genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  7  of  199  ( 23844 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2274707--2274830	43	2.9	42	80	4	151	29	6	17	45	1.73
2274978--2275060	42	2.0	42	95	0	148	27	6	20	45	1.74
2275117--2275303	97	1.9	98	86	5	272	20	13	11	53	1.71
2281408--2281472	29	2.3	28	82	10	78	26	16	12	44	1.83
2282510--2282544	16	2.2	16	89	0	52	34	0	2	62	1.10
2282589--2282633	18	2.6	17	83	10	56	31	0	0	68	0.89
2285129--2285162	16	2.2	16	89	5	52	26	0	2	70	1.01
2291584--2291616	6	5.3	6	96	3	57	81	3	0	15	0.80
2299143--2299176	15	2.3	15	90	10	52	38	0	0	61	0.96
2301690--2301744	24	2.2	25	84	9	69	18	40	3	38	1.68
2305071--2305100	6	4.8	6	92	8	51	0	16	0	83	0.65
2305071--2305107	13	2.8	13	87	4	56	0	16	2	81	0.81
2305839--2305962	65	1.9	65	93	0	212	29	26	8	35	1.85
2309589--2309671	5	16.6	5	94	0	139	39	0	2	57	1.12
2309541--2309605	33	1.9	34	84	9	89	52	0	3	44	1.16
2310624--2310692	25	2.8	25	93	0	111	20	21	20	37	1.94
2310648--2310701	25	2.2	25	82	0	63	20	22	20	37	1.95
2312246--2312286	21	2.0	21	90	4	66	2	7	24	65	1.30
2313337--2313381	22	2.0	22	91	0	72	53	13	6	26	1.64
2323503--2323546	24	1.9	24	90	9	74	36	0	2	61	1.09
2323613--2323782	59	2.9	59	98	0	322	44	9	5	40	1.59
2323793--2323834	16	2.6	16	96	0	75	45	7	0	47	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2323808--2323869	23	2.7	23	87	5	81	50	1	0	48	1.10
2324462--2324538	29	2.6	28	73	15	66	31	7	5	55	1.50
2324515--2324543	14	2.0	15	93	6	51	34	6	6	51	1.55
2328567--2328613	22	2.1	23	80	11	62	17	10	4	68	1.35
2331678--2331732	27	2.1	26	82	3	65	34	3	1	60	1.25
2331678--2331732	9	6.2	9	73	10	51	34	3	1	60	1.25
2331909--2331962	19	2.7	20	82	8	74	35	0	5	59	1.21
2334799--2334854	28	2.0	28	83	10	71	28	5	1	64	1.26
2334828--2334992	9	18.4	9	65	24	66	30	4	3	62	1.29
2334828--2334884	24	2.3	24	81	3	69	29	1	1	66	1.12
2338637--2338691	20	2.5	22	82	11	69	50	0	0	49	1.00
2344285--2344331	21	2.2	22	88	3	69	23	19	36	21	1.95
2353613--2353653	20	2.1	19	86	13	57	41	7	4	46	1.53
2356805--2356939	42	3.2	42	78	0	153	43	17	22	16	1.87
2356810--2356878	21	3.3	21	70	0	57	42	17	23	17	1.89
2362520--2362554	16	2.3	15	86	13	54	65	0	0	34	0.93
2362520--2362556	15	2.6	14	87	8	56	64	0	0	35	0.94
2364628--2364689	31	2.0	31	100	0	124	19	9	19	51	1.74
2387244--2387300	19	2.9	19	71	19	53	59	1	1	36	1.18
2387277--2387314	12	3.2	12	88	3	51	60	0	2	36	1.11
2388643--2388720	30	2.6	30	77	2	75	25	10	17	46	1.80
2393363--2393395	16	2.1	16	88	5	50	33	18	21	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2395882--2395941	29	2.1	28	84	12	77	46	5	20	28	1.71
2406518--2406611	42	2.3	41	80	12	95	28	4	2	64	1.23
2407283--2407340	29	2.0	30	96	3	109	20	29	8	41	1.82
2420482--2420541	29	2.1	28	84	12	77	46	5	20	28	1.71
2431119--2431218	43	2.3	44	81	10	107	28	4	2	66	1.21
2431901--2431958	29	2.0	30	96	3	109	20	29	8	41	1.82
2435218--2435332	60	1.9	60	87	0	167	29	17	5	47	1.69
2435225--2435363	60	2.3	59	81	4	163	30	17	5	45	1.72
2439703--2440281	299	1.9	296	83	5	738	37	10	15	36	1.82
2442401--2442596	50	3.9	50	87	0	275	19	29	23	27	1.98
2442590--2442620	16	1.9	16	93	0	53	29	32	3	35	1.73
2442760--2442791	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
2443003--2443060	30	1.9	30	86	6	82	32	22	3	41	1.71
2456984--2457034	15	3.6	14	74	12	50	58	1	3	35	1.28
2459215--2459262	20	2.4	20	79	6	53	33	0	2	64	1.05
2464025--2464151	11	11.7	11	66	21	56	51	0	3	44	1.17
