genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63323194

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  63  of  199  ( 23841 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24224597--24225103	228	2.2	228	97	0	960	40	1	12	44	1.53
24225063--24225103	19	2.2	19	95	0	73	41	0	9	48	1.36
24226210--24226255	22	2.1	22	95	0	83	43	13	4	39	1.63
24228067--24228117	21	2.4	21	93	0	84	33	45	0	21	1.52
24228088--24228152	28	2.3	28	83	0	76	35	38	0	26	1.57
24228109--24228156	7	6.9	7	80	0	51	37	37	0	25	1.56
24231091--24231174	44	1.9	43	85	2	114	30	14	27	27	1.95
24231636--24231789	70	2.2	70	92	0	254	30	9	25	33	1.88
24235220--24235247	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
24247463--24247507	23	2.0	23	82	8	56	20	15	6	57	1.60
24250533--24250588	21	2.7	21	94	0	94	16	7	19	57	1.62
24250533--24250599	21	3.2	20	83	6	73	14	7	17	59	1.58
24252253--24252308	24	2.3	24	93	0	94	39	1	0	58	1.08
24254887--24254936	5	10.2	5	76	20	52	60	2	0	38	1.09
24255347--24255398	27	1.9	27	96	0	95	15	23	5	55	1.61
24270814--24270856	14	3.0	14	82	3	50	65	0	2	32	1.06
24275348--24275389	23	1.9	22	85	9	59	26	0	4	69	1.08
24284700--24284737	18	2.1	18	85	9	51	63	0	7	28	1.23
24285341--24285426	31	2.8	30	75	1	82	44	12	6	36	1.70
24297153--24297414	33	7.8	32	68	10	121	28	24	16	30	1.96
24297150--24297481	101	3.3	101	93	0	565	28	24	16	31	1.96
24300349--24300377	11	2.6	11	100	0	58	17	17	27	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24300474--24300527	20	2.7	20	83	13	67	55	5	1	37	1.34
24303946--24304007	27	2.3	27	88	0	97	30	20	32	16	1.95
24304370--24304407	19	2.0	19	89	0	58	50	7	5	36	1.54
24304506--24304577	27	2.7	27	93	0	117	52	12	0	34	1.39
24304620--24304791	49	3.6	49	84	6	235	33	1	12	53	1.46
24304619--24304738	27	4.9	25	79	15	135	34	0	11	53	1.43
24304834--24304871	19	2.0	19	89	0	58	36	5	7	50	1.54
24305091--24305167	27	2.9	28	90	3	115	19	38	24	16	1.92
24312230--24312260	15	2.1	15	93	0	53	35	0	0	64	0.94
24315395--24315460	24	2.9	24	71	22	61	37	6	6	50	1.52
24316002--24316146	71	2.0	71	94	0	254	43	13	18	24	1.86
24322430--24322517	27	3.2	27	75	9	88	36	6	5	51	1.52
24324517--24324561	19	2.3	20	75	20	51	26	22	8	42	1.83
24327261--24327302	7	6.0	7	81	18	52	69	0	16	14	1.20
24327261--24327302	21	2.0	21	86	9	59	69	0	16	14	1.20
24328833--24329307	50	9.5	50	72	2	389	28	21	25	24	1.99
24328777--24329341	50	11.3	50	70	6	381	28	20	25	25	1.99
24328777--24329315	100	5.4	100	93	1	902	28	20	25	25	1.99
24329441--24329539	44	2.2	44	80	0	108	31	21	22	25	1.98
24329339--24329580	132	1.8	132	90	0	385	30	20	21	26	1.98
24331278--24331350	27	2.7	26	81	8	83	35	8	6	49	1.59
24336670--24336717	25	2.0	23	84	8	60	35	0	6	58	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24346393--24346433	11	3.2	13	76	16	50	29	0	2	68	1.03
24348493--24348559	30	2.2	31	82	10	77	43	1	32	22	1.62
24348672--24348728	23	2.5	23	83	11	64	38	0	7	54	1.28
24351776--24351893	34	3.5	34	81	8	152	43	10	7	38	1.67
24352035--24352084	24	2.0	25	82	17	61	52	2	6	40	1.38
24352425--24352457	17	1.9	17	100	0	66	42	12	0	45	1.41
24355114--24355180	4	16.8	4	93	0	116	53	22	0	23	1.46
24364886--24364927	14	3.1	14	79	3	50	61	0	7	30	1.22
24364887--24364930	22	2.0	23	90	4	72	59	0	9	31	1.29
24364846--24364927	39	2.1	39	81	4	94	62	3	4	29	1.33
24364891--24364939	22	2.2	22	81	0	62	63	2	8	26	1.34
24365156--24365198	3	14.3	3	100	0	86	32	0	0	67	0.91
24365866--24365920	30	1.9	29	85	10	78	49	12	14	23	1.78
24375858--24375979	61	2.0	61	100	0	244	54	21	13	11	1.70
24380701--24381038	125	2.7	125	87	2	525	29	16	21	32	1.95
24380686--24381038	126	2.8	126	86	2	530	29	16	20	32	1.95
