genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25865150--25865397	119	2.1	119	82	7	299	25	21	27	26	1.99
25868431--25868482	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
25872174--25872450	49	5.7	49	95	3	517	32	7	28	30	1.86
25872174--25872682	96	5.5	96	78	12	587	32	8	29	29	1.86
25872417--25872482	32	2.1	32	100	0	132	31	6	30	31	1.82
25872368--25872531	81	2.0	81	100	0	328	32	7	29	31	1.85
25872272--25872628	177	2.0	176	97	2	671	32	7	29	30	1.85
25872449--25872682	47	4.9	49	91	3	354	32	8	30	29	1.86
25872321--25872581	130	2.0	128	97	1	495	32	7	29	31	1.85
25872801--25872879	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
25874093--25874398	40	7.7	40	91	1	488	22	22	28	26	1.99
25877809--25878497	47	14.8	44	90	8	799	32	8	28	30	1.86
25877809--25878179	96	3.9	96	96	2	683	32	8	28	30	1.86
25878146--25878212	32	2.1	32	97	0	125	29	5	31	32	1.82
25878178--25878500	49	6.7	47	94	4	574	32	8	29	30	1.86
25878097--25878258	79	2.0	80	96	2	299	31	7	29	31	1.85
25878178--25878710	47	10.9	49	84	9	664	32	8	29	29	1.87
25878178--25878500	96	3.4	96	98	0	628	32	8	29	30	1.86
25878466--25878531	32	2.1	32	97	0	123	30	6	30	33	1.82
25878525--25878580	28	2.0	28	100	0	112	32	14	21	32	1.93
25878829--25878907	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
25883453--25883504	14	3.3	16	86	7	63	19	5	0	75	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25883451--25883522	7	9.7	7	72	15	56	20	4	0	75	0.97
25883697--25883721	12	2.1	12	100	0	50	44	8	24	24	1.80
25883748--25883800	6	8.0	6	78	17	52	20	0	5	73	1.03
25883748--25883800	13	4.0	13	81	13	56	20	0	5	73	1.03
25883748--25883797	21	2.5	20	79	17	59	22	0	6	72	1.07
25883792--25883837	16	2.9	16	81	18	53	26	6	6	60	1.46
25889011--25889066	27	2.1	27	100	0	112	35	17	14	32	1.90
25892816--25892951	68	2.0	68	91	2	220	33	19	16	30	1.93
25895278--25895353	40	1.9	40	94	0	134	21	31	18	28	1.97
25895277--25895364	40	2.2	40	87	0	131	20	31	17	30	1.95
25895358--25895432	20	3.8	20	72	13	73	20	37	17	25	1.94
25895341--25895433	40	2.3	40	81	0	114	22	35	15	26	1.94
25905120--25905156	4	9.2	4	100	0	74	27	0	24	48	1.51
25905984--25906177	61	3.2	59	67	13	153	19	18	23	38	1.93
25905983--25906205	120	1.9	119	82	7	281	20	17	22	38	1.93
25909576--25909652	38	2.0	39	90	7	122	33	1	0	64	1.01
25909607--25909662	25	2.2	26	83	6	69	26	1	3	67	1.16
25909607--25909659	27	2.0	27	85	3	72	26	1	3	67	1.17
25910154--25910192	20	2.0	20	85	10	53	41	2	5	51	1.38
25913907--25913944	4	9.8	4	88	11	53	73	0	0	26	0.83
25915474--25915770	44	6.6	44	72	13	117	29	21	19	28	1.98
25922384--25922429	19	2.4	19	85	0	56	0	4	15	80	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25922403--25922427	12	2.1	12	100	0	50	0	0	16	84	0.63
25926293--25926393	41	2.5	41	91	3	159	29	14	18	36	1.91
25927669--25927788	37	3.2	37	69	4	107	42	5	10	41	1.61
25927755--25927880	63	2.0	64	83	6	159	46	4	11	38	1.61
25934562--25934591	13	2.3	13	94	0	51	40	20	13	26	1.89
25939213--25939333	63	1.9	63	84	0	161	27	20	28	23	1.99
25940545--25940580	18	2.1	17	94	5	63	41	0	22	36	1.54
25944211--25944249	21	2.0	20	85	10	53	41	2	30	25	1.69
25947456--25947481	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
25950405--25950556	61	2.5	59	83	12	186	26	17	11	44	1.83
25950991--25951037	18	2.6	18	76	6	51	44	2	2	51	1.25
25959382--25959416	17	2.0	17	88	5	52	40	0	0	60	0.97
25959381--25959472	36	2.4	38	84	14	136	36	2	0	60	1.09
25961000--25961056	28	2.0	28	93	0	96	35	26	17	21	1.95
25972466--25972552	20	4.3	20	78	18	85	39	18	4	37	1.71
25972474--25972552	39	2.0	38	85	9	106	40	17	5	36	1.72
25974166--25974313	78	1.9	79	83	6	194	38	18	3	39	1.67
