genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  73  of  199  ( 23844 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20563670--20563707	16	2.2	18	86	9	53	68	0	0	31	0.90
20563649--20563712	29	2.2	28	83	8	76	62	0	0	37	0.95
20563665--20563713	18	2.7	18	78	9	55	65	0	0	34	0.93
20563666--20563721	18	3.0	18	70	17	51	67	0	0	32	0.91
20573589--20573616	14	2.0	14	100	0	56	35	21	7	35	1.81
20585913--20586018	42	2.5	41	89	3	158	31	48	3	16	1.64
20588705--20588874	59	2.9	59	98	0	322	44	9	5	40	1.59
20588885--20588926	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
20588900--20588961	23	2.7	23	82	2	72	48	1	1	48	1.21
20589452--20589771	153	2.1	151	82	5	389	55	14	0	30	1.46
20589452--20589771	147	2.1	148	82	6	376	55	14	0	30	1.46
20601356--20601408	17	3.1	17	81	8	54	66	1	1	30	1.13
20601715--20601813	29	3.4	28	70	14	74	32	3	2	62	1.22
20601772--20601796	9	2.8	9	100	0	50	32	0	0	68	0.90
20612892--20613184	111	2.6	111	85	3	383	23	0	15	61	1.38
20613104--20613146	18	2.3	18	84	8	50	18	0	20	60	1.36
20613205--20613278	29	2.5	29	86	4	94	21	13	16	48	1.80
20613230--20613303	29	2.5	29	82	4	85	25	13	13	47	1.79
20613999--20614266	112	2.4	107	86	8	369	25	0	15	58	1.42
20614505--20614557	21	2.5	22	78	3	54	32	5	7	54	1.52
20618539--20618587	26	1.9	25	84	12	64	59	8	2	30	1.38
20618335--20618596	106	2.5	103	82	8	339	57	12	1	28	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20618688--20618724	16	2.2	18	85	9	51	8	24	0	67	1.17
20633463--20633487	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
20637360--20637402	23	2.0	22	86	9	61	46	16	2	34	1.60
20639232--20639262	11	2.8	11	95	0	53	29	3	48	19	1.64
20643315--20643407	18	5.2	18	93	0	150	30	17	24	27	1.97
20643953--20643983	11	2.8	11	95	0	53	29	3	48	19	1.64
20672835--20672891	28	2.0	28	100	0	114	42	14	21	22	1.88
20676443--20676484	21	2.0	21	100	0	84	28	9	23	38	1.86
20677966--20678037	2	36.0	2	97	0	135	50	48	0	1	1.09
20685083--20686480	705	2.0	705	98	0	2679	33	16	20	30	1.94
20686912--20686952	20	2.0	20	100	0	82	34	9	9	46	1.70
20689125--20689237	53	2.1	53	90	0	172	23	18	13	44	1.85
20699577--20699647	32	2.3	31	83	11	83	52	2	4	40	1.36
20704951--20705004	21	2.6	21	96	0	99	18	29	29	22	1.97
20708841--20708872	16	2.0	16	93	0	55	53	12	15	18	1.73
20709021--20709065	22	2.0	22	83	8	56	15	2	17	64	1.39
20717266--20717324	9	5.9	10	77	16	52	64	5	3	27	1.30
20718723--20718831	44	2.5	44	95	0	191	28	32	16	22	1.96
20719009--20719489	44	11.1	44	69	9	163	26	22	20	30	1.98
20719125--20719489	170	2.1	170	85	7	495	26	23	19	30	1.98
20719351--20719510	87	1.9	85	82	3	205	25	22	21	30	1.99
20731831--20731998	43	3.9	43	83	6	198	22	17	30	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20731831--20731998	86	2.0	86	86	4	241	22	17	30	29	1.96
20734079--20734135	21	2.7	20	75	8	60	28	8	1	61	1.36
20734167--20734196	15	2.0	15	93	0	51	20	10	0	70	1.16
20735568--20735614	24	2.0	23	84	12	60	31	12	4	51	1.59
20735852--20735895	22	1.9	24	90	9	74	25	20	0	54	1.45
20736493--20736572	5	16.6	5	76	21	73	56	0	0	43	0.99
20736669--20736713	23	2.0	23	82	8	56	28	22	0	48	1.50
20743349--20743395	23	2.1	23	84	7	62	29	2	10	57	1.44
20746307--20746341	18	2.0	18	88	5	54	34	11	5	48	1.63
20757812--20757889	31	2.6	29	82	9	93	65	3	1	29	1.18
20757812--20757885	10	7.2	11	73	10	59	67	4	1	27	1.16
20757815--20757925	21	5.5	21	75	8	88	62	3	2	31	1.26
20757957--20757989	10	3.2	11	87	12	52	66	0	6	27	1.15
20758272--20758298	8	3.4	8	100	0	54	59	0	0	40	0.98
20758405--20758450	20	2.2	21	85	11	60	41	4	0	54	1.20
