genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24903723--24903772	25	2.0	25	84	7	66	38	6	2	54	1.37
24904230--24904519	108	2.7	108	96	1	521	26	16	21	35	1.94
24909188--24909212	5	5.0	5	100	0	50	0	40	60	0	0.97
24927187--24927377	41	4.6	40	77	6	166	23	17	23	36	1.95
24931946--24931978	13	2.5	13	100	0	66	12	6	24	57	1.57
24932841--24933060	108	2.1	105	91	2	350	40	10	14	33	1.81
24936912--24936979	28	2.5	27	76	21	70	25	19	25	30	1.98
24936939--24937125	41	4.6	41	93	0	313	24	19	25	31	1.98
24942301--24942399	51	1.9	51	95	0	180	28	9	15	47	1.75
24949072--24949107	14	2.6	14	86	0	54	52	5	0	41	1.24
24949240--24949285	23	2.0	24	91	4	76	67	0	0	32	0.91
24951015--24951454	44	10.0	44	65	14	199	24	24	20	30	1.99
24950977--24951499	132	4.0	132	95	0	938	24	24	20	30	1.99
24963790--24963847	25	2.3	24	80	13	73	72	0	0	27	0.85
24971070--24971120	22	2.3	22	83	10	59	47	3	11	37	1.59
24976274--24976325	22	2.4	22	96	0	95	32	7	19	40	1.80
24981771--24981942	43	4.0	43	69	8	107	25	17	25	31	1.97
24997606--24997647	21	2.0	22	85	4	59	14	45	21	19	1.85
24997938--24997965	11	2.5	11	100	0	56	64	0	35	0	0.94
25000968--25001011	17	2.5	17	77	3	52	15	6	4	72	1.22
25004465--25004641	75	2.4	75	78	0	219	36	25	12	24	1.91
25004529--25004641	25	4.5	25	74	4	102	38	23	11	25	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25008162--25008214	28	1.9	28	84	3	72	45	5	1	47	1.37
25010186--25010241	27	2.2	25	81	12	60	17	8	7	66	1.42
25010875--25010917	19	2.2	20	91	8	79	32	11	4	51	1.59
25014451--25014525	36	2.1	36	92	0	123	22	17	20	40	1.92
25015619--25015714	31	3.1	31	95	3	174	31	9	13	45	1.75
25016019--25016048	4	7.8	4	92	7	53	26	0	0	73	0.84
25018062--25018091	7	4.3	7	100	0	60	0	26	0	73	0.84
25018062--25018114	18	3.2	17	80	19	60	1	24	0	73	0.93
25025600--25025646	24	2.0	24	91	0	76	31	17	19	31	1.94
25025625--25025719	48	2.0	48	87	0	136	33	17	23	25	1.96
25025775--25026002	34	6.9	32	69	13	117	37	15	17	30	1.90
25025775--25026002	67	3.4	66	84	5	280	37	15	17	30	1.90
25027471--25027511	20	2.0	21	85	4	57	48	4	4	41	1.46
25030559--25030607	11	4.5	11	74	20	50	61	0	4	34	1.15
25040042--25040089	21	2.3	23	76	23	61	52	2	0	45	1.12
25044916--25044941	12	2.2	12	100	0	52	30	0	23	46	1.53
25047368--25047567	108	1.9	106	87	2	292	35	19	17	28	1.94
25050123--25050228	44	2.4	44	90	0	158	25	22	20	31	1.98
25050474--25050793	87	3.7	87	93	0	496	25	23	22	28	1.99
25051066--25051182	45	2.6	45	80	6	130	31	27	19	21	1.97
25050793--25051360	218	2.6	217	91	1	915	29	24	18	27	1.98
25051323--25051550	100	2.3	100	79	3	251	29	20	19	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25052705--25052766	6	9.7	6	83	13	63	14	12	0	72	1.12
25052695--25052767	7	11.0	7	78	21	86	15	13	0	71	1.15
25052695--25052767	13	5.5	13	81	16	80	15	13	0	71	1.15
25057139--25057338	108	1.9	106	90	2	319	34	20	18	27	1.95
25059428--25059518	23	4.5	20	69	23	50	52	2	3	41	1.30
25059471--25059518	23	2.1	23	96	0	87	56	0	4	39	1.19
25062913--25063045	66	2.0	66	91	0	212	32	9	18	39	1.83
25067867--25067952	19	4.5	19	85	0	118	38	15	6	39	1.74
25067867--25067951	38	2.2	38	95	0	152	38	14	7	40	1.73
25075526--25075575	16	3.1	16	76	2	55	38	2	2	58	1.21
25075733--25075760	6	4.7	6	100	0	56	14	0	0	85	0.59
25080043--25080102	28	2.1	28	90	0	93	26	25	18	30	1.98
25080374--25080429	22	2.5	22	79	2	67	35	23	8	32	1.86
25084570--25084598	4	7.2	4	100	0	58	48	27	24	0	1.51
25089410--25089438	15	1.9	15	100	0	58	3	6	34	55	1.44
25089409--25089477	24	3.3	21	82	11	72	13	11	30	44	1.78
25089425--25089480	24	2.3	24	90	6	87	16	10	28	44	1.80
