genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  68  of  199  ( 23844 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19162990--19163016	5	5.4	5	100	0	54	40	18	0	40	1.51
19163760--19163815	29	2.0	28	83	13	71	35	8	0	55	1.31
19180825--19180890	35	1.9	34	87	9	98	51	1	7	39	1.40
19186427--19186451	11	2.3	11	100	0	50	36	8	0	56	1.29
19187443--19187591	79	1.9	79	90	0	235	28	10	16	43	1.82
19188856--19188898	22	2.0	22	95	0	77	9	20	27	41	1.83
19188994--19189441	43	10.3	42	72	7	277	27	29	20	22	1.99
19189146--19189421	87	3.2	87	86	2	358	27	30	17	24	1.97
19189168--19189441	130	2.1	129	81	4	309	30	31	17	21	1.96
19189212--19189466	87	3.0	86	84	1	215	29	30	17	23	1.97
19189795--19189849	21	2.6	21	91	0	83	5	40	20	34	1.75
19189838--19189882	21	2.1	21	84	8	56	2	37	17	42	1.62
19189874--19189999	66	1.9	66	87	6	184	15	26	16	40	1.89
19189874--19190022	66	2.3	66	83	4	176	15	26	17	40	1.89
19195421--19195787	9	42.9	9	67	13	132	30	4	19	45	1.70
19195517--19195586	16	4.8	16	68	22	64	27	4	22	45	1.71
19195519--19195566	25	1.9	25	86	0	69	27	4	25	43	1.72
19195521--19195600	41	2.0	41	87	0	115	27	3	23	45	1.70
19195571--19195668	36	2.7	36	95	0	169	28	3	19	48	1.63
19195557--19195678	36	3.4	36	85	6	160	30	2	19	47	1.62
19195785--19196021	48	5.1	51	63	28	159	49	3	6	39	1.47
19195784--19196086	91	3.4	90	95	4	528	50	3	6	38	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19195891--19196039	47	3.2	49	64	23	124	51	3	5	39	1.41
19206760--19206802	22	2.0	22	85	0	59	11	18	25	44	1.84
19212510--19212708	9	23.8	9	69	19	69	30	4	20	45	1.69
19212602--19212671	16	4.8	16	68	22	64	27	4	22	45	1.71
19212604--19212651	25	1.9	25	86	0	69	27	4	25	43	1.72
19212606--19212685	41	2.0	41	87	0	115	27	3	23	45	1.70
19212666--19212726	17	3.4	18	69	15	54	27	1	18	52	1.54
19212656--19212766	35	3.1	35	82	13	131	30	2	15	51	1.57
19212888--19213553	92	7.4	90	95	4	1095	48	4	6	39	1.49
19212888--19213553	182	3.7	184	95	4	1205	48	4	6	39	1.49
19213339--19213486	51	3.1	51	63	25	140	50	3	6	39	1.46
19212888--19213553	270	2.5	274	94	5	1201	48	4	6	39	1.49
19215504--19215548	23	2.0	23	86	8	65	40	6	6	46	1.56
19230667--19230715	24	2.0	24	100	0	98	36	8	16	38	1.78
19241870--19242262	96	4.5	90	86	12	504	51	4	6	36	1.48
19241886--19242204	47	7.1	44	64	22	139	52	4	6	36	1.48
19244210--19244262	23	2.3	24	84	12	67	43	5	5	45	1.51
19251344--19251382	18	2.2	18	86	4	53	51	0	0	48	1.00
19259345--19259392	24	2.0	24	100	0	96	37	8	16	37	1.79
19265830--19265999	29	6.0	29	82	4	177	33	22	16	27	1.95
19265830--19265999	59	3.0	57	82	5	182	33	22	16	27	1.95
19267798--19267834	9	4.2	9	89	3	58	13	0	29	56	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19273807--19273887	25	3.4	25	67	19	82	53	7	13	25	1.66
19273793--19273886	46	2.0	46	100	0	188	50	10	12	26	1.73
19275372--19275435	33	1.9	34	87	6	96	43	17	4	34	1.69
19276217--19276273	23	2.6	21	83	16	71	17	7	21	54	1.66
19276236--19276288	23	2.3	23	100	0	106	20	7	26	45	1.78
19277474--19277800	48	6.8	48	98	0	618	49	6	7	35	1.58
19281832--19281879	26	1.9	25	84	16	64	45	0	2	52	1.12
19281695--19281904	93	2.3	91	85	5	262	45	2	4	46	1.39
19281958--19282168	66	3.4	63	69	21	183	42	3	5	48	1.43
19281920--19282212	120	2.4	120	93	3	493	43	2	4	49	1.37
19281994--19282177	59	3.1	59	66	20	164	43	2	5	48	1.39
19282045--19282096	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
19281982--19282167	61	3.1	61	67	17	179	42	2	6	48	1.43
19282174--19282215	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
19282165--19282206	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
19282149--19282455	154	2.0	155	95	1	553	47	4	2	44	1.38
