genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63323194

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1727098--1727206	36	3.1	36	70	10	107	65	7	11	16	1.46
1727098--1727231	70	1.9	70	92	4	225	62	7	11	17	1.51
1727114--1727224	35	3.1	35	68	18	95	63	8	9	18	1.50
1727121--1727231	36	3.1	35	71	13	100	63	7	10	18	1.49
1745054--1745088	18	1.9	18	88	0	52	57	0	28	14	1.38
1745266--1745305	19	2.1	20	86	9	57	50	12	2	35	1.54
1758833--1758889	26	2.3	25	87	6	80	38	5	1	54	1.33
1758943--1758984	21	2.0	21	95	0	75	21	19	42	16	1.89
1759410--1759472	19	3.3	19	67	8	56	41	7	3	47	1.48
1760905--1760968	27	2.4	27	86	0	92	51	1	10	35	1.47
1763590--1763632	23	1.9	23	85	4	61	30	16	16	37	1.91
1770029--1770073	21	2.1	22	83	4	56	40	0	8	51	1.33
1773586--1773612	13	2.1	13	100	0	54	48	0	7	44	1.31
1781810--1781902	39	2.5	37	80	7	98	27	29	22	20	1.98
1783100--1783194	40	2.3	40	90	3	145	0	28	8	63	1.24
1783986--1784105	33	3.6	33	79	4	143	32	15	23	28	1.95
1783984--1784122	66	2.1	66	93	0	233	34	15	22	27	1.94
1783984--1784122	33	4.2	32	78	6	125	34	15	22	27	1.94
1785680--1786036	178	2.0	178	100	0	714	39	18	5	36	1.73
1793772--1793852	42	2.0	41	82	7	101	58	2	1	38	1.20
1793788--1793848	21	3.0	19	77	18	52	57	1	1	39	1.18
1797798--1797843	11	4.1	11	88	2	65	19	30	2	47	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1797798--1797859	22	2.8	21	83	16	72	22	30	1	45	1.62
1797896--1797931	16	2.2	16	95	0	63	25	0	0	75	0.81
1799696--1799738	18	2.4	18	84	7	52	20	27	9	41	1.83
1801671--1801816	37	4.0	37	92	1	233	25	21	16	36	1.94
1801869--1801902	7	4.7	7	88	3	50	26	26	2	44	1.69
1801823--1802094	52	5.3	52	85	6	376	28	22	13	35	1.92
1801791--1802086	150	2.0	150	94	0	520	28	21	14	34	1.93
1801780--1802100	98	3.3	98	87	7	447	28	22	14	34	1.93
1804255--1804329	39	2.0	38	87	10	109	33	4	0	62	1.14
1804550--1804580	14	2.1	15	94	5	55	48	32	0	19	1.49
1809503--1809538	18	2.0	18	100	0	72	33	11	22	33	1.89
1844684--1844732	22	2.1	24	85	7	66	26	4	4	65	1.29
1847266--1847290	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
1865162--1865234	36	2.0	36	83	0	92	53	13	9	23	1.69
1869231--1869323	39	2.5	37	80	7	98	27	29	22	20	1.98
1869679--1869717	3	13.0	3	88	0	60	61	5	0	33	1.18
1869679--1869717	12	3.2	12	96	0	69	61	5	0	33	1.18
1870430--1870464	16	2.2	16	89	0	52	2	14	8	74	1.17
1870468--1870545	15	4.9	17	65	22	53	50	1	0	48	1.09
1870470--1870510	14	2.6	17	85	14	61	53	0	0	46	1.00
1870490--1870528	12	3.4	11	80	13	51	46	2	0	51	1.14
1870464--1870544	24	3.4	24	77	13	87	49	1	0	49	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1875450--1875492	21	2.0	21	82	8	52	23	20	4	51	1.66
1876522--1876614	39	2.5	37	80	7	98	27	29	22	20	1.98
1876968--1877003	3	12.0	3	87	0	54	61	5	0	33	1.19
1876968--1877003	12	3.0	12	95	0	63	61	5	0	33	1.19
1876969--1877016	6	8.2	6	83	4	53	54	8	0	37	1.31
1877715--1877749	16	2.2	16	89	0	52	2	14	8	74	1.17
1877753--1877830	15	4.9	17	65	22	53	50	1	0	48	1.09
1877755--1877795	14	2.6	17	85	14	61	53	0	0	46	1.00
1877775--1877813	12	3.4	11	80	13	51	46	2	0	51	1.14
1877749--1877829	24	3.4	24	77	13	87	49	1	0	49	1.08
1890656--1890701	23	2.0	23	86	0	65	34	13	10	41	1.79
1895224--1895264	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
1901476--1901523	20	2.3	20	79	10	53	41	8	4	45	1.53
1901505--1901558	27	1.9	29	85	7	76	48	1	9	40	1.46
1901542--1901580	15	2.7	15	84	4	53	53	0	0	46	1.00
1902294--1902725	133	3.2	134	81	6	455	33	15	20	30	1.93
