genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  70  of  199  ( 23844 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19714247--19714298	23	2.2	25	80	13	65	3	21	5	69	1.26
19715182--19715590	27	15.2	27	81	7	413	43	19	15	21	1.87
19715747--19715798	26	2.0	26	92	0	86	15	23	23	38	1.92
19721466--19721544	38	2.1	38	100	0	158	22	17	24	35	1.95
19731930--19731998	36	2.0	35	85	5	95	33	7	17	42	1.77
19734925--19734958	14	2.2	16	90	10	54	41	0	2	55	1.15
19738494--19738555	21	3.0	21	95	0	106	19	30	22	27	1.98
19743545--19743581	3	12.7	3	88	5	58	64	0	0	35	0.94
19744883--19744939	27	2.1	27	93	0	96	15	35	12	36	1.85
19745025--19745316	44	6.5	44	71	12	173	28	21	19	30	1.97
19745060--19745450	89	4.3	88	71	10	304	27	21	20	30	1.98
19745055--19745450	44	8.8	44	75	10	262	27	21	20	30	1.98
19745832--19746060	123	1.9	123	85	1	325	27	23	16	32	1.96
19746038--19746274	132	1.8	131	83	2	314	25	23	22	28	1.99
19746055--19746313	132	2.0	132	79	1	286	24	24	22	28	1.99
19746217--19746676	88	5.2	88	89	0	668	28	23	19	28	1.98
19746987--19747043	24	2.4	24	90	0	87	26	17	14	42	1.87
19754012--19754102	47	1.9	47	88	0	137	29	19	13	37	1.90
19756451--19756595	72	2.0	72	98	0	281	35	17	17	28	1.93
19762168--19762262	47	2.0	47	89	2	147	32	23	23	21	1.98
19766610--19766641	15	2.1	15	100	0	64	25	34	12	28	1.92
19778526--19778618	37	2.5	37	89	1	143	13	11	32	41	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19779191--19779217	13	2.1	13	100	0	54	29	25	7	37	1.83
19780320--19780424	40	2.6	41	90	3	167	30	24	21	22	1.99
19788518--19788562	10	4.4	10	77	5	54	75	6	13	4	1.15
19788522--19788562	15	2.7	15	80	3	55	73	7	14	4	1.22
19788522--19788565	16	2.8	17	80	13	58	70	9	15	4	1.30
19794306--19794352	19	2.4	20	76	16	53	42	6	10	40	1.65
19796793--19796824	16	2.0	16	93	0	55	31	0	9	59	1.29
19797930--19798120	68	2.8	69	81	7	230	36	16	21	25	1.94
19799540--19799574	18	2.0	17	88	5	52	14	2	11	71	1.25
19802065--19802105	18	2.3	18	86	0	55	9	9	14	65	1.46
19802778--19802850	38	1.9	38	82	0	92	46	8	27	17	1.76
19805362--19805419	28	2.2	26	79	14	64	43	0	1	55	1.10
19805363--19805420	27	2.1	28	84	9	75	41	0	1	56	1.09
19806389--19806794	113	3.6	112	74	15	338	34	11	11	42	1.76
19808634--19808662	14	2.0	15	93	6	51	89	6	3	0	0.57
19816293--19816354	32	1.9	32	83	0	79	43	11	4	40	1.62
19817468--19817522	19	3.0	19	81	5	51	50	0	3	45	1.19
19823002--19823028	12	2.2	12	100	0	54	18	11	22	48	1.79
19824039--19824083	13	3.6	13	77	19	51	60	2	2	35	1.22
19829582--19829649	23	3.0	25	76	24	69	35	7	2	54	1.43
19829583--19829662	22	3.7	21	75	12	72	37	7	2	52	1.43
19829647--19829733	24	3.8	23	74	17	90	41	9	2	47	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19829855--19829932	34	2.3	35	77	16	85	39	2	5	52	1.37
19829879--19829925	17	2.8	17	75	12	51	42	0	0	57	0.98
19835230--19835723	123	4.1	122	70	12	307	18	4	50	26	1.66
19835131--19835576	219	2.0	219	88	1	662	18	4	50	25	1.65
19834648--19835339	48	14.4	48	80	1	715	19	4	50	25	1.66
19835373--19835456	21	3.7	21	69	17	69	15	3	57	23	1.54
19835134--19835432	75	4.1	75	70	10	240	19	4	50	25	1.66
19835353--19836796	96	15.1	96	82	2	1342	19	4	50	26	1.66
19835613--19835696	21	3.7	21	69	17	69	15	3	57	23	1.54
19835853--19835935	21	3.7	21	69	20	69	15	3	56	24	1.55
19835969--19836055	27	3.5	26	67	23	69	20	4	48	26	1.69
19835990--19836064	24	3.1	24	66	27	68	22	5	49	22	1.70
19836209--19836295	27	3.5	25	71	18	74	17	4	50	27	1.65
19836236--19836313	21	3.4	21	69	19	66	16	3	55	24	1.58
19836371--19836697	21	13.7	22	64	22	67	17	4	51	26	1.66
19836380--19836559	21	7.7	21	67	20	72	16	4	53	25	1.62
