genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63323194

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  64  of  199  ( 23841 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24552132--24552177	24	1.9	24	86	8	67	43	4	6	45	1.49
24552271--24552295	12	2.1	12	100	0	50	8	8	20	64	1.46
24556118--24556165	15	3.1	15	79	5	51	70	2	4	22	1.15
24556118--24556159	16	2.7	16	81	3	50	69	2	2	26	1.13
24558175--24558241	28	2.4	28	79	18	77	41	4	0	53	1.21
24558595--24558658	30	2.1	31	82	5	78	45	6	12	35	1.67
24559396--24559471	9	8.4	9	84	5	100	26	9	22	42	1.83
24564306--24564337	14	2.3	14	94	0	55	40	15	15	28	1.88
24564341--24564380	19	2.0	21	85	14	57	27	5	2	65	1.27
24564834--24564859	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
24576106--24576147	21	2.0	21	86	9	59	57	4	0	38	1.20
24576652--24576694	14	3.1	14	83	6	52	74	4	16	4	1.16
24579302--24579339	19	2.0	19	94	0	67	26	10	18	44	1.82
24579415--24579457	18	2.4	18	96	0	77	46	2	0	51	1.13
24581722--24581747	8	3.2	8	100	0	52	76	11	11	0	1.01
24586336--24586374	17	2.4	16	82	4	51	35	5	5	53	1.45
24590781--24590822	20	2.0	21	86	4	59	47	7	4	40	1.52
24590907--24590958	21	2.5	20	80	20	54	67	1	9	21	1.29
24591120--24591312	67	3.0	63	85	4	233	63	3	6	26	1.33
24591130--24591602	144	3.4	141	72	17	410	63	3	6	26	1.35
24591120--24591312	65	3.0	64	83	6	228	63	3	6	26	1.33
24591294--24591328	4	9.0	4	87	6	54	74	0	2	22	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24591129--24591341	65	3.3	63	78	10	173	63	3	6	26	1.35
24591120--24591604	68	6.9	71	78	10	453	63	3	5	26	1.34
24591392--24591500	35	3.2	34	68	19	91	63	4	4	27	1.34
24591435--24591485	21	2.4	22	81	18	63	68	3	5	21	1.27
24591515--24591556	11	3.7	11	87	6	57	73	0	2	23	0.94
24591684--24591717	13	2.6	14	86	13	54	79	5	0	14	0.91
24595213--24595275	19	3.5	17	72	16	56	63	1	0	34	1.04
24598008--24598048	18	2.2	19	86	4	57	43	0	2	53	1.13
24601811--24601845	2	17.5	2	88	11	54	48	0	2	48	1.16
24601884--24601939	20	2.9	19	86	5	60	57	1	10	30	1.43
24601893--24601939	20	2.3	20	92	0	76	57	2	8	31	1.41
24601887--24601960	15	5.0	15	76	14	64	54	1	10	33	1.44
24601887--24601960	8	9.9	8	69	19	52	54	1	10	33	1.44
24607354--24607383	15	2.0	15	93	0	51	0	23	13	63	1.29
24613142--24613219	13	6.2	13	75	7	63	74	6	12	6	1.21
24613125--24613207	25	3.4	25	76	12	75	73	8	9	8	1.25
24613179--24613212	18	1.9	17	88	5	50	76	2	17	2	1.04
24614809--24614943	43	3.2	43	66	17	118	28	24	22	23	1.99
24614799--24615033	85	2.8	85	93	0	398	31	24	22	22	1.99
24614832--24614962	43	3.1	43	67	18	128	32	24	22	21	1.98
24619102--24619438	129	2.6	131	90	3	513	36	18	15	29	1.92
24621750--24622200	18	25.3	18	68	14	204	43	10	14	31	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24621760--24621878	53	2.3	50	85	5	157	46	13	12	27	1.79
24621771--24621873	16	6.1	16	82	8	116	47	13	12	26	1.78
24621750--24622200	35	12.7	34	69	14	155	43	10	14	31	1.79
24621750--24622200	17	25.4	17	67	13	153	43	10	14	31	1.79
24622088--24622202	56	2.1	55	83	6	144	40	6	12	40	1.69
24622742--24622801	12	4.8	13	80	14	72	0	21	0	78	0.75
24622741--24622801	24	2.5	24	94	5	104	0	21	0	78	0.75
24622741--24622814	25	3.0	24	88	4	76	1	21	0	77	0.85
24622931--24622981	24	2.1	25	81	3	59	0	15	21	62	1.32
24622971--24623010	12	3.1	13	82	10	55	0	5	20	75	0.99
24622973--24623006	14	2.5	13	90	4	50	0	2	14	82	0.79
24623097--24623146	3	16.3	3	80	15	50	0	30	0	70	0.88
24623310--24623380	33	2.1	36	92	7	121	16	18	16	47	1.82
24623510--24623601	28	3.1	29	78	12	107	42	3	22	31	1.70
24623795--24624666	74	11.5	74	73	14	613	35	20	17	26	1.94
24624179--24624666	79	6.2	76	73	13	364	36	19	16	26	1.93
