genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24535969--24536038	18	4.1	17	77	16	58	75	7	1	15	1.08
24540702--24544065	624	5.4	624	96	0	5931	38	9	17	34	1.83
24544969--24544993	12	2.1	12	100	0	50	24	48	28	0	1.52
24552258--24552301	21	2.0	22	86	4	63	56	2	36	4	1.32
24557475--24557585	43	2.6	43	83	1	132	27	18	21	33	1.96
24557604--24557999	44	8.6	44	69	18	159	28	20	23	27	1.99
24557761--24557916	44	3.5	44	72	16	160	28	19	25	26	1.98
24557585--24557866	147	1.9	147	90	0	447	28	19	24	28	1.98
24557751--24557959	89	2.3	89	94	0	364	28	20	23	27	1.99
24557751--24557994	89	2.7	89	89	2	312	28	21	22	27	1.99
24559107--24559315	44	4.7	44	75	12	194	28	21	23	26	1.99
24559162--24559308	45	3.3	45	74	12	158	28	20	25	25	1.99
24559109--24559315	89	2.3	89	94	0	360	28	21	23	26	1.99
24559109--24559352	89	2.7	89	88	2	294	28	22	22	26	1.99
24561699--24576644	618	24.2	624	97	1	27654	37	9	18	34	1.84
24586758--24586787	1	30.0	1	100	0	60	0	0	0	100	0.00
24586788--24616985	622	48.7	622	99	0	59361	34	18	9	37	1.84
24627032--24639404	618	20.1	621	98	1	23569	34	17	9	37	1.84
24639563--24652063	624	20.3	622	96	2	22909	37	9	18	34	1.84
24654011--24654035	12	2.1	12	100	0	50	48	24	0	28	1.52
24654985--24655042	20	2.8	21	78	5	64	12	25	22	39	1.89
24668557--24668804	27	9.2	27	83	0	300	41	21	16	19	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24672920--24672959	19	2.1	19	86	13	55	25	2	22	50	1.62
24681027--24681051	12	2.1	12	100	0	50	44	8	16	32	1.76
24691176--24691224	26	1.9	26	88	12	75	16	14	8	61	1.56
24692176--24692582	44	9.2	44	77	8	416	28	15	25	29	1.96
24692176--24692615	88	5.0	90	89	2	590	29	15	25	30	1.96
24693242--24693281	21	2.0	20	85	5	53	12	7	5	75	1.18
24693969--24693999	9	3.3	9	91	8	53	12	0	0	87	0.55
24693969--24694009	19	2.2	19	86	0	55	21	0	0	78	0.76
24694096--24694133	16	2.4	16	86	4	51	39	0	5	55	1.23
24696997--24697041	20	2.3	19	85	7	63	75	2	0	22	0.91
24705118--24705231	43	2.7	43	78	13	126	22	20	27	29	1.98
24708967--24709104	27	5.1	27	79	3	154	18	18	21	42	1.89
24708965--24709104	54	2.6	54	82	3	185	18	18	20	42	1.90
24714226--24714350	65	2.0	63	87	6	180	23	5	18	52	1.66
24720718--24721086	123	3.0	123	95	0	648	36	7	26	29	1.85
24725883--24725929	22	2.1	23	84	4	60	23	4	4	68	1.26
24728278--24728321	18	2.5	17	78	10	52	43	13	0	43	1.44
24731678--24731768	28	3.3	28	78	6	96	14	17	32	35	1.90
24731684--24731753	27	2.5	28	83	2	88	15	15	32	35	1.90
24734920--24734956	18	2.1	18	89	0	56	62	0	21	16	1.33
24742463--24742536	38	2.0	35	82	12	87	48	1	17	32	1.56
24751315--24751359	20	2.3	19	84	3	54	33	22	6	37	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24759096--24759144	15	3.3	15	94	0	80	22	24	18	34	1.96
24765280--24765334	28	1.9	29	92	3	94	43	20	5	30	1.74
24765815--24765884	20	3.5	20	72	18	56	52	2	2	41	1.31
24770195--24770219	10	2.5	10	100	0	50	28	28	0	44	1.55
24779520--24779557	20	1.9	20	94	0	67	50	7	5	36	1.54
24781887--24781938	16	3.2	16	78	10	61	38	3	25	32	1.74
24781920--24782013	44	2.1	44	82	11	111	32	6	25	35	1.81
24782117--24782270	58	2.7	59	84	11	187	51	4	0	42	1.26
24782297--24782322	13	2.0	13	100	0	52	30	0	0	69	0.89
24788360--24788389	14	2.1	14	93	0	51	83	0	16	0	0.65
24789018--24789079	28	2.2	27	77	8	70	56	3	8	32	1.44
24789076--24789116	17	2.5	16	84	7	64	68	9	0	21	1.18
24791688--24791725	20	1.9	20	100	0	76	28	5	39	26	1.78
24799451--24799490	19	2.1	19	90	0	62	40	15	12	32	1.84
24799642--24799692	19	2.6	21	75	15	63	35	3	13	47	1.62
24799642--24799733	20	4.7	20	69	15	57	33	5	17	43	1.72
24800366--24800423	18	3.2	19	78	7	57	60	1	5	32	1.29
