genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  3  of  199  ( 23844 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
772952--772982	15	2.0	16	93	6	55	29	12	6	51	1.65
774227--774272	19	2.5	19	82	6	60	63	0	0	36	0.95
775045--775096	27	1.9	27	84	0	68	36	5	9	48	1.60
775323--775375	25	2.1	26	82	10	65	30	0	7	62	1.23
776683--776750	31	2.3	31	82	5	86	38	1	8	51	1.42
776586--776779	95	2.1	95	87	2	275	38	7	8	45	1.63
777876--777916	15	2.7	16	88	11	68	31	0	0	68	0.90
784703--784746	22	2.0	22	100	0	88	31	13	27	27	1.94
791626--791921	126	2.3	125	84	5	385	48	15	10	25	1.76
793786--793832	24	2.0	23	87	4	67	65	0	6	27	1.16
796665--796698	3	11.3	3	93	0	59	67	0	2	29	1.05
798053--798101	8	6.2	8	88	11	59	26	0	0	73	0.83
798392--798578	95	2.0	95	94	0	329	31	17	21	29	1.96
814875--814922	25	2.0	25	83	4	62	14	25	22	37	1.92
819858--819895	16	2.3	17	81	4	51	36	2	2	57	1.26
819992--820282	143	2.0	143	95	2	539	43	6	12	37	1.68
820478--820512	3	11.7	3	87	0	52	65	0	5	28	1.15
820536--820580	22	2.1	22	88	12	67	57	13	2	26	1.48
829146--829489	85	4.1	84	83	5	385	35	21	10	32	1.87
829146--829490	169	2.1	166	83	7	439	35	21	10	32	1.87
830616--830648	17	2.1	17	88	11	52	30	0	9	60	1.27
831810--831914	45	2.3	45	81	0	111	41	17	19	21	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
831855--831971	45	2.6	43	82	8	128	36	17	22	23	1.95
831894--832005	45	2.5	45	86	0	152	39	17	19	23	1.92
831919--832017	45	2.2	45	81	0	108	40	20	17	22	1.91
836678--836741	31	2.1	31	84	0	83	51	9	7	31	1.62
849679--849781	27	3.8	27	88	2	136	20	20	34	24	1.96
849843--849889	18	2.5	20	79	10	62	63	2	34	0	1.06
849839--849892	22	2.4	23	84	12	76	64	1	33	0	1.04
853732--853813	38	2.2	38	93	0	137	40	1	3	54	1.26
854009--854481	19	25.2	19	65	25	165	53	12	0	32	1.45
854009--854346	27	14.1	26	71	24	255	53	13	1	32	1.47
853961--854342	48	8.0	48	79	11	371	53	14	1	31	1.48
854295--854479	41	4.5	41	73	17	177	55	12	0	32	1.37
854649--854680	14	2.2	15	94	5	57	0	40	0	59	0.97
854642--854683	14	2.6	17	75	21	54	0	38	0	61	0.96
854866--854891	13	2.0	13	100	0	52	15	23	15	46	1.83
855673--855714	14	2.6	17	75	21	54	61	0	38	0	0.96
855676--855707	14	2.2	15	94	5	57	59	0	40	0	0.97
855901--855957	19	2.9	19	86	2	78	33	0	14	52	1.41
855870--856393	95	5.8	87	73	17	224	32	0	13	53	1.44
855999--856346	27	14.9	25	71	22	228	32	0	13	53	1.45
855992--856391	68	5.7	69	76	16	344	32	0	14	53	1.46
856010--856257	48	5.2	48	89	3	367	32	0	12	54	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
856139--856346	115	1.8	115	96	1	391	32	0	13	52	1.47
856154--856325	66	2.6	66	87	4	229	33	1	12	52	1.47
856221--856388	49	3.6	46	85	8	196	32	0	14	51	1.47
856309--856371	8	7.4	8	72	13	54	34	0	17	47	1.48
856541--856621	38	2.2	37	93	2	135	54	3	1	40	1.26
860342--860395	22	2.4	23	84	12	76	0	33	1	64	1.04
860453--860555	27	3.8	26	86	7	116	25	34	19	20	1.96
865695--865833	69	2.0	69	100	0	278	31	8	17	41	1.80
868756--868813	22	2.6	22	80	0	71	43	3	1	51	1.28
875861--875907	23	2.0	24	84	8	62	0	55	0	44	0.99
875872--875909	11	3.2	12	92	7	60	0	52	0	47	1.00
876375--876442	3	22.3	3	73	8	57	30	1	5	61	1.28
876382--876453	23	3.1	23	82	11	67	31	2	9	55	1.47
876476--876523	24	2.0	24	84	12	62	29	4	0	66	1.10
880329--880390	15	4.0	15	79	6	61	80	6	4	8	1.01
880815--880860	20	2.4	19	88	3	65	78	2	10	8	1.05
881203--881398	108	1.8	108	87	0	293	23	17	11	46	1.80
