genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63323194

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26157083--26157141	18	3.2	19	75	15	61	54	0	3	42	1.17
26157207--26157244	20	1.9	20	84	10	51	42	10	5	42	1.62
26157476--26157531	29	1.9	29	85	0	76	41	10	12	35	1.78
26158133--26158163	7	4.4	7	95	0	53	25	3	0	70	1.02
26159917--26159944	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
26159965--26160017	4	13.2	4	95	0	97	26	0	22	50	1.49
26161477--26161510	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
26163691--26163756	24	2.6	26	75	15	66	60	0	1	37	1.06
26167200--26167271	33	2.2	33	100	0	144	45	9	8	36	1.67
26168294--26168405	54	2.1	54	98	0	215	32	11	10	45	1.75
26168572--26168627	24	2.4	23	82	8	69	44	1	0	53	1.11
26168586--26168619	17	2.0	17	88	11	52	38	0	0	61	0.96
26170313--26170391	31	2.5	32	89	10	126	35	3	0	60	1.15
26170305--26170379	31	2.5	30	87	12	109	37	2	0	60	1.11
26181861--26182111	42	6.0	42	88	6	332	31	20	22	25	1.98
26182544--26182583	12	3.3	12	85	0	53	2	35	17	45	1.62
26182568--26182625	21	2.8	21	81	0	71	3	41	18	36	1.68
26188683--26188921	115	2.1	115	92	0	397	32	20	18	28	1.96
26189413--26189452	14	2.9	14	92	3	64	45	32	5	17	1.70
26189407--26189452	21	2.2	20	85	11	58	45	32	4	17	1.68
26189597--26189685	43	2.1	43	89	0	133	26	34	17	20	1.95
26191607--26191633	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26193809--26194024	107	2.0	107	88	0	324	28	10	12	49	1.73
26193897--26194391	245	2.0	247	92	2	818	29	12	12	45	1.79
26194276--26194500	114	2.0	114	94	3	400	28	10	13	46	1.77
26194952--26195515	267	2.1	271	89	3	845	41	25	2	31	1.68
26195329--26195379	15	3.5	15	73	21	54	33	43	0	23	1.54
26195328--26195383	30	1.9	28	89	7	85	33	41	0	25	1.56
26195804--26195981	73	2.5	73	83	4	200	25	24	24	25	2.00
26195709--26196092	187	2.0	187	85	6	510	27	24	22	25	2.00
26195876--26196204	115	2.9	114	85	4	412	26	25	23	25	2.00
26196416--26196465	20	2.5	21	80	6	59	48	34	0	18	1.48
26197275--26197456	72	2.5	71	78	3	188	26	24	24	25	2.00
26214711--26214749	16	2.6	15	84	8	53	56	0	0	43	0.99
26219227--26219268	20	2.1	20	100	0	84	26	9	9	54	1.63
26220733--26220772	10	3.7	10	81	18	53	65	5	0	30	1.14
26226102--26226148	24	1.9	24	86	4	67	2	17	4	76	1.04
26228394--26228439	24	1.9	24	86	0	65	45	0	2	52	1.13
26230476--26230534	28	2.1	29	83	3	75	23	6	8	61	1.49
26231652--26231689	17	2.3	17	86	4	51	31	2	0	65	1.06
26247354--26247556	43	4.7	42	81	8	205	23	18	27	30	1.98
26247354--26247556	86	2.4	86	83	9	238	23	18	27	30	1.98
26251826--26252243	109	3.8	109	96	0	764	31	17	18	32	1.94
26255793--26255914	43	3.0	39	78	14	147	53	2	3	40	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26255851--26255884	17	1.9	17	88	5	50	52	0	2	44	1.16
26255860--26255904	24	1.9	24	82	13	58	57	0	4	37	1.19
26258057--26258111	26	2.2	25	83	3	65	21	10	5	61	1.49
26258615--26258686	30	2.4	30	84	6	85	33	16	18	31	1.93
26258615--26258669	29	1.9	29	88	3	85	40	14	16	29	1.88
26270536--26270562	11	2.5	11	100	0	54	18	7	7	66	1.40
26270762--26270803	21	1.9	23	85	9	61	54	0	0	45	0.99
26273367--26273448	31	2.7	30	79	5	94	37	12	9	40	1.76
26273591--26273649	29	2.0	29	93	3	100	50	13	5	30	1.63
26275024--26275089	32	2.2	30	80	15	75	36	0	12	51	1.39
26275265--26275333	28	2.3	30	85	7	88	44	5	10	39	1.62
26277829--26277878	13	3.7	13	76	10	55	60	4	0	36	1.16
26284834--26284870	8	4.6	8	86	0	56	59	0	0	40	0.97
26285465--26285520	29	1.9	29	82	7	69	50	10	0	39	1.37
26293005--26293134	68	1.9	66	86	9	183	41	12	21	24	1.87
26297812--26297850	21	1.9	21	89	5	62	64	5	0	30	1.15
