genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  86  of  199  ( 23844 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24158007--24158042	16	2.2	16	100	0	72	25	0	36	38	1.56
24158278--24158312	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
24158377--24158428	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
24158518--24158552	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
24158638--24158685	18	2.8	18	74	22	50	56	0	0	43	0.99
24158617--24158668	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
24158611--24158804	59	3.4	54	68	21	142	51	3	3	42	1.35
24158261--24158793	120	4.4	120	95	1	928	48	5	2	43	1.39
24158790--24158988	92	2.2	92	80	4	215	47	4	3	45	1.37
24158930--24158963	16	2.1	17	88	5	52	58	0	0	41	0.98
24160817--24160857	20	2.0	20	95	0	73	24	24	17	34	1.96
24167083--24167130	24	2.0	24	100	0	96	37	4	4	54	1.39
24167263--24167315	21	2.5	21	90	0	79	30	35	9	24	1.87
24167378--24167433	21	2.7	21	88	0	85	26	8	35	28	1.87
24172238--24172306	33	2.1	34	83	8	88	37	10	15	36	1.82
24174676--24174723	19	2.4	20	89	10	80	31	0	4	64	1.12
24174679--24174758	23	3.6	24	82	12	82	26	1	5	67	1.18
24174676--24174726	20	2.6	19	93	6	84	31	0	3	64	1.11
24174942--24175047	48	2.2	48	81	1	122	23	20	29	26	1.99
24176940--24177000	28	2.2	27	82	11	70	45	0	3	50	1.17
24179997--24180026	8	3.9	8	95	4	53	40	0	20	40	1.52
24181441--24181485	21	2.2	21	84	4	56	33	6	0	60	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24183194--24183283	44	2.0	44	100	0	180	23	15	22	38	1.92
24188180--24188233	22	2.4	23	81	6	58	51	9	0	38	1.34
24188461--24188492	14	2.1	16	88	11	50	34	12	9	43	1.75
24197940--24198063	54	2.3	53	80	5	133	21	27	25	25	2.00
24199859--24199894	17	2.1	18	94	5	65	41	16	5	36	1.72
24206448--24206486	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
24206605--24206633	8	3.6	8	100	0	58	24	13	27	34	1.93
24206720--24206795	23	3.3	23	92	0	134	25	21	25	28	1.99
24215073--24215106	17	1.9	18	94	5	61	47	14	5	32	1.69
24224028--24224067	9	4.2	9	84	9	53	55	7	5	32	1.50
24224032--24224071	19	2.2	18	86	13	55	52	5	5	37	1.45
24241103--24241223	27	4.5	27	73	12	95	33	13	28	24	1.93
24241094--24241252	27	5.9	27	71	8	90	32	13	28	25	1.94
24251609--24251645	16	2.3	16	95	0	65	35	5	35	24	1.78
24251625--24251721	44	2.2	44	87	5	133	29	5	29	35	1.79
24251879--24251918	16	2.4	17	84	15	57	57	0	0	42	0.98
24251899--24252089	61	3.2	61	72	11	212	51	4	1	42	1.29
24251974--24252014	13	3.2	12	80	12	55	58	0	0	41	0.98
24251960--24252148	59	3.2	59	73	11	213	55	3	0	41	1.20
24251864--24252151	120	2.4	120	94	0	504	52	3	1	43	1.26
24255625--24255809	50	3.7	50	88	0	262	22	30	22	24	1.99
24258072--24258256	50	3.7	50	86	0	253	21	30	22	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24259369--24259437	25	2.8	25	78	12	70	20	1	4	73	1.07
24259404--24259440	14	2.9	13	88	11	51	18	0	8	72	1.08
24259382--24259440	25	2.4	25	85	5	75	20	1	5	72	1.12
24259648--24259695	25	1.9	25	82	0	60	20	6	8	64	1.43
24261090--24261122	6	5.7	6	89	3	50	12	0	12	75	1.04
24261080--24261128	12	4.2	12	84	7	57	12	2	8	77	1.07
24261080--24261143	17	3.7	17	82	12	69	14	1	9	75	1.12
24261099--24261190	47	2.0	47	81	12	109	16	2	13	68	1.30
24265389--24265430	3	14.0	3	80	9	50	30	2	2	64	1.19
24265667--24265729	32	2.0	30	84	6	81	34	0	4	60	1.18
24265684--24265727	22	2.0	21	82	4	52	34	0	6	59	1.24
24265902--24265927	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
24269278--24269381	49	2.1	49	89	0	154	28	7	11	51	1.65
24270781--24271096	120	2.6	120	96	0	587	43	2	5	49	1.36
24270922--24271096	38	4.5	37	66	20	104	44	1	5	49	1.35
