genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5910497--5910568	26	2.7	27	78	4	83	36	0	1	62	1.04
5910516--5910569	19	2.8	19	81	13	67	37	0	0	62	0.95
5911671--5911705	15	2.2	16	90	5	54	25	8	2	62	1.38
5914831--5914899	23	2.9	24	83	14	81	31	23	23	21	1.98
5922063--5922123	23	2.5	24	82	15	72	29	21	26	22	1.99
5922063--5922131	23	2.8	24	77	14	70	30	21	26	21	1.99
5924756--5924827	35	2.1	35	97	0	135	19	25	19	36	1.95
5925018--5925172	36	4.0	36	77	15	157	29	21	12	36	1.91
5925054--5925208	46	3.6	45	73	16	166	29	21	11	36	1.89
5924975--5925208	82	2.9	82	91	1	375	29	21	12	36	1.91
5928540--5928604	10	6.4	10	75	10	60	30	3	3	63	1.25
5928542--5928601	31	1.9	31	83	6	77	31	3	3	61	1.28
5928540--5928604	20	3.2	20	77	16	71	30	3	3	63	1.25
5929979--5930035	30	1.9	30	100	0	114	33	3	24	38	1.73
5935182--5935241	21	2.8	21	79	5	66	53	3	5	38	1.39
5935797--5935902	54	1.9	55	88	1	160	23	27	17	31	1.97
5935805--5935932	55	2.4	54	83	1	175	26	29	15	28	1.96
5936310--5936353	17	2.6	17	83	13	56	25	2	9	63	1.35
5943964--5944014	15	3.5	15	71	15	52	23	9	13	52	1.70
5944440--5944465	12	2.2	12	100	0	52	92	0	7	0	0.39
5954216--5954262	23	2.1	22	84	4	58	63	2	0	34	1.06
5959884--5959960	39	2.0	39	82	5	93	3	44	1	50	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5965692--5965731	9	4.4	9	87	0	53	45	20	7	27	1.78
5965834--5965877	18	2.4	18	84	0	52	15	2	40	40	1.60
5967436--5967488	19	2.7	19	81	18	65	71	5	1	20	1.16
5967484--5967532	24	2.1	23	88	3	71	51	32	0	16	1.45
5970944--5970993	21	2.3	22	79	3	57	30	4	2	64	1.23
5971153--5971190	16	2.4	16	90	0	58	39	5	23	31	1.77
5971352--5971445	37	2.5	37	83	8	120	52	2	0	45	1.12
5971352--5971466	37	3.1	36	80	12	119	50	3	0	45	1.24
5981661--5981961	96	3.1	96	85	5	401	43	1	16	38	1.57
5988539--5988577	18	2.2	18	100	0	78	51	15	12	20	1.76
5989147--5989171	6	4.2	6	100	0	50	52	0	0	48	1.00
5998781--5998849	25	2.8	25	95	0	120	21	24	34	18	1.96
6002023--6002063	12	3.3	12	96	3	73	58	0	0	41	0.98
6002411--6002455	20	2.2	21	80	11	58	57	2	4	35	1.31
6002881--6002919	6	6.3	6	88	5	60	15	0	43	41	1.46
6003099--6003510	125	3.3	125	91	1	684	32	17	21	28	1.96
6005316--6005444	49	2.6	49	96	1	240	44	8	2	44	1.47
6005864--6005898	18	2.1	17	89	10	54	42	0	28	28	1.56
6007604--6007642	18	2.1	19	95	4	71	46	0	0	53	1.00
6007651--6007687	11	3.2	12	85	11	51	48	5	18	27	1.70
6007667--6007691	11	2.3	11	100	0	50	48	8	28	16	1.74
6009412--6009453	19	2.2	19	100	0	84	19	42	0	38	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6012419--6012473	19	2.9	19	75	0	56	69	3	0	27	1.05
6020797--6020959	81	2.0	81	90	0	254	28	7	12	51	1.67
6031649--6031901	129	2.0	129	94	0	443	31	27	22	18	1.97
6032671--6033837	159	7.4	159	89	5	1744	29	8	8	53	1.61
6032671--6033837	475	2.5	473	91	3	1845	29	8	8	53	1.61
6033991--6034091	30	3.1	30	79	18	121	60	8	6	23	1.51
6033987--6034069	38	2.2	38	95	0	148	62	7	6	24	1.44
6034039--6034089	16	3.3	16	71	20	54	54	11	7	25	1.63
6034335--6034373	13	2.9	14	84	7	53	0	25	0	74	0.82
6036054--6036117	21	3.0	21	79	4	65	35	1	0	62	1.05
6036302--6036364	31	2.1	30	83	16	78	46	12	11	30	1.77
6043751--6043799	24	1.9	27	84	12	68	34	38	10	16	1.82
6046816--6046927	25	4.5	25	80	6	120	31	23	21	24	1.98
6046894--6046947	25	2.2	24	86	3	72	38	16	22	22	1.93
6047038--6047062	11	2.3	11	100	0	50	44	8	8	40	1.63
6047835--6047877	23	1.9	23	86	13	63	39	23	0	37	1.55
6051960--6052011	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