19282315--19282349	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
19282444--19282474	15	2.1	15	100	0	62	51	16	6	25	1.68
19282600--19282635	16	2.2	16	100	0	72	38	36	0	25	1.56
19287507--19287605	33	3.0	32	88	4	144	21	32	11	35	1.88
19296765--19296808	21	2.1	21	91	0	70	43	29	11	15	1.82
19308819--19308868	25	2.0	25	84	7	66	34	0	2	64	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19330969--19331035	28	2.4	27	90	2	107	41	0	26	31	1.56
19333831--19333861	16	1.9	16	93	0	53	74	9	6	9	1.23
19339407--19339509	50	2.1	50	100	0	206	34	13	30	21	1.92
19350889--19350922	17	2.1	16	88	5	50	47	17	14	20	1.83
19369136--19369188	25	2.1	25	82	0	61	60	7	7	24	1.50
19372428--19373054	211	3.0	209	90	1	968	41	17	18	22	1.90
19375719--19375762	22	2.0	22	86	0	61	56	2	6	34	1.38
19376980--19377196	77	2.8	77	96	1	391	36	17	3	42	1.67
19378846--19378923	3	26.3	3	84	7	106	33	1	1	64	1.10
19379919--19380063	76	1.9	76	89	0	227	43	20	4	31	1.73
19382469--19382504	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
19383116--19383328	89	2.4	89	80	3	239	34	24	15	24	1.95
19384581--19384700	62	2.0	60	95	3	213	15	23	32	28	1.95
19384607--19384706	32	3.2	32	61	25	77	15	21	34	30	1.93
19394830--19394881	24	2.2	24	100	0	104	19	30	17	32	1.95
19409119--19409531	27	15.4	27	85	4	392	19	16	21	42	1.89
19420108--19420145	19	2.0	19	94	0	67	31	23	10	34	1.89
19427491--19427531	19	2.2	19	100	0	82	24	19	12	43	1.85
19431067--19431108	22	1.9	22	85	9	59	30	9	14	45	1.77
19435120--19435169	4	13.0	4	76	16	52	72	0	26	2	0.96
19435596--19435621	7	3.7	7	100	0	52	46	11	0	42	1.40
19437174--19437213	21	1.9	21	84	0	53	20	5	22	52	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19438505--19438566	27	2.3	27	91	0	97	41	14	12	30	1.83
19454709--19454763	28	2.0	28	89	6	87	21	10	9	58	1.60
19466906--19466965	31	1.9	31	89	0	93	18	13	15	53	1.73
19469732--19469776	19	2.3	18	82	14	54	22	8	0	68	1.16
19470316--19470378	18	3.4	19	75	12	60	47	1	3	47	1.27
19470945--19470990	21	2.1	22	96	4	85	19	28	4	47	1.68
19473228--19473263	18	2.0	18	88	0	54	30	0	8	61	1.26
19473279--19473355	20	3.8	20	77	13	95	58	0	3	37	1.17
19473426--19473502	14	5.0	15	71	20	61	42	15	7	33	1.76
19473442--19473481	20	2.0	20	85	0	53	50	10	10	30	1.69
19473430--19473496	34	1.9	35	87	3	100	46	13	7	32	1.71
19476113--19476378	47	5.7	47	69	17	153	42	18	13	25	1.86
19476085--19476376	23	12.5	22	73	11	208	42	18	14	25	1.87
19476065--19476351	70	4.1	70	88	2	423	42	19	13	24	1.87
19477093--19477190	28	3.5	27	83	5	115	29	27	11	31	1.91
19478538--19478747	104	2.0	104	100	0	420	34	17	7	40	1.78
19479788--19479812	13	1.9	13	100	0	50	8	16	4	72	1.24
19482627--19482812	50	3.7	49	77	16	193	23	17	27	31	1.97
19482622--19482805	101	1.8	101	89	4	291	23	17	27	31	1.97
19482728--19482807	25	3.2	26	67	29	73	22	13	28	35	1.92
19483031--19483062	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
19495679--19495713	17	2.0	17	88	5	52	11	20	42	25	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19495940--19496006	27	2.5	27	82	0	80	32	17	20	28	1.96
19496025--19496157	24	5.5	24	86	0	149	27	5	21	45	1.73
19496024--19496157	72	1.9	72	87	0	196	26	5	21	46	1.72
19496024--19496157	48	2.8	48	83	0	169	26	5	21	46	1.72
19496248--19496299	26	2.0	26	92	0	86	15	19	26	38	1.91
19496302--19496548	32	7.7	32	81	6	241	21	20	22	36	1.96
19496366--19496548	96	1.9	96	87	0	267	21	21	21	35	1.96
19496791--19496883	28	3.4	26	80	5	105	20	24	21	33	1.97
19496779--19496885	56	1.9	54	84	3	142	19	23	22	34	1.96
19497670--19497710	21	2.0	21	90	0	64	48	21	12	17	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199