genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63323194

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7496408--7496441	6	5.7	6	89	0	50	29	2	35	32	1.73
7507520--7507558	13	3.0	13	88	0	60	28	7	20	43	1.79
7508269--7508333	22	3.0	22	84	8	87	41	18	24	15	1.89
7509293--7509333	8	5.0	8	88	5	64	58	0	0	41	0.98
7509298--7509368	28	2.4	29	76	19	76	53	1	1	43	1.18
7509567--7509592	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
7516090--7516119	12	2.4	12	94	5	51	43	20	16	20	1.88
7521278--7521312	17	1.9	17	88	11	52	25	2	5	65	1.28
7522149--7522270	51	2.4	51	80	6	138	43	5	13	37	1.67
7524702--7524786	44	1.9	44	83	4	109	29	8	10	51	1.65
7530800--7530831	16	1.9	17	93	6	57	31	31	18	18	1.95
7531309--7532527	404	3.0	404	100	0	2438	28	14	17	38	1.89
7552511--7552540	14	2.1	14	93	0	51	70	0	3	26	1.03
7552497--7552549	22	2.3	23	87	9	74	64	1	5	28	1.27
7553515--7553647	37	3.4	41	72	15	109	25	18	21	34	1.96
7554953--7555064	37	2.8	39	76	9	120	25	16	23	35	1.94
7555845--7555906	31	2.0	31	100	0	124	22	6	25	45	1.76
7557583--7557831	50	4.8	50	84	4	275	20	29	23	26	1.99
7557582--7557831	100	2.4	104	87	6	348	21	29	23	26	1.99
7558168--7558225	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
7560562--7560678	41	2.8	42	83	5	141	30	28	20	20	1.98
7574959--7574987	3	9.7	3	100	0	58	0	31	34	34	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7587906--7587991	27	3.2	27	85	6	113	31	22	26	19	1.98
7588063--7588132	19	3.7	19	82	3	97	38	8	0	52	1.32
7588068--7588139	37	1.9	37	100	0	144	41	9	0	48	1.36
7588407--7588478	19	3.8	19	85	3	101	51	0	8	40	1.32
7588402--7588472	37	1.9	37	94	0	124	49	0	8	42	1.33
7588693--7588764	37	1.9	37	100	0	144	48	0	9	41	1.36
7588700--7588768	19	3.7	19	82	5	97	52	0	8	39	1.33
7588360--7589119	293	2.6	291	94	0	1315	44	8	13	33	1.74
7588993--7589061	19	3.7	19	76	5	79	52	0	8	39	1.33
7588987--7589057	37	1.9	37	94	0	124	49	0	9	40	1.36
7588987--7589045	18	3.2	18	78	4	73	49	0	10	40	1.37
7589249--7589297	25	2.0	24	92	4	80	51	0	8	40	1.32
7591165--7591227	21	3.3	21	70	25	75	61	14	3	20	1.46
7591165--7591238	36	2.1	36	100	0	148	62	13	2	21	1.44
7591180--7591247	18	3.8	18	70	14	59	63	10	2	23	1.40
7593085--7593129	19	2.4	19	81	7	56	64	4	4	26	1.32
7594068--7594107	9	4.4	9	83	0	53	27	12	20	40	1.88
7597111--7597186	37	2.1	37	92	5	127	27	13	22	36	1.91
7604759--7604810	27	2.0	25	85	7	68	44	9	9	36	1.70
7605769--7606325	81	7.1	81	71	13	302	32	46	6	14	1.70
7605788--7606361	39	14.6	39	75	9	400	33	46	6	13	1.69
7605744--7605862	60	2.0	60	85	3	159	31	47	8	13	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7605788--7605974	21	9.3	21	69	14	117	32	47	5	14	1.67
7605968--7606033	18	3.5	18	72	11	60	37	43	7	10	1.68
7605962--7606026	18	3.2	22	68	20	68	36	43	6	13	1.70
7605946--7607240	60	22.1	60	69	14	365	32	47	7	13	1.70
7605786--7606361	120	4.9	118	74	12	445	33	46	6	13	1.69
7606379--7606514	72	1.9	72	87	0	200	32	47	8	12	1.71
7606373--7606537	39	4.4	39	75	10	155	31	47	7	12	1.70
7606488--7606604	57	2.0	58	85	4	157	30	47	7	14	1.72
7606459--7606828	96	3.8	96	80	4	456	30	46	8	14	1.74
7606604--7606691	21	4.3	21	68	8	56	25	46	12	15	1.81
7606624--7606716	39	2.4	39	83	0	114	29	46	9	15	1.77
7606627--7606732	39	2.7	39	82	0	113	31	45	8	15	1.76
7606451--7606826	195	1.9	195	89	2	576	30	46	8	14	1.74
7606762--7606818	18	2.9	21	66	15	57	31	47	5	15	1.68
7606744--7607060	39	8.1	39	75	10	245	31	47	7	12	1.71
7606936--7607159	21	11.2	21	69	9	112	33	50	5	11	1.61
