genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.100.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  100  of  199  ( 23844 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28255320--28255360	19	2.2	19	90	0	64	31	4	0	63	1.15
28255318--28255360	9	4.7	9	88	5	59	34	4	0	60	1.17
28255457--28255774	90	3.7	89	82	5	332	43	25	2	28	1.66
28255613--28255809	88	2.2	89	81	7	213	42	25	1	29	1.64
28255788--28255864	14	5.6	14	73	6	50	35	42	0	22	1.54
28256474--28256908	114	3.8	114	92	0	710	28	28	22	21	1.99
28261669--28261756	46	1.9	46	86	4	124	38	19	20	21	1.93
28261907--28261980	22	3.3	22	75	5	60	41	20	21	16	1.90
28261970--28262081	32	3.5	31	74	11	102	41	23	16	17	1.89
28262254--28262331	24	3.2	24	85	0	93	44	24	8	21	1.81
28262288--28262336	24	2.0	24	92	0	80	42	24	8	24	1.81
28262372--28262603	27	8.6	27	75	7	148	21	16	21	40	1.92
28262372--28262603	81	2.9	80	79	10	256	21	16	21	40	1.92
28262372--28262603	54	4.3	55	76	6	170	21	16	21	40	1.92
28262831--28262866	17	2.1	18	89	5	56	22	33	22	22	1.97
28267207--28267280	34	2.2	34	82	4	87	22	22	24	29	1.99
28268319--28268366	22	2.1	24	84	7	64	54	2	2	41	1.24
28274179--28274331	66	2.3	66	85	2	200	25	17	24	32	1.97
28276889--28276969	34	2.4	35	80	14	107	34	4	16	44	1.69
28281178--28281221	20	2.2	20	84	12	54	36	2	0	61	1.09
28285249--28285305	21	2.7	21	73	15	55	29	5	1	63	1.27
28285537--28285579	22	2.0	22	86	4	61	39	0	4	55	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28286056--28286095	16	2.5	16	87	0	53	42	5	2	50	1.37
28286069--28286130	22	2.7	23	85	5	81	46	0	1	51	1.10
28293255--28293299	17	2.6	18	78	3	56	17	6	2	73	1.15
28298983--28299027	6	8.0	6	78	14	51	77	0	22	0	0.76
28298984--28299029	16	2.8	17	83	6	67	76	0	23	0	0.79
28298982--28299027	17	2.9	15	78	15	56	78	0	21	0	0.76
28299291--28299509	108	2.0	106	85	3	296	25	17	8	48	1.75
28300417--28300511	45	2.1	45	80	7	104	27	15	26	30	1.96
28300485--28300765	89	3.2	89	89	1	395	27	21	24	26	1.99
28300980--28301719	130	5.7	130	89	1	1112	32	22	19	25	1.97
28300980--28301709	390	1.9	389	95	0	1309	32	22	19	25	1.97
28303922--28303961	21	1.9	21	84	0	53	25	22	12	40	1.89
28308666--28308723	29	2.0	29	83	6	73	50	12	5	32	1.62
28311206--28311377	40	4.3	40	85	2	204	25	27	22	25	2.00
28311206--28311430	80	2.8	79	80	7	231	25	27	21	25	2.00
28311362--28311439	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
28321017--28321321	91	3.4	91	91	4	501	47	3	3	45	1.37
28321411--28322066	38	16.5	39	65	21	120	43	2	5	48	1.41
28321328--28322097	120	6.4	120	97	0	1459	43	2	5	48	1.40
28321449--28321483	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
28321689--28321723	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
28321929--28321963	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28322049--28322083	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
28322240--28322335	44	2.1	46	92	3	160	36	30	4	29	1.76
28322317--28322354	16	2.4	16	90	0	58	26	36	2	34	1.71
28327424--28327463	21	1.9	21	85	10	55	45	22	15	17	1.85
28328045--28328186	65	2.2	65	83	3	171	40	21	16	21	1.91
28329356--28329437	25	3.3	25	81	6	103	35	17	20	26	1.95
28336611--28336657	20	2.3	20	85	0	58	63	4	17	14	1.45
28342051--28342139	44	2.0	44	97	0	169	52	19	13	14	1.74
28348348--28348466	30	3.8	31	68	15	93	47	5	5	41	1.49
28348350--28348489	64	2.2	64	97	1	264	51	5	4	39	1.43
28348611--28348661	24	2.1	25	92	3	86	19	5	5	68	1.31
28357380--28357517	39	3.5	39	93	0	231	44	22	4	28	1.71
28357427--28357488	17	3.4	17	69	26	54	46	24	1	27	1.62
28360676--28360716	20	2.0	20	90	0	64	24	9	9	56	1.62
28363736--28363772	18	2.1	18	94	0	65	51	10	16	21	1.74
28365116--28365143	13	2.2	13	100	0	56	39	0	21	39	1.54
