genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  85  of  199  ( 23844 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23925145--23925243	38	2.7	38	95	3	175	36	8	17	38	1.79
23930444--23930494	6	8.3	6	89	6	68	78	0	21	0	0.75
23930445--23930505	17	3.8	17	75	18	67	75	0	24	0	0.80
23931749--23932042	44	6.7	44	88	0	419	27	17	25	29	1.97
23932096--23932213	50	2.4	50	78	2	112	23	22	24	28	1.99
23932406--23932516	44	2.5	45	86	5	156	32	19	17	30	1.95
23932534--23932657	45	2.8	45	92	1	196	28	23	25	23	2.00
23933207--23933260	19	2.8	19	94	0	99	37	9	16	37	1.81
23933196--23933267	38	2.0	36	84	10	94	37	9	16	36	1.82
23935545--23935622	29	2.7	29	95	0	147	66	8	2	21	1.32
23939772--23939902	50	2.6	50	87	0	190	27	19	29	23	1.99
23939881--23939924	22	2.0	22	90	0	70	29	20	25	25	1.99
23944269--23944603	27	12.4	27	78	10	245	42	18	14	24	1.88
23944257--23944588	54	6.1	54	77	7	291	41	18	15	24	1.89
23944268--23944537	82	3.3	81	85	3	366	40	17	15	26	1.89
23944257--23944588	107	3.1	108	83	6	379	41	18	15	24	1.89
23944499--23944615	54	2.2	54	83	4	146	47	19	12	20	1.82
23944525--23944618	27	3.5	27	88	2	109	47	20	13	18	1.82
23944754--23944855	26	3.9	26	81	2	125	19	24	19	36	1.95
23944754--23944855	52	2.0	52	90	3	161	19	24	19	36	1.95
23950194--23950234	20	2.0	21	85	4	57	4	43	0	51	1.23
23950907--23951237	27	12.3	27	75	5	249	40	18	17	24	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23950907--23951237	54	6.1	55	77	5	302	40	18	17	24	1.91
23950907--23951264	81	4.4	80	78	8	300	41	18	16	24	1.90
23951123--23951268	27	5.4	27	78	4	116	43	18	15	21	1.87
23951451--23951542	26	3.5	26	82	2	96	14	18	25	42	1.87
23951659--23951731	30	2.5	29	86	4	94	21	23	26	28	1.99
23953369--23953613	136	1.8	136	96	0	454	37	5	24	32	1.78
23957144--23957222	36	2.2	35	86	2	104	43	29	12	15	1.83
23967107--23967144	17	2.2	17	86	9	51	50	15	5	28	1.66
23975015--23975133	45	2.6	45	85	0	130	46	16	17	19	1.85
23975118--23975224	45	2.4	45	84	3	135	42	17	18	21	1.90
23977527--23977569	18	2.4	18	88	7	61	32	16	18	32	1.93
23978952--23978978	6	4.5	6	100	0	54	70	0	0	29	0.88
23983990--23984044	16	3.4	16	92	0	92	38	7	25	29	1.83
23984026--23984152	44	2.9	44	92	3	211	32	4	24	38	1.76
23984300--23984335	18	2.0	18	100	0	72	61	0	0	38	0.96
23984254--23984370	56	2.1	55	82	4	137	52	3	0	43	1.24
23984397--23984443	18	2.6	18	82	0	58	46	29	10	12	1.76
23984823--23984855	16	2.1	16	88	11	50	9	6	12	72	1.26
23985440--23985480	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
23987629--23987654	13	2.0	13	100	0	52	30	7	15	46	1.74
23987687--23987726	19	2.0	20	85	4	55	25	20	7	47	1.75
23990515--23990555	14	3.0	13	89	7	55	65	0	19	14	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23990512--23990545	7	4.9	7	86	13	52	67	0	17	14	1.23
23990512--23990555	21	2.1	21	91	0	70	63	0	20	15	1.31
23991803--23992488	45	15.3	45	74	6	482	32	18	23	26	1.97
23991800--23992526	89	8.1	89	87	2	981	32	17	22	26	1.97
23992512--23992930	132	3.2	132	94	2	727	30	20	22	27	1.98
23992742--23993106	176	2.1	176	95	1	660	29	20	22	27	1.98
23992505--23992999	264	1.9	263	86	4	685	31	19	23	26	1.98
23992610--23993238	308	2.0	308	97	0	1179	29	19	23	27	1.98
23992742--23993150	176	2.3	175	91	1	516	30	20	22	26	1.98
23992610--23993309	308	2.3	308	93	1	1127	29	19	24	26	1.98
23992918--23993297	132	2.9	131	93	1	618	29	19	24	26	1.98
23993269--23993517	44	5.8	42	70	8	144	30	21	21	26	1.98
23993271--23993507	127	1.9	127	84	3	325	29	21	21	27	1.98
23994881--23994986	3	36.0	3	77	17	107	31	0	2	65	1.14
23996162--23996223	21	3.0	20	73	17	65	54	6	1	37	1.36
