genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  5  of  199  ( 23844 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1487541--1487606	29	2.2	29	83	5	78	36	10	22	30	1.88
1490531--1490620	28	3.1	28	78	12	92	34	3	0	62	1.12
1490547--1490620	30	2.6	29	79	16	82	36	4	0	59	1.16
1490566--1490647	39	2.2	38	87	12	118	35	3	0	60	1.14
1505147--1505186	20	2.0	20	90	9	64	30	15	20	35	1.93
1505148--1505193	20	2.3	20	85	7	58	30	17	21	30	1.96
1506027--1506071	16	2.6	17	79	6	56	42	2	2	53	1.25
1506027--1506072	17	2.7	18	76	10	60	41	2	2	54	1.25
1514263--1514322	24	2.5	24	82	15	79	30	5	13	51	1.62
1523802--1523826	13	1.9	13	100	0	50	32	8	0	60	1.26
1524338--1524422	36	2.3	37	82	11	95	35	2	9	52	1.46
1524635--1524680	20	2.2	22	88	7	69	23	10	13	52	1.71
1525221--1525301	5	16.6	5	77	19	82	38	0	3	58	1.16
1525311--1525352	15	2.7	15	88	3	57	73	2	19	4	1.12
1526444--1526599	24	6.5	24	86	5	210	16	21	21	40	1.91
1527410--1527443	17	2.0	17	88	0	50	35	11	17	35	1.87
1528362--1528404	11	3.8	11	87	6	59	51	2	4	41	1.35
1528426--1528471	16	2.8	16	83	9	58	63	0	0	36	0.95
1551707--1551746	21	1.9	21	94	0	71	40	5	15	40	1.68
1551763--1551928	81	2.0	82	95	1	298	45	3	12	38	1.60
1555206--1555231	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
1559041--1559158	60	2.0	60	98	0	227	36	13	22	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1559756--1559876	61	2.0	61	83	3	154	40	4	17	37	1.71
1579468--1579520	3	17.7	3	100	0	106	33	33	0	32	1.58
1583018--1583053	16	2.2	16	90	0	54	38	2	0	58	1.13
1586565--1586590	5	5.2	5	100	0	52	23	0	0	76	0.78
1589842--1590091	52	4.9	52	89	5	386	34	14	22	28	1.94
1589828--1590102	98	2.7	98	90	3	406	34	14	22	28	1.94
1590065--1590174	37	3.0	37	88	2	161	34	15	23	26	1.94
1591427--1591598	58	3.1	59	85	12	226	22	12	30	33	1.92
1591446--1591536	28	3.2	28	64	22	71	24	15	32	27	1.95
1591487--1591629	49	2.9	49	93	0	232	23	13	30	32	1.94
1594765--1595014	52	4.9	52	89	5	386	34	14	22	28	1.94
1594751--1595025	98	2.7	98	90	3	406	34	14	22	28	1.94
1594988--1595097	37	3.0	37	88	2	161	34	15	23	26	1.94
1602107--1602167	24	2.5	24	79	10	63	39	1	1	57	1.18
1607134--1607214	39	2.1	39	92	0	135	41	7	3	46	1.49
1608299--1608370	29	2.5	29	77	8	76	43	0	9	47	1.36
1608398--1608595	101	2.0	101	89	2	308	45	15	9	29	1.77
1610855--1610880	6	4.3	6	100	0	52	19	0	0	80	0.71
1610873--1610912	16	2.5	16	83	0	53	35	5	0	60	1.19
1616414--1616483	27	2.6	27	80	8	79	50	21	2	25	1.63
1622250--1622296	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
1629212--1629263	16	3.2	16	76	13	52	21	9	5	63	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1636950--1637176	113	2.0	113	98	0	436	34	18	16	30	1.93
1651419--1651486	16	4.2	16	90	7	102	27	0	33	38	1.57
1651419--1651486	32	2.1	32	94	0	118	27	0	33	38	1.57
1651616--1651925	157	2.0	157	93	0	530	44	3	4	47	1.41
1665327--1665381	30	1.9	30	88	7	87	61	0	1	36	1.06
1673216--1673280	11	6.4	10	76	20	55	56	0	3	40	1.15
1673204--1673289	39	2.2	39	91	8	147	61	0	2	36	1.09
1673203--1673288	40	2.2	40	91	4	147	62	0	2	34	1.08
1683706--1683748	17	2.5	17	78	14	52	30	2	0	67	1.03
1687477--1687947	236	2.0	231	97	2	879	32	18	19	29	1.96
1700748--1700958	113	1.9	114	83	5	275	38	7	20	33	1.81
1704123--1704176	23	2.3	23	90	0	81	42	0	9	48	1.35
1704313--1704346	15	2.3	15	90	5	52	11	8	2	76	1.12
1710258--1710283	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
1711921--1712755	89	9.5	88	77	7	573	22	19	25	32	1.97
1711936--1712753	177	4.6	176	78	5	704	22	19	24	32	1.97