6055257--6055296	21	1.9	21	84	0	53	40	0	2	57	1.12
6066162--6066306	68	2.1	68	98	1	283	30	24	18	26	1.98
6069279--6069323	15	2.7	17	83	10	58	6	26	4	62	1.39
6069698--6069768	3	23.7	3	88	0	106	35	29	1	33	1.67
6075303--6075359	9	6.3	9	78	8	53	57	1	12	28	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6075938--6075975	20	1.9	20	84	10	51	73	0	10	15	1.09
6087850--6087881	17	1.9	16	93	6	55	53	0	0	46	1.00
6090515--6090708	44	4.2	44	67	13	127	28	23	23	24	1.99
6090490--6091334	143	5.9	143	87	0	1089	30	20	21	27	1.98
6090490--6091334	287	3.0	285	86	1	1154	30	20	21	27	1.98
6091200--6091356	44	3.6	44	81	0	170	29	19	19	30	1.97
6093026--6093067	17	2.6	16	82	14	50	16	2	2	78	0.96
6099136--6099187	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
6100974--6101007	17	1.9	18	88	5	52	55	20	2	20	1.56
6101943--6101974	3	10.7	3	93	0	55	28	0	0	71	0.86
6102041--6102183	29	4.9	28	78	9	135	31	23	3	41	1.71
6102031--6102208	58	3.1	57	75	13	166	30	23	4	41	1.74
6102759--6102846	21	4.3	20	79	12	99	76	0	22	1	0.86
6102759--6102846	10	8.6	10	82	8	99	76	0	22	1	0.86
6102759--6102846	31	2.8	31	83	10	110	76	0	22	1	0.86
6103111--6103151	18	2.3	18	87	8	57	75	0	24	0	0.80
6103671--6103714	20	2.2	20	88	8	63	47	2	9	40	1.48
6114663--6114745	1	83.0	1	70	0	58	85	8	6	0	0.74
6114661--6114739	8	9.9	8	80	4	70	84	10	5	0	0.75
6114663--6114725	12	5.2	13	81	11	71	85	11	3	0	0.70
6114661--6114739	16	4.9	16	82	4	97	84	10	5	0	0.75
6114663--6114738	28	2.7	29	77	10	68	85	9	5	0	0.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6115624--6116327	163	4.5	161	82	11	783	27	16	20	35	1.94
6115624--6116334	75	9.1	79	77	11	613	27	16	20	35	1.94
6116256--6116425	89	1.9	91	89	4	265	33	13	20	32	1.92
6115611--6116488	246	3.7	236	77	12	743	28	16	20	35	1.94
6116858--6117015	29	5.4	28	81	9	156	31	23	5	40	1.76
6116858--6117015	58	2.7	58	82	7	187	31	23	5	40	1.76
6117472--6117515	14	3.1	15	81	15	58	68	0	31	0	0.90
6117594--6117683	11	8.6	10	80	17	87	78	0	21	0	0.74
6117595--6117685	22	4.2	21	80	13	105	80	0	19	0	0.72
6117595--6117685	33	2.8	33	83	11	125	80	0	19	0	0.72
6117944--6117986	18	2.3	18	88	11	61	76	0	23	0	0.78
6117944--6117986	10	4.7	9	88	11	61	76	0	23	0	0.78
6118568--6118613	16	2.8	17	83	9	60	26	13	10	50	1.74
6118639--6118674	18	2.0	18	88	0	54	41	2	8	47	1.48
6119989--6120270	44	6.5	44	75	4	230	30	21	18	30	1.97
6119989--6120230	88	2.7	88	84	3	299	29	21	18	30	1.97
6120306--6121468	51	23.9	51	70	15	383	30	22	16	31	1.95
6120282--6121455	97	12.1	97	85	2	1333	30	21	16	31	1.95
6120282--6121455	291	4.0	291	88	1	1527	30	21	16	31	1.95
6123583--6123854	137	2.0	137	94	1	474	31	23	15	29	1.95
6123904--6123947	11	3.9	11	82	5	52	2	20	0	77	0.88
6123907--6123963	23	2.5	23	80	5	62	7	19	0	73	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6123955--6124019	29	2.3	28	84	5	85	21	4	6	67	1.31
6138017--6138048	17	1.9	16	93	6	55	53	0	0	46	1.00
6139373--6139398	9	2.9	9	100	0	52	11	11	0	76	1.01
6140078--6140137	27	2.1	29	81	6	70	28	5	5	61	1.38
6141668--6141703	19	2.0	17	89	10	54	61	13	11	13	1.58
6142146--6142315	84	2.0	84	93	0	286	42	17	14	24	1.87
6143511--6143555	22	2.0	22	86	0	63	11	46	22	20	1.81
6144407--6144460	19	2.8	18	79	20	56	24	7	9	59	1.54
6144423--6144460	19	1.9	19	89	5	58	26	10	5	57	1.53
6146088--6146138	22	2.3	22	100	0	102	33	29	19	17	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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