26297811--26297855	21	2.2	20	80	7	56	66	4	0	28	1.11
26304068--26304102	9	3.9	9	100	0	70	77	0	0	22	0.78
26304367--26304560	88	2.2	86	86	6	266	37	18	12	31	1.88
26304914--26304987	38	2.0	37	84	7	96	32	2	2	62	1.23
26304978--26305022	15	2.8	15	83	12	54	33	0	0	66	0.92
26306098--26306252	80	1.9	82	89	5	244	46	7	6	39	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26310284--26310358	32	2.3	32	81	0	96	66	4	4	25	1.26
26311237--26311278	20	2.0	21	90	4	68	40	0	7	52	1.29
26311372--26311408	19	1.9	19	89	10	58	43	0	2	54	1.14
26314002--26314046	18	2.6	17	78	3	54	31	6	6	55	1.52
26320109--26320164	29	1.9	29	82	13	71	42	0	21	35	1.53
26320599--26320654	25	2.2	25	90	0	85	21	28	17	32	1.96
26320599--26320666	25	2.7	25	86	4	75	23	26	20	29	1.99
26321902--26321988	43	2.0	43	95	0	156	18	29	27	24	1.98
26325479--26325510	16	2.1	16	94	5	57	59	0	0	40	0.97
26325471--26325523	24	2.1	26	86	10	74	56	0	0	43	0.99
26325481--26325538	24	2.4	22	78	16	53	55	0	1	43	1.10
26325482--26325539	28	2.1	27	81	12	64	53	0	1	44	1.10
26325674--26325706	16	2.1	15	94	5	57	45	0	0	54	0.99
26325736--26325765	15	1.9	16	93	6	53	83	6	10	0	0.81
26326706--26326791	23	4.0	22	73	14	81	16	22	23	38	1.93
26326717--26326791	21	3.5	20	76	5	60	14	21	25	38	1.91
26332570--26332601	16	2.1	16	94	5	57	59	0	0	40	0.97
26332562--26332611	27	2.0	26	84	11	68	56	0	0	44	0.99
26332573--26332631	28	2.1	27	81	12	66	52	1	1	44	1.21
26333764--26333807	22	2.0	23	95	4	81	22	20	18	38	1.93
26336962--26337072	33	3.4	32	74	10	91	24	27	18	29	1.98
26336949--26337207	101	2.6	101	84	1	315	28	25	16	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26341451--26341511	11	5.3	11	76	21	54	68	1	27	1	1.08
26343812--26343919	43	2.6	43	82	5	123	17	24	14	43	1.87
26343817--26343883	21	3.1	21	69	12	64	16	20	16	46	1.84
26349052--26349152	9	11.3	9	75	16	59	38	1	3	55	1.30
26349087--26349152	3	22.3	3	74	9	55	36	3	3	57	1.29
26350361--26350400	15	2.7	15	96	0	71	37	5	12	45	1.64
26351871--26351920	18	2.8	18	71	20	50	40	12	0	48	1.40
26356673--26356718	22	2.0	23	83	4	58	69	2	6	21	1.22
26364476--26364521	24	1.9	24	82	8	58	30	2	2	65	1.16
26365309--26365346	20	2.0	20	89	5	60	42	0	5	52	1.24
26365311--26365352	20	2.2	19	83	8	50	42	0	7	50	1.30
26365862--26365938	31	2.5	31	80	0	91	37	11	9	41	1.73
26370274--26370361	42	2.1	42	95	0	158	30	10	19	39	1.85
26380688--26380712	12	2.1	12	100	0	50	0	24	0	76	0.80
26388847--26388909	31	2.0	32	87	9	94	58	19	3	19	1.52
26395098--26395182	40	2.2	39	85	6	109	18	17	23	40	1.92
26398001--26398248	47	5.3	47	96	0	453	31	8	30	30	1.86
26398001--26398660	94	7.2	93	79	13	592	31	8	30	29	1.87
26398228--26398281	16	3.4	16	71	19	58	33	1	29	35	1.69
26398217--26398280	32	2.0	32	100	0	128	31	3	31	34	1.73
26398249--26398660	47	8.8	47	94	0	691	31	8	30	28	1.87
26398073--26398608	173	3.0	174	90	8	887	31	8	30	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26398778--26398856	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
26410627--26410717	37	2.5	37	96	0	164	49	0	13	37	1.42
26410627--26410717	18	4.9	19	77	5	96	49	0	13	37	1.42
26411358--26411424	29	2.3	29	90	7	102	47	0	10	41	1.38
26411669--26411705	18	2.0	20	89	10	60	59	2	0	37	1.12
26417952--26418190	50	4.7	50	80	3	228	28	20	27	23	1.99
26422508--26422558	26	2.0	26	96	0	93	11	23	35	29	1.90
26422431--26422689	103	2.5	104	93	2	443	18	18	30	32	1.95
26422607--26422775	89	1.9	89	98	0	329	19	18	33	28	1.96
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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