genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  93  of  199  ( 23844 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26090474--26090563	35	2.6	35	83	3	119	45	24	2	27	1.65
26090520--26090695	89	2.0	89	86	4	248	46	30	3	20	1.67
26090641--26090698	20	2.9	19	80	14	64	46	34	1	17	1.58
26090728--26090778	14	3.6	14	78	7	50	47	21	0	31	1.51
26090734--26090784	14	3.7	14	78	5	59	47	21	0	31	1.51
26090781--26090829	14	3.6	14	77	2	55	24	0	32	42	1.55
26090787--26090843	27	2.1	28	83	3	71	21	1	33	43	1.63
26091649--26091682	17	2.0	17	88	0	50	32	5	8	52	1.56
26091810--26091868	29	2.0	29	100	0	118	42	10	23	23	1.85
26092945--26092981	6	6.2	6	93	0	56	78	5	0	16	0.93
26107319--26107351	4	8.2	4	100	0	66	48	0	0	51	1.00
26107349--26107379	4	7.8	4	100	0	62	25	22	0	51	1.48
26108599--26108632	15	2.3	15	89	0	50	70	5	5	17	1.28
26108812--26108855	18	2.4	18	92	0	70	52	6	4	36	1.49
26110408--26111555	44	26.4	44	68	13	388	28	22	19	28	1.98
26110364--26111566	217	5.5	217	92	0	1884	28	22	19	28	1.98
26115163--26115244	36	2.3	36	97	0	155	26	31	9	31	1.89
26122914--26122947	15	2.3	15	89	0	50	70	5	5	17	1.28
26124913--26124967	4	13.8	4	96	0	101	27	23	0	49	1.51
26126187--26126220	15	2.3	15	89	0	50	70	5	5	17	1.28
26126505--26126554	23	2.1	23	88	7	73	62	4	2	32	1.25
26129487--26129590	25	4.2	24	74	9	86	14	24	25	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26129471--26129591	48	2.5	50	76	10	124	14	23	25	35	1.94
26129496--26129558	23	2.7	23	80	5	72	15	23	23	36	1.94
26129604--26129655	24	2.2	24	82	6	61	19	19	15	46	1.85
26134372--26134439	34	2.0	34	100	0	136	50	5	8	35	1.58
26138615--26138684	36	1.9	36	88	0	104	41	22	8	27	1.83
26138680--26138717	17	2.2	18	85	4	51	50	15	7	26	1.72
26138936--26139036	29	3.5	28	80	10	105	48	17	2	30	1.62
26140577--26140623	16	2.9	16	75	15	51	34	4	0	61	1.15
26147188--26147307	23	5.2	23	87	0	159	20	20	28	30	1.98
26147188--26147305	46	2.6	46	93	0	191	21	21	27	29	1.98
26153873--26153905	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
26154736--26154760	4	6.2	4	100	0	50	28	48	24	0	1.52
26158909--26158947	19	2.0	19	85	5	51	38	10	20	30	1.86
26159028--26159068	20	2.0	21	85	4	57	43	2	4	48	1.37
26184252--26184324	36	2.0	36	100	0	146	38	16	17	27	1.91
26188281--26188318	18	2.1	19	85	5	51	23	10	26	39	1.87
26189418--26189463	20	2.3	21	81	11	60	34	6	0	58	1.24
26189529--26189567	10	3.9	10	79	0	51	33	0	5	61	1.18
26193548--26193584	16	2.3	16	95	0	65	32	10	8	48	1.67
26193548--26193593	16	3.1	15	82	14	51	30	8	8	52	1.62
26197378--26197411	16	2.1	16	88	0	50	11	32	0	55	1.36
26200554--26200591	20	1.9	20	100	0	76	47	15	5	31	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26200579--26200657	14	5.3	14	74	14	68	40	18	7	32	1.79
26207247--26207308	32	1.9	32	86	0	88	61	3	1	33	1.22
26207301--26207406	17	6.7	17	70	22	63	64	0	1	33	1.05
26207265--26207366	40	2.5	41	90	4	152	63	0	1	34	1.05
26207303--26207395	31	3.2	29	82	13	127	66	0	2	31	1.03
26211351--26211456	41	2.6	41	95	0	185	30	24	21	23	1.99
26216821--26216960	59	2.3	61	86	6	185	52	0	2	45	1.18
26216962--26217047	10	9.0	10	67	23	51	47	0	2	50	1.14
26216949--26217051	32	3.2	31	78	16	102	47	0	1	50	1.12
26216960--26217065	34	3.2	33	82	10	144	45	0	1	51	1.18
26237225--26237285	27	2.3	26	94	5	104	67	0	1	31	1.01
26237501--26237533	16	2.1	16	94	0	57	36	3	36	24	1.71
26237564--26237606	21	2.0	21	95	0	77	27	0	37	34	1.57
26237587--26237619	16	2.1	16	94	0	57	33	0	36	30	1.58
26237598--26237692	45	2.1	44	88	1	136	34	5	27	32	1.79
26237854--26237888	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
26237773--26238044	144	1.9	147	92	3	469	47	3	3	46	1.35
