genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.23.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  23  of  199  ( 23844 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7446625--7446663	20	2.0	20	85	5	53	48	0	0	51	1.00
7447622--7447650	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
7454473--7454514	9	4.9	9	85	8	52	59	0	0	40	0.97
7454474--7454514	17	2.4	16	84	11	55	60	0	0	39	0.96
7455388--7455418	16	1.9	16	93	0	53	74	0	19	6	1.03
7459515--7459692	92	1.9	92	83	2	232	32	24	14	28	1.95
7459515--7459692	46	3.9	46	79	2	196	32	24	14	28	1.95
7460068--7460109	18	2.2	20	83	8	52	30	9	0	59	1.29
7470109--7470137	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
7487793--7487848	25	2.2	25	96	0	103	42	10	26	19	1.84
7489763--7489822	29	2.0	32	83	9	81	18	26	6	48	1.72
7490864--7490915	19	2.8	18	85	5	68	71	0	5	23	1.07
7506581--7506620	20	1.9	22	85	10	57	62	7	2	27	1.35
7506714--7506769	17	3.3	17	73	9	51	50	3	7	39	1.47
7506711--7506775	34	2.0	34	87	6	98	50	3	6	40	1.43
7507030--7507091	31	2.0	31	90	0	97	32	16	4	46	1.68
7510062--7510152	44	2.1	44	85	0	119	45	12	14	28	1.80
7510391--7510587	102	1.9	102	97	0	376	25	24	16	33	1.96
7513755--7513823	21	3.2	21	68	12	50	59	4	1	34	1.26
7519259--7519893	314	2.0	314	99	0	1261	39	15	12	32	1.85
7524104--7524180	14	5.0	15	71	20	52	42	14	9	33	1.77
7524120--7524159	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7524108--7524174	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
7524913--7524952	21	1.9	21	84	0	53	32	2	20	45	1.64
7527292--7527328	9	4.1	9	85	0	56	45	10	10	32	1.74
7527543--7527602	30	2.0	31	86	3	86	20	40	0	40	1.52
7529894--7529926	11	3.0	11	95	0	57	0	15	0	84	0.61
7529894--7529926	6	5.8	6	86	13	52	0	15	0	84	0.61
7529894--7529926	17	1.9	17	93	0	57	0	15	0	84	0.61
7530355--7530496	77	1.9	75	85	5	196	58	18	7	16	1.60
7532676--7532711	15	2.4	16	86	13	51	72	0	0	27	0.85
7540694--7540926	111	2.1	111	98	0	448	28	18	11	42	1.84
7541442--7541471	14	2.1	14	100	0	60	23	0	6	70	1.11
7545929--7546013	30	2.7	31	85	5	109	38	2	3	55	1.30
7545960--7546029	30	2.4	31	83	7	83	37	1	8	52	1.41
7546565--7546605	5	7.6	5	84	15	55	41	53	0	4	1.22
7546542--7546607	28	2.3	29	84	5	89	40	46	1	10	1.47
7546572--7546606	18	1.9	18	100	0	70	40	51	0	8	1.33
7546709--7546739	9	3.4	9	90	0	53	25	9	22	41	1.84
7548358--7548385	13	2.2	13	100	0	56	42	0	7	50	1.30
7551327--7551432	47	2.3	47	81	4	126	33	7	16	43	1.76
7553632--7553675	9	4.9	9	82	0	52	75	6	0	18	1.02
7553632--7553675	18	2.4	18	92	0	70	75	6	0	18	1.02
7557021--7557057	9	4.0	9	96	3	65	86	0	0	13	0.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7557024--7557075	17	3.0	17	82	2	59	78	0	0	21	0.74
7564624--7564667	19	2.3	19	84	7	63	31	0	2	65	1.05
7566414--7566742	110	3.0	111	90	2	518	32	19	16	31	1.94
7568037--7568075	21	1.9	21	84	5	53	69	10	7	12	1.37
7568813--7568845	15	2.1	16	88	5	50	78	3	3	15	0.99
7570268--7570319	16	3.3	16	81	7	54	11	1	9	76	1.09
7570504--7570533	6	5.0	6	100	0	60	83	0	0	16	0.65
7573553--7573624	36	2.0	36	88	0	108	26	23	20	29	1.99
7574892--7574921	15	1.9	16	93	6	53	33	3	0	63	1.11
7578370--7578460	43	2.1	43	85	2	121	34	12	9	43	1.75
7582925--7582961	18	2.0	18	89	5	56	62	0	8	29	1.24
7588053--7588099	18	2.6	18	80	6	51	51	2	0	46	1.13
7588365--7588402	20	1.9	20	94	0	67	36	5	7	50	1.54
7590403--7590496	17	5.6	17	67	26	58	61	0	1	37	1.03
7590431--7590472	15	2.6	16	78	10	50	61	0	0	38	0.96
7590403--7590496	40	2.2	43	75	14	97	61	0	1	37	1.03
7593057--7593081	4	6.2	4	100	0	50	52	0	0	48	1.00