1903076--1903128	21	2.6	20	79	5	61	20	3	37	37	1.71
1907953--1908999	524	2.0	522	95	0	1880	22	11	18	48	1.79
1909705--1909754	17	3.2	17	72	21	63	36	6	8	50	1.57
1909746--1909784	16	2.5	15	88	8	60	41	0	5	53	1.23
1909716--1909864	62	2.4	61	83	2	190	36	5	8	50	1.55
1909856--1909946	9	10.2	9	70	15	64	43	18	3	34	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1909856--1909916	16	3.7	16	76	8	59	47	19	1	31	1.59
1909906--1910025	30	4.2	29	67	23	85	44	13	4	38	1.63
1909901--1910067	86	2.0	84	92	3	282	45	12	3	38	1.60
1910013--1910104	12	8.4	12	70	24	69	52	11	1	34	1.46
1909898--1910079	83	2.2	80	87	9	274	46	12	3	37	1.57
1910013--1910119	29	3.4	32	83	7	130	53	12	0	33	1.45
1910024--1910170	32	4.8	29	72	21	113	53	11	2	32	1.48
1909902--1910124	83	2.7	85	83	8	253	48	12	2	35	1.55
1910169--1910479	63	4.9	63	93	0	505	50	16	0	33	1.48
1910141--1910613	9	54.2	9	78	8	453	47	17	0	33	1.52
1910538--1910618	16	4.9	16	73	16	76	43	19	1	35	1.59
1910584--1910620	7	5.0	7	87	12	56	54	16	0	29	1.43
1913023--1913063	19	2.1	20	86	4	57	31	4	2	60	1.30
1913207--1913244	18	2.1	18	90	9	60	26	0	13	60	1.33
1922716--1922750	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
1922860--1922894	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
1923056--1923150	45	2.1	45	88	1	138	32	27	5	34	1.79
1923129--1923161	16	2.1	16	94	0	57	30	36	0	33	1.58
1923142--1923184	21	2.0	21	95	0	77	34	37	0	27	1.57
1925806--1925852	24	2.0	24	86	0	67	31	10	27	29	1.90
1962193--1962285	39	2.5	37	80	7	98	27	29	22	20	1.98
1962580--1962629	24	2.1	24	100	0	100	52	20	0	28	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1962662--1962705	18	2.4	18	92	0	70	54	9	0	36	1.32
1962663--1962703	12	3.4	12	93	0	64	56	7	0	36	1.27
1963983--1964017	16	2.2	16	89	0	52	2	14	8	74	1.17
1964020--1964083	31	2.2	29	80	8	76	48	1	1	48	1.20
1968970--1969012	21	2.0	21	82	8	52	23	20	4	51	1.66
1970058--1970150	39	2.5	37	80	7	98	27	29	22	20	1.98
1970505--1970548	18	2.4	18	92	0	70	54	9	0	36	1.32
1970506--1970546	12	3.4	12	93	0	64	56	7	0	36	1.27
1971829--1971863	16	2.2	16	89	0	52	2	14	8	74	1.17
1971866--1971929	31	2.2	29	80	8	76	48	1	1	48	1.20
1978158--1978182	13	1.9	13	100	0	50	16	0	0	84	0.63
1978421--1978475	19	2.7	21	81	18	62	56	7	1	34	1.38
1978918--1978963	3	15.3	3	100	0	92	67	0	0	32	0.91
2004319--2004355	15	2.5	15	91	4	58	0	2	13	83	0.74
2004316--2004355	7	5.6	7	88	5	62	0	2	12	85	0.71
2010768--2010804	17	2.1	19	90	10	60	70	2	0	27	1.01
2022573--2022597	13	1.9	13	100	0	50	4	16	0	80	0.87
2025884--2025923	17	2.4	17	91	0	62	30	2	2	65	1.19
2032053--2032096	21	2.1	21	82	0	52	13	2	61	22	1.43
2032059--2032132	21	3.5	21	83	3	78	13	4	59	22	1.51
2032238--2032345	39	2.8	39	85	0	144	17	2	60	19	1.48
2032320--2032372	15	3.5	15	84	0	52	13	1	66	18	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2032406--2032451	21	2.2	21	84	0	56	17	10	67	4	1.37
2032418--2032464	21	2.2	21	100	0	94	10	8	72	8	1.29
2051962--2052005	22	2.1	21	84	16	56	54	9	0	36	1.32
2052008--2052033	11	2.4	11	100	0	52	53	0	7	38	1.30
2052735--2052767	17	2.0	17	94	5	59	48	6	18	27	1.71
2057655--2057701	24	2.0	24	95	0	85	17	23	21	38	1.93
2060088--2060156	27	2.5	28	86	6	97	13	28	21	36	1.91
2067555--2067592	11	3.5	11	82	7	51	31	0	0	68	0.90
2082057--2082114	30	1.9	30	86	6	82	53	8	6	31	1.58
2083283--2083309	9	3.0	9	100	0	54	22	0	0	77	0.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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