genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  76  of  199  ( 23844 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21573329--21573369	18	2.3	18	84	12	57	17	4	14	63	1.47
21576440--21576484	19	2.3	20	85	11	67	53	2	4	40	1.33
21577447--21577496	22	2.2	24	85	7	68	62	4	0	34	1.14
21588312--21588359	25	1.9	25	83	8	62	43	10	2	43	1.50
21590290--21590339	24	2.2	22	82	13	57	38	2	4	56	1.30
21591555--21592187	309	2.0	310	95	3	1151	43	15	17	24	1.87
21593663--21593731	3	23.0	3	87	0	93	31	2	2	62	1.25
21594047--21594076	14	2.1	14	100	0	60	13	20	6	60	1.55
21598327--21598356	13	2.3	13	100	0	60	40	43	0	16	1.48
21598412--21598451	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
21598397--21598463	34	1.9	35	87	3	100	32	8	11	46	1.72
21599117--21599202	9	9.4	9	85	7	84	24	10	23	41	1.85
21599139--21599202	18	3.6	18	91	2	94	25	10	21	42	1.85
21599125--21599202	27	2.8	26	84	5	93	24	10	21	43	1.83
21599804--21599936	63	2.0	67	84	12	175	12	11	18	57	1.65
21604683--21604721	11	3.4	11	83	13	51	38	0	5	56	1.22
21607918--21607976	13	4.1	14	76	20	52	71	5	1	22	1.15
21607921--21607963	16	2.6	16	92	3	68	69	4	2	23	1.18
21607921--21607969	16	2.9	17	84	9	64	69	4	2	24	1.17
21610058--21610112	27	1.9	30	85	10	80	18	9	0	72	1.10
21610073--21610118	12	3.9	12	78	13	51	17	8	0	73	1.07
21620206--21620230	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21621642--21621699	30	1.9	31	92	3	100	62	18	0	18	1.34
21623488--21623527	21	1.9	21	89	0	62	42	20	12	25	1.86
21624065--21624183	58	2.0	59	96	1	222	30	19	11	38	1.87
21626112--21626294	11	18.1	10	72	15	67	59	0	2	37	1.12
21626112--21626173	22	3.0	21	77	13	74	56	0	1	41	1.09
21626112--21626214	52	2.0	52	90	3	163	58	0	1	39	1.09
21626112--21626303	40	4.8	39	86	7	244	60	0	2	36	1.11
21626211--21626303	9	9.6	9	67	19	53	64	0	3	32	1.09
21633638--21633676	17	2.4	17	87	8	55	17	2	15	64	1.41
21637340--21637376	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
21642668--21642715	4	12.0	4	81	0	51	22	8	2	66	1.29
21642774--21642814	12	3.4	12	80	12	57	9	0	24	65	1.22
21659628--21659673	4	11.5	4	85	0	56	23	6	2	67	1.25
21671971--21672064	50	2.0	47	87	10	138	54	11	4	29	1.56
21686806--21686871	34	2.0	31	83	13	80	63	0	1	34	1.04
21697156--21697209	23	2.2	25	78	18	69	31	18	27	22	1.97
21697162--21697209	23	2.1	23	88	7	71	31	16	29	22	1.96
21697296--21697368	26	2.8	26	77	2	85	17	23	23	35	1.95
21704340--21704454	27	4.3	27	84	0	131	41	23	14	20	1.89
21704770--21704849	28	2.9	28	94	0	142	22	22	25	30	1.99
21715826--21715862	16	2.4	16	86	8	51	18	2	2	75	1.04
21717102--21717133	6	5.2	6	92	7	55	15	18	15	50	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21717102--21717133	13	2.6	12	95	5	55	15	18	15	50	1.79
21719943--21719990	25	1.9	25	91	0	78	35	8	18	37	1.81
21727065--21727106	9	4.6	9	80	14	50	57	0	0	42	0.99
21727065--21727098	17	1.9	18	88	5	52	55	0	0	44	0.99
21737617--21737714	25	4.0	24	71	15	74	23	25	19	31	1.98
21740540--21740581	16	2.5	17	80	11	50	61	19	7	11	1.52
21749126--21749176	20	2.6	19	82	11	59	29	0	3	66	1.09
21757022--21757071	3	16.7	3	82	0	55	36	0	6	58	1.23
21757204--21757238	18	1.9	18	88	0	52	34	0	0	65	0.93
21758150--21758174	11	2.3	11	100	0	50	68	0	16	16	1.22
21758754--21758812	22	2.7	22	89	0	82	47	10	15	27	1.77
21765825--21766115	50	5.8	50	90	0	429	20	30	23	25	1.99
21789453--21789502	13	3.2	16	75	18	61	52	0	0	48	1.00
21790433--21790490	29	2.0	29	86	6	82	55	12	5	27	1.58
21790647--21790723	28	2.9	25	78	16	75	48	2	0	49	1.15
21792586--21792718	41	3.3	40	85	7	189	60	0	1	37	1.06
