genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  25  of  199  ( 23844 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8078178--8078316	57	2.4	57	77	10	140	32	18	8	40	1.81
8084645--8084673	3	9.7	3	100	0	58	0	34	0	65	0.93
8093859--8093883	6	4.2	6	100	0	50	64	0	0	36	0.94
8094753--8094960	43	4.8	43	93	1	312	26	26	19	27	1.99
8094743--8094976	43	5.5	42	88	6	271	29	25	17	27	1.98
8095277--8095412	66	2.1	66	92	0	227	13	27	18	40	1.89
8097287--8097318	16	2.0	16	93	0	55	40	0	12	46	1.42
8097286--8097341	9	6.6	9	76	10	55	44	1	12	41	1.53
8097470--8097527	29	2.0	29	100	0	116	41	3	24	31	1.71
8101632--8101672	22	1.9	21	85	14	57	56	24	0	19	1.42
8101696--8101765	16	4.4	16	67	16	56	50	21	1	27	1.57
8101699--8101774	23	3.3	23	73	23	86	48	22	1	27	1.58
8102174--8102318	41	3.5	40	87	6	202	40	27	16	15	1.88
8104687--8104735	22	2.3	21	85	3	62	61	0	4	34	1.15
8104725--8104788	19	3.4	19	76	16	62	64	0	4	31	1.14
8106215--8106264	22	2.3	22	86	10	75	72	4	0	24	1.02
8107269--8107310	21	2.0	21	100	0	84	23	4	14	57	1.56
8108313--8109082	31	25.2	30	67	15	303	27	9	20	42	1.83
8108254--8109082	183	4.5	183	95	0	1426	28	8	20	42	1.82
8109678--8109725	14	3.7	13	75	10	53	37	0	2	60	1.09
8111620--8111653	17	2.0	17	94	0	59	38	11	14	35	1.83
8112680--8112827	43	3.5	43	75	10	135	30	17	26	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8124847--8124897	25	2.0	25	85	7	68	39	5	15	39	1.72
8126691--8126764	20	4.0	17	75	16	67	59	2	1	36	1.20
8126694--8126744	18	2.7	18	80	16	59	60	1	1	35	1.19
8126963--8127093	64	2.1	64	91	1	210	54	3	3	38	1.34
8126963--8127110	64	2.3	64	85	2	163	53	2	5	38	1.38
8128033--8128106	26	2.9	26	84	6	89	67	1	1	29	1.07
8128044--8128108	25	2.6	27	79	20	86	67	0	1	30	1.00
8131619--8131675	14	3.9	14	76	19	55	22	3	8	64	1.37
8137749--8137793	23	2.0	23	82	8	56	33	4	11	51	1.58
8138375--8138463	41	2.1	42	89	2	135	30	21	21	26	1.98
8146145--8146185	22	2.0	20	85	9	55	43	0	2	53	1.13
8147294--8147337	21	2.1	21	86	0	61	18	20	22	38	1.93
8150497--8150796	50	5.9	50	79	6	277	28	20	27	23	1.99
8154279--8154362	3	27.3	3	73	13	64	60	3	4	30	1.34
8175561--8175612	26	2.0	26	85	7	70	48	0	3	48	1.20
8176019--8176061	10	4.4	9	80	13	50	67	6	0	25	1.15
8176018--8176063	20	2.3	20	88	0	65	67	6	0	26	1.15
8181431--8181746	160	2.0	160	92	0	524	32	12	19	35	1.90
8189333--8189368	12	3.1	12	88	4	56	66	11	0	22	1.22
8189597--8189637	19	2.2	19	86	0	55	36	19	2	41	1.65
8191444--8191493	21	2.3	21	86	3	64	62	10	6	22	1.48
8208293--8208319	12	2.2	12	100	0	54	85	0	14	0	0.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8208325--8208762	95	4.3	97	87	9	610	39	15	18	26	1.91
8209352--8209463	44	2.5	44	89	2	163	50	3	20	25	1.65
8210461--8210814	103	3.4	104	85	7	495	27	17	15	38	1.90
8210461--8210821	107	3.5	104	84	7	482	27	18	14	39	1.90
8210805--8210840	18	2.0	18	100	0	72	0	16	0	83	0.65
8211173--8211211	20	1.9	20	84	5	51	53	10	2	33	1.48
8219388--8219430	14	2.6	17	86	13	56	46	0	2	51	1.13
8224830--8225010	36	5.0	36	93	0	317	38	12	19	29	1.88
8224974--8225099	46	2.8	46	90	3	195	34	15	21	28	1.93
8228294--8228385	23	3.9	23	72	16	71	21	26	21	30	1.99
8235093--8235147	23	2.4	23	87	0	74	21	27	21	29	1.99
8237463--8237505	21	2.0	21	82	8	52	44	0	2	53	1.13
8237574--8237607	9	3.7	9	88	4	50	73	2	23	0	0.97
8241250--8241320	32	2.2	32	92	0	115	45	8	14	32	1.74
8244048--8244151	52	2.0	52	80	19	119	28	8	3	58	1.46
8254037--8254082	6	7.7	6	100	0	92	34	0	15	50	1.44
8258390--8258469	40	1.9	41	87	7	117	50	2	3	43	1.33
