genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23118957--23119142	73	2.5	73	99	0	363	27	6	24	40	1.80
23121226--23121297	18	4.1	18	78	8	69	13	20	33	31	1.92
23121195--23121297	17	5.9	17	71	17	70	18	20	31	30	1.96
23121171--23121297	34	3.7	34	73	12	98	18	20	29	31	1.96
23134315--23134375	11	5.6	11	82	9	81	62	0	1	36	1.05
23134327--23134364	20	1.9	20	100	0	76	68	0	0	31	0.90
23134312--23134390	31	2.5	31	95	2	140	63	0	1	35	1.03
23136558--23136613	28	2.0	28	89	0	85	23	14	12	50	1.77
23138968--23139010	18	2.4	18	88	0	59	18	27	6	46	1.75
23139564--23139653	33	3.1	27	71	18	74	43	33	0	23	1.54
23139569--23139653	27	2.9	29	82	13	102	43	31	0	24	1.55
23139635--23139667	15	2.2	15	94	0	57	48	24	0	27	1.51
23139792--23139848	6	9.0	6	77	11	60	31	43	1	22	1.64
23139792--23139855	33	1.9	33	96	0	119	32	40	1	25	1.65
23139627--23139860	107	2.3	103	86	7	330	42	34	1	21	1.61
23139864--23139898	18	1.9	18	88	0	52	48	34	2	14	1.58
23139918--23140080	35	4.4	36	67	17	102	46	9	5	39	1.59
23139918--23139968	16	2.8	19	71	17	54	50	9	1	37	1.47
23139901--23140138	112	2.1	110	93	1	404	44	7	7	40	1.60
23140133--23140181	22	2.2	23	88	3	73	46	2	2	48	1.25
23140643--23140703	29	2.1	30	87	6	90	36	3	0	60	1.13
23140906--23140936	7	4.4	7	95	0	53	48	29	0	22	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23140899--23140936	14	2.6	14	87	4	58	47	31	0	21	1.51
23143118--23143222	44	2.4	44	85	6	135	33	5	11	49	1.62
23144546--23144593	24	2.0	24	87	0	69	33	14	25	27	1.94
23145029--23145061	9	3.6	9	95	4	57	33	12	12	42	1.79
23147206--23147287	39	2.1	40	86	2	112	18	23	28	30	1.97
23147592--23147650	18	3.2	18	79	13	59	33	0	0	66	0.92
23148575--23148612	7	5.4	7	96	0	67	26	2	13	57	1.49
23150835--23150946	25	4.5	24	76	5	107	24	20	23	32	1.98
23150834--23150931	50	2.0	50	87	4	144	23	22	20	33	1.97
23163882--23163917	3	12.0	3	93	0	63	69	0	30	0	0.89
23166501--23166739	101	2.4	101	93	0	406	24	17	26	30	1.97
23166493--23166766	51	5.4	52	72	8	235	24	16	27	31	1.97
23166801--23167008	43	4.9	43	81	7	264	23	16	25	34	1.96
23166797--23167008	85	2.5	85	95	0	372	23	17	25	33	1.96
23174714--23174757	23	1.9	23	95	0	79	25	4	25	45	1.72
23179409--23179439	16	1.9	16	93	0	53	25	35	6	32	1.82
23179459--23179529	32	2.2	32	85	5	90	32	12	40	14	1.83
23179578--23179681	16	6.5	16	76	2	75	29	15	42	12	1.84
23179577--23179685	32	3.4	32	81	5	130	30	15	42	11	1.83
23179476--23179694	48	4.5	48	69	13	122	31	13	39	15	1.85
23179684--23179719	16	2.2	16	90	0	54	30	13	38	16	1.88
23179671--23179728	18	3.3	18	74	13	59	27	17	41	13	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23181061--23181119	23	2.5	23	81	8	57	69	0	6	23	1.12
23181107--23181219	18	6.3	16	71	20	66	57	0	4	37	1.25
23181119--23181237	54	2.3	52	81	10	127	55	0	5	38	1.28
23181165--23181220	20	2.8	20	78	5	60	55	0	3	41	1.17
23181546--23181704	20	8.2	19	67	16	67	36	3	2	57	1.28
23181547--23181718	21	9.1	19	66	19	67	37	2	2	57	1.26
23181650--23181680	16	1.9	16	93	0	53	29	0	0	70	0.87
23181655--23181713	18	3.2	17	79	13	64	30	1	0	67	1.00
23183224--23183274	26	2.0	26	84	3	68	68	1	3	25	1.17
23188461--23188536	20	3.8	20	70	1	64	19	25	19	35	1.95
23188357--23188525	80	2.1	80	83	0	203	20	27	18	34	1.95
23188357--23188527	40	4.3	40	81	3	182	20	26	18	33	1.96
23188582--23188660	20	4.0	20	76	3	79	12	27	17	41	1.86
23200076--23200113	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
23200114--23200297	72	2.6	72	99	0	359	27	6	23	41	1.79
23204517--23204557	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
23204558--23204741	72	2.6	72	99	0	359	27	6	23	41	1.79
23218442--23218511	26	2.7	26	80	8	88	37	10	18	34	1.84
