genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.198.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57561088--57561145	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
57561358--57561388	13	2.4	13	94	0	53	32	0	12	54	1.38
57561483--57561625	50	2.8	50	86	1	196	26	23	29	20	1.99
57577078--57577181	25	4.2	25	71	10	79	32	23	13	30	1.93
57577642--57577669	6	4.7	6	100	0	56	32	50	17	0	1.47
57580834--57580911	26	3.0	25	75	5	77	26	5	8	58	1.49
57583625--57583667	20	2.2	20	86	0	59	13	23	11	51	1.74
57584072--57584133	31	2.0	31	93	6	108	40	4	16	38	1.69
57605362--57605387	13	2.0	13	100	0	52	38	0	15	46	1.46
57614141--57614197	30	1.9	29	86	10	80	61	7	3	28	1.39
57615314--57615348	16	2.3	15	90	5	52	80	5	14	0	0.89
57615950--57615985	17	2.1	17	90	10	56	50	5	0	44	1.25
57618046--57618136	3	30.3	3	76	8	78	29	7	2	60	1.36
57618052--57618136	12	6.8	12	81	7	89	30	8	2	58	1.40
57633714--57633742	13	2.2	13	100	0	58	13	6	13	65	1.45
57634907--57634936	4	7.5	4	100	0	60	23	0	0	76	0.78
57638932--57639156	106	2.1	106	90	0	353	26	12	24	36	1.91
57643185--57643215	9	3.4	9	95	0	53	38	25	9	25	1.86
57643223--57643285	17	3.5	17	69	12	54	49	12	3	34	1.57
57643214--57643288	37	2.0	37	94	0	132	45	14	4	36	1.64
57643426--57643524	45	2.2	45	94	1	173	19	2	24	54	1.54
57643421--57643541	39	3.0	39	82	14	154	19	2	26	51	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57643524--57643574	17	2.9	16	88	11	66	21	0	37	41	1.54
57644468--57644511	23	1.9	23	81	9	54	40	22	6	29	1.80
57646846--57646887	6	7.0	6	97	0	66	45	50	4	0	1.23
57649274--57649298	13	1.9	13	100	0	50	40	4	8	48	1.51
57649407--57649442	17	2.2	16	90	5	54	30	0	0	69	0.89
57651725--57651762	18	2.2	17	86	13	51	34	0	2	63	1.09
57652604--57652629	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
57656037--57656140	52	2.0	52	92	0	172	21	17	30	30	1.96
57656161--57656216	29	1.9	29	88	0	85	44	16	8	30	1.78
57658423--57658455	5	6.6	5	100	0	66	39	0	0	60	0.97
57658533--57658574	21	2.1	19	86	8	57	69	4	19	7	1.31
57666475--57666557	3	27.7	3	97	0	157	0	31	0	68	0.90
57668558--57669207	113	5.7	114	80	7	687	26	21	24	27	1.99
57668575--57669207	114	5.6	112	81	6	650	25	21	24	27	1.99
57668568--57669196	227	2.8	227	82	6	704	26	21	24	28	1.99
57669536--57669568	14	2.3	15	94	5	59	30	0	33	36	1.58
57669573--57669622	14	3.5	15	78	13	52	32	0	32	36	1.58
57669641--57669797	80	1.9	82	87	5	230	29	0	26	44	1.54
57669778--57669823	21	2.2	21	84	7	58	17	0	45	36	1.49
57669777--57669812	14	2.5	15	90	9	65	13	0	47	38	1.44
57670194--57670234	21	2.0	21	85	0	55	14	2	36	46	1.58
57670201--57670268	21	3.3	21	80	14	70	13	0	36	50	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57671162--57671464	148	2.1	148	78	3	324	26	14	22	37	1.92
57672916--57672947	15	2.1	15	100	0	64	28	6	12	53	1.62
57673703--57673758	18	3.0	19	85	10	71	39	1	1	57	1.20
57673909--57674073	13	12.5	13	74	7	136	40	9	3	46	1.54
57673933--57674082	53	2.8	53	96	0	273	41	10	3	45	1.54
57674217--57674392	33	5.5	32	67	20	84	42	15	2	39	1.60
57674407--57674727	9	36.8	9	73	13	269	45	20	0	32	1.58
57674378--57674583	27	7.7	27	77	9	167	46	20	1	31	1.60
57674407--57674675	79	3.5	79	82	14	325	45	20	1	32	1.59
57674536--57674723	71	2.7	68	81	12	181	45	21	1	32	1.59
57676735--57676807	21	3.5	21	86	3	94	34	16	42	6	1.75
57677179--57677284	43	2.5	42	81	4	106	28	21	22	27	1.99
57678509--57678554	20	2.2	22	84	7	60	41	2	2	54	1.25
57696411--57696530	64	1.9	64	100	0	240	30	14	27	28	1.95
57699353--57699398	9	5.1	9	86	0	56	15	39	10	34	1.82
57702589--57702624	16	2.2	16	95	0	63	27	0	36	36	1.57
57702840--57702881	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
