genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63323194

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  1  of  199  ( 23841 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12--14757	7	2080.9	7	84	13	17109	44	41	0	13	1.48
6590--6650	9	7.2	9	77	18	69	52	36	0	11	1.38
15186--15216	7	4.4	7	95	0	53	29	45	9	16	1.79
18879--18971	47	2.0	47	89	4	143	34	25	5	34	1.79
32661--32704	23	1.9	23	85	0	61	25	15	4	54	1.60
35085--35160	23	3.3	23	88	0	116	21	19	27	31	1.97
55082--55136	21	2.6	21	85	0	74	72	0	25	1	0.94
55136--55177	2	21.0	2	95	0	75	50	0	47	2	1.14
55177--55203	2	13.5	2	100	0	54	0	0	51	48	1.00
57280--57314	16	2.1	17	89	10	54	48	0	22	28	1.51
67193--67235	21	2.1	21	86	4	61	41	0	6	51	1.29
68910--69132	101	2.2	101	89	0	349	30	15	24	29	1.96
68960--69116	33	4.8	32	70	9	118	28	15	25	30	1.96
71622--71758	40	3.4	40	77	11	138	41	18	21	18	1.90
73774--73855	43	1.9	43	84	0	110	26	18	25	29	1.98
73932--73975	22	2.0	22	90	0	70	43	25	20	11	1.85
76431--76490	25	2.3	25	82	5	66	35	23	23	18	1.96
76650--76769	64	1.9	64	80	0	141	33	20	20	25	1.97
79649--79700	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
81934--82002	27	2.4	31	75	20	78	55	2	10	31	1.48
86448--86516	32	2.2	32	100	0	138	23	14	18	43	1.87
89469--89515	22	2.1	22	88	0	67	51	6	17	25	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90164--90261	49	2.0	49	90	4	153	31	21	15	31	1.94
92271--92310	20	2.0	20	85	9	55	50	2	0	47	1.14
98782--99128	171	2.0	171	99	0	685	29	19	16	34	1.94
101858--101898	20	2.0	21	85	4	57	53	7	4	34	1.50
109286--109312	14	1.9	14	100	0	54	0	14	25	59	1.36
111776--112374	23	25.7	24	69	15	174	42	18	13	26	1.86
111848--112392	23	23.5	23	72	9	399	43	17	13	25	1.86
111923--111955	16	2.1	16	100	0	66	51	24	6	18	1.68
111852--112025	87	2.0	86	96	1	321	44	18	12	24	1.85
111939--112392	70	6.4	71	87	3	639	43	17	13	25	1.85
111791--112096	157	1.9	158	90	3	483	43	18	12	25	1.85
111939--112392	141	3.2	141	93	1	793	43	17	13	25	1.85
112033--112394	48	7.6	49	71	16	174	43	17	12	26	1.85
112801--112868	18	3.6	18	72	16	66	44	10	4	41	1.58
112823--112884	20	3.0	22	68	18	69	50	9	1	38	1.45
112804--112884	40	2.0	40	100	0	162	48	9	2	39	1.50
113148--113245	28	3.5	28	85	2	126	31	23	12	32	1.91
121240--121318	23	3.4	23	77	5	70	39	10	12	37	1.77
131355--131404	21	2.4	21	76	3	57	48	2	32	18	1.59
142693--142729	3	12.3	3	88	0	56	62	0	5	32	1.18
159305--159387	41	2.0	41	95	0	148	20	8	12	59	1.59
171738--171873	59	2.3	57	83	8	159	41	14	16	27	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
171738--171872	60	2.3	58	83	9	168	40	14	16	28	1.88
171773--171908	59	2.3	60	80	10	145	38	16	17	27	1.91
173803--173827	12	2.1	12	100	0	50	20	40	0	40	1.52
177613--177723	6	18.5	6	86	0	159	2	29	30	36	1.71
186024--186057	17	2.0	17	88	0	50	50	5	14	29	1.67
188809--188856	25	2.0	24	87	4	69	18	27	16	37	1.92
188914--189100	24	7.6	24	71	14	105	17	25	20	36	1.94
199688--199722	18	2.0	17	94	5	61	42	0	0	57	0.99
203439--203470	16	1.9	17	93	6	57	37	21	0	40	1.54
203631--203800	43	4.0	43	79	10	188	31	27	18	22	1.97
203631--203785	84	1.8	84	83	5	206	30	27	18	22	1.97
205173--205197	7	3.6	7	100	0	50	44	0	28	28	1.55
207489--207567	34	2.3	34	91	0	122	35	12	10	41	1.77
207744--207834	23	4.0	23	81	11	116	32	19	27	19	1.96
207748--207834	45	1.9	46	86	11	126	31	19	28	20	1.97
222095--222120	7	3.7	7	100	0	52	57	0	15	26	1.38
