genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.51.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14889599--14889724	33	3.8	33	79	6	146	42	0	13	44	1.44
14889584--14889724	67	2.2	66	82	6	171	44	0	12	42	1.46
14889808--14890204	126	3.2	126	89	2	575	37	16	16	29	1.91
14900188--14900245	30	1.9	30	82	6	73	18	13	15	51	1.76
14902747--14902796	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
14907386--14907435	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
14916164--14916197	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
14920803--14920836	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
14921958--14921998	14	2.7	15	85	14	57	36	0	0	63	0.95
14923136--14923212	16	4.4	17	79	15	70	28	0	5	66	1.13
14924808--14925098	23	12.4	23	81	6	289	30	18	22	28	1.97
14924809--14925066	71	3.7	69	80	5	277	31	18	21	28	1.97
14924808--14925098	47	6.2	47	84	3	327	30	18	22	28	1.97
14925119--14925278	43	3.7	43	75	5	144	22	14	21	41	1.89
14925152--14925341	86	2.2	86	79	0	193	23	13	23	40	1.89
14925268--14925355	43	2.0	43	86	0	122	25	6	20	47	1.74
14925189--14925387	43	4.6	43	73	8	118	24	12	21	41	1.87
14933578--14933667	25	3.7	26	68	10	64	24	30	16	28	1.97
14936006--14936125	43	2.8	43	82	7	154	20	20	28	30	1.97
14947147--14947213	24	2.7	25	75	6	66	17	28	20	32	1.96
14947312--14947363	25	2.1	25	85	0	68	21	25	17	36	1.94
14947430--14947477	25	1.9	25	86	0	69	22	25	16	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14948059--14948119	30	2.0	30	96	0	113	36	1	21	40	1.63
14950539--14950576	19	2.0	20	94	5	69	57	10	0	31	1.32
14951982--14952032	22	2.5	20	84	9	66	29	21	3	45	1.70
14952223--14952328	41	2.7	40	81	7	130	32	26	16	24	1.97
14953192--14953227	17	2.0	18	89	10	56	0	27	0	72	0.85
14953201--14953247	21	2.2	21	81	7	51	0	25	4	70	1.05
14961225--14961262	21	1.9	20	89	10	60	28	0	0	71	0.87
14961723--14961748	10	2.6	10	100	0	52	38	0	0	61	0.96
14974615--14974671	30	1.9	30	86	10	82	35	1	3	59	1.25
14998147--14998186	20	2.0	20	100	0	80	25	20	15	40	1.90
15008509--15008562	23	2.3	23	84	6	65	33	11	18	37	1.86
15008669--15008710	18	2.3	19	80	8	52	57	2	0	40	1.12
15023117--15023541	45	9.5	45	78	7	346	26	17	25	30	1.97
15023117--15023541	89	4.7	89	75	10	334	26	17	25	30	1.97
15023231--15023541	134	2.3	135	81	6	355	27	17	24	30	1.97
15023114--15023541	224	1.9	224	90	2	691	26	17	25	30	1.97
15029047--15029073	8	3.4	8	100	0	54	48	0	11	40	1.39
15032173--15032214	20	2.1	20	86	0	57	23	0	9	66	1.21
15053599--15053646	24	2.0	24	83	0	60	14	8	4	72	1.23
15055024--15055095	36	2.0	36	100	0	144	22	13	8	55	1.65
15059358--15059404	25	2.0	22	84	12	58	51	0	4	44	1.21
15071295--15071342	3	15.3	3	82	8	60	72	0	27	0	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15071294--15071342	16	3.1	16	85	8	73	73	0	26	0	0.83
15071292--15071342	22	2.3	22	93	0	84	74	0	25	0	0.82
15071298--15071342	13	3.5	13	82	11	58	73	0	26	0	0.84
15074758--15074831	36	2.0	37	86	2	105	48	13	17	20	1.80
15080567--15080634	32	2.1	32	84	10	86	38	13	11	36	1.81
15080831--15080914	9	9.4	9	88	2	125	35	23	8	32	1.85
15080831--15080914	35	2.4	36	93	2	143	35	23	8	32	1.85
15080914--15081023	37	3.0	37	87	0	166	49	13	3	33	1.60
15081265--15081323	7	8.3	7	81	3	73	52	13	16	16	1.75
15081326--15081352	13	2.1	13	100	0	54	7	14	33	44	1.73
15087688--15087744	29	1.9	30	82	10	73	45	7	7	40	1.58
15090330--15090424	48	2.0	48	95	0	172	43	23	15	17	1.88
15090629--15090699	36	2.0	36	94	0	124	46	14	12	26	1.80
15090646--15090699	17	2.9	19	71	20	60	46	16	12	24	1.82
15090628--15090691	17	3.6	17	72	15	58	46	12	12	28	1.78