2464032--2464147	59	2.0	60	84	8	157	50	0	3	45	1.18
2464069--2464117	21	2.4	22	83	13	68	53	0	0	46	1.00
2464075--2464111	18	1.9	19	89	10	58	54	0	0	45	1.00
2464069--2464151	10	8.3	10	70	20	50	56	0	1	42	1.07
2464445--2464472	14	2.0	14	100	0	56	64	0	0	35	0.94
2465529--2465578	20	2.3	20	83	13	55	60	4	0	36	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2470034--2470058	11	2.3	11	100	0	50	60	0	0	40	0.97
2471394--2471436	16	2.7	15	85	7	50	32	4	0	62	1.15
2472758--2472815	17	3.2	17	79	16	55	50	0	25	24	1.50
2481736--2481782	25	1.9	24	83	12	60	44	6	23	25	1.77
2481996--2482080	31	2.7	31	83	5	82	50	2	3	43	1.32
2482011--2482084	31	2.4	31	88	0	103	50	1	5	43	1.33
2482032--2482105	31	2.4	31	79	2	85	52	4	4	39	1.39
2482933--2482965	16	2.0	17	88	5	50	45	0	9	45	1.35
2483260--2483313	23	2.3	23	83	3	63	29	25	16	27	1.97
2486708--2487066	52	7.1	51	84	8	468	35	14	22	28	1.93
2486694--2487055	98	3.6	98	93	2	589	34	14	21	28	1.93
2486700--2487103	150	2.8	144	82	10	502	35	14	22	27	1.93
2487030--2487175	37	4.0	37	93	1	251	36	16	22	24	1.94
2488429--2488547	58	2.0	59	96	1	222	24	13	30	31	1.93
2488448--2488538	28	3.2	28	64	22	71	26	15	30	27	1.96
2488489--2488631	49	2.9	49	93	0	232	23	13	30	32	1.94
2491767--2492125	52	7.1	51	84	8	468	35	14	22	28	1.93
2491753--2492114	98	3.6	98	93	2	589	34	14	21	28	1.93
2491759--2492162	150	2.8	144	82	10	502	35	14	22	27	1.93
2492089--2492234	37	4.0	37	93	1	251	36	16	22	24	1.94
2499255--2499288	18	1.9	18	88	5	52	20	41	0	38	1.53
2511541--2511612	26	2.8	26	78	14	69	68	5	0	26	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2511563--2511617	25	2.3	22	77	17	56	70	7	0	21	1.11
2515266--2515306	21	2.0	21	90	0	64	41	4	0	53	1.22
2517734--2517765	9	3.6	9	95	0	55	34	59	0	6	1.23
2520353--2520395	22	2.0	22	81	9	52	55	9	13	20	1.66
2528776--2528800	13	1.9	13	100	0	50	48	4	0	48	1.20
2528770--2528820	21	2.3	23	77	16	54	50	1	0	47	1.12
2536716--2536766	25	2.0	25	100	0	102	23	21	11	43	1.85
2537047--2537080	5	6.4	5	93	6	50	0	0	38	61	0.96
2537047--2537079	11	3.0	11	83	16	50	0	0	36	63	0.95
2537369--2537526	78	2.0	78	98	0	307	55	0	12	32	1.37
2542218--2542283	33	2.0	33	84	0	87	36	13	9	40	1.76
2546167--2546283	39	2.9	40	85	3	173	30	11	10	47	1.72
2553527--2553581	15	3.7	15	74	13	60	72	10	3	12	1.24
2557413--2557475	30	2.1	30	90	0	99	25	3	12	58	1.49
2562423--2562456	18	1.9	17	88	5	50	35	0	0	64	0.94
2567506--2567534	6	4.8	6	100	0	58	68	13	0	17	1.20
2567651--2567721	31	2.2	32	82	7	92	36	9	9	43	1.71
2570226--2570296	31	2.2	33	82	10	101	45	9	12	32	1.75
2570236--2570311	31	2.6	29	85	8	91	48	10	14	26	1.76
2572623--2572775	24	6.3	24	85	3	209	36	22	24	16	1.94
2572548--2572775	72	3.1	71	79	9	210	35	21	24	18	1.96
2572940--2573054	25	4.6	25	95	0	194	40	23	21	14	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2574956--2574995	5	8.0	5	91	0	62	0	35	0	65	0.93
2580216--2580273	25	2.3	24	82	8	62	46	0	3	50	1.18
2580216--2580341	47	2.6	49	70	11	114	43	2	3	50	1.34
2580448--2580489	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
2580439--2580480	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
2580705--2580772	16	4.2	16	96	0	127	38	35	0	26	1.57
2582041--2582120	39	2.1	38	90	2	124	31	7	0	61	1.24
2582276--2582319	16	2.9	15	80	16	54	27	6	2	63	1.31
2582516--2582580	31	2.1	31	82	0	76	24	7	7	60	1.51
2594114--2594409	147	2.0	147	100	0	592	18	20	18	41	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199