genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  77  of  199  ( 23844 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21987338--21987375	20	2.0	19	90	10	60	50	0	2	47	1.15
21987493--21987543	23	2.3	22	80	12	59	41	1	1	54	1.22
21987952--21987997	19	2.4	19	88	0	65	50	0	8	41	1.33
21988849--21988886	12	3.2	12	82	14	51	50	2	5	42	1.39
21989089--21989343	43	6.0	42	88	2	314	22	27	20	29	1.99
21989089--21989342	85	3.0	84	90	2	364	22	27	20	29	1.99
21989089--21989340	128	2.0	128	88	1	371	23	26	20	29	1.99
21989089--21989356	86	3.1	85	89	3	376	23	27	19	28	1.99
21989864--21989925	25	2.4	26	89	2	90	40	1	14	43	1.55
21989864--21989935	17	4.2	17	72	13	58	40	1	13	44	1.53
21990028--21990087	17	3.5	17	75	8	59	36	1	16	45	1.58
21990031--21990114	34	2.3	36	86	8	109	34	1	16	47	1.55
21990055--21990213	46	3.3	46	70	17	140	33	1	17	47	1.56
21990031--21990087	9	6.8	8	76	7	51	33	1	17	47	1.58
21990061--21990116	17	3.1	17	74	18	58	37	0	14	48	1.44
21990826--21990872	21	2.2	21	84	0	58	46	0	12	40	1.42
21992567--21992626	31	1.9	31	96	0	111	33	23	15	28	1.94
21994259--21994468	101	2.0	105	88	5	311	26	12	12	48	1.78
21994366--21994589	116	1.9	114	89	6	344	25	13	12	48	1.77
21994474--21994834	138	2.6	138	91	5	577	26	16	12	44	1.83
21994982--21995030	23	2.2	22	85	10	64	40	44	0	14	1.45
21995267--21995310	23	2.0	23	90	4	72	34	36	0	29	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21995595--21995965	114	3.3	114	90	2	577	25	26	22	25	2.00
22001265--22001573	159	2.0	156	80	5	345	27	19	14	39	1.90
22004456--22004527	27	2.7	26	81	14	92	27	23	15	33	1.95
22007718--22007780	30	2.1	30	82	5	74	22	7	9	60	1.54
22008185--22008218	15	2.3	15	89	0	50	32	29	17	20	1.96
22012621--22012669	23	2.1	23	85	14	66	59	6	8	26	1.50
22015846--22015926	25	3.2	25	70	13	76	37	25	13	23	1.92
22020667--22020697	16	1.9	16	93	0	53	32	25	16	25	1.96
22033650--22033758	50	2.2	49	85	4	148	30	22	23	23	1.99
22033656--22033752	25	3.9	24	79	11	106	29	21	24	23	1.99
22036984--22037021	20	1.9	19	94	5	67	28	28	5	36	1.79
22045869--22045898	15	2.0	15	100	0	60	53	6	20	20	1.67
22046910--22046975	26	2.6	26	83	7	73	15	25	22	36	1.93
22051768--22051810	19	2.3	18	84	11	52	44	13	4	37	1.65
22061673--22061770	49	2.0	49	93	0	169	40	11	12	35	1.78
22064055--22064092	12	3.2	12	88	0	58	7	15	42	34	1.76
22068035--22068079	15	2.9	15	84	12	56	75	0	2	22	0.91
22071871--22071910	20	2.0	20	85	0	53	40	2	15	42	1.60
22072977--22073009	14	2.3	15	89	5	50	66	0	12	21	1.23
22077881--22077925	8	5.1	8	80	19	54	40	0	2	57	1.11
22077881--22077919	20	2.0	20	94	0	69	41	0	2	56	1.13
22086403--22086460	27	2.1	27	84	6	73	13	41	0	44	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22086405--22086448	21	2.1	21	87	8	63	13	36	0	50	1.42
22092990--22093090	18	5.6	18	77	3	87	27	16	18	36	1.93
22092976--22093090	38	3.1	37	77	9	126	27	16	19	36	1.93
22092982--22093091	36	2.9	37	79	5	132	28	17	18	36	1.93
22094096--22094132	18	2.0	19	89	5	58	16	24	0	59	1.37
22099427--22099496	22	3.2	22	77	0	68	11	7	18	62	1.50
22099427--22099499	11	6.6	11	75	0	56	12	6	17	63	1.50
22099451--22099526	36	2.2	33	81	6	80	17	6	14	61	1.53
22103217--22103248	12	2.7	12	95	0	55	71	0	9	18	1.12
22103908--22103960	3	17.7	3	77	14	56	62	1	1	33	1.17
22103908--22103938	16	1.9	16	93	0	53	64	0	3	32	1.09
22105296--22105628	43	7.8	41	70	12	134	27	22	21	29	1.99
22105330--22105633	87	3.5	87	72	5	301	26	21	20	30	1.98
22105744--22106221	85	5.6	85	92	2	640	25	20	21	32	1.98
22105999--22106132	41	3.2	41	64	15	112	23	14	25	35	1.94
22105792--22106415	85	7.3	84	88	4	648	25	22	21	31	1.98
