genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63323194

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  84  of  199  ( 23841 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29835625--29835704	34	2.3	36	80	4	92	37	6	2	53	1.40
29835863--29835926	23	3.0	22	72	21	64	46	20	1	31	1.60
29835982--29836058	24	3.6	21	73	14	68	51	19	1	27	1.54
29835996--29836050	12	4.8	12	88	4	78	52	16	1	29	1.54
29835989--29836057	24	3.0	24	87	8	92	53	17	1	27	1.52
29835996--29836057	12	5.5	11	87	11	74	53	16	1	29	1.52
29836099--29836245	43	3.3	43	68	15	134	46	22	2	28	1.63
29836133--29836169	16	2.3	16	90	0	56	51	16	8	24	1.71
29836217--29836324	9	12.6	9	75	16	86	47	21	2	28	1.65
29836230--29836292	25	2.5	25	78	0	72	46	22	4	26	1.72
29836004--29836277	93	2.9	93	91	3	417	50	20	2	27	1.61
29836217--29836324	16	6.3	17	78	11	89	47	21	2	28	1.65
29841694--29841762	21	3.3	21	87	0	93	36	20	42	1	1.61
29842194--29842417	43	5.2	43	83	4	226	24	21	23	30	1.99
29842493--29842535	21	2.0	21	90	0	68	46	27	13	11	1.78
29844713--29844738	13	2.0	13	100	0	52	38	0	7	53	1.30
29848392--29848618	41	5.5	41	93	1	366	29	18	28	22	1.98
29851406--29851442	13	2.8	13	100	0	74	51	0	24	24	1.49
29853075--29853346	41	6.6	41	74	5	201	35	25	19	19	1.95
29853075--29853272	82	2.4	82	86	0	252	37	25	18	19	1.94
29853072--29853316	123	2.0	123	82	3	296	37	24	17	20	1.94
29853041--29853329	82	3.5	82	81	1	249	35	25	18	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29853467--29853572	53	2.0	53	100	0	212	35	13	22	28	1.92
29856387--29856414	10	2.8	10	100	0	56	25	32	10	32	1.90
29860941--29861135	103	1.9	103	89	2	302	34	23	13	28	1.93
29862909--29863736	409	2.0	408	95	0	1487	20	19	19	40	1.91
29874444--29874499	3	18.7	3	96	0	103	64	0	1	33	1.04
29874955--29875059	51	2.1	51	88	0	156	48	5	12	33	1.64
29875024--29875048	13	1.9	13	100	0	50	56	8	16	20	1.65
29880350--29880556	91	2.3	90	90	1	315	45	3	3	46	1.37
29880472--29880531	28	2.3	25	82	8	66	46	0	3	50	1.18
29880696--29880747	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
29880816--29880867	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
29880572--29880983	120	3.4	120	96	1	738	41	2	6	50	1.40
29880946--29880986	15	2.6	16	81	14	50	43	0	2	53	1.13
29881199--29881262	16	4.1	16	85	4	85	21	35	3	39	1.70
29881887--29881949	31	2.1	29	85	5	81	49	9	7	33	1.64
29884918--29885002	29	3.0	25	69	24	62	49	1	0	49	1.08
29884935--29884999	21	2.9	23	72	21	66	52	0	0	47	1.00
29884977--29885065	15	5.7	15	73	15	74	41	0	1	57	1.06
29894393--29894881	44	10.8	44	76	9	304	36	17	16	29	1.92
29894109--29894549	233	1.9	233	79	3	503	33	17	19	29	1.95
29894566--29894749	95	1.9	95	82	6	230	37	17	15	29	1.90
29894522--29894881	139	2.6	139	83	4	474	36	17	16	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29894700--29894885	95	2.0	95	81	4	223	36	17	16	29	1.92
29894813--29894913	44	2.3	44	79	8	107	31	19	19	28	1.97
29898343--29898375	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
29907115--29907155	14	3.2	13	83	12	50	58	2	0	39	1.11
29908383--29908436	25	2.2	24	83	6	72	53	3	0	42	1.18
29908397--29908445	24	2.0	25	88	4	73	53	8	0	38	1.31
29908448--29908494	6	7.7	6	95	2	58	6	85	0	8	0.75
29908454--29908494	12	3.4	12	93	0	64	7	85	0	7	0.75
29917564--29917620	23	2.5	22	81	18	73	0	17	7	75	1.02
29917568--29917614	17	2.9	15	79	20	51	0	17	8	74	1.05
29922271--29922322	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
29922356--29922388	16	1.9	18	88	11	52	48	3	6	42	1.43
29922400--29922441	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
29922391--29922432	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
29922655--29922692	16	2.4	16	90	0	58	34	34	0	31	1.58