19836593--19836679	27	3.5	26	72	18	85	17	4	51	26	1.64
19836620--19836694	21	3.3	21	73	20	78	14	4	57	24	1.55
19836620--19836700	24	3.4	24	69	24	80	14	3	58	23	1.53
19835350--19836796	144	10.1	144	85	2	1422	19	4	50	26	1.66
19842818--19842858	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
19847932--19848114	40	4.6	40	94	0	312	30	19	21	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19852884--19852935	26	2.0	26	100	0	104	46	0	3	50	1.20
19852882--19852961	26	3.5	22	79	15	81	42	1	6	50	1.35
19852872--19852984	47	2.4	47	77	8	113	45	0	4	49	1.28
19852875--19853010	53	2.7	47	79	12	139	43	2	4	50	1.34
19862397--19862441	22	2.0	22	95	0	81	35	8	11	44	1.71
19862973--19862998	12	2.2	12	100	0	52	42	15	7	34	1.75
19862934--19863042	57	1.9	56	83	5	139	37	17	13	31	1.89
19862989--19863543	44	12.1	44	73	9	374	34	17	18	29	1.94
19862891--19863087	101	2.0	100	84	5	263	35	16	16	31	1.91
19862991--19863248	89	2.9	89	84	4	324	34	15	19	30	1.93
19863033--19863331	134	2.2	134	79	7	325	33	15	20	30	1.93
19863119--19863577	51	9.7	50	72	13	303	33	17	18	29	1.95
19863169--19863588	95	4.4	95	86	1	554	34	17	19	29	1.95
19865319--19865373	15	3.5	15	79	13	58	29	7	7	56	1.53
19867427--19867478	26	2.0	26	92	0	86	30	19	26	23	1.98
19875435--19875463	12	2.3	13	94	5	51	75	6	0	17	1.01
19876913--19877989	179	6.0	178	91	0	1641	27	18	21	32	1.97
19877055--19877990	44	20.9	44	71	8	447	27	18	22	31	1.97
19878815--19878861	24	1.9	25	91	4	78	2	10	2	85	0.78
19883156--19883201	23	2.0	23	100	0	92	8	52	4	34	1.52
19883445--19883485	20	2.0	20	100	0	82	14	14	4	65	1.42
19884573--19884622	13	3.9	13	82	15	68	16	18	4	62	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19884568--19884621	12	4.3	12	82	13	56	18	18	3	59	1.52
19886320--19886365	20	2.4	19	77	19	51	56	2	6	34	1.37
19893477--19893588	44	2.6	43	77	16	122	23	18	29	28	1.98
19900935--19900964	9	3.3	9	90	0	51	0	30	0	70	0.88
19903823--19903881	21	2.8	21	100	0	118	42	18	23	15	1.88
19904552--19904589	20	2.1	18	85	14	51	55	13	0	31	1.38
19907089--19907283	108	1.8	108	83	4	259	36	19	14	29	1.91
19907089--19907326	108	2.2	108	79	5	248	36	20	13	29	1.91
19910269--19910305	18	2.1	18	89	0	56	10	0	32	56	1.34
19914462--19914526	29	2.2	30	84	13	91	36	10	13	38	1.80
19915928--19915977	17	2.8	17	78	6	55	80	0	14	6	0.90
19925723--19925768	24	1.9	24	86	0	65	21	4	6	67	1.32
19926017--19926058	18	2.3	18	87	0	57	26	47	9	16	1.77
19930788--19930823	10	3.6	10	92	0	63	36	0	11	52	1.37
19932154--19932232	39	2.0	39	95	0	140	34	8	21	35	1.85
19946394--19946434	18	2.3	19	79	12	50	60	4	4	29	1.38
19946412--19946455	21	2.0	22	91	4	72	63	4	6	25	1.38
19948700--19948788	38	2.3	38	92	0	151	33	22	14	29	1.94
19950511--19950597	27	3.2	27	81	0	102	29	18	25	26	1.98
19952817--19952863	13	3.8	13	83	11	71	61	0	17	21	1.34
19952818--19952867	24	2.1	24	100	0	100	60	0	20	20	1.37
19955238--19955322	37	2.3	37	83	0	107	29	21	18	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19955458--19955571	28	4.1	28	78	13	74	28	17	14	38	1.90
19955499--19955580	28	2.9	28	85	3	103	25	18	17	39	1.92
19960751--19960775	12	2.1	12	100	0	50	36	8	8	48	1.62
19966439--19966558	27	4.4	27	89	6	156	45	17	19	18	1.86
19966736--19966790	26	2.1	26	86	0	74	21	20	23	34	1.97
19973954--19974121	27	6.3	27	82	8	157	45	20	16	18	1.86
19973954--19974121	54	3.1	54	88	2	241	45	20	16	18	1.86
19973975--19974121	27	5.5	26	83	8	161	45	19	16	18	1.85
19974295--19974349	26	2.1	26	93	0	92	20	21	21	36	1.95
19974454--19974517	28	2.3	28	86	2	85	21	23	21	32	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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