25974203--25974343	20	7.1	20	72	13	85	40	18	3	37	1.68
25974473--25974555	36	2.3	37	79	8	91	36	9	8	45	1.67
25987910--25987958	25	2.0	25	95	0	89	28	18	8	44	1.78
25990643--25990982	111	3.1	110	87	4	436	22	22	17	37	1.94
25990630--25990982	37	9.5	37	77	2	323	22	22	18	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25991148--25991208	22	2.8	21	85	5	68	44	0	19	36	1.51
25991167--25991223	22	2.6	22	89	8	82	42	0	21	36	1.53
25992425--25992458	9	3.7	9	84	7	50	50	8	0	41	1.34
25999873--25999992	49	2.4	49	90	0	177	40	13	24	22	1.90
26002863--26002892	14	2.1	14	93	0	51	56	13	6	23	1.60
26008111--26008346	41	5.8	41	86	2	314	30	25	21	23	1.99
26008111--26008346	123	1.9	123	87	3	350	30	25	21	23	1.99
26008386--26008521	40	3.4	39	77	8	132	19	19	22	38	1.93
26008451--26008538	40	2.2	40	81	6	97	21	22	20	35	1.96
26010331--26010395	34	1.9	34	87	0	94	32	16	20	30	1.95
26014301--26014498	46	4.6	45	81	15	231	29	21	13	35	1.91
26014390--26014462	36	2.0	36	97	0	137	28	20	12	38	1.89
26014344--26014498	82	1.9	82	93	2	267	30	21	11	36	1.89
26021800--26021871	21	3.4	21	96	1	126	1	36	15	47	1.54
26022863--26022924	31	2.0	31	100	0	124	41	16	9	32	1.80
26030362--26030416	21	2.6	21	85	0	74	30	36	7	25	1.83
26030943--26030976	15	2.3	15	100	0	68	26	14	0	58	1.36
26038376--26038417	22	2.0	22	90	4	68	14	14	16	54	1.71
26041243--26041363	50	2.3	53	80	6	124	36	15	19	28	1.93
26043087--26043272	53	3.5	52	82	9	209	23	25	19	31	1.98
26045804--26045846	22	2.0	22	100	0	86	23	2	27	46	1.64
26048644--26048905	131	2.0	131	100	0	524	29	17	16	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26049577--26049618	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
26049586--26049627	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
26049692--26049738	16	3.0	16	78	12	53	51	2	0	46	1.13
26049673--26049981	59	5.2	59	67	16	197	49	5	2	41	1.41
26049837--26049871	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
26049625--26049932	61	5.1	59	66	16	202	49	7	2	40	1.44
26049957--26049991	18	2.0	18	88	5	54	48	0	5	45	1.26
26049575--26049992	120	3.5	120	93	2	687	49	5	2	41	1.40
26050033--26050091	26	2.3	26	88	5	84	49	3	0	47	1.18
26050074--26050395	44	7.0	46	69	18	242	46	3	3	45	1.37
26050008--26050395	91	4.3	91	96	1	699	46	3	3	46	1.36
26053535--26053565	16	1.9	16	100	0	62	25	6	9	58	1.54
26053569--26053696	62	2.0	65	92	4	217	33	7	8	50	1.60
26053595--26053691	30	3.2	30	64	16	81	32	9	9	48	1.67
26053764--26053813	26	1.9	26	88	8	75	44	0	0	56	0.99
26073808--26073852	23	2.0	22	95	4	81	71	0	8	20	1.12
26074069--26074108	21	1.9	22	85	10	57	45	10	17	27	1.80
26075889--26076116	94	2.4	94	84	2	305	27	18	16	37	1.93
26075967--26076255	138	2.1	138	86	0	389	26	20	17	35	1.95
26076132--26076364	95	2.5	93	81	5	243	27	17	18	36	1.94
26075766--26076402	44	13.8	44	66	16	202	28	18	17	36	1.93
26076379--26076494	50	2.3	50	90	0	187	29	24	13	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26081126--26081187	31	2.0	31	100	0	124	29	25	12	32	1.93
26085925--26085969	23	2.0	23	95	0	81	68	0	11	20	1.19
26088242--26088302	22	2.7	22	87	2	77	49	1	1	47	1.21
26088278--26088317	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
26088333--26088450	51	2.3	51	95	1	211	38	4	9	47	1.55
26088441--26088468	9	3.1	9	100	0	56	32	0	10	57	1.33
26089621--26089645	12	2.1	12	100	0	50	32	0	8	60	1.26
26089891--26089929	19	2.1	19	85	0	51	51	2	2	43	1.29
26090183--26090230	18	2.7	20	72	21	52	47	2	2	47	1.25
26090437--26090548	28	4.0	28	75	9	86	46	28	1	23	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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