232132--232156	6	4.2	6	100	0	50	16	32	36	16	1.90
233308--233350	23	1.9	23	85	4	61	60	0	4	34	1.17
236945--236970	4	6.5	4	100	0	52	26	0	46	26	1.53
238009--238045	20	1.9	20	94	5	67	35	0	2	62	1.10
252296--252372	16	4.9	16	68	16	54	33	20	2	42	1.66
253470--253520	13	3.9	13	77	10	59	60	1	0	37	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
273277--273306	5	6.0	5	100	0	60	0	40	0	60	0.97
273626--273666	6	6.7	6	91	5	64	19	12	68	0	1.21
287299--287349	26	1.9	27	92	4	86	70	0	0	29	0.87
287290--287356	21	3.0	21	71	24	57	64	0	0	35	0.94
295105--295164	29	2.1	29	81	9	70	61	0	10	28	1.28
309016--309054	18	2.1	19	85	4	53	38	17	0	43	1.50
311354--311444	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
311589--311643	15	3.4	16	80	16	53	54	1	0	43	1.10
311595--311643	16	2.9	18	80	20	61	55	0	0	44	0.99
311691--311903	67	3.1	67	65	16	168	46	3	3	46	1.37
311496--311817	156	2.1	156	96	0	599	43	3	6	46	1.46
311765--311799	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
311682--311947	137	1.9	138	91	0	435	44	3	4	47	1.40
311703--311981	137	2.0	135	82	6	339	45	5	3	45	1.43
315420--315454	9	4.0	9	92	7	63	65	0	0	34	0.93
315420--315454	17	2.0	17	94	5	61	65	0	0	34	0.93
323413--323512	48	2.1	49	94	1	175	17	32	11	40	1.84
334656--334859	103	2.0	102	94	1	356	36	10	1	50	1.48
336816--336847	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
336942--337183	50	4.7	50	82	4	270	27	23	28	20	1.99
336942--337191	100	2.4	103	84	6	328	26	23	28	21	1.99
339135--339159	12	2.1	12	100	0	50	48	0	12	40	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
339586--339613	13	2.2	13	100	0	56	21	7	25	46	1.76
340469--340614	37	4.0	37	90	1	224	25	22	15	36	1.94
340578--340794	46	4.6	46	86	6	290	30	22	13	34	1.92
340542--340727	46	4.5	41	84	10	143	29	20	13	36	1.92
340667--340780	52	2.2	52	85	4	149	29	22	11	35	1.89
344429--344502	13	5.8	13	67	28	52	43	0	4	52	1.20
344775--344806	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
344901--345142	50	4.7	50	84	4	288	26	24	28	19	1.99
344901--345150	100	2.4	103	87	6	355	26	24	28	20	1.99
347632--347668	2	18.5	2	88	0	56	45	48	5	0	1.25
355776--356095	160	2.0	160	99	0	631	40	21	9	28	1.84
363410--363461	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
365381--365432	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
369289--369313	6	4.2	6	100	0	50	16	0	48	36	1.46
369648--369761	48	2.4	48	85	5	167	43	7	7	42	1.58
370328--370370	18	2.4	18	88	0	59	44	9	27	18	1.80
372216--372254	11	3.6	11	90	10	55	43	2	33	20	1.65
372491--372524	14	2.4	14	85	0	50	14	26	38	20	1.91
372545--372618	38	1.9	38	97	0	139	33	13	6	45	1.70
372843--372966	19	6.3	19	67	18	58	50	6	3	40	1.44
373992--374068	29	2.6	29	81	4	82	48	14	12	24	1.79
375456--375517	15	3.9	18	64	32	52	64	4	9	20	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
388528--388636	11	10.4	11	70	16	52	33	3	0	62	1.13
388514--388637	42	3.0	41	85	8	180	32	3	0	64	1.09
389089--389273	43	4.3	43	90	1	273	24	17	24	32	1.97
393713--393743	3	10.3	3	92	0	53	67	0	29	3	1.06
400022--400383	46	8.6	45	78	16	343	35	14	21	29	1.92
400058--400248	36	5.0	36	81	13	222	37	13	19	29	1.90
400022--400340	82	3.9	82	78	16	363	36	13	20	29	1.91
400058--400292	118	2.0	118	92	0	389	37	14	19	29	1.91
401334--401433	51	2.0	51	84	4	130	44	2	26	28	1.65
401411--401457	11	4.2	11	83	2	58	40	0	34	25	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199