29926419--29926468	21	2.4	21	83	12	59	16	8	0	76	1.02
29927143--29927183	6	6.8	6	88	0	55	39	0	9	51	1.35
29927373--29927443	27	2.6	28	82	10	76	40	4	4	50	1.41
29928486--29928517	6	5.3	6	100	0	64	0	18	15	65	1.27
29941331--29941411	42	1.9	43	87	2	119	25	28	34	11	1.90
29941172--29941407	105	2.3	103	75	12	230	25	24	29	20	1.99
29947273--29947560	22	13.1	21	73	18	189	32	0	11	55	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29947272--29947508	83	2.8	85	75	17	238	32	0	12	54	1.41
29947407--29947584	27	7.1	25	77	19	176	33	1	11	53	1.44
29947407--29947579	49	3.5	49	91	1	274	32	1	11	54	1.44
29947271--29947458	19	9.2	19	70	23	123	32	0	12	54	1.37
29947595--29947725	62	2.1	63	95	1	237	38	10	16	35	1.83
29948821--29948899	26	3.1	26	78	12	92	54	5	7	32	1.51
29948916--29948957	12	3.5	12	84	12	59	54	0	9	35	1.33
29950065--29950186	60	2.0	60	84	6	158	31	0	13	54	1.46
29950220--29950302	38	2.2	38	95	2	148	55	3	2	38	1.30
29953393--29953437	22	2.1	21	91	4	72	0	33	2	64	1.06
29953511--29953578	27	2.5	28	85	4	88	22	39	22	16	1.92
29955837--29955884	26	2.0	25	88	12	73	52	4	4	39	1.40
29960119--29960189	25	2.8	25	80	0	79	33	16	25	23	1.96
29964145--29964238	44	2.1	44	92	0	152	21	24	26	27	1.99
29969211--29969314	50	2.0	51	94	5	183	36	11	14	37	1.82
29969832--29970143	43	7.3	43	83	6	366	28	28	16	26	1.96
29969832--29970143	86	3.6	85	87	5	425	28	28	16	26	1.96
29969832--29970143	129	2.4	128	84	6	416	28	28	16	26	1.96
29970154--29970205	15	3.1	17	81	18	56	44	1	0	53	1.11
29970405--29970489	43	2.0	43	86	4	118	47	10	8	34	1.68
29972605--29972630	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
29973655--29973898	135	1.8	135	83	6	332	28	11	11	49	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29974911--29974949	7	5.4	7	81	6	51	35	46	0	17	1.49
29974902--29974949	14	3.4	13	81	16	51	33	45	0	20	1.52
29974911--29974952	15	2.9	15	85	3	59	38	45	0	16	1.48
29974932--29974972	21	1.9	22	85	5	57	41	39	0	19	1.52
29974972--29975013	14	2.9	14	82	6	57	35	35	0	28	1.58
29974968--29975015	15	3.3	15	82	8	64	39	31	0	29	1.57
29975214--29975247	15	2.3	15	90	10	52	32	50	0	17	1.47
29975214--29975247	8	4.6	7	86	13	50	32	50	0	17	1.47
29975545--29976146	114	5.3	114	89	1	823	27	27	21	23	1.99
29976216--29976241	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
29976863--29976895	16	2.1	16	100	0	66	42	0	0	57	0.98
29983736--29983793	26	2.2	26	84	0	71	44	18	12	24	1.84
29984679--29984705	13	2.1	13	100	0	54	29	22	7	40	1.81
30004038--30004089	24	2.2	24	86	6	70	28	21	28	21	1.98
30009064--30009352	44	6.6	44	85	0	364	31	21	19	27	1.97
30012063--30012166	51	2.0	51	94	0	181	30	30	2	35	1.72
30013926--30013982	23	2.4	25	75	19	59	36	10	3	49	1.55
30017475--30017543	17	4.2	17	66	14	54	14	28	40	15	1.87
30023674--30023730	22	2.5	22	80	2	69	26	26	15	31	1.96
30023764--30023821	16	3.7	16	93	6	93	25	31	24	18	1.98
30023765--30023867	15	6.7	15	86	3	84	28	24	22	25	1.99
30023800--30024021	15	14.7	15	71	6	90	31	19	18	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30023784--30023933	76	2.0	76	85	0	201	30	20	20	30	1.97
30023800--30023947	30	4.9	30	76	4	118	29	18	19	31	1.96
30023911--30024028	45	2.7	45	80	5	134	33	20	17	28	1.96
30032269--30032314	18	2.6	18	96	0	83	60	4	4	30	1.35
30038136--30038160	11	2.3	11	100	0	50	20	20	16	44	1.87
30038610--30038663	26	2.1	26	100	0	108	25	12	22	38	1.90
30039434--30039514	40	2.0	40	100	0	162	44	22	13	19	1.86
30054815--30054846	10	3.1	11	86	13	50	34	0	0	65	0.93
30054918--30054964	19	2.5	20	86	10	71	25	0	8	65	1.20
30064799--30064842	17	2.7	16	83	13	54	31	0	0	68	0.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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