genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.96.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26979368--26979444	38	2.1	36	90	9	120	42	6	2	48	1.42
26979449--26979519	37	1.9	37	97	0	133	49	0	9	40	1.36
26979449--26979523	18	4.1	19	83	6	102	52	0	9	38	1.34
26979740--26979810	37	1.9	37	100	0	142	49	0	11	39	1.39
26979746--26979814	19	3.7	19	82	5	97	52	0	10	37	1.36
26980426--26980479	23	2.2	25	77	9	58	25	1	9	62	1.35
26980763--26980808	24	2.0	23	83	12	58	54	8	0	36	1.32
26981680--26981721	18	2.3	18	80	8	50	59	9	0	30	1.29
26981873--26981923	11	4.6	11	80	4	50	56	5	15	21	1.60
26981918--26981960	11	3.9	11	78	0	50	72	11	2	13	1.22
26984711--26984749	20	2.0	20	89	0	60	20	10	0	69	1.17
26987691--26987738	3	16.3	3	91	4	80	64	0	33	2	1.05
26990515--26990555	20	2.0	20	100	0	82	63	17	4	14	1.47
26992853--26992922	35	2.0	35	82	0	86	40	31	15	12	1.85
26994152--26994180	7	4.1	7	100	0	58	55	0	0	44	0.99
26995142--26995191	25	2.0	24	85	11	66	62	2	0	36	1.07
27009047--27009263	62	3.5	62	76	6	190	23	24	29	22	1.99
27010368--27010468	26	3.9	26	73	19	111	47	6	18	26	1.74
27026434--27026510	33	2.3	32	80	6	82	33	18	22	25	1.96
27031244--27031402	41	3.9	41	85	3	212	31	25	18	25	1.97
27031196--27031398	82	2.5	81	78	7	212	30	23	19	27	1.98
27031458--27031533	40	1.9	39	86	5	109	26	23	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27031463--27031577	39	2.9	38	80	5	113	21	20	18	39	1.93
27038045--27038082	20	1.9	20	89	10	60	50	10	13	26	1.73
27039008--27039078	14	5.0	15	79	8	69	53	11	11	23	1.69
27043135--27043199	28	2.3	27	84	5	76	36	21	21	20	1.95
27043605--27043667	27	2.3	26	86	10	83	19	15	20	44	1.87
27048610--27048841	56	4.1	56	97	0	437	46	9	22	22	1.80
27049970--27050154	40	4.6	39	83	5	196	24	22	27	24	2.00
27049970--27050154	79	2.3	81	84	7	227	24	22	27	24	2.00
27050023--27050187	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	24	1.99
27066013--27066212	27	7.4	26	80	6	184	17	19	20	42	1.89
27075845--27075887	22	2.0	22	90	9	70	37	6	11	44	1.68
27084739--27084931	50	3.8	50	84	0	251	26	22	30	20	1.98
27086909--27087098	3	63.7	3	68	17	60	24	5	2	66	1.26
27086908--27086998	7	12.4	7	71	17	69	25	5	1	68	1.18
27087236--27087273	20	1.9	20	88	0	58	26	2	2	68	1.16
27087240--27087273	17	2.0	17	88	0	50	26	2	2	67	1.19
27088610--27088692	11	7.4	11	77	18	66	16	2	7	73	1.16
27088610--27088692	6	14.8	5	80	15	60	16	2	7	73	1.16
27091147--27091342	50	3.8	50	82	4	203	26	19	29	24	1.99
27095889--27095952	10	6.3	10	77	13	51	28	1	0	70	0.97
27095858--27096051	41	4.7	41	90	4	286	36	2	0	60	1.10
27095949--27096051	10	9.9	11	73	23	82	41	1	0	56	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27095960--27096005	16	3.0	16	84	6	60	39	2	0	58	1.10
27095918--27096030	14	8.5	14	70	20	66	37	2	0	60	1.11
27095989--27096051	21	3.0	21	74	17	69	44	1	0	53	1.10
27095948--27096051	51	2.0	51	89	9	158	42	1	0	55	1.10
27096282--27096324	22	2.0	22	95	0	77	39	4	11	44	1.62
27098636--27098684	20	2.5	20	86	3	64	36	12	28	22	1.90
27104596--27105079	70	6.9	70	81	0	491	30	25	18	25	1.98
27104596--27105059	140	3.3	140	82	1	563	30	26	18	25	1.98
27108281--27108335	25	2.2	26	78	12	62	60	12	5	21	1.53
27114582--27114622	3	13.7	3	94	0	64	26	34	0	39	1.57
27117718--27117760	17	2.6	16	82	7	50	2	16	2	79	0.95
27123991--27124039	15	3.3	15	80	2	55	42	0	4	53	1.20
27123977--27124039	9	7.0	9	73	20	51	39	0	6	53	1.26
27124014--27124047	9	3.9	9	92	3	52	47	0	5	47	1.26
27124920--27124975	28	2.0	28	100	0	112	21	14	28	35	1.92
27127939--27127976	18	2.1	19	90	5	60	47	7	0	44	1.32
27131884--27131935	18	2.9	17	73	18	52	73	13	11	1	1.19