21792621--21792701	11	7.5	11	77	13	71	59	0	1	39	1.05
21792586--21792718	40	3.3	41	86	7	193	60	0	1	37	1.06
21792685--21792729	16	2.7	17	79	6	56	60	0	0	40	0.97
21798544--21798573	3	10.0	3	100	0	60	33	0	33	33	1.58
21800727--21800786	31	2.0	29	87	6	84	33	13	10	43	1.77
21801012--21801050	16	2.5	16	88	12	55	46	0	10	43	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21802226--21802256	15	2.0	16	93	6	55	35	0	0	64	0.94
21815616--21815665	23	2.2	22	82	10	57	46	2	10	42	1.49
21815859--21815900	21	2.0	21	90	0	66	40	21	11	26	1.88
21818841--21818898	19	2.9	19	75	14	64	39	10	12	37	1.77
21821929--21822013	3	27.3	3	75	15	75	60	3	2	34	1.27
21821992--21822029	14	2.6	15	88	12	53	63	0	2	34	1.09
21824134--21824178	23	2.0	23	90	0	72	42	6	11	40	1.67
21824134--21824199	23	2.8	24	80	17	68	43	7	7	40	1.61
21824279--21824335	26	2.1	27	84	9	73	66	3	29	0	1.08
21825215--21825240	11	2.4	11	100	0	52	23	0	15	61	1.33
21827884--21827922	20	2.0	20	94	0	69	48	0	2	48	1.15
21828005--21828081	14	5.0	15	71	20	52	42	15	9	32	1.78
21828021--21828060	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
21828009--21828075	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
21828044--21828083	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
21828602--21828685	25	3.4	25	91	0	132	20	26	19	34	1.96
21834771--21834808	20	1.9	20	88	0	58	52	0	10	36	1.36
21835670--21835769	41	2.5	42	86	4	134	39	12	24	25	1.89
21852919--21852958	21	2.0	20	90	5	62	32	2	0	65	1.06
21853407--21853451	17	2.5	18	82	7	56	64	2	6	26	1.30
21855283--21855320	6	6.2	6	85	14	51	81	0	18	0	0.69
21855243--21855325	35	2.4	34	80	13	89	74	3	18	3	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21860375--21860410	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
21862347--21862419	5	14.6	5	73	18	55	76	1	2	19	0.98
21862339--21862401	12	5.0	12	80	16	65	73	0	3	23	0.98
21862340--21862418	17	4.8	16	77	16	72	77	1	2	18	0.96
21862332--21862413	26	3.3	26	83	14	102	74	1	3	20	1.04
21862343--21862418	12	6.0	12	70	10	53	77	1	2	18	0.95
21868742--21868777	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
21870135--21870176	15	2.8	15	92	0	66	52	0	47	0	1.00
21870138--21870183	15	3.1	15	90	0	65	50	0	50	0	1.00
21886736--21886770	17	1.9	19	88	11	56	51	0	20	28	1.47
21886862--21886925	28	2.4	28	82	15	89	34	6	18	40	1.76
21887564--21887654	35	2.6	35	87	5	121	35	16	23	25	1.95
21887760--21887789	6	4.8	6	95	4	51	70	0	0	30	0.88
21890463--21890558	41	2.5	37	76	18	113	42	2	16	38	1.60
21890931--21891182	136	1.9	136	91	0	414	30	22	19	26	1.98
21891963--21892020	20	3.0	20	92	7	95	55	0	0	44	0.99
21903862--21903889	14	2.0	14	100	0	56	42	21	28	7	1.79
21915208--21915232	12	2.1	12	100	0	50	8	8	8	76	1.18
21916307--21916355	17	2.9	18	73	11	50	57	0	2	40	1.10
21917529--21917585	22	2.7	21	75	22	57	49	1	22	26	1.60
21924878--21924912	14	2.6	14	95	4	63	54	5	0	40	1.24
21933362--21933403	7	5.9	7	84	15	59	83	0	0	16	0.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21933367--21933403	5	7.6	5	88	11	51	83	0	0	16	0.64
21938223--21938318	32	3.2	31	81	8	92	32	3	3	61	1.27
21938261--21938313	24	2.2	24	86	0	70	33	1	5	58	1.32
21945776--21945840	30	2.2	30	83	5	78	33	0	6	60	1.22
21948031--21948093	13	4.8	13	80	0	72	38	23	6	31	1.80
21964588--21964655	5	13.0	5	82	14	84	76	0	1	22	0.87
21970542--21970585	19	2.3	19	88	7	63	59	27	2	11	1.44
21977645--21977771	51	2.5	49	80	10	132	47	0	1	51	1.10
21979992--21980042	4	12.8	4	100	0	102	50	23	0	25	1.49
21980081--21980143	26	2.5	26	89	2	92	31	19	22	26	1.97

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