7606818--7607139	156	2.1	156	82	2	387	31	48	7	12	1.68
7606996--7607078	39	2.1	38	80	8	87	32	48	4	14	1.65
7607056--7607262	39	5.2	39	75	5	200	33	50	6	9	1.62
7606702--7607141	117	3.7	115	73	12	374	32	48	7	12	1.67
7607050--7607261	81	2.7	80	91	3	322	33	50	6	9	1.61
7607092--7607201	21	5.4	21	76	6	91	30	54	7	8	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7607176--7607366	99	1.9	100	85	1	267	32	43	8	14	1.76
7607274--7607411	39	3.5	39	80	2	143	31	44	6	17	1.74
7612467--7612507	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
7620507--7620571	33	1.9	33	84	6	85	40	0	1	58	1.07
7620493--7620576	35	2.6	31	72	16	82	40	1	1	57	1.14
7620541--7620600	25	2.5	23	83	8	66	40	0	0	60	0.97
7620496--7620597	29	3.5	29	66	20	70	40	0	0	57	1.12
7626404--7626445	5	8.4	5	94	0	75	40	16	19	23	1.91
7627252--7627312	30	2.0	31	93	3	106	37	0	42	19	1.52
7628246--7628311	13	5.1	13	81	0	78	34	27	7	30	1.85
7628516--7628562	23	2.0	23	100	0	94	48	8	25	17	1.74
7639781--7640345	125	4.5	125	91	0	878	31	16	22	29	1.96
7643428--7643640	43	5.0	43	71	15	174	25	0	30	42	1.62
7643428--7643640	22	10.0	22	73	14	164	25	0	30	42	1.62
7644181--7644223	18	2.4	18	84	0	59	46	9	27	16	1.77
7644830--7644861	14	2.3	14	94	0	55	59	6	3	31	1.38
7645031--7645068	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
7646745--7646872	65	2.0	66	88	1	195	52	7	7	33	1.56
7646999--7647073	8	10.4	8	71	26	53	28	0	6	65	1.18
7646999--7647078	26	3.5	22	79	15	90	27	0	6	66	1.16
7647440--7647501	30	2.0	31	90	3	99	58	3	3	35	1.31
7647446--7647511	30	2.2	30	86	0	96	63	3	3	30	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7647553--7647588	6	6.0	6	100	0	72	66	0	0	33	0.92
7647566--7647626	33	1.9	32	83	6	79	65	4	1	27	1.22
7648084--7648138	21	2.6	21	91	0	92	21	9	40	29	1.84
7648401--7648452	22	2.3	22	77	9	52	50	5	1	42	1.37
7651702--7651848	64	2.3	64	97	0	276	36	8	13	41	1.74
7652497--7653241	379	2.0	379	98	0	1436	23	16	17	42	1.89
7655537--7655580	21	2.1	21	100	0	88	9	15	31	43	1.79
7672926--7672950	12	2.1	12	100	0	50	32	36	24	8	1.84
7680323--7680359	12	3.0	13	84	11	51	29	40	18	10	1.85
7692553--7692604	25	2.1	25	92	0	86	42	19	17	21	1.89
7700584--7700648	30	2.4	27	80	14	64	49	1	6	43	1.37
7700838--7700881	20	2.2	20	83	0	52	45	9	18	27	1.79
7700917--7700953	3	12.3	3	94	0	65	67	2	0	29	1.04
7708838--7708866	13	2.2	13	100	0	58	34	0	13	51	1.42
7709124--7709197	29	2.6	29	80	8	80	63	2	5	28	1.30
7709228--7709287	31	2.0	30	83	9	77	50	6	3	40	1.45
7723198--7723238	20	2.0	20	90	0	64	53	4	9	31	1.55
7724068--7724104	17	2.2	17	90	0	56	35	0	16	48	1.46
7724248--7724310	19	3.2	21	84	13	89	12	23	20	42	1.86
7724257--7724310	19	2.8	19	94	0	90	12	24	20	42	1.87
7724529--7724572	18	2.5	17	88	3	61	40	0	18	40	1.50
7725400--7725476	30	2.6	30	93	0	136	16	24	29	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7725419--7725473	17	3.5	17	66	19	55	16	21	30	30	1.95
7732238--7732435	105	1.9	101	82	8	247	33	18	21	25	1.96
7732238--7732463	105	2.2	101	81	7	242	34	19	21	24	1.96
7734034--7734077	12	3.7	12	81	0	52	45	0	0	54	0.99
7735924--7735973	21	2.4	21	86	0	73	48	16	24	12	1.79
7742554--7742622	21	3.3	21	69	15	70	49	7	24	18	1.73
7742551--7742637	42	2.1	42	100	0	174	48	9	26	16	1.76
7749473--7749500	4	7.0	4	100	0	56	0	25	0	75	0.81
7756774--7756812	3	13.0	3	94	0	69	64	0	2	33	1.08
7761657--7761829	86	2.0	86	93	2	294	26	16	23	33	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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