23999426--23999463	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
24000893--24001030	33	4.2	33	78	0	132	16	16	18	48	1.81
24005118--24005143	13	2.0	13	100	0	52	0	0	15	84	0.62
24005889--24005990	51	2.0	51	92	3	170	29	22	14	33	1.94
24006080--24006215	43	3.2	42	75	6	114	29	23	19	27	1.98
24021032--24021061	16	1.9	15	93	6	51	30	0	26	43	1.55
24025572--24025613	12	3.4	12	84	12	50	73	2	2	21	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24030604--24030648	16	2.9	16	83	3	56	73	2	0	24	0.95
24042217--24042252	18	2.0	18	100	0	72	66	0	0	33	0.92
24042217--24042262	18	2.6	18	89	0	56	65	0	0	34	0.93
24043437--24043557	43	3.0	39	79	19	108	58	1	5	33	1.32
24043569--24043650	43	1.9	43	82	9	105	54	2	8	34	1.44
24045334--24045809	50	9.7	49	72	6	275	24	21	22	31	1.98
24045334--24045830	100	5.0	99	84	3	572	23	22	22	30	1.99
24045331--24045830	194	2.5	195	85	4	646	24	22	22	30	1.99
24045827--24046616	128	6.2	128	89	1	1192	26	19	21	32	1.97
24047066--24047122	24	2.4	24	76	5	62	26	22	17	33	1.96
24047968--24048034	7	10.7	6	80	15	57	5	13	1	79	0.99
24048471--24048505	7	5.0	7	92	0	61	2	0	11	85	0.69
24048471--24048513	22	2.0	22	95	4	79	4	0	9	86	0.71
24053480--24053552	37	2.0	37	84	10	96	61	2	5	30	1.32
24056269--24056335	18	3.5	18	72	20	55	47	0	0	52	1.00
24056265--24056311	9	5.6	9	78	14	55	51	0	0	48	1.00
24056265--24056315	25	2.1	24	88	3	75	49	0	0	50	1.00
24057541--24057565	12	2.1	12	100	0	50	52	8	0	40	1.31
24058913--24059059	79	1.9	78	84	1	195	29	14	10	44	1.79
24062992--24063030	21	1.9	20	84	5	51	30	0	5	64	1.15
24065558--24065605	21	2.3	21	85	0	60	66	10	2	20	1.32
24073052--24073631	205	2.8	202	73	18	505	26	17	20	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24080480--24080660	91	2.0	91	98	0	353	44	11	10	33	1.75
24085864--24086034	9	18.6	9	67	18	50	65	2	2	29	1.19
24085975--24086034	10	6.3	10	71	11	54	71	0	3	25	1.01
24085931--24086043	47	2.4	47	78	10	115	66	1	3	28	1.18
24085931--24086031	18	5.4	19	72	12	66	67	1	3	26	1.19
24086295--24086333	16	2.4	16	82	0	51	41	0	0	58	0.98
24086315--24086371	19	3.1	19	73	14	57	38	1	0	59	1.08
24099092--24099170	30	2.6	30	87	0	113	18	27	15	37	1.91
24106715--24106750	16	2.2	17	90	5	56	47	0	11	41	1.39
24114144--24114207	21	2.9	23	75	17	64	43	4	3	48	1.39
24115110--24115248	59	2.3	59	80	9	138	33	3	17	45	1.66
24117936--24118332	40	9.9	40	81	2	429	21	27	16	33	1.95
24120686--24120719	16	2.2	16	89	5	52	50	14	8	26	1.72
24145867--24145902	4	8.8	4	87	6	54	22	2	0	75	0.94
24145866--24145903	17	2.2	17	95	0	67	21	2	0	76	0.91
24146900--24146944	23	1.9	24	90	4	74	37	0	2	60	1.09
24147011--24147220	68	3.1	68	93	1	352	45	8	5	40	1.56
24147109--24147148	9	4.7	9	90	3	57	55	7	0	37	1.29
24147209--24147249	16	2.6	16	92	0	64	43	7	2	46	1.44
24147224--24147284	22	2.8	22	79	0	68	47	1	3	47	1.28
24147753--24147802	4	12.2	4	80	19	59	24	0	2	74	0.93
24153778--24153836	23	2.5	23	86	2	82	38	10	22	28	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24154385--24154673	88	3.3	87	72	10	255	30	20	23	25	1.98
24154559--24154738	44	4.1	44	68	12	118	28	20	25	26	1.99
24154559--24154828	131	2.1	131	87	2	391	30	20	23	26	1.98
24154779--24155139	44	8.5	44	67	13	175	30	22	19	26	1.98
24154773--24155198	128	3.3	128	87	1	584	31	22	20	26	1.98
24155120--24155210	44	2.1	44	83	8	114	31	19	20	27	1.97
24156023--24156062	4	9.8	4	89	5	62	22	2	0	75	0.93
24156022--24156062	17	2.5	17	92	4	66	21	2	0	75	0.92
24156023--24156063	21	2.0	21	95	0	73	21	2	0	75	0.92
24157182--24157211	16	1.9	15	93	6	51	23	0	3	73	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199