7600206--7600248	23	1.9	22	81	13	52	41	0	0	58	0.98
7612121--7612179	23	2.6	23	75	17	61	37	18	23	20	1.94
7612682--7612790	54	2.0	54	100	0	218	40	20	11	28	1.86
7613225--7613258	17	2.0	17	100	0	68	23	23	5	47	1.73
7619219--7619251	16	2.0	17	94	5	59	12	0	39	48	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7626337--7626386	24	2.0	26	81	14	61	24	16	18	42	1.89
7630472--7630504	3	11.0	3	93	0	57	63	0	3	33	1.10
7633857--7633905	23	2.1	23	92	0	80	40	8	14	36	1.75
7633983--7634014	9	3.6	9	91	0	55	75	9	3	12	1.16
7638334--7638382	23	2.1	23	96	0	89	38	10	14	36	1.80
7638460--7638491	9	3.6	9	100	0	64	78	9	0	12	0.97
7640109--7640149	18	2.3	18	86	0	55	63	7	2	26	1.33
7640164--7640222	31	1.9	31	86	6	84	59	3	1	35	1.24
7644644--7644724	21	3.7	21	80	16	94	28	3	4	62	1.33
7644788--7644818	9	3.4	9	100	0	62	29	9	0	61	1.28
7644772--7644827	18	3.0	18	78	5	67	28	7	0	64	1.20
7646256--7646388	30	4.4	29	88	1	167	27	47	3	21	1.68
7646271--7646323	18	3.3	18	65	29	55	24	49	3	22	1.66
7646942--7647098	25	6.1	25	70	12	77	31	7	3	57	1.43
7647019--7647109	23	3.9	24	75	11	73	32	6	5	54	1.49
7647237--7647270	15	2.3	14	90	10	50	29	0	5	64	1.17
7647237--7647270	8	4.5	8	96	3	54	29	0	5	64	1.17
7647237--7647277	16	2.6	15	88	7	55	29	0	4	65	1.13
7648892--7648922	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
7651373--7651425	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
7657881--7657921	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
7669582--7669620	20	1.9	21	89	5	62	28	5	12	53	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7678339--7678392	24	2.2	24	86	0	72	35	5	9	50	1.58
7679416--7679464	19	2.6	19	96	0	89	38	10	36	14	1.80
7682297--7682425	50	2.6	49	75	11	127	29	21	27	21	1.99
7688625--7688663	21	1.9	21	89	5	62	33	15	30	20	1.94
7689708--7689750	18	2.4	18	88	0	59	41	44	2	11	1.53
7689863--7689938	9	8.4	9	86	5	109	25	7	22	44	1.79
7689863--7689948	27	3.2	27	83	6	120	26	6	20	45	1.77
7701022--7701229	91	2.3	91	88	4	294	45	4	3	46	1.41
7701370--7701421	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
7701498--7701539	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
7701489--7701530	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
7701245--7701541	120	2.5	120	92	3	483	42	3	4	50	1.39
7701667--7701771	44	2.5	40	76	15	113	31	29	4	34	1.78
7701665--7701774	45	2.6	44	81	8	131	31	29	5	33	1.80
7727067--7727091	13	1.9	13	100	0	50	80	4	0	16	0.87
7730401--7730517	59	1.9	61	81	8	141	39	9	10	41	1.71
7730752--7730879	49	2.6	51	79	9	138	35	4	21	38	1.74
7738963--7739040	31	2.7	29	76	23	83	24	1	6	67	1.21
7740571--7740611	22	2.0	20	85	9	55	48	0	4	46	1.23
7751497--7751579	25	3.5	24	82	9	91	40	8	18	32	1.80
7757326--7757355	11	2.9	10	90	9	51	0	23	0	76	0.78
7760731--7760761	3	10.3	3	100	0	62	35	32	0	32	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7783985--7784088	52	2.0	52	94	3	183	27	11	25	34	1.91
7789440--7789469	15	2.0	15	100	0	60	20	6	26	46	1.75
7790609--7790659	26	1.9	27	84	11	70	33	1	3	60	1.26
7796404--7796460	25	2.3	25	85	11	73	56	3	7	33	1.43
7800596--7800656	27	2.2	27	97	2	113	36	21	18	24	1.95
7806900--7806961	23	2.9	22	71	17	58	32	6	4	56	1.46
7808929--7808978	16	3.1	16	75	16	50	42	2	0	56	1.11
7819673--7819699	14	1.9	14	100	0	54	29	0	0	70	0.88
7831520--7832049	50	10.7	50	70	10	228	33	24	19	22	1.97
7831455--7831992	99	5.4	99	90	1	794	33	24	19	21	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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