genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63323194

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13450594--13450676	43	1.9	43	82	4	105	32	32	19	15	1.93
13452519--13452617	42	2.4	42	91	3	155	21	29	12	37	1.89
13458921--13459065	41	3.5	41	87	0	209	22	28	22	26	1.99
13458919--13459095	82	2.2	83	79	9	202	24	27	20	27	1.99
13460281--13460339	29	2.0	29	100	0	118	49	20	3	27	1.65
13474541--13474707	21	8.0	21	69	5	104	40	16	24	17	1.90
13474524--13474699	42	4.2	42	83	0	190	40	17	25	16	1.90
13474785--13474830	24	1.9	24	90	0	74	19	26	8	45	1.79
13490641--13490801	25	6.4	25	92	0	232	26	20	15	37	1.93
13492932--13493198	104	2.6	103	92	4	437	30	30	20	18	1.96
13501012--13501036	7	3.6	7	100	0	50	0	12	12	76	1.04
13501605--13501683	12	6.3	12	75	5	59	16	0	6	77	0.97
13501627--13501660	6	5.8	6	93	3	52	2	0	8	88	0.62
13501790--13501877	39	2.3	40	82	9	103	56	3	2	37	1.28
13506050--13506079	15	1.9	16	93	6	53	40	13	20	26	1.89
13506577--13506634	17	3.2	17	79	16	55	48	0	27	24	1.51
13506987--13507023	9	4.1	9	85	0	56	27	10	16	45	1.80
13528687--13528716	15	2.0	15	100	0	60	6	20	13	60	1.55
13530632--13530672	16	2.5	17	92	4	66	36	34	4	24	1.77
13531574--13531607	16	2.1	16	94	0	59	41	0	8	50	1.34
13534667--13534725	24	2.5	24	88	0	91	44	0	25	30	1.55
13534791--13534855	20	3.4	19	69	14	62	35	4	15	44	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13534766--13534878	37	3.1	37	94	1	192	32	4	15	47	1.65
13534778--13534872	17	5.2	17	65	14	55	33	3	13	49	1.58
13534879--13534948	9	7.6	9	90	6	113	22	10	31	35	1.87
13535054--13535123	28	2.4	27	78	17	70	28	11	28	31	1.92
13544596--13544650	20	2.8	20	77	0	56	30	3	0	65	1.10
13552835--13552861	14	1.9	14	100	0	54	29	22	11	37	1.89
13563633--13563675	22	2.0	22	86	9	61	55	0	11	32	1.36
13569550--13569594	22	2.0	22	86	0	63	51	13	13	22	1.75
13570161--13570304	30	5.1	30	70	20	103	62	0	1	35	1.09
13570161--13570252	11	8.9	11	72	20	67	60	0	0	39	0.97
13570161--13570303	41	3.5	40	84	11	175	62	0	1	35	1.09
13570164--13570270	9	12.0	9	70	18	64	63	0	0	36	0.95
13570197--13570242	15	3.1	15	81	18	60	67	0	0	32	0.91
13570186--13570293	52	2.1	52	81	10	123	62	0	1	34	1.12
13570477--13570535	30	2.0	30	100	0	118	30	30	11	27	1.92
13592246--13592294	21	2.3	22	82	7	64	65	6	4	24	1.33
13593373--13593420	6	7.7	6	77	9	51	16	0	6	77	0.97
13593373--13593434	32	1.9	32	83	6	81	22	1	6	69	1.20
13598817--13598928	25	4.5	25	78	2	109	30	19	26	23	1.98
13598817--13598945	50	2.6	49	80	4	123	32	20	24	22	1.98
13598857--13598977	50	2.4	50	81	2	136	34	20	23	20	1.96
13601191--13601253	30	2.1	30	84	0	81	61	1	3	33	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13601333--13601376	21	2.1	21	83	8	54	25	4	0	70	1.06
13601484--13601573	28	3.2	27	75	10	83	27	5	2	64	1.28
13601505--13601594	19	4.7	19	72	15	60	32	6	1	60	1.30
13601484--13601573	9	9.6	9	71	14	58	27	5	2	64	1.28
13603223--13603270	16	3.1	16	76	14	55	31	2	0	66	1.03
13603216--13603280	31	2.1	29	88	8	94	32	1	0	66	1.01
13603265--13603314	22	2.3	21	80	16	57	22	4	2	72	1.12
13607303--13607415	30	3.9	29	74	18	94	58	2	1	37	1.23
13607425--13607472	25	1.9	25	91	0	78	58	0	2	39	1.10
13608028--13608077	25	2.0	25	92	0	82	42	0	2	56	1.11
13608075--13608147	27	2.6	28	71	18	62	42	1	1	54	1.17
13608085--13608166	36	2.2	36	85	6	103	35	2	1	60	1.17
13608151--13608216	10	6.4	10	70	13	53	36	3	0	60	1.12
13608150--13608195	23	2.0	23	86	0	65	36	2	0	60	1.09
13608159--13608210	22	2.5	20	82	14	54	38	3	0	57	1.17
13611358--13611409	16	3.3	15	72	17	52	32	13	11	42	1.80
13614155--13614187	17	2.0	17	88	5	50	66	9	3	21	1.33