28373163--28373229	16	3.9	16	72	14	62	49	1	20	28	1.58
28373166--28373239	36	2.1	36	97	0	139	51	2	20	25	1.60
28373435--28373512	24	3.3	23	75	10	61	57	2	0	39	1.12
28373452--28373505	22	2.5	21	76	11	56	57	3	0	38	1.17
28373522--28373562	18	2.3	19	79	12	50	56	2	0	41	1.13
28379400--28379608	92	2.3	91	84	5	251	44	4	4	45	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28379631--28380276	120	5.4	120	97	1	1181	44	2	4	48	1.38
28379745--28379779	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
28379865--28379899	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
28380105--28380139	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
28380225--28380259	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
28380495--28380563	16	4.2	16	92	3	120	36	37	1	24	1.65
28380495--28380563	33	2.1	32	94	2	120	36	37	1	24	1.65
28382998--28383040	18	2.4	18	81	11	54	25	0	4	69	1.07
28385039--28385280	120	2.0	119	97	0	457	47	7	27	18	1.74
28386344--28386481	34	4.0	33	72	13	102	42	0	14	43	1.45
28386419--28386481	34	1.9	33	93	6	110	38	0	14	47	1.44
28386413--28386486	34	2.3	31	84	13	105	41	0	12	45	1.41
28386591--28386617	12	2.2	12	100	0	54	55	7	14	22	1.64
28386677--28386733	25	2.3	23	78	18	62	50	5	0	43	1.24
28398719--28398762	12	3.8	11	79	8	52	61	2	4	31	1.28
28401298--28401552	108	2.3	109	81	3	282	36	12	13	37	1.82
28401345--28401552	109	1.9	108	86	1	290	35	12	13	37	1.83
28403427--28403763	51	6.6	51	87	1	426	37	23	10	28	1.88
28403427--28403771	153	2.3	153	86	1	476	37	22	11	28	1.89
28403672--28403753	27	3.2	26	70	16	71	39	23	10	26	1.88
28405455--28405483	15	1.9	15	100	0	58	20	24	34	20	1.97
28405483--28405602	41	2.9	41	83	1	159	31	20	25	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28406715--28407194	253	1.9	252	87	3	716	34	11	16	38	1.84
28410411--28410456	21	2.2	21	88	0	65	67	0	0	32	0.91
28431866--28431923	9	6.4	9	91	0	80	24	6	24	44	1.77
28441690--28441719	13	2.3	13	100	0	60	40	43	0	16	1.48
28441861--28441899	9	4.4	9	87	3	53	30	7	25	35	1.84
28453079--28453115	17	2.2	17	100	0	74	10	5	54	29	1.57
28461563--28461668	37	2.8	37	75	5	104	32	22	18	26	1.97
28465734--28465801	34	2.0	34	94	0	118	32	14	20	32	1.93
28466107--28466142	15	2.4	15	86	13	56	66	0	2	30	1.06
28466142--28466168	11	2.5	11	100	0	54	33	0	7	59	1.25
28466312--28466390	30	2.6	30	84	7	106	46	6	18	27	1.73
28466312--28466390	31	2.6	31	86	6	108	46	6	18	27	1.73
28476612--28476665	25	2.2	25	93	0	90	11	14	25	48	1.77
28476709--28476734	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
28478911--28479137	103	2.2	101	94	1	391	19	18	28	33	1.96
28479014--28479206	68	2.7	69	84	6	226	20	19	29	31	1.97
28483895--28483941	24	2.0	24	83	8	60	51	0	0	48	1.00
28496757--28496877	61	1.9	64	83	8	160	36	7	3	52	1.46
28500880--28500939	30	2.0	31	83	9	79	41	0	38	20	1.52
28501153--28501189	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
28501242--28501272	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
28503954--28504015	25	2.5	25	86	0	79	37	19	17	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28503970--28504143	25	7.0	25	72	6	120	40	19	13	25	1.89
28503963--28504149	50	3.7	50	76	8	157	40	19	13	27	1.89
28516949--28517143	25	7.9	25	67	17	95	36	20	13	29	1.91
28516974--28517143	49	3.4	49	83	4	218	37	18	12	31	1.88
28516911--28517144	25	9.5	26	65	15	70	36	20	12	29	1.90
28519115--28519159	16	2.8	16	80	9	56	33	15	13	37	1.86
28521011--28521043	17	1.9	17	88	11	50	66	12	0	21	1.23
28521158--28521187	7	4.3	7	100	0	60	46	0	0	53	1.00
28524914--28525004	24	3.7	25	71	14	82	52	3	7	36	1.46
28524914--28524992	25	3.3	24	74	6	81	51	3	7	36	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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