881833--881969	44	3.2	44	65	22	126	23	27	22	27	2.00
881877--882010	42	3.1	42	63	23	98	27	27	21	23	1.99
881823--882258	86	5.1	86	93	0	647	26	23	23	26	2.00
882447--883285	44	18.7	43	70	13	247	31	17	22	28	1.97
882487--882825	131	2.6	131	91	1	520	30	19	23	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
882777--883046	142	1.9	141	83	6	348	30	17	22	28	1.97
882963--883232	142	1.9	141	83	6	348	30	17	22	28	1.97
882747--883300	186	3.0	186	99	0	1090	31	17	22	28	1.96
883314--883413	46	2.2	46	81	3	121	22	22	25	31	1.98
883487--883599	41	2.8	40	93	2	190	29	22	21	27	1.99
884517--884554	11	3.2	12	92	7	60	0	52	0	47	1.00
885020--885090	3	23.3	3	74	8	63	30	1	5	61	1.27
885032--885093	23	2.8	22	87	4	81	32	1	8	58	1.37
885027--885101	23	3.2	23	80	10	64	32	2	9	56	1.45
885122--885169	24	2.0	24	84	12	62	29	4	0	66	1.10
887228--887295	12	6.4	11	77	19	65	57	0	2	39	1.14
887238--887271	17	2.0	17	94	0	59	61	0	0	38	0.96
887219--887314	40	2.3	41	89	3	149	62	0	2	35	1.07
887398--887467	31	2.2	33	82	7	81	17	32	15	34	1.91
889233--889272	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
889241--889307	35	1.9	35	87	3	100	31	10	13	44	1.77
889256--889295	20	2.0	20	85	0	53	27	12	12	47	1.77
890650--890719	27	2.6	27	80	8	79	51	20	2	25	1.61
892588--892726	58	2.4	57	90	3	224	39	3	4	52	1.39
893481--893508	14	2.0	14	100	0	56	35	7	7	50	1.57
897818--897860	11	4.0	11	84	3	61	30	2	46	20	1.63
897818--897860	21	2.0	21	90	4	68	30	2	46	20	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
901907--901981	18	4.2	18	89	0	96	29	14	26	29	1.95
902514--902556	11	4.0	11	78	3	52	30	2	44	23	1.66
907038--907069	12	2.8	12	90	9	50	59	0	0	40	0.97
925834--925865	16	2.0	16	93	0	55	59	0	0	40	0.97
945204--945247	21	2.1	21	100	0	88	31	0	0	68	0.90
945211--945256	21	2.2	21	88	0	65	34	0	0	65	0.93
947581--947626	22	2.1	22	87	0	65	30	19	2	47	1.61
967273--967299	14	1.9	14	100	0	54	74	0	3	22	0.98
970044--970410	134	2.7	134	94	0	644	28	22	20	28	1.98
969844--970276	229	1.9	229	92	0	724	28	22	20	28	1.98
969949--970500	95	6.0	95	70	12	375	28	22	20	28	1.98
970526--970658	41	3.1	42	63	16	110	24	22	25	27	2.00
970488--970658	86	2.0	86	98	0	333	25	23	22	27	2.00
974837--974880	19	2.3	20	84	7	56	40	11	20	27	1.86
976887--976937	15	3.5	15	81	13	70	60	0	9	29	1.28
976942--976968	14	1.9	14	100	0	54	74	0	3	22	0.98
984606--984654	23	2.1	23	96	0	89	22	14	14	48	1.79
987222--987266	17	2.7	17	89	3	65	71	0	28	0	0.87
987201--987266	25	2.7	25	81	11	66	69	3	27	0	1.03
988082--988184	41	2.6	39	79	11	122	25	16	24	33	1.96
995647--995684	17	2.2	17	95	0	67	31	7	7	52	1.59
1003307--1003356	15	3.3	15	73	18	50	44	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1015829--1015874	16	2.9	16	78	15	51	69	0	2	28	1.00
1016586--1016667	41	2.0	41	100	0	164	41	21	4	31	1.74
1019238--1019284	20	2.4	20	86	10	62	38	0	10	51	1.37
1032634--1032676	23	1.9	22	85	4	59	30	11	16	41	1.83
1035640--1035668	14	2.1	14	93	6	51	55	34	0	10	1.34
1039612--1039653	14	2.6	16	82	17	52	19	11	2	66	1.34
1050476--1050505	6	5.0	6	100	0	60	0	16	0	83	0.65
1050784--1051221	50	8.9	51	67	12	180	30	20	16	31	1.95
1050904--1051118	44	4.6	44	66	14	133	32	20	16	30	1.95
1050786--1051259	145	3.3	145	90	0	707	30	21	16	31	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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