25090720--25090752	11	2.8	12	86	9	50	45	3	0	51	1.16
25092655--25092699	20	2.1	23	88	12	69	13	8	8	68	1.38
25092731--25092773	21	2.0	23	81	9	54	32	11	11	44	1.77
25097000--25097037	14	2.8	13	88	7	58	52	2	7	36	1.45
25097274--25097380	35	3.1	35	84	2	144	20	22	14	42	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25097275--25097382	34	3.1	34	86	1	144	20	23	13	42	1.88
25098394--25098501	37	2.9	37	75	18	102	52	3	2	40	1.33
25105138--25105182	18	2.5	18	96	0	81	24	15	22	37	1.93
25105884--25105956	5	14.8	5	98	1	139	41	0	0	58	0.98
25106925--25106981	22	2.6	22	83	8	71	12	21	19	47	1.81
25109108--25109263	43	3.7	43	71	13	135	23	17	29	29	1.97
25115504--25115615	51	2.2	51	100	0	224	53	10	15	20	1.71
25115536--25115621	27	3.3	27	63	21	74	53	10	17	18	1.71
25119020--25119053	17	1.9	17	88	5	50	52	0	0	47	1.00
25119829--25119895	17	4.0	17	71	11	57	67	1	1	29	1.09
25119967--25120005	19	2.0	20	90	5	62	69	7	5	17	1.32
25125925--25125991	18	3.6	18	71	15	55	16	29	14	38	1.89
25125942--25126003	21	3.1	21	68	13	67	12	32	17	37	1.88
25125943--25126003	18	3.2	18	69	6	50	13	32	18	36	1.89
25129223--25129263	8	5.1	8	78	21	50	41	0	0	58	0.98
25141875--25141917	18	2.3	19	84	4	52	16	9	9	65	1.47
25151710--25151743	4	8.0	4	90	9	50	23	0	2	73	0.97
25151693--25151752	22	2.7	22	73	19	61	26	0	6	66	1.16
25154690--25154722	8	4.2	8	88	3	50	39	3	12	45	1.57
25157449--25157579	30	4.6	29	70	20	87	26	15	24	33	1.95
25157421--25157640	26	7.8	29	69	14	113	26	14	24	35	1.94
25165026--25165119	45	2.1	45	89	0	143	43	10	5	40	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25166469--25166499	13	2.4	13	94	0	53	61	0	0	38	0.96
25167740--25167803	31	2.1	31	96	0	119	25	23	18	32	1.97
25168830--25168877	18	2.6	19	80	9	55	43	29	8	18	1.79
25171557--25171594	18	2.0	19	85	10	51	65	0	0	34	0.93
25174628--25174664	19	1.9	19	89	10	58	59	2	0	37	1.12
25174633--25174676	18	2.4	18	82	10	54	54	2	0	43	1.12
25175377--25175431	18	3.1	18	76	7	58	70	3	1	23	1.12
25175377--25175456	17	4.7	17	70	14	58	70	3	1	25	1.12
25175401--25175468	34	2.1	34	83	10	88	63	8	1	26	1.32
25175839--25175885	24	1.9	25	86	4	69	44	0	4	51	1.21
25176107--25176138	15	2.2	15	94	5	57	25	0	0	75	0.81
25176076--25176807	241	3.0	241	99	0	1430	30	14	12	43	1.82
25184211--25184284	21	3.5	20	73	14	60	36	24	22	16	1.94
25184251--25184296	23	2.0	23	91	0	74	39	21	21	17	1.93
25184211--25184297	44	2.0	41	80	6	93	36	22	21	18	1.95
25184603--25184634	16	1.9	17	93	6	57	25	21	0	53	1.46
25185287--25185321	14	2.5	14	90	9	54	0	14	5	80	0.89
25185474--25185511	14	2.4	17	87	12	55	52	0	0	47	1.00
25185491--25185529	12	3.4	11	80	13	51	46	2	0	51	1.14
25201138--25201163	8	3.2	8	100	0	52	23	26	11	38	1.89
25206664--25206691	14	2.0	14	100	0	56	21	7	21	50	1.72
25207220--25207246	13	2.1	13	100	0	54	22	0	33	44	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25209367--25209418	3	17.0	3	84	4	59	32	5	1	59	1.32
25209355--25209418	18	3.6	18	87	4	85	31	4	4	59	1.38
25209368--25209418	15	3.3	15	83	2	66	33	5	1	58	1.33
25219214--25219250	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
25228869--25228915	23	2.0	23	95	0	85	38	2	17	42	1.61
25230669--25230705	17	2.2	17	95	0	65	32	18	18	29	1.96
25234893--25235272	169	2.2	170	80	5	412	41	23	13	22	1.89
25234852--25235248	212	1.9	212	81	6	491	41	23	13	22	1.89
25234852--25235269	43	9.8	43	78	6	336	40	23	13	22	1.89
25235207--25235347	72	2.0	72	80	2	158	42	19	14	23	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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