8258783--8258812	14	2.2	14	94	5	53	60	0	6	33	1.23
8262112--8262153	20	2.1	20	86	0	57	33	16	14	35	1.89
8263352--8263385	10	3.5	10	88	8	52	55	0	0	44	0.99
8265834--8265874	9	4.3	9	88	11	64	31	9	0	58	1.31
8265831--8265872	20	2.1	20	100	0	84	33	9	0	57	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8267298--8267589	50	5.7	50	84	4	302	23	27	21	27	1.99
8274520--8274620	47	2.2	45	83	10	127	21	3	17	56	1.57
8275421--8275478	29	2.0	30	83	10	75	37	1	22	37	1.65
8278241--8278292	24	2.2	24	89	0	77	36	3	9	50	1.54
8278258--8278304	24	2.0	24	87	8	69	40	6	8	44	1.60
8283208--8283246	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
8283472--8283547	23	3.3	23	88	0	125	23	21	25	30	1.99
8287704--8287746	2	21.5	2	100	0	86	0	48	0	51	1.00
8304087--8304287	44	4.6	44	69	17	139	25	21	19	33	1.97
8303791--8304949	132	8.8	132	94	0	1924	26	23	18	31	1.97
8305094--8306212	50	22.6	50	80	5	1159	27	18	20	33	1.96
8305243--8306272	100	10.4	100	89	2	1445	27	19	20	33	1.96
8308757--8308793	17	2.2	17	90	4	58	2	16	0	81	0.81
8308785--8308837	23	2.5	21	77	14	54	9	5	7	77	1.12
8308807--8308835	9	3.3	9	90	9	51	10	0	10	79	0.94
8316027--8316052	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
8316041--8316134	40	2.3	40	85	5	118	34	22	21	22	1.97
8316058--8316163	40	2.7	40	82	4	135	38	20	18	21	1.93
8316228--8316512	41	7.0	41	93	1	473	18	24	29	27	1.98
8316947--8316979	14	2.3	15	94	5	59	30	0	33	36	1.58
8317202--8317250	7	7.0	7	83	0	53	22	0	46	30	1.52
8317202--8317258	21	2.7	21	80	0	60	26	0	43	29	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8317202--8317257	14	4.0	14	75	13	53	25	0	44	30	1.54
8317255--8317284	15	2.0	15	93	0	51	30	0	26	43	1.55
8321726--8321816	43	2.1	43	85	2	121	36	9	9	43	1.71
8322089--8322292	42	4.8	43	86	6	256	21	17	32	28	1.95
8324652--8324682	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
8327177--8327241	28	2.3	28	94	0	112	50	6	12	30	1.64
8333260--8333308	17	2.9	17	78	3	55	71	10	0	18	1.13
8334126--8334179	3	18.0	3	100	0	108	0	33	0	66	0.92
8334320--8334378	31	1.9	31	86	6	84	18	33	30	16	1.94
8336025--8336072	23	2.0	24	84	4	62	56	20	0	22	1.43
8342448--8342541	44	2.1	44	81	11	113	12	5	42	39	1.66
8342449--8342527	23	3.5	23	91	6	119	13	6	41	37	1.70
8342932--8343804	44	20.1	44	78	8	824	30	25	15	28	1.96
8343019--8343809	132	6.1	132	86	5	1110	30	25	15	28	1.96
8343019--8343809	263	3.0	262	94	2	1366	30	25	15	28	1.96
8360257--8360313	30	1.9	29	85	3	78	42	0	24	33	1.55
8360525--8360556	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
8360651--8360892	50	4.7	50	83	4	279	27	24	28	19	1.99
8360651--8360900	100	2.4	103	86	6	346	26	24	28	20	1.99
8373147--8373186	20	2.0	21	85	14	57	27	12	2	57	1.48
8379368--8379443	38	2.0	38	89	0	116	27	21	15	35	1.94
8382721--8382763	22	1.9	23	85	4	61	58	2	2	37	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8386033--8386075	18	2.4	18	100	0	86	0	41	0	58	0.98
8386035--8386075	6	6.8	6	91	0	64	0	43	0	56	0.99
8386655--8386715	31	2.0	31	87	6	88	18	18	24	39	1.92
8390094--8390146	19	2.7	20	71	11	56	41	0	3	54	1.18
8390124--8390167	11	3.9	11	82	5	52	34	0	2	63	1.07
8405424--8405476	11	4.7	11	76	21	56	75	0	0	24	0.80
8405427--8405474	16	2.9	16	81	9	60	77	0	0	22	0.78
8426623--8426670	24	2.0	23	84	11	62	62	2	2	33	1.18
8427242--8427311	20	3.3	21	73	23	58	70	5	1	22	1.17
8427243--8427290	23	2.1	24	92	7	82	75	6	0	18	1.01

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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