genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63323194

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19851574--19851729	72	2.2	73	80	1	170	44	12	8	34	1.73
19853868--19853917	23	2.2	23	100	0	100	16	4	18	62	1.48
19855100--19855126	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
19857329--19857367	16	2.4	16	86	0	51	46	2	10	41	1.51
19857339--19857369	16	1.9	16	93	0	53	38	0	12	48	1.42
19857373--19857493	59	2.1	59	88	1	190	42	4	9	44	1.55
19857558--19857600	23	1.9	22	95	4	77	62	0	0	37	0.95
19875335--19875378	20	2.2	20	88	8	63	20	11	15	52	1.74
19888576--19888759	41	4.5	41	79	8	180	35	28	14	21	1.92
19888594--19888750	40	3.9	40	80	7	147	35	28	14	22	1.93
19892433--19892784	123	2.9	123	91	3	550	30	23	18	27	1.98
19892433--19892784	41	8.6	41	91	3	496	30	23	18	27	1.98
19894351--19894375	13	1.9	13	100	0	50	68	24	0	8	1.16
19896211--19896248	14	2.4	17	87	12	55	52	0	0	47	1.00
19896228--19896266	12	3.4	11	80	13	51	46	2	0	51	1.14
19896780--19896902	34	3.6	34	75	4	106	31	13	13	40	1.84
19898806--19898862	29	1.9	31	82	10	75	50	0	1	47	1.11
19900964--19901005	18	2.3	18	87	0	66	28	0	47	23	1.52
19902747--19902793	24	2.0	24	87	4	69	17	0	10	72	1.12
19902761--19902803	20	2.1	21	82	4	52	9	2	9	79	1.03
19902804--19902871	27	2.5	28	88	4	104	47	0	8	44	1.34
19902903--19902954	19	2.7	19	84	0	59	65	7	1	25	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19903637--19903792	10	15.7	10	68	16	76	0	31	0	67	0.95
19903732--19903811	34	2.8	28	73	24	76	0	32	1	66	1.00
19903632--19903780	76	2.0	76	83	10	189	1	32	0	66	1.00
19903637--19903784	38	3.9	38	82	8	167	0	32	0	66	0.96
19903772--19903814	22	1.9	23	85	4	61	0	30	2	67	1.03
19903734--19903815	28	2.7	30	73	19	80	0	32	1	65	1.00
19903943--19903978	18	1.9	18	88	5	54	2	2	8	86	0.77
19903943--19903980	15	2.4	16	84	16	53	2	2	7	86	0.74
19903982--19904075	27	3.3	30	86	7	94	51	1	7	40	1.37
19903982--19904058	27	2.9	27	94	0	136	53	0	6	40	1.27
19906812--19906909	31	3.2	31	82	2	81	19	16	11	53	1.73
19911290--19911325	18	2.0	18	89	10	56	5	8	2	83	0.89
19915880--19915914	18	1.9	18	88	11	54	74	0	0	25	0.82
19923590--19923622	2	16.0	2	93	6	57	48	0	3	48	1.17
19939634--19939673	19	2.1	19	86	9	55	70	0	2	27	1.01
19947516--19947551	15	2.3	16	90	4	56	50	0	0	50	1.00
19947822--19947891	36	1.9	36	91	0	113	44	2	14	38	1.60
19952927--19952953	14	1.9	14	100	0	54	14	7	0	77	0.97
19953123--19953169	20	2.5	20	89	6	71	63	0	6	29	1.19
19953174--19953218	18	2.5	18	85	0	63	71	2	0	26	0.98
19956455--19956508	22	2.5	22	82	11	67	68	3	3	24	1.22
19956456--19956498	20	2.2	19	84	16	52	67	2	4	25	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19956512--19956538	11	2.5	11	100	0	54	55	0	0	44	0.99
19958309--19958447	39	3.5	39	87	4	170	33	17	16	32	1.93
19961041--19961099	29	2.0	29	86	0	82	42	11	25	20	1.86
19963622--19963708	39	2.2	39	79	6	95	18	2	17	62	1.44
19981928--19981960	15	2.1	16	88	5	50	57	6	9	27	1.53
19986485--19986612	64	2.0	64	81	3	150	25	19	18	35	1.95
19994854--19995360	112	4.6	111	78	12	474	30	16	19	33	1.94
19995472--19995677	105	1.9	108	85	3	283	38	20	17	23	1.93
19997843--19997971	66	2.0	66	93	0	222	36	6	30	26	1.83
20005584--20005636	22	2.3	23	84	9	65	41	1	1	54	1.22
20008475--20008528	26	2.1	26	82	6	65	40	0	3	55	1.17
20008715--20008755	22	1.9	21	90	5	64	53	7	0	39	1.29
20037094--20037164	31	2.3	31	83	9	83	54	8	15	21	1.67
20044790--20044852	31	2.0	31	100	0	126	47	11	6	34	1.64
20045644--20045679	19	1.9	18	94	5	63	38	0	16	44	1.48
20049580--20049628	25	1.9	27	84	12	68	32	4	6	57	1.42
