genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17099760--17100799	348	3.0	347	95	1	1832	31	20	17	30	1.96
17102525--17102556	1	32.0	1	100	0	64	0	0	0	100	0.00
17103655--17103724	33	2.1	33	94	5	124	38	28	27	5	1.79
17109441--17109538	11	9.3	11	69	16	73	23	30	2	43	1.65
17109441--17109503	33	1.9	33	87	12	94	23	31	1	42	1.64
17109463--17109562	51	2.0	51	88	4	148	26	27	2	45	1.65
17111353--17111395	18	2.4	18	88	0	59	18	27	9	44	1.80
17111636--17111683	21	2.3	22	79	17	57	35	41	14	8	1.76
17112666--17112723	25	2.3	23	81	16	71	27	8	10	53	1.64
17118816--17119017	110	1.8	110	91	2	334	36	28	12	22	1.91
17130257--17130505	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
17130256--17130505	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
17130600--17130631	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
17137847--17138095	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
17137846--17138095	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
17138190--17138221	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
17138433--17138490	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
17140763--17140796	17	1.9	17	94	5	59	88	2	8	0	0.62
17140762--17140797	9	3.9	9	85	7	54	88	2	8	0	0.59
17140762--17140798	19	1.9	19	94	0	65	89	2	8	0	0.58
17145425--17145450	5	5.2	5	100	0	52	42	19	19	19	1.90
17146052--17146093	20	2.1	20	100	0	84	42	0	33	23	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17146061--17146110	20	2.8	16	85	14	55	42	0	32	26	1.56
17146197--17146256	30	2.0	31	83	3	77	40	0	40	20	1.52
17149305--17149396	46	2.0	44	83	8	114	31	4	23	40	1.74
17149560--17149607	24	2.0	24	84	8	62	43	0	0	56	0.99
17164931--17164970	21	2.0	21	85	5	55	32	5	25	37	1.77
17167305--17167373	16	4.2	16	96	3	129	24	0	37	37	1.56
17167305--17167373	33	2.1	32	97	2	129	24	0	37	37	1.56
17167354--17167444	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
17167609--17167643	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
17167728--17167762	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
17167592--17168337	120	6.2	120	96	1	1282	48	5	2	44	1.37
17168086--17168122	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
17168206--17168242	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
17173027--17173163	58	2.4	57	80	4	168	17	10	27	45	1.80
17180127--17180170	18	2.4	18	84	0	52	72	11	2	13	1.21
17185976--17186003	14	2.0	14	100	0	56	50	35	0	14	1.43
17187108--17187179	20	3.7	20	87	7	94	40	0	6	52	1.28
17190449--17190478	12	2.4	12	94	5	51	16	0	6	76	0.99
17190602--17190645	21	2.1	21	84	12	56	47	2	0	50	1.13
17199304--17199362	27	2.2	28	78	9	68	33	5	5	55	1.43
17204374--17204436	30	2.0	32	81	6	76	49	9	14	26	1.74
17206753--17206800	24	2.0	23	84	11	62	50	10	0	39	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17207745--17207775	16	1.9	16	93	0	53	61	0	3	35	1.12
17209650--17209744	44	2.2	44	78	3	102	41	4	20	34	1.71
17209862--17209915	21	2.6	20	77	8	54	62	1	1	33	1.16
17209908--17209965	25	2.3	24	85	5	71	48	0	5	46	1.24
17215551--17215744	92	2.1	92	86	5	268	45	4	4	45	1.43
17215687--17215734	26	1.9	25	84	16	64	45	0	2	52	1.12
17215775--17216307	120	4.4	120	95	1	921	42	2	5	49	1.38
17215900--17216094	15	13.3	15	66	22	60	42	2	4	50	1.34
17216121--17216303	51	3.2	51	66	24	132	43	1	4	50	1.31
17216269--17216310	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
17216260--17216301	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
17216244--17216560	157	2.0	157	95	1	573	47	4	3	43	1.41
17216413--17216447	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
17216684--17216714	16	1.9	16	100	0	62	38	41	0	19	1.51
17216740--17216783	16	2.8	16	96	0	79	40	0	31	27	1.56
