genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.185.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63323194

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  185  of  199  ( 23841 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59024915--59024982	29	2.3	29	81	18	79	54	4	1	39	1.30
59030748--59030791	12	3.7	12	81	6	54	9	22	43	25	1.82
59030178--59030820	341	1.9	341	85	2	898	26	16	25	31	1.96
59033778--59033826	16	3.3	15	82	5	55	42	4	14	38	1.64
59033962--59033999	3	12.7	3	94	0	67	63	2	0	34	1.09
59036611--59036864	3	85.7	3	68	11	112	31	7	3	57	1.45
59042040--59042072	14	2.3	15	89	5	50	27	12	33	27	1.92
59043064--59043548	44	10.8	44	75	9	365	30	17	23	27	1.97
59043064--59043548	89	5.4	89	79	7	448	30	17	23	27	1.97
59043064--59043378	133	2.4	133	81	4	348	30	19	24	26	1.98
59045019--59045244	3	75.0	3	69	11	122	31	7	3	57	1.44
59048691--59048748	24	2.4	24	91	0	89	37	5	6	50	1.52
59052169--59052227	29	2.0	29	90	0	91	23	11	32	32	1.91
59052318--59052369	24	2.2	24	89	6	79	32	3	9	53	1.51
59054768--59054797	16	1.9	16	93	6	53	23	6	13	56	1.60
59055231--59055263	17	1.9	17	88	11	50	30	0	9	60	1.27
59055549--59055625	19	4.2	18	72	9	66	25	22	22	29	1.99
59055537--59055618	36	2.2	37	82	6	105	25	20	20	32	1.97
59060024--59060176	41	3.8	41	93	0	254	30	29	21	18	1.97
59060284--59060418	47	2.8	47	82	4	162	38	15	6	39	1.74
59060443--59060737	47	5.9	47	71	10	194	38	16	7	37	1.77
59060248--59060815	157	3.6	157	94	2	982	38	16	7	37	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59061690--59061804	57	1.9	59	86	10	164	23	23	24	28	1.99
59063399--59063423	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
59066266--59066309	19	2.4	18	81	7	52	45	0	0	54	0.99
59075251--59075393	42	3.4	42	81	5	164	28	11	37	22	1.88
59075365--59075489	42	3.0	42	66	12	103	28	9	39	23	1.86
59075517--59075620	42	2.5	42	87	0	145	28	11	35	24	1.90
59077719--59077745	13	2.1	13	100	0	54	62	7	14	14	1.51
59077994--59078022	12	2.4	12	100	0	58	0	0	10	89	0.48
59082794--59082847	18	2.9	18	86	2	72	40	46	1	11	1.50
59082993--59083077	9	9.4	9	83	10	102	25	9	22	42	1.83
59089369--59089433	27	2.4	27	94	0	112	24	24	13	36	1.92
59091860--59091925	13	5.1	13	80	14	82	30	4	25	39	1.76
59092477--59092524	18	2.7	18	100	0	96	29	10	25	35	1.89
59095241--59095265	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
59100839--59100881	20	2.2	20	84	15	56	34	0	0	65	0.93
59100979--59101009	13	2.3	14	94	5	55	22	0	6	70	1.09
59106731--59106768	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
59109365--59109481	58	2.0	58	100	0	234	25	17	27	29	1.97
59113747--59113818	33	2.2	33	94	0	126	41	15	30	12	1.84
59116753--59117338	294	2.0	294	96	0	1091	31	19	17	31	1.95
59118213--59118392	88	2.0	88	88	0	261	35	15	18	31	1.92
59118224--59118409	44	4.2	44	76	8	164	34	15	19	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59118299--59118630	139	2.4	137	82	6	409	35	16	18	29	1.93
59121207--59121257	24	2.2	23	86	6	68	45	11	3	39	1.59
59130963--59131288	163	2.0	163	99	0	643	55	10	15	18	1.68
59139282--59139634	162	2.2	162	89	1	546	26	18	18	36	1.94
59151696--59151745	24	2.2	23	86	10	68	62	4	0	34	1.14
59151984--59152040	28	2.0	28	100	0	114	35	7	14	43	1.72
59162656--59162686	16	1.9	16	93	0	53	25	29	6	38	1.81
59163734--59163794	28	2.2	28	96	0	113	44	16	6	32	1.73
59163778--59163822	22	2.0	24	86	8	67	42	11	6	40	1.67
59164359--59164434	29	2.6	29	78	2	89	35	0	2	61	1.10
59165337--59165472	40	3.4	39	80	4	137	38	22	20	19	1.94
59165934--59165979	13	3.5	13	80	16	58	17	0	45	36	1.49
59165942--59165982	7	6.0	7	78	16	50	14	0	46	39	1.45
59166039--59166127	7	12.7	7	81	0	88	10	0	49	40	1.36
