genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  60  of  199  ( 23844 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17302239--17302281	17	2.6	17	85	3	52	60	2	0	37	1.10
17309391--17309506	19	5.8	21	68	15	57	58	3	2	35	1.29
17320923--17320986	33	2.1	33	85	11	91	62	0	0	37	0.95
17321033--17321077	24	1.9	23	86	4	63	53	0	0	46	1.00
17339086--17339455	123	3.0	122	87	3	514	28	14	23	33	1.94
17342008--17342043	12	3.1	12	92	4	56	47	0	0	52	1.00
17342008--17342049	12	3.8	11	79	20	52	54	0	0	45	0.99
17342121--17342156	11	3.2	11	88	4	54	47	0	33	19	1.50
17345851--17345946	24	4.0	24	76	11	90	50	6	9	34	1.60
17345949--17345992	15	2.9	15	82	0	61	68	6	0	25	1.14
17345948--17345989	18	2.3	18	87	0	57	66	4	0	28	1.12
17347091--17347129	14	2.6	14	88	8	51	7	17	30	43	1.77
17356273--17356312	20	2.0	20	90	0	62	60	5	0	35	1.19
17364518--17364556	9	4.3	9	83	9	53	17	2	0	79	0.84
17365619--17365714	46	2.1	46	90	3	149	44	11	11	32	1.76
17367603--17367656	24	2.3	23	80	3	63	46	0	0	53	1.00
17367653--17367703	14	3.8	13	79	7	57	58	0	1	39	1.09
17370548--17370605	29	2.0	29	90	10	91	39	12	37	10	1.77
17388427--17388455	5	5.8	5	100	0	58	41	0	17	41	1.49
17388420--17388477	5	11.6	5	90	0	53	43	0	10	46	1.38
17388425--17388477	15	3.5	15	84	0	61	43	0	9	47	1.36
17389433--17389486	25	2.2	25	90	6	83	20	22	20	37	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17394407--17394485	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
17394660--17395127	47	9.9	47	96	0	801	28	29	8	32	1.88
17394603--17395127	141	3.7	141	92	1	807	27	29	9	32	1.88
17398122--17398278	41	3.8	41	87	0	206	31	29	22	17	1.96
17398383--17398522	47	2.9	47	77	2	145	37	16	9	37	1.81
17398553--17398665	47	2.4	47	83	0	136	39	16	7	36	1.76
17398347--17398665	155	2.1	157	93	1	545	38	16	7	37	1.78
17400465--17400620	85	1.8	85	100	0	312	30	26	8	34	1.87
17401594--17403348	438	4.0	438	90	0	2629	26	23	17	33	1.96
17406514--17406551	19	2.1	19	85	9	53	42	0	0	57	0.98
17406769--17406825	16	3.6	16	95	0	87	29	0	36	33	1.58
17407071--17407105	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
17407205--17407338	16	8.6	16	66	25	65	51	3	2	42	1.32
17406958--17407255	154	1.9	156	95	2	537	44	2	5	47	1.40
17407209--17407343	34	4.2	33	61	21	81	51	3	2	42	1.32
17407205--17407348	15	9.5	15	68	23	79	51	3	2	43	1.30
17406997--17407312	154	2.0	155	83	7	392	46	3	3	45	1.38
17407274--17407364	44	2.1	43	81	6	103	53	3	2	40	1.29
17407254--17407472	120	1.8	119	88	6	336	50	6	3	39	1.46
17407438--17407471	17	2.0	17	94	0	59	50	0	5	44	1.26
17407504--17407698	93	2.1	92	88	4	286	47	4	4	44	1.41
17409260--17409327	34	2.0	34	100	0	136	29	23	17	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17409470--17409626	78	2.0	78	86	0	215	26	17	24	31	1.97
17412248--17412769	259	2.0	259	100	0	1044	34	21	18	26	1.96
17423808--17423833	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
17432951--17433008	17	3.6	16	75	15	57	44	1	0	53	1.10
17439863--17439896	18	1.9	18	88	5	52	52	8	11	26	1.67
17449865--17450000	40	3.4	39	80	7	137	25	15	27	32	1.95
17450745--17450827	23	3.5	24	86	4	125	31	15	19	33	1.93
17456413--17456443	16	1.9	16	93	0	53	64	0	3	32	1.09
17460170--17460292	25	5.0	25	80	3	117	23	24	20	31	1.98
17463850--17463946	50	1.9	50	87	0	140	42	17	7	32	1.77
17464725--17464774	25	1.9	27	84	8	68	24	18	6	52	1.67
17467350--17467392	18	2.5	18	88	7	63	30	0	4	65	1.13
17467585--17467635	23	2.2	24	86	6	70	50	0	3	45	1.20
17467714--17467755	21	2.0	21	100	0	84	19	4	38	38	1.73
17473490--17473537	12	4.3	12	75	17	50	60	0	2	37	1.09
17473489--17473528	21	1.9	21	94	0	71	62	0	2	35	1.09
