7	25	77	4	66	55	4	0	40	1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199