22106169--22106487	88	3.7	87	85	2	392	25	23	22	28	1.99
22106169--22106487	176	1.8	174	87	5	473	25	23	22	28	1.99
22110815--22110863	19	2.5	20	80	6	57	42	12	18	26	1.85
22112725--22112756	12	2.7	12	95	0	55	71	0	9	18	1.12
22113417--22113469	3	17.7	3	77	14	56	62	1	1	33	1.17
22113417--22113447	16	1.9	16	93	0	53	64	0	3	32	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22121754--22121784	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
22130441--22130473	15	2.2	15	94	0	57	66	0	0	33	0.92
22130552--22130585	14	2.3	15	90	5	52	47	11	5	35	1.65
22134629--22134668	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
22134637--22134703	34	1.9	35	84	3	91	32	10	11	44	1.75
22134652--22134691	20	2.0	20	85	0	53	27	12	12	47	1.77
22136049--22136118	27	2.6	27	80	8	79	51	20	2	25	1.61
22137725--22137859	40	3.1	40	75	22	144	41	8	11	38	1.72
22145191--22145414	49	4.6	48	82	4	234	26	32	15	25	1.95
22145191--22145414	98	2.3	98	81	6	258	26	32	15	25	1.95
22147878--22147910	15	2.2	15	89	10	50	81	0	9	9	0.87
22149062--22149285	76	2.9	75	84	3	279	24	20	22	32	1.98
22149218--22149363	36	3.9	36	74	8	114	24	20	23	31	1.98
22155467--22155620	26	5.9	26	81	6	159	24	13	25	35	1.93
22155441--22155622	52	3.5	52	84	4	206	23	12	26	36	1.91
22159781--22159817	18	2.1	18	90	10	58	40	2	24	32	1.69
22166592--22166642	25	2.0	25	92	0	84	27	15	23	33	1.95
22171273--22171299	10	2.7	10	100	0	54	44	0	0	55	0.99
22171288--22171320	16	2.0	17	94	5	59	42	6	0	51	1.26
22188889--22188918	15	1.9	16	93	6	53	53	6	0	40	1.27
22189446--22189483	20	1.9	20	88	0	58	28	2	5	63	1.30
22190112--22190151	20	1.9	22	90	10	66	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22190253--22190338	39	2.2	39	85	4	111	38	2	8	51	1.45
22192079--22192128	26	1.9	26	91	0	82	28	10	20	42	1.84
22193195--22193241	3	16.0	3	82	12	62	65	0	2	31	1.04
22193248--22193288	16	2.6	16	85	11	57	73	9	17	0	1.09
22194246--22194334	25	3.5	26	69	18	71	20	23	22	33	1.97
22194290--22194396	24	4.4	23	77	14	83	15	27	24	32	1.96
22194315--22194433	24	4.9	25	77	7	111	16	28	22	31	1.96
22196037--22196113	27	2.9	27	90	0	109	27	22	41	9	1.83
22196159--22196236	18	4.5	17	78	15	72	66	0	33	0	0.92
22196161--22196232	10	6.6	10	73	17	54	68	0	31	0	0.90
22196161--22196237	24	3.3	23	72	13	68	68	0	31	0	0.90
22196164--22196237	14	5.1	13	71	25	51	68	0	31	0	0.89
22196179--22196267	38	2.5	35	87	7	117	64	1	33	1	1.09
22196181--22196240	10	6.2	10	74	14	54	66	0	33	0	0.92
22196164--22196240	34	2.6	28	74	25	79	67	0	32	0	0.91
22197390--22197426	17	2.2	17	100	0	74	45	8	16	29	1.76
22198773--22198842	29	2.5	29	90	9	110	50	0	10	40	1.36
22198885--22198920	18	2.0	18	88	0	54	69	5	0	25	1.10
22199591--22199706	35	3.3	34	80	17	105	0	31	0	68	0.96
22199585--22199703	38	3.0	39	75	15	102	1	31	0	66	1.02
22199656--22199732	28	2.5	31	74	17	81	1	33	0	64	1.01
22199863--22199903	17	2.4	17	95	0	73	2	4	7	85	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22201999--22202047	21	2.3	22	78	3	55	32	2	6	59	1.34
22206307--22206347	21	2.0	21	95	0	73	24	24	29	21	1.99
22208573--22208614	13	3.4	13	74	12	52	38	4	2	54	1.34
22216299--22216356	15	3.9	15	72	0	53	39	34	15	10	1.81
22219590--22219616	4	6.8	4	100	0	54	25	0	48	25	1.52
22221130--22221160	14	2.2	14	94	0	53	25	0	29	45	1.54
22229774--22229864	44	2.1	44	100	0	182	21	18	30	28	1.97
22230154--22230240	27	3.2	27	91	3	131	42	22	16	18	1.89
22230164--22230297	71	1.9	72	87	1	198	41	21	17	20	1.91
22230237--22230314	27	2.9	27	84	1	104	42	15	17	24	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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