23222432--23222468	17	2.2	17	100	0	74	51	0	37	10	1.37
23222693--23222984	50	5.9	50	85	2	338	27	21	29	21	1.99
23223192--23223222	16	1.9	16	93	0	53	51	6	22	19	1.69
23223193--23223238	20	2.3	20	84	0	65	56	2	23	17	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23229396--23229588	50	3.9	50	82	0	206	26	21	30	21	1.98
23229397--23229588	100	1.9	100	82	0	240	26	21	30	21	1.98
23229841--23229871	16	1.9	16	93	0	53	51	6	22	19	1.69
23229842--23229887	20	2.3	20	84	0	65	56	2	23	17	1.52
23230505--23230556	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
23232475--23232526	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
23236094--23236164	24	3.0	24	87	0	88	15	36	5	42	1.71
23243419--23243451	17	2.0	17	88	5	50	36	3	3	57	1.29
23243613--23243694	31	2.7	30	80	17	98	50	10	0	39	1.38
23254186--23254228	22	1.9	23	81	13	54	62	13	6	16	1.51
23269727--23269785	29	2.0	30	90	3	93	54	11	1	32	1.47
23269731--23269807	31	2.6	29	81	6	82	50	12	1	35	1.49
23270337--23270690	126	2.8	126	96	0	636	28	17	21	32	1.96
23273720--23273959	116	2.1	116	95	0	426	43	9	8	38	1.68
23273994--23274047	21	2.5	22	90	3	92	25	0	33	40	1.56
23274033--23274229	29	7.2	28	73	19	168	27	0	27	44	1.59
23274116--23274159	21	2.0	22	91	4	72	27	0	25	47	1.52
23274198--23274285	42	2.2	40	80	13	94	26	0	28	45	1.54
23274263--23274291	15	2.0	15	93	6	51	13	0	41	44	1.44
23274230--23274574	134	2.5	133	88	6	453	27	0	26	45	1.54
23274336--23274395	21	2.9	21	85	14	88	28	0	25	46	1.53
23274379--23274449	29	2.4	29	97	0	133	28	0	25	46	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23274240--23274409	23	7.3	23	67	25	101	25	0	28	45	1.54
23274317--23274583	134	2.0	134	97	1	500	28	0	25	46	1.53
23274470--23274525	21	2.6	22	85	5	87	26	0	23	50	1.50
23274449--23274626	29	7.3	23	72	25	97	28	0	25	46	1.53
23274513--23274601	29	3.1	29	93	0	160	29	0	24	46	1.53
23274623--23274760	25	5.7	25	76	13	146	41	13	0	44	1.49
23274633--23274814	45	4.0	45	74	14	156	45	13	0	41	1.47
23275237--23275271	18	1.9	18	94	0	61	34	8	31	25	1.86
23275923--23275948	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
23277123--23277171	22	2.2	22	100	0	98	38	0	32	28	1.57
23277139--23277195	11	5.1	11	74	18	55	43	0	33	22	1.54
23278980--23279023	21	2.1	21	87	8	63	36	20	9	34	1.84
23281161--23281272	44	2.6	44	91	1	181	30	23	15	31	1.95
23281344--23281376	17	1.9	17	88	11	50	45	21	0	33	1.52
23290953--23291010	29	2.0	30	86	10	84	65	1	5	27	1.23
23302698--23302744	17	2.9	16	81	12	51	78	2	2	17	0.94
23304087--23304135	24	2.0	24	88	0	71	32	24	6	36	1.80
23315593--23315642	17	2.9	17	84	3	55	78	2	4	16	1.00
23328038--23328062	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
23329855--23329972	41	2.9	41	94	0	209	28	21	29	20	1.98
23329941--23329990	25	2.0	25	92	0	82	30	18	30	22	1.97
23329900--23330025	66	1.9	66	80	3	146	32	17	26	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23333267--23333292	13	2.0	13	100	0	52	23	7	46	23	1.78
23362964--23363148	44	4.2	44	63	13	110	30	21	22	25	1.99
23363096--23363544	44	10.2	44	64	13	154	30	19	24	26	1.98
23362720--23363661	132	7.1	132	91	0	1456	30	19	24	25	1.98
23362720--23363809	264	4.1	263	87	3	1408	30	19	23	25	1.98
23362720--23363809	396	2.8	395	86	3	1455	30	19	23	25	1.98
23365727--23365921	98	2.0	98	94	0	345	27	10	25	36	1.88
23370053--23370088	16	2.3	15	90	4	54	77	8	0	13	0.98
23372317--23372583	133	2.0	133	99	0	525	34	10	11	43	1.77
23381163--23381213	24	2.1	24	92	0	84	47	7	5	39	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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