57702849--57702890	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
57702875--57703062	61	3.1	61	70	14	208	48	7	1	42	1.40
57702843--57703072	120	1.9	120	100	0	460	49	6	1	41	1.40
57702959--57703010	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
57702878--57703061	59	3.1	59	67	22	175	48	7	1	41	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57709440--57709471	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
57716001--57716052	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
57721490--57721562	36	2.0	36	91	0	119	21	19	12	46	1.82
57724681--57724757	21	3.6	21	75	6	64	37	24	20	16	1.93
57724670--57724776	23	4.9	22	79	6	94	37	25	18	18	1.94
57727450--57727520	36	2.0	36	85	0	97	38	19	2	39	1.67
57734725--57734794	35	2.0	36	88	2	106	35	24	10	30	1.88
57738365--57738481	41	2.8	42	82	10	143	31	27	20	20	1.97
57738567--57738688	64	1.9	64	87	0	181	42	13	7	36	1.73
57738711--57738837	60	2.1	60	82	5	150	42	14	3	38	1.65
57741089--57741314	78	2.9	78	93	0	389	29	19	12	38	1.88
57749529--57749580	3	17.3	3	95	0	95	32	1	0	65	1.04
57762121--57762193	36	2.0	36	92	5	121	32	6	16	43	1.74
57762419--57762515	49	2.0	47	86	9	133	21	17	19	41	1.91
57767260--57767332	36	2.0	36	89	0	110	34	9	15	41	1.79
57767558--57767654	49	2.0	48	85	2	131	22	17	19	40	1.92
57768745--57768870	63	2.0	63	96	1	236	32	15	22	29	1.95
57785137--57785189	27	2.0	27	85	7	72	37	1	3	56	1.28
57803208--57803241	16	2.1	16	94	0	59	58	0	0	41	0.98
57805381--57805482	41	2.5	41	88	3	143	28	19	25	26	1.99
57819148--57819428	139	2.0	139	99	0	553	42	3	13	40	1.61
57819954--57820055	41	2.5	41	88	3	143	28	19	25	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57822903--57823010	24	4.5	24	73	9	87	37	18	25	19	1.94
57822904--57823062	74	2.2	72	81	9	173	35	18	24	20	1.95
57823043--57823100	26	2.2	26	84	0	80	37	22	18	20	1.94
57823056--57823115	26	2.3	26	88	5	86	35	25	23	16	1.95
57831529--57831570	15	2.8	15	85	10	59	21	9	0	69	1.17
57839305--57839383	29	2.8	29	76	14	76	34	3	7	54	1.47
57841942--57842004	20	3.3	18	83	14	81	41	4	7	46	1.54
57844529--57844678	41	3.7	41	90	3	230	23	29	20	26	1.99
57844527--57844703	82	2.2	83	82	9	220	25	28	19	27	1.99
57845103--57845135	16	2.1	15	94	5	57	33	12	12	42	1.79
57849220--57849273	28	1.9	28	92	0	90	55	16	12	14	1.69
57853255--57853280	13	2.0	13	100	0	52	30	7	15	46	1.74
57856828--57856875	21	2.2	22	85	3	62	45	8	2	43	1.45
57870597--57870835	116	2.1	116	98	0	460	21	25	2	51	1.59
57870978--57871018	20	2.0	20	95	0	73	36	36	17	9	1.82
57882617--57882648	17	1.9	17	93	6	57	43	0	6	50	1.27
57882759--57882804	22	2.0	24	87	8	69	45	0	21	32	1.52
57883282--57883325	21	2.1	21	87	8	63	36	0	15	47	1.46
57883663--57883710	24	2.0	25	83	4	62	16	16	22	43	1.87
57883874--57883924	24	2.1	24	88	0	75	21	25	15	37	1.93
57883888--57883951	24	2.6	24	85	11	78	18	25	20	35	1.95
57884953--57884999	24	2.0	24	84	16	62	31	0	17	51	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57884970--57885021	21	2.5	21	73	14	54	36	0	15	48	1.45
57885155--57885230	39	2.0	38	86	2	107	28	17	21	32	1.95
57885432--57885471	20	2.0	20	100	0	80	40	10	20	30	1.85
57890909--57891003	37	2.4	40	83	13	117	51	0	4	44	1.21
57891005--57891079	25	3.0	25	74	12	66	72	1	20	6	1.15
57891754--57891800	24	2.0	24	84	16	62	31	0	17	51	1.46
57891982--57892059	37	2.1	37	85	2	102	28	17	20	33	1.96
57891957--57892091	40	3.4	40	75	7	132	28	16	22	32	1.95
57892992--57893030	19	2.0	21	85	10	55	15	10	5	69	1.34
57893237--57893304	3	23.0	3	85	14	97	33	0	0	66	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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