27141821--27141934	45	2.7	46	76	13	118	32	26	4	36	1.76
27141913--27141950	16	2.4	16	90	0	58	34	34	0	31	1.58
27142604--27142665	23	2.5	25	77	15	67	33	1	6	58	1.34
27144345--27144421	40	1.9	40	86	0	109	22	28	27	22	1.99
27144675--27145249	127	4.5	127	92	1	888	30	17	22	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27145977--27146014	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
27146980--27147079	11	9.4	11	67	17	50	43	2	30	25	1.66
27147015--27147083	22	3.0	23	81	10	79	42	1	31	24	1.64
27149298--27149333	18	2.0	18	94	0	63	38	0	13	47	1.44
27153076--27153111	18	2.0	18	100	0	72	50	11	5	33	1.61
27154074--27154172	12	8.6	12	71	21	54	42	2	2	53	1.23
27154070--27154203	68	1.9	72	85	8	188	41	2	2	52	1.32
27161386--27161503	43	2.8	44	80	6	127	38	22	14	23	1.91
27161400--27161537	43	3.2	43	79	8	154	34	23	16	25	1.95
27163550--27163595	21	2.2	21	100	0	92	50	23	8	17	1.74
27165770--27165819	22	2.3	21	80	12	57	44	32	0	24	1.54
27165856--27165899	21	2.1	21	100	0	88	45	22	4	27	1.72
27165895--27165934	14	2.9	14	80	0	53	45	30	0	25	1.54
27166318--27166421	40	2.6	40	90	0	154	27	23	20	28	1.99
27166458--27166556	40	2.5	40	80	5	110	27	19	19	34	1.95
27168908--27169174	68	3.9	68	85	0	345	23	22	16	37	1.93
27168908--27169174	136	2.0	136	87	0	381	23	22	16	37	1.93
27175400--27175438	14	2.9	14	85	7	55	71	0	0	28	0.86
27175388--27175460	27	2.7	26	74	8	65	61	1	0	36	1.05
27175677--27175733	19	2.9	20	82	7	64	68	0	3	28	1.06
27175677--27175733	20	2.9	20	84	7	64	68	0	3	28	1.06
27175788--27175826	16	2.5	16	83	4	53	41	0	5	53	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27175818--27175886	22	3.2	22	79	6	79	39	4	0	56	1.19
27175948--27175991	19	2.3	19	88	4	61	27	2	4	65	1.23
27175929--27175991	21	3.1	20	79	9	56	23	1	6	68	1.22
27176974--27177026	14	3.8	13	79	18	54	39	1	3	54	1.29
27178429--27178482	20	2.7	20	77	13	56	42	0	11	46	1.39
27178803--27178881	5	15.8	5	100	0	158	60	0	0	39	0.97
27184472--27184509	18	2.1	18	90	0	58	50	10	10	28	1.70
27186360--27186444	30	2.8	31	78	5	95	31	18	17	31	1.95
27189963--27190010	19	2.5	19	76	6	53	6	4	29	60	1.40
27192732--27193041	47	6.6	47	92	0	467	31	8	30	29	1.86
27195054--27195195	43	3.3	43	97	1	259	25	13	33	27	1.93
27195169--27195224	27	2.1	27	100	0	112	17	10	42	28	1.83
27195127--27195294	70	2.4	69	93	5	275	22	13	36	27	1.91
27195250--27195323	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
27195716--27195872	40	4.0	39	75	8	131	25	21	28	24	1.99
27198682--27198944	47	5.6	47	90	0	391	31	7	30	30	1.84
27201992--27202076	28	3.1	28	71	8	75	28	14	23	34	1.93
27202019--27202145	28	4.5	28	73	3	87	33	19	19	27	1.96
27206082--27206150	27	2.6	26	81	2	84	34	15	21	27	1.94
27206082--27206198	53	2.2	53	80	8	123	34	17	21	27	1.95
27206219--27206277	24	2.5	24	83	5	84	23	6	23	45	1.76
27206393--27206448	26	2.2	26	93	0	94	16	17	23	42	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27206393--27206459	26	2.6	26	87	0	89	16	17	25	40	1.90
27206473--27206566	32	2.9	32	77	3	100	23	21	19	36	1.95
27214091--27214139	23	2.1	23	100	0	98	46	4	0	48	1.20
27219187--27219222	18	2.0	18	89	10	56	22	19	5	52	1.66
27225075--27225408	27	12.4	26	86	5	380	42	20	17	18	1.89
27228537--27228617	4	20.2	4	72	14	51	18	3	4	72	1.17
27235319--27235362	20	2.2	20	84	8	54	34	27	13	25	1.93
27237604--27237773	43	3.7	43	68	15	124	34	25	17	23	1.96
27237603--27237788	97	1.9	97	87	0	273	34	25	16	24	1.95
27241460--27241556	46	2.1	46	96	0	176	34	31	8	25	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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