genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22463598--22463824	123	1.8	123	81	3	278	34	21	25	18	1.96
22469057--22469118	19	3.2	19	75	11	63	54	1	0	43	1.09
22478048--22478124	33	2.3	33	82	6	93	32	18	23	25	1.97
22478121--22478147	11	2.5	11	100	0	54	18	29	40	11	1.85
22484034--22484147	19	6.0	19	85	0	120	29	30	24	14	1.95
22484034--22484147	38	3.0	38	85	0	138	29	30	24	14	1.95
22487958--22488010	13	4.1	13	78	9	63	28	5	28	37	1.80
22488513--22488541	13	2.1	14	93	6	51	41	6	17	34	1.76
22488829--22488868	19	2.1	19	86	9	55	45	0	0	55	0.99
22488829--22488871	20	2.2	20	88	12	63	46	0	0	53	1.00
22489325--22489373	21	2.3	22	92	7	91	28	0	12	59	1.34
22489366--22489462	33	3.1	32	68	27	91	35	0	11	53	1.37
22489361--22489482	60	2.0	60	92	3	201	32	0	13	54	1.39
22489596--22489633	15	2.4	16	91	8	69	36	0	5	57	1.21
22489600--22489635	15	2.4	15	100	0	72	36	0	5	58	1.22
22491182--22491236	6	9.2	6	83	0	65	32	29	36	1	1.68
22491188--22491236	18	2.7	18	90	0	80	30	28	38	2	1.68
22494769--22494837	27	2.6	27	72	4	68	26	33	18	21	1.97
22494888--22494928	22	1.9	22	90	5	66	51	0	0	48	1.00
22495361--22495400	20	2.0	21	90	5	64	35	0	2	62	1.09
22495361--22495400	21	2.0	20	85	5	53	35	0	2	62	1.09
22498284--22498762	161	3.0	161	91	1	775	39	20	13	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22501843--22501957	43	2.7	41	81	7	140	30	28	18	22	1.97
22505696--22505757	7	8.7	7	75	10	54	38	38	3	19	1.68
22505767--22505827	7	8.6	7	80	3	59	50	26	1	21	1.58
22505729--22505828	36	2.8	36	76	10	98	43	34	2	21	1.64
22505838--22505883	14	3.4	14	75	6	58	43	36	0	19	1.51
22505987--22506118	19	6.8	19	90	3	201	37	9	14	37	1.79
22505987--22506125	59	2.4	57	87	6	201	38	9	14	38	1.78
22505988--22506141	59	2.6	57	87	6	184	37	9	13	39	1.77
22506450--22506486	7	5.4	7	93	6	67	13	0	0	86	0.57
22506889--22506938	25	2.0	26	92	4	84	30	8	4	58	1.45
22507604--22507793	98	1.9	98	93	0	326	26	10	25	36	1.89
22507713--22507872	79	2.0	79	100	0	320	20	13	28	37	1.91
22513614--22514266	132	4.9	132	91	0	1056	30	20	24	23	1.99
22513614--22514171	44	12.7	44	62	15	152	30	20	25	24	1.98
22514253--22515101	44	19.6	43	73	12	507	28	20	23	27	1.99
22514381--22515101	89	8.3	87	71	14	411	28	20	23	27	1.99
22514244--22515120	217	4.0	217	94	0	1484	29	20	23	26	1.99
22514425--22515023	173	3.4	171	77	10	450	28	20	24	27	1.99
22515286--22515398	19	5.8	19	88	4	172	38	10	14	37	1.80
22515287--22515398	59	1.9	59	92	0	188	38	10	13	37	1.79
22515286--22515405	40	3.2	38	87	6	172	38	10	14	37	1.79
22515735--22515764	7	4.4	7	91	8	53	13	0	0	86	0.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22515736--22515764	13	2.2	13	100	0	58	13	0	0	86	0.58
22516851--22517047	98	2.0	98	93	0	340	27	9	25	38	1.86
22517946--22518060	41	2.8	42	85	2	144	33	26	20	20	1.97
22518117--22518233	40	3.0	38	75	7	117	24	21	17	35	1.95
22520087--22520131	19	2.4	19	96	3	83	28	15	8	46	1.76
22520773--22520805	6	5.5	6	100	0	66	33	18	15	33	1.92
22530696--22530830	54	2.5	54	86	0	189	33	18	23	24	1.97
22532692--22532745	21	2.6	21	82	11	74	51	22	1	24	1.57
22540165--22540246	36	2.2	37	84	2	103	40	30	12	17	1.86
22546376--22546415	17	2.4	17	87	4	55	55	0	7	37	1.29
22547209--22547299	30	3.0	31	71	9	78	25	19	7	47	1.76
22547231--22547288	31	1.9	30	85	3	80	25	20	10	43	1.84
22553152--22553291	46	3.0	46	92	2	228	35	7	26	30	1.85
22556233--22556264	7	4.4	7	96	4	55	28	0	12	59	1.34
22556490--22556647	69	2.3	69	85	2	210	27	18	23	31	1.97
22556598--22556697	52	1.9	52	87	0	146	25	20	23	32	1.98
22556671--22556939	69	3.9	69	81	0	304	27	19	21	32	1.97
