genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.101.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  101  of  199  ( 23844 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28525026--28525072	12	3.9	12	75	10	51	61	4	4	29	1.34
28525036--28525075	21	1.9	21	84	0	53	62	5	2	30	1.29
28530291--28530324	9	3.7	9	88	4	50	35	2	0	61	1.11
28531570--28531614	23	1.9	23	81	4	54	42	8	11	37	1.72
28532291--28532353	30	2.1	30	93	0	108	23	1	15	58	1.46
28538357--28538394	19	2.1	19	85	5	51	15	15	0	68	1.22
28542634--28542768	28	4.9	27	70	19	91	33	2	2	61	1.23
28547500--28547524	8	3.1	8	100	0	50	12	0	0	88	0.53
28547561--28547639	37	2.3	35	82	10	92	36	6	5	51	1.49
28548754--28548808	6	9.2	6	79	0	56	61	3	5	29	1.35
28548754--28548793	18	2.2	18	90	0	62	60	5	5	30	1.40
28548767--28548809	15	2.9	15	89	0	59	65	2	4	27	1.25
28548754--28548808	9	6.1	9	78	0	56	61	3	5	29	1.35
28549219--28549254	18	2.1	16	90	10	54	83	5	5	5	0.91
28550593--28550904	89	3.5	89	72	4	288	25	22	19	31	1.98
28552212--28552390	85	2.1	85	98	0	349	37	8	27	26	1.85
28553652--28554347	47	14.7	47	91	2	988	33	10	29	27	1.89
28554191--28554312	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
28567155--28567203	3	16.3	3	78	0	53	59	4	6	30	1.41
28568455--28568501	12	3.8	12	83	8	51	34	4	8	53	1.51
28569883--28569920	19	2.0	19	94	0	67	13	0	39	47	1.42
28570878--28570902	11	2.3	11	100	0	50	84	0	0	16	0.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28574929--28575010	43	1.9	42	85	2	110	39	1	4	54	1.29
28574969--28575010	18	2.3	19	88	8	61	38	0	7	54	1.28
28574974--28575029	19	2.9	18	85	15	69	33	0	7	58	1.25
28574952--28575030	20	3.8	20	80	15	83	36	0	6	56	1.25
28575143--28575196	23	2.3	23	81	6	65	31	18	14	35	1.91
28577249--28577305	25	2.3	25	87	6	89	24	24	14	36	1.92
28582154--28582240	31	2.8	31	82	0	111	26	13	20	39	1.90
28585377--28585411	17	2.1	16	89	5	52	34	0	2	62	1.10
28585758--28585801	13	3.5	13	81	12	56	70	0	0	29	0.88
28586255--28586281	6	4.5	6	100	0	54	18	66	0	14	1.25
28597621--28597707	22	4.0	22	85	10	108	25	28	0	45	1.53
28597635--28597707	22	3.3	22	96	0	128	27	28	0	43	1.55
28597753--28597818	32	2.1	31	91	2	105	33	0	0	66	0.92
28598898--28598922	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
28600151--28600564	28	14.5	28	89	3	612	49	24	0	25	1.50
28600151--28600564	57	7.2	56	89	4	639	49	24	0	25	1.50
28600151--28600564	172	2.4	172	99	0	810	49	24	0	25	1.50
28604077--28604346	46	5.8	45	75	10	176	24	19	31	24	1.98
28607231--28607495	28	9.3	28	90	2	386	49	23	0	26	1.53
28607231--28607495	57	4.6	57	90	1	415	49	23	0	26	1.53
28607231--28607495	85	3.1	85	92	3	433	49	23	0	26	1.53
28607497--28607552	26	2.2	26	100	0	112	25	7	7	60	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28607648--28607672	10	2.5	10	100	0	50	44	8	0	48	1.32
28621423--28621462	20	2.0	20	90	0	62	30	10	10	50	1.69
28622804--28622832	13	2.2	13	100	0	58	44	6	0	48	1.29
28623466--28623514	21	2.3	22	89	6	75	20	4	12	63	1.45
28623721--28623817	49	2.0	49	89	0	149	24	27	6	41	1.79
28625093--28625178	43	2.0	43	90	4	138	23	22	1	53	1.53
28625573--28625624	26	2.0	27	84	3	70	44	13	0	42	1.44
28628267--28628309	3	14.3	3	100	0	86	0	32	0	67	0.91
28637699--28637745	21	2.2	21	84	0	58	29	4	29	36	1.77
28638678--28639039	46	8.6	44	82	12	353	28	22	14	34	1.93
28638813--28639003	36	5.0	36	83	12	247	28	20	14	36	1.92
28638767--28638967	82	2.5	82	95	0	357	28	20	14	35	1.92
28638813--28639039	118	1.9	118	94	0	400	28	21	13	36	1.91
28638721--28639039	82	3.9	80	83	13	256	29	21	14	35	1.92
28642392--28642430	14	2.8	14	88	0	60	38	7	20	33	1.81