17216762--17216852	45	2.0	44	85	2	119	32	5	27	34	1.80
17216996--17217612	122	5.1	120	96	1	1099	52	3	1	41	1.28
17217470--17217534	18	4.2	16	72	18	57	60	0	1	38	1.07
17217497--17217534	18	2.2	17	90	4	58	63	0	2	34	1.09
17217901--17217968	17	3.9	17	70	24	61	27	5	7	58	1.48
17221749--17221798	24	2.1	24	85	7	66	34	24	4	38	1.74
17224158--17224236	34	2.3	35	82	6	99	40	10	11	37	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17224174--17224245	17	4.3	17	72	19	62	45	12	12	29	1.78
17224212--17224255	17	2.5	17	85	3	61	45	9	15	29	1.77
17224761--17224804	9	4.8	9	80	2	52	0	18	2	79	0.83
17224955--17224999	16	2.6	17	86	6	56	6	28	37	26	1.82
17225086--17225133	22	2.1	22	88	3	69	0	18	0	81	0.70
17225083--17225158	10	7.9	10	76	14	70	1	22	0	76	0.86
17225095--17225158	19	3.4	18	76	20	60	1	23	0	75	0.90
17225102--17225157	29	1.9	29	82	7	69	1	25	0	73	0.93
17225875--17225908	17	2.1	17	88	5	52	14	0	5	79	0.91
17225880--17225909	8	3.6	8	91	8	51	10	0	3	86	0.67
17226243--17226272	15	1.9	16	93	6	53	83	0	16	0	0.65
17226281--17227125	76	10.8	77	84	6	838	33	20	17	28	1.95
17228010--17228095	22	3.8	22	78	9	75	1	11	5	81	0.92
17228011--17228095	12	7.0	12	74	19	61	1	11	5	81	0.92
17228028--17228091	11	5.9	11	76	9	51	1	9	7	81	0.94
17228016--17228090	20	3.7	21	76	20	63	1	10	6	81	0.93
17236403--17236442	9	4.3	9	81	6	53	0	17	0	82	0.67
17236401--17236429	13	2.3	13	94	5	51	0	10	0	89	0.48
17236406--17236452	19	2.5	19	85	0	67	2	21	0	76	0.89
17236406--17236461	10	5.8	10	81	6	62	1	23	0	75	0.90
17236415--17236461	19	2.4	19	89	3	67	2	25	0	72	0.96
17236830--17236871	22	1.9	22	95	0	75	14	16	2	66	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17237126--17237183	30	2.0	29	82	3	71	37	6	22	32	1.81
17237178--17237205	14	2.0	14	100	0	56	14	0	0	85	0.59
17238189--17238224	18	2.0	18	94	0	63	38	11	8	41	1.71
17239581--17239615	16	2.1	17	89	5	54	40	8	0	51	1.33
17248186--17248226	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
17255457--17255580	62	2.0	62	100	0	248	46	11	17	24	1.81
17258373--17258424	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
17266862--17266920	30	2.0	30	83	9	77	45	5	0	49	1.24
17270201--17270304	47	2.2	47	92	0	172	36	27	5	29	1.80
17271801--17271840	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
17271787--17271852	34	1.9	35	90	3	107	31	9	13	45	1.75
17271930--17271981	18	2.7	20	74	17	56	36	3	0	59	1.16
17284814--17284850	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
17284886--17284928	21	2.0	21	86	8	61	20	34	0	44	1.52
17285202--17285265	19	3.6	17	74	19	51	21	26	0	51	1.48
17285378--17285406	9	3.2	9	100	0	58	31	0	0	68	0.89
17289688--17289757	34	2.1	34	100	0	140	47	2	11	38	1.55
17291156--17291195	3	13.0	3	84	5	53	37	2	0	60	1.11
17291284--17291374	35	2.7	35	75	13	91	37	8	6	47	1.61
17291284--17291381	33	3.0	31	73	11	88	37	9	6	46	1.61
17291325--17291407	43	1.9	43	83	11	107	36	8	4	50	1.54
17291532--17291568	8	4.8	8	96	3	67	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17297018--17297093	38	2.0	38	94	0	134	17	17	17	48	1.81
17298669--17298723	16	3.4	16	82	0	65	29	21	7	41	1.80
17298867--17299015	26	6.2	23	72	15	86	61	5	5	27	1.39
17298889--17299137	51	4.7	50	74	14	155	61	4	4	28	1.37
17298964--17299012	22	2.3	22	86	10	66	63	4	4	28	1.31
17298863--17299252	25	15.2	24	71	18	188	60	3	6	29	1.40
17298991--17299139	29	5.4	28	76	11	146	61	3	5	30	1.35
17298986--17299139	28	5.6	28	79	11	144	61	3	5	29	1.33
17299189--17299260	29	2.4	29	77	11	83	66	0	6	26	1.16
17302230--17302263	11	3.1	11	86	0	50	67	2	0	29	1.05

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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