22558891--22559058	88	1.9	88	80	0	192	18	28	25	27	1.98
22560889--22560942	21	2.6	21	87	0	81	24	9	37	29	1.86
22561207--22561258	22	2.3	22	77	9	52	50	5	1	42	1.37
22565220--22565251	15	2.1	15	94	0	55	53	0	15	31	1.43
22565235--22565979	379	2.0	379	98	0	1454	24	16	17	42	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22568276--22568319	21	2.1	21	100	0	88	9	15	31	43	1.79
22576089--22576146	30	2.0	28	86	6	80	50	0	1	48	1.11
22584980--22585029	26	1.9	26	92	8	84	16	20	22	42	1.89
22584998--22585135	73	1.9	73	81	3	170	21	20	21	36	1.95
22584982--22585148	73	2.3	73	74	14	162	19	20	21	38	1.94
22585144--22585207	25	2.6	25	77	5	58	25	26	17	31	1.97
22589497--22589527	16	1.9	16	93	0	53	32	3	6	58	1.40
22593875--22593916	2	21.0	2	100	0	84	50	0	50	0	1.00
22598724--22598769	23	2.0	23	95	0	83	36	34	15	13	1.86
22599123--22599210	42	2.1	41	85	4	115	42	10	11	36	1.75
22602403--22602429	9	3.0	9	100	0	54	55	11	0	33	1.35
22602710--22602749	21	1.9	21	89	0	62	32	40	0	27	1.57
22602772--22602809	14	2.7	15	88	12	62	42	31	0	26	1.56
22602961--22603020	24	2.5	24	86	2	86	61	0	0	38	0.96
22602968--22603009	12	3.5	12	78	12	50	61	0	0	38	0.96
22602973--22603019	13	3.8	12	78	13	51	65	0	0	34	0.93
22603503--22603747	41	5.8	41	83	9	312	30	33	19	17	1.94
22603525--22603625	51	2.0	51	92	0	166	30	36	18	13	1.90
22603799--22603910	40	2.8	39	76	11	111	25	24	16	33	1.95
22611719--22611770	17	3.0	17	91	2	77	38	1	1	57	1.21
22611930--22612022	44	2.1	46	91	4	154	37	30	4	27	1.76
22612004--22612056	16	3.3	16	91	0	88	24	33	3	37	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22615926--22616149	40	5.6	40	83	7	260	24	21	28	25	1.99
22615925--22616182	119	2.2	119	80	6	283	25	21	27	25	1.99
22620017--22620061	12	3.8	11	91	5	54	64	0	2	33	1.06
22620380--22620551	88	2.0	87	82	3	211	25	25	22	26	2.00
22620519--22621209	132	5.2	132	88	0	999	25	22	20	31	1.98
22620607--22621075	44	10.7	44	64	12	167	27	23	18	30	1.98
22620519--22621209	263	2.6	264	88	1	1003	25	22	20	31	1.98
22620535--22621294	395	1.9	394	85	2	1058	26	23	20	30	1.98
22620519--22621294	263	2.9	261	83	4	961	25	23	20	30	1.98
22630150--22630393	50	4.8	50	85	1	256	19	29	23	27	1.98
22638561--22638630	16	4.4	16	96	0	122	31	0	35	32	1.58
22638616--22638706	44	2.0	44	85	2	119	35	6	27	30	1.82
22638844--22638885	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
22638853--22638894	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
22638882--22639122	76	3.1	75	71	11	227	51	4	1	41	1.31
22638976--22639043	17	4.2	15	81	10	55	57	0	0	42	0.98
22638953--22639164	34	6.6	30	68	24	105	55	2	0	41	1.16
22638982--22639169	33	5.6	34	72	14	131	55	2	0	41	1.15
22639035--22639216	37	4.7	37	69	24	135	51	3	1	43	1.27
22638996--22639170	17	10.4	17	68	20	109	55	2	0	41	1.17
22639110--22639171	26	2.4	25	82	12	72	56	0	0	43	0.99
22639019--22639234	118	1.8	119	96	3	409	52	3	0	42	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22638862--22639170	154	2.0	154	90	3	491	53	3	0	41	1.26
22647697--22647736	12	3.5	11	86	10	53	62	0	2	35	1.09
22647702--22647740	12	3.2	12	92	7	62	66	0	0	33	0.92
22652704--22652784	33	2.4	33	85	6	101	33	9	14	41	1.79
22652733--22652798	33	2.0	33	87	0	96	31	10	16	40	1.83
22654890--22654979	43	2.1	43	85	8	121	33	22	15	28	1.95
22657017--22657107	9	10.1	9	73	13	71	32	0	20	46	1.51
22657164--22657663	122	4.2	118	85	7	497	45	3	9	41	1.52
22657315--22657361	21	2.3	21	92	3	78	46	0	8	44	1.33
22657440--22657480	21	2.0	21	85	4	57	48	0	12	39	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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