26237975--26238032	16	3.6	16	78	21	52	53	1	0	44	1.10
26237998--26238032	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
26237785--26238174	144	2.8	142	81	11	375	49	4	2	43	1.37
26237981--26238214	129	1.8	130	95	0	425	49	5	2	42	1.39
26238127--26238161	18	2.0	17	88	5	52	60	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26238202--26238248	17	2.9	16	78	18	53	46	2	6	44	1.40
26238221--26238254	17	2.0	17	94	0	59	50	0	5	44	1.26
26241111--26241145	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
26241137--26241166	16	1.9	15	93	6	51	50	10	0	40	1.36
26240957--26241255	59	5.1	59	64	15	181	50	5	2	42	1.38
26240856--26241266	120	3.5	120	89	5	640	50	5	2	41	1.38
26241205--26241527	91	3.4	96	86	5	343	48	3	3	44	1.35
26241307--26241529	44	5.0	43	67	21	134	48	3	3	44	1.35
26241314--26241529	47	4.7	46	67	17	146	48	3	3	44	1.36
26241282--26241530	91	2.7	91	94	0	435	47	3	3	45	1.37
26241495--26241533	17	2.5	15	84	12	51	58	0	0	41	0.98
26243098--26243135	13	2.7	14	84	12	51	15	5	2	76	1.08
26264657--26264697	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
26274984--26275008	6	4.2	6	100	0	50	68	0	16	16	1.22
26274933--26275032	50	2.0	51	82	7	125	45	5	18	32	1.71
26278112--26278236	10	12.5	10	67	21	50	62	2	4	31	1.26
26278111--26278217	19	5.5	19	72	16	69	61	2	3	31	1.28
26278172--26278229	18	3.1	19	80	7	57	67	1	3	27	1.17
26292271--26292328	18	3.0	20	78	17	68	55	1	3	39	1.27
26297855--26298136	154	1.8	154	89	2	449	41	10	4	42	1.59
26304760--26304802	21	2.0	21	82	8	52	55	4	2	37	1.33
26306060--26306101	17	2.3	19	84	15	54	7	19	2	71	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26308235--26308309	37	2.0	37	94	0	132	22	17	36	24	1.95
26324664--26324709	21	2.3	20	78	14	51	30	6	17	45	1.73
26332045--26332078	6	5.5	6	86	6	50	79	2	2	14	0.97
26333036--26333060	9	2.8	9	100	0	50	56	24	0	20	1.43
26335863--26335911	20	2.5	19	90	6	71	40	14	30	14	1.85
26335884--26336037	20	7.7	20	67	7	89	35	16	31	16	1.91
26335894--26336037	40	3.6	40	86	1	191	34	16	32	15	1.91
26342627--26342702	9	8.4	9	88	0	116	26	11	21	40	1.87
26345481--26345526	21	2.1	21	84	4	56	39	19	23	17	1.92
26345467--26345526	22	2.8	22	79	2	59	36	21	25	16	1.94
26349544--26349569	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
26357312--26357356	23	2.0	23	82	8	56	44	6	2	46	1.42
26361058--26361250	92	2.1	92	85	6	259	45	4	4	46	1.41
26361193--26361240	26	1.9	25	84	16	64	45	0	2	52	1.12
26361320--26361529	66	3.4	63	69	21	181	41	3	6	48	1.46
26361281--26361572	120	2.4	119	91	6	466	42	3	4	49	1.39
26361406--26361457	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
26361385--26361571	54	3.2	54	68	21	162	43	1	4	50	1.31
26361535--26361573	15	2.6	16	84	12	55	43	0	0	56	0.99
26361584--26361622	18	2.3	18	86	8	55	43	12	5	38	1.65
26361779--26361809	15	2.1	15	100	0	62	22	32	6	38	1.80
26365941--26365979	18	2.3	18	86	8	55	43	12	5	38	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26366136--26366166	15	2.1	15	100	0	62	22	32	6	38	1.80
26366581--26366616	16	2.2	16	100	0	72	38	36	0	25	1.56
26370127--26370166	13	3.1	13	88	0	53	25	22	5	47	1.71
26375334--26375453	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
26376581--26376765	40	4.7	40	80	6	189	25	21	27	25	2.00
26376581--26376765	79	2.3	81	83	7	218	25	21	27	25	2.00
26376634--26376798	79	2.1	79	82	6	192	27	21	26	24	1.99
26382726--26382777	22	2.5	20	77	17	52	17	3	3	75	1.11
26383566--26383762	98	2.0	98	95	0	358	28	10	24	37	1.88
26387716--26387779	21	3.1	21	66	20	62	26	23	14	35	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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