28643160--28643217	26	2.3	25	80	13	66	36	6	10	46	1.65
28644804--28644855	15	3.2	15	73	19	50	46	0	0	53	1.00
28644817--28644853	19	1.9	19	88	0	56	51	0	0	48	1.00
28644937--28644974	20	1.9	20	88	0	58	55	0	0	44	0.99
28649579--28649661	7	11.9	7	81	0	94	42	1	25	31	1.63
28650099--28650285	65	2.9	65	85	0	241	39	2	5	52	1.40
28653719--28654041	162	2.0	157	85	3	430	28	13	10	47	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28656497--28656562	20	3.2	19	74	14	60	30	4	1	63	1.23
28656544--28656616	27	2.7	27	84	2	92	43	1	1	53	1.17
28659780--28659851	36	2.0	35	89	2	108	36	22	8	33	1.84
28662203--28662298	31	3.1	31	95	3	174	31	9	13	45	1.75
28662602--28662640	4	10.0	4	94	5	71	25	0	0	74	0.82
28664150--28664245	31	3.1	31	95	3	174	31	9	13	45	1.75
28666085--28666180	31	3.1	31	93	3	165	31	8	13	46	1.73
28668020--28668115	31	3.1	31	95	3	174	31	9	13	45	1.75
28669959--28670054	31	3.1	31	95	3	174	31	9	13	45	1.75
28672542--28672731	26	7.5	26	68	11	117	38	21	20	19	1.93
28672784--28672943	65	2.5	65	81	2	189	33	25	20	20	1.97
28676591--28676760	59	2.9	59	96	1	306	44	8	5	41	1.58
28678501--28678530	6	5.0	6	100	0	60	33	33	0	33	1.58
28691294--28691352	21	2.8	21	84	7	75	20	1	8	69	1.23
28691294--28691352	20	2.8	20	82	7	64	20	1	8	69	1.23
28695334--28695376	22	2.0	22	85	0	59	44	0	4	51	1.22
28700957--28701001	4	11.2	4	95	0	81	46	24	0	28	1.53
28701112--28701203	48	1.9	48	100	0	184	42	9	22	25	1.84
28711283--28711347	33	1.9	33	84	3	85	38	9	6	46	1.61
28720830--28720862	16	2.1	16	94	0	57	39	0	0	60	0.97
28721717--28721751	17	2.1	17	94	0	61	28	8	25	37	1.85
28724041--28724729	239	2.9	239	93	1	1143	28	24	12	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28726536--28726561	12	2.2	12	100	0	52	61	23	0	15	1.33
28735175--28735208	16	2.2	15	94	5	59	61	0	0	38	0.96
28735174--28735228	8	6.9	8	73	22	53	60	0	1	38	1.08
28735245--28735295	26	2.0	25	92	3	84	43	0	0	56	0.99
28739635--28739706	24	3.0	24	79	6	74	37	20	23	18	1.94
28739753--28739813	26	2.3	26	83	5	70	34	26	24	14	1.94
28743388--28743445	27	2.1	27	90	0	89	29	13	29	27	1.94
28748748--28748797	23	2.2	23	88	0	73	24	16	18	42	1.89
28749195--28749224	3	9.7	3	92	7	51	36	0	0	63	0.95
28753620--28753650	4	8.0	4	92	7	55	22	0	0	77	0.77
28759368--28759449	39	2.1	39	86	2	112	20	19	19	40	1.92
28759395--28759589	45	4.3	45	91	0	273	19	22	20	37	1.94
28761031--28761071	17	2.3	19	87	8	59	60	4	0	34	1.18
28777629--28777670	19	2.2	19	86	0	57	9	11	4	73	1.22
28777642--28777681	19	2.1	19	85	0	53	5	10	10	75	1.19
28786229--28786312	25	3.4	25	78	6	89	26	22	21	29	1.99
28786218--28786312	50	1.9	49	84	2	127	25	23	21	30	1.99
28787370--28787399	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
28790682--28790718	15	2.5	15	84	16	51	83	0	13	2	0.74
28799292--28799325	11	2.8	13	91	8	54	44	11	8	35	1.72
28800497--28800656	33	4.7	33	73	17	107	20	20	28	30	1.98
28800390--28800620	102	2.3	102	91	0	363	21	19	27	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28803763--28803805	21	2.0	22	86	4	61	58	4	0	37	1.19
28807133--28807344	45	4.7	45	82	5	225	22	20	16	41	1.90
28807190--28807259	21	3.2	21	69	21	54	22	17	14	45	1.84
28807155--28807344	90	2.1	90	85	3	267	22	18	15	43	1.88
28809443--28809530	45	2.0	45	100	0	176	48	20	2	28	1.61
28810186--28810369	73	2.5	73	84	3	228	28	22	17	31	1.97
28813379--28813415	16	2.3	16	95	0	65	35	5	37	21	1.77
28813649--28813782	17	8.0	17	70	18	102	57	3	0	38	1.22
28813704--28813783	31	2.7	30	75	16	78	58	3	0	37	1.16
28813812--28813855	21	2.1	21	83	8	54	56	6	0	36	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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