24384069--24384306	116	2.1	116	94	0	413	42	8	10	39	1.69
24384303--24384620	23	12.6	23	72	22	214	29	0	23	46	1.57
24384335--24384380	22	2.2	20	88	11	67	26	0	28	45	1.54
24384359--24384842	29	17.4	29	79	15	460	27	0	26	46	1.57
24384566--24384842	117	2.4	116	88	9	395	25	0	27	46	1.56
24384925--24384994	25	2.8	25	95	0	122	41	11	0	47	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24384858--24385037	94	1.9	93	89	1	279	43	11	0	43	1.45
24385104--24385814	365	2.0	364	90	1	1138	18	24	28	27	1.98
24385834--24385868	18	1.9	18	94	0	61	34	8	31	25	1.86
24386504--24386528	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
24387309--24387394	29	3.2	29	63	27	80	43	0	26	30	1.55
24387302--24387417	51	2.3	51	98	0	223	43	0	27	28	1.55
24387338--24387439	22	4.3	22	70	20	89	41	0	29	29	1.57
24397807--24397856	22	2.2	24	79	10	61	46	0	4	50	1.20
24405178--24405223	17	2.7	18	77	19	53	36	2	0	60	1.09
24409644--24409677	16	2.1	16	100	0	68	20	32	11	35	1.89
24421806--24421838	17	1.9	17	93	0	57	75	6	9	9	1.18
24421824--24422186	155	2.3	156	88	5	538	56	8	6	28	1.54
24422515--24422573	16	3.6	16	71	15	50	20	8	5	66	1.38
24424293--24424317	11	2.3	11	100	0	50	40	8	0	52	1.31
24424277--24424427	42	3.9	40	84	13	185	33	2	0	64	1.08
24424277--24424427	41	3.6	42	85	10	188	33	2	0	64	1.08
24426107--24426425	158	2.0	158	89	0	485	36	16	11	35	1.85
24429436--24429554	58	2.1	58	95	0	211	31	19	21	28	1.97
24429686--24429710	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
24431368--24431529	41	4.0	41	86	1	200	31	18	27	22	1.97
24431350--24431538	82	2.3	82	78	3	202	32	17	25	23	1.97
24431383--24431564	41	4.4	41	84	1	141	32	18	26	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24435491--24435530	20	2.1	19	85	4	53	40	10	5	45	1.60
24447177--24447238	20	2.8	24	78	11	62	40	0	3	56	1.15
24449568--24449620	4	12.8	4	77	15	54	71	1	20	5	1.16
24450921--24450989	29	2.3	31	82	12	97	33	1	24	40	1.64
24450931--24450993	29	2.2	29	91	2	101	36	1	22	39	1.64
24458320--24458356	18	2.1	18	90	10	58	0	32	5	62	1.18
24466331--24466471	25	5.7	25	75	6	99	34	19	28	18	1.95
24466345--24466477	49	2.7	50	79	6	135	33	18	27	20	1.96
24466331--24466479	74	2.0	75	81	3	176	33	19	27	19	1.96
24476104--24476132	15	2.0	15	93	6	51	41	0	0	58	0.98
24477577--24477658	22	3.6	22	69	18	69	37	23	2	36	1.68
24477569--24477663	46	2.1	46	97	0	181	42	22	2	33	1.65
24486972--24487048	24	3.2	24	78	10	77	38	1	2	57	1.21
24494586--24494656	29	2.4	29	84	11	83	21	9	5	63	1.45
24496267--24496305	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
24498142--24498171	14	2.2	14	94	5	53	26	0	0	73	0.84
24498142--24498172	16	1.9	16	93	0	53	29	0	0	70	0.87
24498998--24499041	22	2.0	23	86	4	63	47	2	2	47	1.27
24501012--24501036	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
24505410--24505458	23	2.1	23	96	0	89	42	20	8	28	1.80
24511044--24511155	25	4.4	25	82	9	111	30	22	27	19	1.98
24514777--24514805	3	9.7	3	100	0	58	0	34	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24517328--24517365	15	2.5	15	95	0	67	10	42	10	36	1.74
24540448--24540521	18	4.2	18	74	8	71	33	2	2	60	1.25
24540458--24540526	35	2.0	34	83	13	88	30	1	2	65	1.16
24543077--24543130	25	2.2	25	96	0	99	46	12	0	40	1.42
24543603--24543675	21	3.3	21	76	12	58	64	4	5	26	1.33
24543603--24543649	21	2.2	21	85	7	60	65	2	6	25	1.27
24543620--24543675	21	2.6	21	80	8	60	64	5	3	26	1.32
24543796--24543826	15	2.1	15	94	5	55	51	6	0	41	1.27
24545648--24545703	28	2.0	28	100	0	112	21	7	21	50	1.72
24546123--24546166	22	2.0	22	86	8	63	40	0	4	54	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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