15095748--15095811	17	3.6	17	74	15	67	46	14	12	26	1.79
15095766--15095819	17	2.9	19	71	20	60	46	16	12	24	1.82
15095749--15095819	36	2.0	36	97	0	133	46	15	12	25	1.81
15096559--15096614	28	2.0	28	83	13	71	33	26	0	39	1.57
15105056--15105108	26	2.0	26	88	0	79	33	7	15	43	1.74
15105502--15105566	9	7.2	9	91	0	85	41	24	10	23	1.86
15110233--15110422	70	2.7	70	81	4	213	20	41	22	16	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15119008--15119032	13	1.9	13	100	0	50	56	16	16	12	1.68
15120259--15120314	15	3.7	15	78	0	67	23	8	32	35	1.86
15125647--15125714	21	3.4	21	71	15	63	33	39	14	11	1.83
15134230--15134255	5	5.2	5	100	0	52	42	0	0	57	0.98
15141082--15141144	32	2.0	32	87	0	90	44	4	7	42	1.54
15142756--15142807	27	2.0	25	85	7	68	65	3	3	26	1.27
15152208--15152309	40	2.5	40	85	3	116	38	16	28	16	1.91
15152233--15152324	40	2.3	40	94	0	157	29	17	32	20	1.96
15152383--15152479	41	2.4	41	85	1	124	18	15	26	39	1.91
15153142--15153197	22	2.6	21	80	8	69	23	3	37	35	1.72
15156249--15156319	21	3.4	21	88	0	106	29	19	47	2	1.64
15156632--15156857	42	5.4	42	88	0	218	26	22	22	29	1.99
15156661--15156863	42	4.8	42	86	0	253	25	22	21	31	1.98
15165448--15165491	3	14.7	3	80	0	52	63	4	4	27	1.33
15166214--15166265	9	5.3	9	80	11	50	80	3	5	9	0.99
15172009--15172062	25	2.2	25	83	6	65	40	18	11	29	1.85
15172042--15172128	25	3.5	25	90	0	138	39	22	12	25	1.90
15172023--15172128	50	2.1	50	84	3	133	37	21	13	27	1.91
15174390--15174455	33	2.0	33	90	0	105	24	15	22	37	1.92
15175781--15175819	20	2.0	20	85	10	53	28	10	5	56	1.54
15177155--15177250	49	2.0	49	85	4	131	42	11	20	25	1.85
15182646--15182867	90	2.5	87	82	8	259	35	21	8	34	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15183048--15183174	10	12.9	9	68	18	67	62	1	5	29	1.27
15183051--15183102	19	2.7	20	85	8	72	63	0	5	30	1.18
15183098--15183143	22	2.2	21	84	7	58	67	2	8	21	1.29
15183363--15183418	20	2.8	20	78	10	53	26	7	5	60	1.44
15183399--15183469	30	2.4	30	78	7	81	33	4	4	57	1.37
15183402--15183467	29	2.3	28	82	10	80	31	4	4	59	1.38
15183425--15183524	41	2.5	41	76	16	109	39	1	2	58	1.16
15184330--15184354	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
15185221--15185268	18	2.5	19	83	13	62	4	20	12	62	1.46
15189018--15189237	75	3.0	73	91	3	341	45	15	4	34	1.65
15189018--15189237	74	2.9	75	91	0	352	45	15	4	34	1.65
15190402--15190460	30	1.9	30	86	3	82	47	3	20	28	1.66
15192964--15193152	49	3.7	49	85	7	198	27	20	27	24	1.99
15193012--15193153	49	2.9	50	91	2	223	26	21	30	22	1.99
15195997--15196038	18	2.3	19	79	4	50	33	0	4	61	1.17
15195995--15196037	19	2.2	20	84	12	54	30	0	4	65	1.13
15196017--15196067	17	2.9	17	80	8	59	31	1	5	60	1.31
15199319--15199366	19	2.3	21	82	13	64	47	2	4	45	1.33
15208176--15208205	2	15.0	2	92	0	51	46	0	0	53	1.00
15209622--15209662	17	2.4	17	87	0	64	60	0	2	36	1.10
15212932--15212985	26	2.1	25	83	13	65	55	1	0	42	1.10
15212961--15213076	33	3.5	33	77	12	123	53	3	3	39	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15223708--15223772	32	2.0	32	100	0	130	32	18	12	36	1.88
15235772--15235816	6	7.5	6	97	0	81	2	0	28	68	1.01
15235772--15235824	18	2.9	18	91	0	70	1	1	28	67	1.11
15240732--15240779	23	2.1	22	84	3	60	52	8	2	37	1.44
15246762--15246787	7	3.7	7	100	0	52	42	0	0	57	0.98
15252051--15252075	11	2.3	11	100	0	50	8	8	0	84	0.79
15252833--15252891	29	2.0	30	83	3	75	49	16	6	27	1.71
15262679--15262715	17	2.2	18	90	9	60	8	13	2	75	1.13
15266461--15266509	19	2.4	20	76	13	55	51	2	2	44	1.24
15267520--15267546	14	1.9	14	100	0	54	44	3	0	51	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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