24800743--24800799	26	2.2	25	78	9	60	54	0	1	43	1.10
24800767--24800799	16	2.1	16	88	5	50	54	0	0	45	0.99
24800752--24800804	26	2.0	27	92	3	90	47	0	0	52	1.00
24800940--24800978	20	2.0	20	84	0	51	25	2	5	66	1.25
24803527--24803580	27	2.0	27	96	0	99	35	14	16	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24805548--24805579	10	2.8	12	81	18	50	78	0	21	0	0.76
24809362--24809393	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
24809527--24809615	46	2.0	44	84	8	117	32	26	17	22	1.97
24809624--24809811	51	3.7	52	74	14	187	30	26	17	25	1.97
24809619--24809803	101	1.8	101	86	8	268	31	25	17	25	1.97
24809611--24809803	102	1.9	101	85	7	257	30	25	17	25	1.97
24811019--24811085	29	2.4	27	75	9	64	25	23	28	22	1.99
24811720--24811758	7	5.6	7	90	0	60	15	2	33	48	1.58
24817226--24817403	27	6.5	27	72	14	98	39	19	17	23	1.92
24817226--24817410	55	3.4	52	76	11	167	38	19	17	23	1.93
24817262--24817409	54	2.7	54	84	6	176	41	18	17	22	1.90
24817426--24817522	24	4.0	24	80	0	104	25	7	21	45	1.77
24817455--24817534	24	3.3	24	83	0	97	22	6	22	48	1.72
24817650--24817707	26	2.2	26	78	0	62	20	20	22	36	1.95
24817628--24817850	108	2.1	108	86	0	311	19	20	24	35	1.96
24817811--24817908	32	3.1	31	74	11	99	20	20	22	36	1.95
24821039--24821265	27	8.4	27	73	8	158	37	20	18	23	1.94
24821039--24821240	54	3.8	53	78	2	179	38	20	18	23	1.94
24821039--24821260	81	2.7	80	77	5	232	37	20	18	23	1.94
24821248--24821321	24	3.0	25	81	11	73	28	9	22	39	1.85
24821315--24821392	24	3.2	24	85	0	111	23	5	23	48	1.70
24821281--24821329	24	2.0	24	92	0	80	28	2	24	44	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24821315--24821384	11	6.0	11	71	12	50	22	4	24	48	1.68
24821494--24821760	140	1.9	140	86	3	376	19	22	23	34	1.97
24827862--24827953	47	2.0	47	100	0	184	40	2	6	51	1.40
24832890--24833024	58	2.3	57	86	5	182	43	0	2	53	1.18
24833285--24833326	20	2.1	20	91	8	68	69	2	0	28	1.01
24833883--24833908	7	3.7	7	100	0	52	15	15	69	0	1.20
24836547--24836606	22	2.7	23	73	19	63	66	6	0	26	1.16
24836556--24836589	4	8.0	4	90	9	50	73	2	0	23	0.97
24837944--24837995	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
24840355--24840414	22	2.7	23	73	19	63	66	6	0	26	1.16
24840364--24840397	4	8.0	4	90	9	50	73	2	0	23	0.97
24848389--24848445	25	2.3	24	88	5	87	5	17	19	57	1.58
24853493--24854264	386	2.0	386	99	0	1535	36	16	19	27	1.93
24855890--24855938	4	12.5	4	82	4	64	73	4	0	22	1.00
24855895--24855938	16	2.8	16	96	3	81	72	4	0	22	1.02
24855890--24855959	13	5.3	13	74	14	54	70	2	2	24	1.15
24855968--24855992	12	2.1	12	100	0	50	44	0	8	48	1.32
24856040--24856114	26	2.8	26	80	10	71	57	4	4	34	1.36
24856260--24856302	3	14.3	3	85	9	61	62	0	0	37	0.95
24860539--24860606	10	6.4	11	72	16	54	42	1	0	55	1.08
24860547--24860680	57	2.3	57	87	6	191	43	0	2	53	1.18
24860773--24860866	46	2.1	44	88	11	138	36	21	5	37	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24860848--24860899	16	3.2	16	86	0	59	30	21	3	44	1.70
24874212--24874272	25	2.4	26	86	2	88	31	9	16	42	1.81
24877479--24877505	7	3.9	7	100	0	54	85	0	0	14	0.61
24889082--24889371	108	2.7	108	95	2	505	35	20	16	27	1.94
24889834--24889888	27	2.1	28	83	10	71	54	1	5	38	1.34
24891711--24892087	49	7.7	49	82	1	378	24	19	23	33	1.97
24891681--24892091	147	2.8	148	79	4	470	23	19	23	33	1.97
24891681--24892148	98	4.7	98	83	2	454	23	20	22	33	1.97
24891974--24892125	49	3.1	49	71	7	146	21	21	23	33	1.97
24903593--24903641	3	16.3	3	81	8	55	26	2	6	65	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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