1712095--1712753	262	2.5	262	78	8	636	23	19	24	32	1.98
1713022--1713061	20	2.0	20	100	0	80	25	0	20	55	1.44
1721432--1721572	69	2.0	69	97	0	264	29	13	17	39	1.88
1723349--1723378	7	4.1	7	95	4	51	40	3	0	56	1.16
1725742--1725836	31	3.1	29	81	7	91	37	13	4	44	1.64
1725890--1725946	30	1.9	30	85	0	78	36	10	7	45	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1730669--1730703	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
1730562--1730845	120	2.4	120	90	2	446	44	1	4	48	1.34
1730789--1730823	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
1730789--1730843	15	3.4	16	80	16	53	47	0	1	50	1.11
1731059--1731110	16	3.2	16	94	0	95	38	34	0	26	1.57
1736973--1737013	20	2.0	20	85	9	55	29	4	7	58	1.46
1739809--1739889	27	3.0	27	100	0	162	33	14	22	29	1.94
1744880--1744960	31	2.6	31	88	0	108	33	7	12	46	1.69
1744902--1744974	31	2.4	31	92	0	119	32	4	13	49	1.61
1750237--1750265	3	9.7	3	100	0	58	0	31	34	34	1.58
1750256--1750313	24	2.4	24	79	0	62	13	17	41	27	1.87
1778700--1778738	20	2.0	19	85	5	51	61	0	2	35	1.10
1785528--1785552	6	4.2	6	100	0	50	64	0	0	36	0.94
1787890--1787921	16	2.0	16	93	0	55	53	6	0	40	1.26
1789749--1789779	14	2.1	15	94	5	55	54	12	19	12	1.70
1793923--1793947	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
1796927--1796958	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
1798720--1798757	12	2.9	13	88	7	51	73	0	0	26	0.83
1801807--1801870	31	2.1	31	84	0	83	43	9	12	34	1.75
1804366--1804395	15	1.9	16	93	6	53	83	3	0	13	0.77
1804496--1804528	11	3.0	11	91	8	50	0	54	0	45	0.99
1805004--1805031	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1804991--1805239	125	2.0	129	84	7	332	31	6	6	56	1.48
1805520--1805546	11	2.5	11	100	0	54	29	7	7	55	1.55
1809568--1809605	16	2.3	17	95	4	69	86	10	2	0	0.66
1809568--1809634	11	6.1	11	74	6	64	82	10	5	1	0.91
1809563--1809605	16	2.9	15	83	10	61	86	9	4	0	0.71
1811813--1812111	145	2.0	146	96	1	546	32	17	16	33	1.92
1811806--1812111	73	4.2	73	93	2	510	32	16	16	34	1.92
1812117--1812611	53	8.7	53	74	14	405	27	14	20	36	1.92
1812117--1812558	176	2.5	176	96	0	812	27	14	21	36	1.93
1812251--1812680	229	1.9	230	98	0	826	26	14	22	36	1.93
1812781--1813013	84	2.8	83	84	2	279	32	17	20	30	1.95
1812865--1813404	217	2.6	209	80	9	607	29	17	20	32	1.96
1814010--1814035	13	2.0	13	100	0	52	61	30	0	7	1.24
1814714--1814748	17	2.1	17	89	10	54	82	2	0	14	0.77
1815358--1815394	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
1815367--1815604	127	1.9	129	83	7	315	31	5	5	56	1.47
1815889--1815915	11	2.5	11	100	0	54	29	7	7	55	1.55
1820230--1820273	23	1.9	23	90	0	70	40	4	20	34	1.73
1820619--1820650	17	1.9	16	93	6	55	50	3	6	40	1.43
1829667--1829698	16	2.0	16	93	0	55	28	3	12	56	1.51
1837421--1837450	14	2.1	14	100	0	60	50	6	0	43	1.28
1838009--1838051	22	2.0	22	81	9	52	41	4	0	53	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1839632--1839717	37	2.3	38	88	8	122	38	3	3	54	1.34
1842913--1842954	4	10.5	4	100	0	84	26	0	23	50	1.50
1847180--1847215	17	2.1	17	100	0	72	66	5	11	16	1.40
1856782--1856840	26	2.3	26	82	11	68	35	1	1	61	1.16
1858018--1858059	21	2.0	21	81	9	50	45	7	4	42	1.52
1882945--1882999	27	2.2	26	87	12	80	69	1	0	29	0.99
1883006--1883055	20	2.5	20	74	3	57	60	2	6	32	1.32
1883365--1883405	19	2.2	19	86	8	57	24	9	2	63	1.37
1883391--1883458	9	7.6	9	69	18	52	35	1	0	63	1.04
1896486--1896518	7	4.7	7	100	0	66	72	15	12	0	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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