genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  90  of  199  ( 23844 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25239215--25239342	35	3.6	35	89	1	175	42	34	9	13	1.76
25240632--25240813	35	5.2	35	80	5	188	33	3	30	32	1.74
25240631--25240846	70	3.1	70	82	1	236	33	3	30	32	1.74
25240721--25240852	35	3.8	35	82	1	131	32	5	30	31	1.80
25249490--25250139	357	1.8	356	84	6	857	41	12	20	25	1.88
25251730--25251905	60	2.9	60	78	9	164	47	17	14	21	1.83
25252619--25252667	26	1.9	25	88	12	73	53	8	18	20	1.70
25257226--25257671	88	5.1	87	78	4	421	27	24	25	23	2.00
25257287--25257430	44	3.3	42	66	12	110	25	27	25	22	2.00
25257226--25257713	175	2.8	172	80	4	528	27	23	25	23	2.00
25257724--25257821	44	2.2	44	94	0	169	24	19	26	29	1.98
25257807--25257914	44	2.5	43	83	6	128	33	20	15	30	1.94
25257940--25258039	44	2.3	43	81	6	112	34	22	19	25	1.96
25259451--25259485	15	2.4	15	95	4	63	34	2	5	57	1.37
25263886--25263916	2	15.5	2	93	0	53	0	45	0	54	0.99
25267943--25267969	6	4.5	6	100	0	54	18	29	37	14	1.91
25269857--25269881	13	1.9	13	100	0	50	32	4	0	64	1.12
25280327--25280383	2	28.5	2	89	0	87	0	43	0	56	0.99
25290748--25290930	30	6.2	30	86	5	241	31	8	16	43	1.79
25290757--25290930	60	3.0	60	89	6	268	31	9	17	41	1.81
25290759--25290951	30	6.4	30	83	8	214	31	7	18	43	1.77
25291072--25291151	41	2.0	40	85	2	106	25	20	26	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25293413--25293485	32	2.3	32	79	6	78	56	8	4	31	1.48
25295557--25295616	19	3.2	18	79	9	66	33	3	1	61	1.22
25305101--25305148	21	2.3	21	92	3	80	29	8	2	60	1.37
25306394--25306442	14	3.2	14	76	18	53	51	8	8	32	1.61
25308544--25308568	8	3.1	8	100	0	50	28	0	12	60	1.32
25311002--25311046	22	2.1	21	87	4	63	11	15	28	44	1.81
25311137--25311384	43	5.8	43	83	4	279	26	29	19	24	1.98
25313055--25313115	28	2.2	28	85	5	79	32	24	9	32	1.88
25316414--25316453	18	2.2	18	90	0	62	15	2	2	80	0.93
25316794--25316846	22	2.4	23	81	9	65	32	45	1	20	1.62
25316835--25316875	21	2.0	20	85	4	55	39	41	0	19	1.52
25317158--25317248	33	2.8	33	82	0	101	35	45	3	16	1.64
25318111--25318310	41	4.9	41	91	0	319	29	27	22	20	1.98
25318347--25318481	40	3.4	40	79	4	150	20	20	22	37	1.95
25324628--25324725	27	3.6	27	88	2	126	26	26	7	39	1.82
25329647--25329895	47	5.4	47	87	3	355	42	14	10	32	1.79
25329647--25329895	92	2.7	91	90	1	381	42	14	10	32	1.79
25329647--25329905	138	1.9	137	91	2	430	42	14	10	32	1.79
25330239--25330268	14	2.1	15	93	6	53	56	20	0	23	1.42
25330921--25331041	43	2.8	43	74	18	117	32	28	17	21	1.96
25339793--25339850	26	2.2	26	87	0	80	25	15	17	41	1.89
25341940--25342021	25	3.3	25	74	3	76	40	21	18	19	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25341939--25342057	25	4.8	24	71	7	69	40	21	19	19	1.92
25349243--25349303	25	2.5	25	78	5	63	40	16	26	16	1.89
25360720--25360753	15	2.1	17	89	10	54	55	5	0	38	1.24
25364467--25364805	178	1.9	177	87	3	502	24	12	19	43	1.85
25370823--25370858	5	7.2	5	93	0	63	58	2	0	38	1.13
25373421--25373464	19	2.4	18	81	7	54	68	6	0	25	1.14
25373453--25373597	78	1.9	76	83	9	186	55	6	2	35	1.40
25376515--25376560	15	3.1	15	84	15	60	63	0	2	34	1.07
25376771--25376829	21	2.8	21	79	7	66	64	1	0	33	1.04
25376777--25376831	13	4.0	13	79	9	56	61	0	0	38	0.96
25376777--25376831	27	2.0	28	86	10	78	61	0	0	38	0.96
25378680--25378731	4	13.0	4	95	0	86	21	0	28	50	1.49
25380318--25380398	26	3.2	26	62	28	64	23	14	28	33	1.94
25380208--25380406	51	3.9	50	80	3	229	25	16	27	31	1.97
25384895--25384926	15	2.1	16	88	11	50	15	9	6	68	1.36
25388114--25388158	17	2.8	17	80	10	58	53	2	20	24	1.57
