genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.99.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27982761--27982829	24	2.9	24	82	0	75	28	8	21	40	1.83
27982785--27982844	24	2.5	24	83	0	75	26	8	21	43	1.81
27983020--27983173	32	4.8	33	75	7	156	20	22	20	35	1.96
27983020--27983173	64	2.4	64	89	2	229	20	22	20	35	1.96
27987461--27987767	40	7.7	40	97	0	569	21	27	20	29	1.98
28009645--28009674	15	1.9	16	93	6	53	0	16	0	83	0.65
28012138--28012228	30	3.0	30	90	0	128	28	15	19	36	1.92
28012349--28012373	7	3.6	7	100	0	50	28	0	28	44	1.55
28015105--28015159	22	2.5	22	75	0	56	52	3	3	40	1.36
28016611--28016664	24	2.4	22	75	12	56	40	7	0	51	1.30
28020335--28020368	14	2.3	15	90	5	52	55	0	0	44	0.99
28020361--28020440	10	8.6	9	69	12	54	65	2	2	30	1.19
28020372--28020466	46	2.1	47	78	9	106	62	4	2	31	1.26
28020378--28020440	19	3.4	18	80	6	63	61	3	1	33	1.21
28020663--28020743	39	2.1	38	84	6	101	29	2	3	64	1.24
28020703--28020763	28	2.2	28	85	5	79	36	1	1	60	1.16
28029753--28029906	74	2.1	74	93	0	263	29	7	26	37	1.83
28032070--28032200	45	2.9	45	80	0	145	43	13	17	25	1.86
28033497--28033531	17	2.1	17	100	0	70	22	0	31	45	1.53
28045378--28045429	23	2.3	23	83	6	61	30	25	21	23	1.99
28045425--28045488	23	2.8	23	85	0	83	32	17	15	34	1.91
28045452--28045500	11	4.3	12	72	12	50	36	16	12	34	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28045525--28045594	36	1.9	36	85	0	95	35	20	14	30	1.92
28045742--28045798	24	2.4	24	85	5	71	33	22	21	22	1.97
28049149--28049179	11	2.8	11	100	0	62	54	0	0	45	0.99
28049135--28049238	39	2.6	40	84	7	140	62	0	1	35	1.06
28050223--28050282	31	1.9	31	83	10	77	36	3	5	55	1.38
28060222--28060264	17	2.7	16	86	13	54	41	0	18	39	1.51
28060786--28060815	15	2.0	15	93	0	51	63	6	0	30	1.20
28061201--28061248	17	2.5	20	75	25	59	68	10	8	12	1.39
28068581--28068613	17	1.9	17	88	11	50	30	3	21	45	1.67
28071339--28071397	26	2.3	26	85	5	75	47	11	11	28	1.76
28090154--28090186	13	2.5	13	100	0	66	39	33	0	27	1.57
28092069--28092180	44	2.6	43	82	5	136	28	18	22	30	1.97
28091987--28092621	45	14.5	45	71	12	358	30	19	23	26	1.98
28092199--28092618	133	3.2	133	74	8	340	30	19	22	26	1.98
28092339--28092656	174	1.8	174	87	4	480	33	18	20	27	1.96
28092224--28092671	89	5.1	89	72	9	195	32	19	22	25	1.97
28094121--28094189	24	2.9	24	68	18	63	36	5	2	55	1.39
28094146--28094186	20	2.0	21	86	13	59	36	4	0	58	1.20
28098519--28098869	92	3.8	92	74	12	333	33	17	19	29	1.95
28098475--28098917	182	2.4	182	87	2	649	32	17	20	29	1.95
28098797--28098957	44	3.8	41	78	13	157	29	19	21	29	1.98
28098838--28099267	44	9.5	44	70	14	193	30	18	20	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28099064--28099361	92	3.3	92	74	11	306	31	17	19	31	1.95
28099019--28099365	181	1.9	181	92	2	581	31	17	20	30	1.96
28098833--28099325	96	5.4	96	71	13	344	32	17	20	29	1.96
28098701--28099361	318	2.1	313	84	6	848	32	17	19	29	1.95
28101014--28101042	5	5.8	5	100	0	58	17	0	0	82	0.66
28112170--28112203	3	11.3	3	90	0	50	70	26	0	2	1.01
28114442--28114530	45	2.0	45	88	4	135	30	3	8	57	1.46
28114974--28115062	44	2.2	41	79	15	103	26	12	11	49	1.74
28114989--28115078	44	2.0	44	97	0	171	27	13	12	46	1.78
28120258--28120333	26	2.9	26	73	7	73	34	15	6	43	1.73
28120479--28120516	19	2.1	18	85	14	51	13	23	0	63	1.30
28123134--28123168	13	2.7	13	81	0	52	25	11	8	54	1.64
28124881--28124939	25	2.4	24	83	5	73	69	6	8	15	1.34
28127642--28127666	9	2.8	9	100	0	50	60	0	0	40	0.97
28128072--28128115	17	2.5	18	82	14	56	47	2	0	50	1.13
28132540--28132598	29	2.0	29	81	12	68	47	22	8	22	1.77