17473490--17473566	21	3.8	21	68	13	54	62	0	2	35	1.09
17473541--17473596	28	2.0	27	86	10	76	64	1	3	30	1.21
17474954--17475004	7	7.0	7	75	16	50	13	0	37	49	1.43
17475035--17475235	95	2.1	96	81	8	232	34	2	16	46	1.62
17475227--17475262	7	5.1	7	93	0	63	11	0	44	44	1.39
17475058--17475235	95	1.9	95	84	8	245	35	2	15	46	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17475288--17475581	125	2.3	126	90	1	448	31	19	20	28	1.97
17477597--17477647	7	7.3	7	81	0	66	19	0	33	47	1.50
17478317--17478407	28	2.9	33	71	15	102	51	6	10	30	1.62
17478291--17478426	61	2.5	50	70	23	130	50	8	8	33	1.61
17478287--17478407	61	2.0	61	88	0	179	52	6	9	31	1.58
17478658--17478716	21	2.8	22	80	14	63	8	15	42	33	1.77
17478958--17479000	18	2.4	18	92	0	68	44	11	27	16	1.82
17480838--17480924	11	8.2	10	87	8	111	44	0	27	27	1.54
17482635--17482679	22	2.0	23	86	4	65	31	0	4	64	1.13
17482627--17482678	14	3.9	14	72	7	54	32	0	1	65	1.04
17482787--17483439	86	7.6	86	89	1	896	45	9	12	32	1.74
17482787--17483439	174	3.8	173	88	2	927	45	9	12	32	1.74
17482787--17483439	260	2.5	259	88	2	970	45	9	12	32	1.74
17483547--17483587	21	1.9	21	90	5	64	65	7	0	26	1.18
17484305--17484348	9	4.9	9	100	0	88	56	11	0	31	1.35
17495360--17495513	83	1.9	83	88	0	236	41	14	7	37	1.73
17503831--17503911	23	3.3	23	69	21	65	69	2	24	3	1.17
17503839--17503937	51	1.9	51	93	0	171	65	3	27	4	1.25
17503848--17503928	24	3.2	24	71	21	67	67	2	27	2	1.15
17503862--17503937	23	3.1	23	70	17	71	64	2	28	3	1.25
17504711--17504759	25	2.0	25	100	0	98	36	16	18	28	1.92
17507572--17507602	16	1.9	16	93	0	53	41	9	0	48	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17507548--17507599	24	2.3	22	86	6	68	51	3	0	44	1.19
17512716--17512802	43	2.0	43	97	0	165	49	4	25	20	1.68
17515164--17515194	13	2.3	14	94	5	55	67	0	6	25	1.14
17515224--17515262	10	3.8	10	83	6	51	76	0	0	23	0.78
17515224--17515261	15	2.8	14	85	14	53	78	0	0	21	0.74
17515385--17515426	10	4.2	10	79	11	50	61	2	0	35	1.09
17515474--17515533	26	2.2	28	80	11	72	58	1	3	36	1.25
17516493--17516529	17	2.2	17	95	0	65	8	24	48	18	1.75
17518971--17519002	17	1.9	16	93	6	55	25	3	12	59	1.48
17523709--17523757	20	2.5	18	78	18	53	71	4	6	18	1.23
17524607--17524672	13	5.5	13	67	20	54	45	12	1	40	1.51
17524610--17524675	23	2.9	22	91	6	105	45	10	1	42	1.48
17529036--17529078	22	1.9	22	85	4	59	74	4	2	18	1.10
17529037--17529110	22	3.5	20	73	19	53	70	2	5	21	1.20
17536414--17536492	39	2.1	38	83	7	97	49	3	10	36	1.55
17545006--17545053	16	2.8	17	84	6	53	43	2	2	52	1.24
17544963--17545174	92	2.3	94	83	5	252	47	3	4	44	1.40
17545190--17545722	120	4.4	120	94	1	928	43	2	4	49	1.37
17545298--17545345	18	2.8	18	74	22	50	43	0	0	56	0.99
17545315--17545366	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
17545431--17545465	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
17545555--17545606	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17545671--17545705	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
17549357--17549486	65	2.0	66	93	1	226	32	10	20	36	1.87
17549727--17549760	16	2.1	16	89	10	52	44	0	5	50	1.26
17549738--17549882	47	3.1	47	72	16	158	44	2	3	49	1.30
17549724--17549850	44	2.8	43	73	15	123	46	2	3	47	1.34
17549947--17550449	120	4.2	118	97	1	889	44	2	5	48	1.38
17550278--17550312	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
17550411--17550452	15	2.7	16	82	14	52	50	0	2	47	1.14
17550597--17550687	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
17550668--17550743	17	4.6	17	95	3	120	35	36	0	27	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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