59166018--59166115	21	4.7	20	75	13	65	12	0	45	41	1.41
59166040--59166127	42	2.1	42	87	8	126	10	0	48	40	1.37
59166021--59166142	7	17.4	7	73	6	59	14	0	45	39	1.45
59166110--59166150	14	2.9	14	88	0	55	24	0	46	29	1.53
59166109--59166149	21	2.0	21	85	0	55	24	0	46	29	1.53
59166446--59166527	7	11.7	7	70	5	58	10	0	46	42	1.39
59166447--59166531	21	4.0	21	73	13	68	12	0	45	41	1.42
59166455--59166522	35	1.9	35	85	11	95	13	0	42	44	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59166481--59166543	21	3.0	21	76	4	56	20	0	42	36	1.52
59166953--59166984	5	6.4	5	100	0	64	62	0	0	37	0.95
59170796--59170977	43	4.3	43	90	0	258	24	19	30	25	1.98
59170796--59170999	86	2.4	86	84	3	250	26	19	28	25	1.99
59176266--59176354	41	2.2	41	93	0	151	44	19	5	30	1.73
59176270--59176341	22	3.4	22	63	18	53	44	19	5	30	1.73
59176628--59176653	13	2.0	13	100	0	52	69	7	0	23	1.14
59183112--59183144	7	4.7	7	85	14	50	12	0	0	87	0.53
59183113--59183144	13	2.4	13	94	5	55	12	0	0	87	0.54
59184327--59184368	19	2.1	19	86	8	57	40	21	2	35	1.66
59186105--59186158	25	2.1	25	83	10	65	51	7	3	37	1.48
59189196--59189220	6	4.2	6	100	0	50	80	0	20	0	0.72
59191478--59191552	35	2.2	35	87	2	107	25	16	24	34	1.95
59196105--59196176	32	2.2	32	77	0	81	36	8	9	45	1.67
59201550--59201596	2	23.5	2	100	0	94	51	0	48	0	1.00
59203768--59203806	20	2.0	20	90	10	62	17	0	10	71	1.12
59204232--59204302	28	2.6	27	80	13	74	53	1	1	43	1.18
59206138--59206174	18	2.1	18	100	0	74	27	5	0	67	1.12
59206368--59206429	32	1.9	32	86	0	88	64	3	1	30	1.19
59206397--59206533	40	3.5	39	85	12	185	62	0	2	33	1.15
59206462--59206495	17	2.0	17	100	0	68	64	0	0	35	0.94
59206445--59206509	31	2.1	30	86	11	87	63	0	3	33	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59206495--59206520	11	2.4	11	100	0	52	53	0	7	38	1.30
59211597--59211638	19	2.2	20	86	4	59	57	7	4	30	1.47
59222602--59222741	66	2.1	66	86	2	192	42	29	10	17	1.82
59225904--59225959	20	3.0	20	65	24	59	37	14	12	35	1.84
59232289--59232336	14	3.4	14	77	11	62	31	0	2	66	1.03
59238454--59238487	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
59238936--59238963	6	4.7	6	100	0	56	17	0	32	50	1.47
59240164--59240331	79	2.1	80	92	1	275	43	4	3	48	1.41
59242662--59242722	31	1.9	32	83	3	79	54	4	3	37	1.39
59247098--59247157	24	2.4	24	83	8	66	55	5	1	38	1.32
59249068--59250331	82	15.4	82	91	2	1736	22	20	24	32	1.98
59250352--59250930	50	11.6	50	66	4	274	25	20	22	31	1.98
59250349--59250937	100	5.9	100	81	6	667	25	20	22	31	1.98
59250349--59250931	199	2.9	199	89	0	871	26	20	22	31	1.98
59250937--59251363	125	3.3	132	87	6	624	30	26	16	25	1.96
59251643--59251683	16	2.7	15	85	7	64	31	2	21	43	1.66
59251986--59252177	109	1.8	103	84	8	260	47	10	16	25	1.78
59252151--59252238	45	1.9	47	83	4	117	51	7	13	27	1.69
59252143--59252243	45	2.3	43	80	10	112	53	7	12	25	1.66
59252515--59252557	12	3.8	11	81	12	52	4	11	2	81	0.93
59252513--59252555	22	2.0	22	90	9	70	4	11	2	81	0.93
59253017--59253055	14	2.9	13	85	14	53	0	0	20	79	0.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59253016--59253049	15	2.4	14	90	5	50	0	0	20	79	0.73
59253016--59253049	7	4.7	7	89	7	50	0	0	20	79	0.73
59254338--59254524	62	3.0	62	92	0	302	31	8	20	39	1.82
59257585--59257616	7	4.2	8	88	11	50	90	0	0	9	0.45
59257585--59257616	15	2.2	14	94	5	55	90	0	0	9	0.45
59259079--59259119	20	2.0	20	85	0	55	43	0	0	56	0.99
59259089--59259157	10	7.0	10	75	15	56	39	1	0	59	1.06
59259837--59259871	16	2.1	17	94	5	63	0	17	0	82	0.66
59259837--59259891	10	5.3	10	77	18	51	0	21	1	76	0.88
59259830--59259878	16	2.9	17	85	8	57	2	18	0	79	0.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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