28132549--28132612	29	2.2	29	86	8	85	46	23	6	23	1.74
28134145--28134570	22	19.4	22	85	0	557	42	18	11	27	1.85
28135482--28135522	18	2.3	18	100	0	82	39	14	0	46	1.45
28141464--28141500	13	2.8	13	100	0	74	48	16	5	29	1.68
28145211--28145338	34	3.8	34	77	8	134	67	0	30	1	1.06
28145424--28145477	28	2.0	27	85	3	72	42	3	9	44	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28148944--28148977	16	2.1	17	88	5	52	64	11	0	23	1.26
28149278--28149342	27	2.4	27	84	0	85	21	30	29	18	1.97
28153916--28153955	21	1.9	21	85	10	55	37	12	0	50	1.41
28154382--28154472	27	3.4	27	86	3	130	20	24	32	21	1.98
28154710--28154735	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
28157287--28157377	27	3.4	27	83	3	112	21	30	24	23	1.99
28158223--28158273	22	2.5	21	81	18	63	50	13	17	17	1.77
28158428--28158453	9	2.9	9	100	0	52	57	0	0	42	0.98
28158517--28158584	31	2.2	30	85	12	86	42	0	0	57	0.98
28158648--28158704	15	3.5	15	76	17	60	49	0	1	49	1.11
28158628--28158686	19	3.0	19	76	9	64	47	1	3	47	1.29
28175266--28175311	20	2.3	20	92	7	76	54	2	2	41	1.25
28175575--28175631	21	2.8	20	81	7	53	33	3	1	61	1.23
28175556--28175618	22	2.7	24	78	7	67	39	1	1	57	1.18
28175598--28175677	19	4.3	19	74	16	69	33	6	0	60	1.22
28175624--28175747	9	12.9	10	69	19	59	41	6	0	52	1.27
28175577--28175686	10	11.1	10	67	18	52	33	5	0	60	1.26
28175598--28175747	20	7.8	20	70	16	104	39	6	0	54	1.27
28175577--28175747	77	2.2	79	80	7	179	38	5	0	54	1.29
28195221--28195255	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
28207332--28207357	13	2.0	13	100	0	52	46	7	15	30	1.74
28208192--28208230	21	1.9	21	89	5	62	25	15	25	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28212217--28212245	12	2.3	13	94	5	51	0	24	0	75	0.80
28212306--28212360	3	19.0	3	92	7	96	34	0	0	65	0.93
28212318--28212371	25	2.1	25	89	3	81	37	1	1	59	1.19
28214439--28214560	61	2.1	57	80	11	131	37	5	6	50	1.52
28218419--28218478	27	2.2	27	78	0	66	35	15	21	28	1.93
28219813--28219846	18	1.9	17	88	5	50	38	2	0	58	1.13
28220006--28220043	20	1.9	20	88	0	58	50	5	0	44	1.24
28222752--28222782	7	4.4	7	95	0	53	16	25	0	58	1.38
28233818--28233903	40	2.3	36	80	13	93	32	5	9	52	1.57
28235372--28235401	16	1.9	15	93	6	51	26	3	0	70	1.03
28235135--28235909	321	2.4	318	92	3	1308	30	10	8	49	1.67
28236301--28236360	5	12.4	5	78	7	61	0	38	0	61	0.96
28236303--28236371	10	6.6	10	71	25	54	0	37	0	62	0.96
28237598--28237657	18	3.2	19	76	23	56	48	0	0	51	1.00
28239297--28239348	21	2.5	21	83	0	77	13	19	42	25	1.87
28242048--28242183	21	6.5	21	74	8	107	21	21	14	42	1.88
28242048--28242095	20	2.3	20	85	3	60	22	16	16	43	1.87
28242069--28242184	42	2.8	42	82	1	135	21	22	13	42	1.88
28242076--28242197	42	2.9	40	80	4	118	20	22	14	41	1.89
28249281--28249383	21	5.0	21	79	1	100	17	19	18	44	1.87
28249281--28249389	42	2.6	42	85	1	139	17	20	18	44	1.88
28249512--28249780	43	6.3	43	87	1	387	21	28	21	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28250285--28250346	25	2.4	26	89	2	90	40	1	14	43	1.55
28250285--28250352	17	4.0	17	70	14	50	39	1	14	44	1.55
28250443--28250506	9	7.4	9	80	5	71	32	1	18	46	1.59
28250443--28250508	26	2.6	25	82	4	78	33	1	18	46	1.58
28250485--28250529	21	2.1	21	84	8	56	35	2	15	46	1.58
28251241--28251287	21	2.2	21	84	0	58	46	0	12	40	1.42
28254758--28255024	75	3.4	74	67	19	193	27	23	18	30	1.98
28254510--28255019	160	3.2	160	93	1	878	28	24	17	30	1.97
28255293--28255332	20	2.0	21	95	5	73	25	0	0	75	0.81
28255293--28255370	28	2.8	27	75	11	68	32	2	0	65	1.06

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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