24624396--24624690	149	1.9	153	83	6	382	35	21	17	25	1.95
24625552--24625628	1	77.0	1	72	0	55	1	1	11	85	0.72
24625573--24625627	6	8.8	6	84	7	74	0	0	14	85	0.60
24625564--24625626	25	2.6	24	90	9	101	0	0	14	85	0.59
24625552--24625627	19	3.9	18	85	14	91	1	1	11	85	0.72
24631672--24632122	18	25.3	18	67	13	177	43	10	14	31	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24631682--24631800	53	2.3	50	85	4	157	47	13	12	26	1.79
24631693--24631795	16	6.1	16	82	8	116	47	13	12	26	1.78
24631672--24632122	35	12.7	34	69	13	119	43	10	14	31	1.79
24631874--24632018	17	8.2	17	66	16	53	44	9	15	31	1.78
24631981--24632126	56	2.7	55	78	13	162	41	8	16	33	1.78
24631956--24632114	17	8.9	17	68	14	63	42	8	16	32	1.79
24632660--24632713	18	3.1	18	83	2	65	0	18	0	81	0.69
24632662--24632721	17	3.7	16	77	14	61	1	18	0	80	0.80
24632867--24632916	22	2.4	21	77	16	59	0	8	16	76	1.02
24633409--24633511	29	3.5	29	82	6	118	40	3	19	35	1.70
24633654--24633690	14	2.5	15	82	8	58	16	0	10	72	1.10
24635761--24635810	20	2.5	20	83	0	55	54	6	4	36	1.44
24636537--24636589	27	2.0	27	100	0	106	13	7	15	64	1.49
24637027--24637062	16	2.2	16	90	0	54	63	0	0	36	0.94
24641546--24641712	79	2.1	80	87	4	239	45	14	5	34	1.68
24643266--24643328	31	2.0	32	96	3	119	42	15	9	31	1.79
24646895--24646928	15	2.2	16	94	5	61	55	26	11	5	1.58
24649480--24649509	13	2.3	13	94	0	51	0	10	16	73	1.09
24649727--24649776	14	3.5	15	76	15	52	68	0	6	26	1.13
24650460--24650686	43	5.3	43	81	2	177	30	30	15	22	1.95
24650504--24650689	86	2.2	86	85	0	237	30	31	16	21	1.95
24651381--24651426	24	1.9	24	95	0	83	56	13	10	19	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24652784--24652820	17	2.1	18	90	5	58	45	5	5	43	1.49
24652930--24652961	3	10.7	3	93	0	55	65	3	0	31	1.08
24655913--24655970	29	2.0	29	86	6	82	41	3	6	48	1.47
24656207--24656300	40	2.3	40	94	0	161	25	26	26	21	1.99
24657892--24657920	3	9.7	3	100	0	58	0	34	0	65	0.93
24665543--24665597	18	3.1	18	75	14	60	47	7	1	43	1.41
24666335--24666382	6	7.7	6	83	2	51	0	56	0	43	0.99
24666334--24666378	7	6.9	7	87	10	60	0	55	0	44	0.99
24666735--24666760	11	2.4	11	100	0	52	23	0	15	61	1.33
24669140--24669178	20	2.0	20	94	0	69	48	0	2	48	1.15
24669277--24669316	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
24669300--24669339	14	2.9	14	84	0	53	42	20	7	30	1.79
24669265--24669331	34	1.9	35	87	3	100	46	14	8	29	1.76
24669585--24669628	21	2.1	21	87	8	63	56	0	2	40	1.11
24669580--24669629	21	2.5	20	78	15	57	54	0	2	44	1.11
24671281--24671512	115	2.0	117	85	3	317	44	9	9	36	1.70
24672788--24672850	31	2.0	31	93	0	108	20	15	12	50	1.77
24673238--24673298	25	2.4	25	78	8	61	55	4	9	29	1.53
24678778--24678804	11	2.5	11	100	0	54	22	7	18	51	1.70
24680202--24680395	92	2.1	92	88	5	286	44	4	4	46	1.41
24680373--24680471	52	2.0	52	80	11	118	45	6	2	46	1.39
24680428--24680461	17	2.0	17	94	0	59	44	5	0	50	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24680433--24680480	17	3.0	16	79	17	55	45	6	2	45	1.40
24680530--24680569	16	2.5	17	76	15	50	47	0	0	52	1.00
24680646--24680680	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
24680634--24680903	142	1.9	147	92	5	469	47	2	3	46	1.34
24680788--24680822	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
24680984--24681078	45	2.1	45	88	1	138	32	27	5	34	1.79
24681057--24681089	16	2.1	16	94	0	57	30	36	0	33	1.58
24681070--24681112	21	2.0	21	90	0	68	34	37	2	25	1.69
24695853--24695878	11	2.4	11	100	0	52	30	0	23	46	1.53
24699766--24699906	57	2.4	59	88	9	198	30	21	26	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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