20758944--20759020	4	19.2	4	97	0	136	24	2	25	46	1.65
20761994--20762025	17	1.9	17	93	6	57	53	0	15	31	1.43
20768472--20768504	15	2.2	15	94	0	57	27	15	15	42	1.86
20768589--20768648	16	3.8	16	78	10	61	35	16	11	36	1.85
20777254--20777296	22	1.9	22	81	13	52	53	6	9	30	1.59
20787423--20787529	25	4.3	25	80	11	121	27	23	17	31	1.97
20796005--20796042	18	2.1	18	100	0	76	39	26	23	10	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20804564--20804609	24	1.9	24	90	0	74	34	10	13	41	1.79
20806022--20806066	21	2.1	21	84	8	56	42	6	4	46	1.50
20806141--20806166	11	2.4	11	100	0	52	7	7	0	84	0.77
20806655--20806693	18	2.1	19	85	4	53	41	0	0	58	0.98
20807032--20807071	9	4.4	9	87	0	62	42	20	10	27	1.83
20807091--20807139	6	7.7	6	84	8	62	20	4	16	59	1.53
20807180--20807223	18	2.4	18	88	0	61	13	0	43	43	1.44
20831700--20831745	11	4.2	11	82	0	56	63	6	8	21	1.46
20854535--20854636	37	2.8	37	80	5	100	35	9	23	31	1.87
20854564--20854701	71	1.9	71	82	0	168	34	10	23	31	1.88
20855351--20855383	4	8.2	4	100	0	66	75	0	0	24	0.80
20857595--20857632	7	5.4	7	96	0	67	15	0	68	15	1.22
20860345--20860608	101	2.5	103	79	12	297	31	7	7	52	1.60
20869724--20869769	23	2.0	23	100	0	92	47	4	17	30	1.67
20873767--20873816	12	4.1	12	80	19	59	26	36	2	36	1.68
20875509--20875559	15	3.5	15	71	15	52	49	13	13	23	1.78
20878148--20878264	9	12.6	9	83	7	135	37	32	6	23	1.81
20878209--20878264	29	1.9	29	92	0	94	42	30	5	21	1.75
20878260--20878368	17	6.1	17	69	16	69	49	14	2	33	1.58
20878262--20878373	37	3.0	36	89	5	170	46	15	3	34	1.63
20878262--20878314	20	2.9	18	75	8	54	49	16	1	32	1.57
20881183--20881221	16	2.5	16	95	4	71	53	0	10	35	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20881439--20881486	25	1.9	25	95	0	87	33	6	25	35	1.81
20884145--20884259	32	3.6	32	82	5	144	36	10	11	41	1.75
20888783--20888821	18	2.2	18	86	9	53	61	0	0	38	0.96
20888783--20888824	19	2.2	19	86	0	57	61	0	0	38	0.96
20888818--20888843	11	2.4	11	100	0	52	76	7	0	15	0.99
20890598--20890689	45	2.0	47	93	4	161	34	20	11	32	1.89
20902234--20902268	5	7.2	5	93	6	63	80	0	0	20	0.72
20902237--20902267	14	2.2	14	100	0	62	80	0	0	19	0.71
20907752--20907801	23	2.2	23	81	0	55	36	12	16	36	1.85
20907919--20907951	17	2.0	16	94	5	57	45	0	0	54	0.99
20907964--20907999	18	1.9	18	88	5	54	52	0	0	47	1.00
20910208--20910261	17	3.2	17	82	7	65	42	1	0	55	1.10
20933497--20933532	5	7.2	5	100	0	72	80	0	0	19	0.71
20939038--20939087	23	2.2	23	81	0	55	36	12	16	36	1.85
20939210--20939280	9	8.2	9	69	9	58	46	2	0	50	1.16
20939254--20939289	18	1.9	18	88	5	54	52	0	0	47	1.00
20941587--20941630	17	2.6	16	82	13	52	38	2	0	59	1.10
20941587--20941641	18	3.1	18	77	15	60	43	1	0	54	1.10
20941587--20941642	9	6.3	9	76	10	53	42	1	0	55	1.10
20942627--20942681	21	2.7	21	83	5	60	29	5	0	65	1.15
20945828--20945914	43	2.0	43	100	0	174	32	16	11	40	1.84
20964031--20964066	19	1.9	18	88	5	54	72	2	8	16	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20964530--20964587	25	2.3	24	82	5	71	41	1	1	55	1.20
20964586--20964622	19	1.9	19	88	0	56	35	2	0	62	1.10
20967284--20967343	28	2.1	28	87	0	84	25	18	13	43	1.86
20969170--20969217	17	2.9	17	90	3	71	27	0	18	54	1.44
20970435--20970616	46	4.0	46	92	0	292	36	9	25	29	1.87
20972282--20972374	38	2.4	38	90	0	141	37	16	12	33	1.86
20972534--20972596	22	2.7	23	72	16	58	25	20	15	38	1.92
20974247--20974293	17	2.8	17	79	20	55	36	2	0	61	1.08
20974194--20974308	52	2.2	52	80	9	117	35	5	1	57	1.31
20974387--20974444	28	2.1	27	83	3	71	37	8	0	53	1.32

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