24271183--24271216	16	2.1	16	94	0	59	38	0	0	61	0.96
24271207--24271323	16	7.2	16	69	12	60	47	0	3	49	1.18
24271151--24271320	81	2.1	81	95	3	308	47	1	2	48	1.24
24271081--24271441	199	1.8	201	93	1	627	44	1	4	49	1.32
24271231--24271614	120	3.2	120	95	0	698	44	1	5	48	1.34
24271532--24271686	73	2.1	72	95	1	274	43	3	6	46	1.45
24271885--24271931	16	2.9	16	93	0	76	27	36	0	36	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24276309--24276357	7	7.1	7	77	13	57	14	46	0	38	1.44
24278734--24278780	23	2.0	23	100	0	94	21	21	8	48	1.76
24279083--24279117	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
24282236--24282269	9	3.7	9	92	4	50	35	0	5	58	1.22
24283731--24283824	37	2.5	35	80	14	100	30	23	1	44	1.60
24284507--24284552	6	7.7	6	95	0	83	0	17	0	82	0.67
24284507--24284564	12	4.8	12	89	6	82	0	20	0	79	0.74
24284507--24284560	18	3.0	18	89	5	83	0	20	0	79	0.73
24284621--24284655	17	2.0	18	88	5	54	14	8	5	71	1.29
24284609--24284668	23	2.8	21	82	10	59	13	8	3	75	1.16
24285380--24285437	25	2.4	24	85	8	73	39	15	5	39	1.70
24285543--24285570	11	2.5	11	100	0	56	42	0	0	57	0.99
24289398--24289444	24	2.0	24	88	8	71	53	0	2	44	1.12
24294170--24294239	6	11.7	6	96	0	131	32	1	15	50	1.53
24295536--24295670	61	2.2	61	86	0	189	47	7	2	42	1.46
24300716--24300750	7	5.0	7	100	0	70	42	14	14	28	1.84
24307502--24307620	59	2.0	59	96	0	220	40	4	7	47	1.51
24307787--24307811	9	2.8	9	100	0	50	24	0	0	76	0.80
24307995--24308239	112	2.2	113	90	0	384	31	17	12	38	1.87
24308591--24308731	67	2.1	67	87	0	201	36	18	6	38	1.76
24308850--24308902	26	2.0	26	96	0	97	35	20	20	22	1.96
24309754--24309782	6	4.8	6	100	0	58	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24310130--24310179	18	2.7	18	82	14	66	22	2	6	70	1.20
24312414--24312527	15	8.0	15	75	11	87	26	20	25	28	1.99
24312416--24312475	29	2.1	29	90	0	93	23	15	28	33	1.94
24312545--24312648	22	4.6	22	66	9	66	36	14	16	32	1.89
24312549--24312692	68	2.2	66	83	5	173	36	12	17	34	1.87
24312568--24312697	44	2.9	44	82	4	127	38	10	16	34	1.83
24312568--24312697	22	5.8	22	69	3	89	38	10	16	34	1.83
24326872--24326918	13	3.6	13	75	11	51	34	4	34	27	1.77
24326865--24326923	26	2.3	26	96	0	109	27	6	28	37	1.82
24326865--24326931	26	2.6	26	90	0	80	29	7	28	34	1.85
24327168--24327228	19	3.1	19	81	9	70	50	0	1	47	1.10
24328994--24329168	72	2.4	73	79	8	196	54	12	8	24	1.64
24329590--24329673	18	4.7	18	96	0	150	39	13	14	33	1.84
24330562--24330693	43	3.1	43	92	0	210	28	33	18	19	1.95
24330642--24330750	57	1.9	57	90	0	173	30	35	11	22	1.90
24330699--24330804	43	2.5	42	86	4	140	33	32	13	21	1.92
24330599--24330785	100	1.9	100	86	0	266	28	33	14	22	1.94
24333847--24333906	24	2.5	24	89	2	95	58	8	10	23	1.57
24335076--24335125	21	2.4	21	83	6	66	26	0	50	24	1.50
24335159--24335426	75	3.5	76	92	3	432	33	8	11	45	1.72
24335346--24335527	93	2.0	90	91	3	292	30	13	12	43	1.81
24335526--24335709	77	2.4	76	94	1	323	31	11	14	42	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24335602--24336037	228	1.9	231	92	2	743	28	12	15	43	1.82
24335602--24336051	116	3.9	116	91	3	739	28	13	15	43	1.84
24336938--24337119	89	2.0	89	81	4	206	44	25	3	26	1.69
24337112--24337176	7	9.3	7	76	6	60	35	38	0	26	1.57
24337125--24337176	14	3.7	14	89	0	68	34	38	0	26	1.57
24337198--24337227	15	2.1	15	93	6	53	33	33	0	33	1.58
24337606--24337805	41	4.9	41	86	0	265	30	21	20	28	1.98
24338129--24338488	107	3.3	107	93	3	585	36	8	6	48	1.61
24338467--24338503	15	2.5	15	100	0	74	43	0	5	51	1.24
24340462--24340519	19	3.1	19	82	0	80	51	20	24	3	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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