13620089--13620138	27	1.9	26	84	8	66	70	4	0	26	1.05
13620326--13620386	20	3.1	19	79	6	68	27	1	4	65	1.22
13620353--13620394	20	2.0	21	86	4	59	30	0	0	69	0.89
13624777--13624834	22	2.5	22	73	15	55	51	1	6	39	1.39
13625100--13625139	3	13.3	3	94	0	71	67	2	0	30	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13626062--13626132	35	2.0	35	100	0	142	11	14	19	54	1.69
13626931--13627262	43	7.8	43	73	12	192	26	24	19	29	1.99
13626869--13627308	211	2.1	211	86	5	609	26	22	20	30	1.98
13639506--13639566	32	1.9	32	82	0	77	49	3	11	36	1.55
13639683--13639745	26	2.4	26	81	2	72	49	0	9	41	1.35
13639811--13639853	3	14.3	3	95	0	59	67	6	0	25	1.15
13639799--13639855	27	2.2	24	80	16	78	68	7	0	24	1.14
13642721--13642759	18	2.2	18	86	9	53	56	2	2	38	1.27
13672618--13672644	12	2.2	12	100	0	54	40	0	0	59	0.98
13683093--13683134	17	2.5	17	92	0	66	54	2	0	42	1.13
13684017--13684123	11	10.4	11	68	24	56	58	0	3	37	1.16
13683990--13684140	39	3.7	40	85	7	189	60	1	2	35	1.19
13684049--13684112	30	2.1	29	83	11	76	60	0	3	35	1.12
13685820--13685963	70	2.0	71	93	5	247	21	15	18	44	1.87
13686538--13686572	16	2.1	17	89	5	54	34	2	0	62	1.10
13687794--13687821	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
13688133--13688271	46	3.0	46	92	0	233	28	25	10	35	1.90
13689485--13689532	17	2.9	17	90	3	71	54	18	0	27	1.44
13689689--13689734	24	1.9	24	86	0	65	34	13	30	21	1.91
13689836--13689902	17	4.4	16	68	27	56	55	1	0	43	1.09
13689836--13689904	20	3.2	20	76	21	77	56	1	0	42	1.08
13693196--13693224	8	3.6	8	100	0	58	24	13	27	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13693315--13693431	23	5.1	23	82	2	146	21	21	25	31	1.98
13693315--13693431	46	2.6	45	87	1	171	21	21	25	31	1.98
13699310--13699365	11	4.7	12	76	13	53	1	17	5	75	1.09
13703257--13703295	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
13703507--13703582	23	3.3	23	96	0	143	21	21	26	31	1.98
13710585--13710623	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
13710835--13710910	23	3.3	23	96	0	143	21	21	26	31	1.98
13715139--13715191	23	2.3	23	93	0	97	32	26	20	20	1.98
13717500--13717606	53	2.0	53	98	0	205	48	23	3	24	1.67
13724282--13724319	13	3.0	13	80	7	51	26	0	7	65	1.19
13724283--13724333	27	2.0	26	88	7	77	25	3	7	62	1.40
13724284--13724339	27	2.2	25	83	6	67	26	5	8	58	1.50
13735704--13735749	17	2.7	17	82	0	56	39	0	2	58	1.10
13735715--13735799	40	2.1	40	86	4	118	32	2	1	63	1.15
13735725--13735812	40	2.2	40	95	0	158	31	2	1	64	1.13
13747083--13747123	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
13755105--13755134	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
13762033--13762074	21	2.0	21	90	0	66	57	7	0	35	1.26
13762086--13762130	23	2.0	23	86	0	63	64	2	0	33	1.06
13765368--13765757	158	2.5	158	90	3	606	27	8	8	55	1.59
13765759--13765808	16	3.2	15	75	8	55	18	8	6	68	1.36
13766303--13766404	27	3.8	27	89	2	143	19	21	37	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13766466--13766512	18	2.5	20	79	10	62	63	2	34	0	1.06
13766462--13766515	22	2.4	23	84	12	76	64	1	33	0	1.04
13769988--13770029	16	2.7	15	85	7	57	57	2	2	38	1.25
13770305--13770674	19	19.2	19	67	22	145	54	12	0	32	1.43
13770252--13770535	49	5.7	49	78	10	279	54	14	0	30	1.45
13770308--13770422	22	4.8	22	78	15	86	55	13	0	30	1.44
13770416--13770444	8	3.6	8	100	0	58	62	13	0	24	1.32
13770367--13770494	58	2.2	57	87	1	184	57	12	0	29	1.41
13770318--13770535	107	2.0	106	93	0	373	55	12	0	30	1.44
13770305--13770539	27	9.1	27	73	18	160	54	12	0	31	1.44

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