25388319--25388373	23	2.4	23	93	0	92	25	29	7	38	1.83
25388990--25389027	19	2.0	20	89	5	60	55	13	2	28	1.51
25388943--25389088	72	2.0	71	90	3	231	54	8	5	31	1.54
25391003--25391040	20	1.9	20	100	0	76	21	23	23	31	1.98
25400015--25400096	41	2.0	41	100	0	164	36	12	17	34	1.87
25406332--25406392	16	3.6	17	79	16	65	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25418629--25418783	46	3.6	45	79	18	195	35	12	22	29	1.91
25418629--25418782	81	1.9	82	94	1	274	35	12	22	29	1.91
25418665--25418736	36	2.0	36	94	2	128	37	12	20	29	1.90
25424155--25424245	40	2.2	40	82	5	103	34	21	23	20	1.97
25424172--25424307	40	3.4	38	77	8	130	38	22	19	19	1.93
25424348--25424583	41	5.8	41	86	2	314	23	21	25	30	1.99
25424348--25424583	123	1.9	123	87	3	350	23	21	25	30	1.99
25429974--25430032	17	3.6	17	72	19	54	52	1	1	44	1.21
25432746--25432865	49	2.4	49	90	0	177	22	24	13	40	1.90
25437176--25437201	13	2.0	13	100	0	52	46	15	0	38	1.46
25453208--25453382	71	2.5	69	86	3	226	28	14	23	34	1.94
25453395--25453547	72	2.1	71	85	4	218	22	15	22	39	1.91
25453480--25454107	140	4.5	140	97	1	1159	25	17	20	37	1.94
25453945--25453978	13	2.5	13	90	4	50	20	11	8	58	1.59
25454027--25454250	72	3.0	72	84	9	290	30	16	19	33	1.94
25454204--25454299	49	2.0	49	97	0	183	30	16	20	32	1.95
25454132--25454371	121	2.0	121	94	0	426	30	16	20	32	1.95
25454253--25454918	73	8.7	74	81	11	691	30	16	19	33	1.94
25454027--25454515	270	1.8	269	89	4	779	31	16	19	32	1.94
25454452--25455488	158	6.5	158	79	11	980	31	15	18	33	1.93
25454926--25455156	74	3.1	74	82	5	313	32	16	19	32	1.94
25455167--25455388	75	2.9	76	83	4	281	33	17	18	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25454771--25455498	238	3.1	239	94	1	1230	32	15	18	33	1.93
25458651--25458693	21	2.1	21	91	4	70	30	4	13	51	1.62
25461193--25461264	15	5.1	14	77	12	67	63	0	2	33	1.08
25461187--25461263	30	2.7	27	75	21	77	64	0	2	32	1.07
25476191--25476215	13	1.9	13	100	0	50	64	0	4	32	1.12
25477783--25477815	16	2.0	17	94	5	59	30	18	24	27	1.98
25478565--25478607	17	2.5	17	80	0	50	30	6	16	46	1.73
25482638--25482731	48	2.0	48	97	0	179	41	14	22	21	1.89
25489515--25489551	9	4.1	9	85	0	56	43	13	10	32	1.79
25490578--25490603	5	5.2	5	100	0	52	19	19	19	42	1.90
25492214--25492251	16	2.4	16	87	12	60	71	7	0	21	1.11
25506623--25506654	16	2.0	16	100	0	64	25	25	12	37	1.91
25509909--25509962	16	3.4	17	80	10	69	18	24	0	57	1.40
25517874--25517910	3	12.3	3	88	0	56	64	0	32	2	1.07
25518831--25518868	20	1.9	20	94	0	67	34	5	28	31	1.80
25519734--25519827	23	4.1	23	83	0	116	23	23	4	48	1.68
25524241--25524334	23	4.1	23	84	0	125	23	24	4	47	1.69
25526492--25526674	10	19.0	10	67	22	63	30	3	1	64	1.18
25526492--25526764	20	14.9	18	67	20	124	32	3	1	62	1.20
25526607--25526674	30	2.2	30	80	12	77	29	2	1	66	1.15
25527550--25527891	189	1.8	185	89	3	542	33	11	13	41	1.80
25532876--25532912	17	2.2	17	95	0	65	35	16	5	43	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25549533--25549625	44	2.1	46	88	8	138	32	4	29	34	1.77
25549780--25549930	28	5.1	28	64	19	65	53	3	0	42	1.22
25550058--25550116	29	2.1	28	87	6	84	49	5	10	35	1.59
25553030--25553092	23	2.5	24	82	12	83	3	7	22	66	1.32
25553206--25553340	25	5.4	25	79	6	139	26	17	36	19	1.94
25553377--25553470	33	2.7	35	76	14	95	38	2	32	26	1.68
25553773--25553844	33	2.3	31	82	4	90	16	11	5	66	1.40
25561721--25561786	29	2.3	29	97	0	123	37	15	6	40	1.72
25564740--25564780	21	2.0	21	100	0	82	36	24	24	14	1.93
25566689--25566883	54	3.6	54	84	4	250	42	20	15	21	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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