20055982--20056154	53	3.3	53	93	1	285	39	8	12	40	1.72
20056403--20056533	46	2.9	45	87	7	194	31	4	22	41	1.74
20058395--20058478	33	2.5	33	75	7	80	28	17	16	36	1.92
20058959--20059013	27	2.0	27	100	0	110	41	18	7	32	1.78
20058948--20059012	27	2.2	30	81	18	100	43	15	6	35	1.72
20075075--20075126	27	1.9	26	81	14	61	40	7	17	34	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20081387--20081438	21	2.5	21	87	0	68	23	7	36	32	1.83
20081797--20081841	17	2.6	17	78	0	63	51	0	0	48	1.00
20083339--20083380	20	2.0	21	90	4	68	16	7	14	61	1.53
20084061--20084098	8	4.9	8	80	6	51	44	0	0	55	0.99
20084602--20084655	11	4.9	11	75	6	56	38	1	0	59	1.08
20084602--20084665	32	2.0	33	96	3	121	35	1	0	62	1.05
20084621--20084718	41	2.5	40	94	3	171	34	2	0	63	1.06
20087114--20087141	10	2.8	10	100	0	56	39	0	10	50	1.37
20090724--20090786	30	2.1	30	93	0	108	22	3	15	58	1.51
20090836--20090902	34	1.9	35	87	3	100	31	8	14	44	1.76
20092790--20092899	38	2.8	39	79	6	116	33	26	18	21	1.96
20092790--20092899	41	2.8	38	80	6	114	33	26	18	21	1.96
20092991--20093044	18	3.1	17	81	7	72	35	20	0	44	1.52
20093738--20093799	25	2.4	25	84	7	72	1	27	4	66	1.21
20093996--20094040	18	2.5	18	85	7	56	53	4	0	42	1.21
20094271--20094303	9	3.8	9	96	4	59	69	6	0	24	1.10
20094745--20094789	24	1.9	23	81	4	54	40	13	4	42	1.64
20095307--20095375	29	2.4	27	77	13	75	50	8	14	26	1.71
20100167--20100191	6	4.2	6	100	0	50	0	16	52	32	1.44
20112113--20112138	4	6.5	4	100	0	52	0	23	50	26	1.50
20113169--20113211	22	1.9	23	85	4	61	44	13	6	34	1.72
20118299--20118356	22	2.7	21	79	10	71	44	18	1	34	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20122832--20123024	47	4.0	48	81	8	196	23	17	28	30	1.97
20126393--20126450	26	2.1	29	84	15	79	50	3	3	43	1.36
20127732--20127756	13	1.9	13	100	0	50	0	8	28	64	1.22
20127896--20128407	270	1.9	270	99	0	1006	34	11	21	31	1.90
20133072--20133118	23	2.0	23	91	0	76	42	4	10	42	1.59
20133217--20133273	26	2.1	27	84	9	73	66	3	29	0	1.08
20146499--20146628	64	2.0	64	83	2	163	22	20	22	35	1.96
20146990--20147106	42	2.8	41	81	2	144	23	17	28	30	1.97
20147455--20147489	15	2.4	14	86	9	52	22	0	37	40	1.55
20147476--20147515	21	2.0	20	85	5	53	22	0	42	35	1.54
20148126--20148158	16	2.1	16	88	11	50	57	0	3	39	1.14
20150141--20150339	47	4.6	46	78	16	174	36	11	22	30	1.89
20150217--20150296	36	2.2	36	95	0	142	37	10	21	31	1.86
20155205--20155295	43	2.1	43	87	2	130	34	10	9	45	1.73
20164758--20164817	31	2.0	30	86	3	84	36	8	1	53	1.41
20168638--20168678	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
20184669--20184789	10	12.7	9	72	20	77	62	0	1	34	1.11
20184669--20184807	9	14.4	10	70	19	75	62	1	1	34	1.13
20184669--20184760	19	4.9	17	77	13	67	63	0	2	34	1.07
20184669--20184749	19	4.3	18	81	10	83	65	0	1	33	1.01
20184649--20184752	48	2.2	46	80	15	124	64	0	1	32	1.11
20184669--20184747	38	2.1	36	82	11	97	65	0	1	32	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20184763--20184804	21	2.0	21	86	9	59	61	2	0	35	1.09
20184679--20184807	20	6.6	20	71	19	85	62	1	0	35	1.11
20184786--20184835	26	2.0	26	84	4	66	62	2	2	34	1.18
20185256--20185455	9	21.6	9	68	15	54	38	3	0	58	1.18
20191928--20191965	19	2.0	19	89	0	58	39	0	5	55	1.23
20192082--20192141	29	2.1	27	82	11	68	41	1	3	53	1.27
20193052--20193147	48	2.0	48	100	0	192	29	4	31	35	1.76
20200438--20200522	42	2.0	42	95	4	154	42	22	5	29	1.77
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20206461--20206486	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00

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