genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.36.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63323194

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  36  of  199  ( 23841 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14450201--14450314	38	3.0	38	100	0	228	50	2	15	31	1.58
14451536--14451579	22	2.0	22	86	0	61	63	2	4	29	1.26
14458496--14458530	17	2.1	17	94	0	61	42	11	14	31	1.81
14458816--14458854	17	2.3	17	86	0	51	10	48	20	20	1.78
14459805--14459886	3	26.7	3	77	14	78	29	3	3	63	1.28
14461366--14461467	40	2.5	40	85	0	132	28	22	18	30	1.97
14465001--14465054	4	13.5	4	100	0	108	25	0	24	50	1.50
14465263--14465337	38	2.0	38	86	5	107	12	16	32	40	1.84
14465526--14465623	47	2.0	49	96	3	182	50	4	14	31	1.61
14466976--14467016	21	2.0	21	85	9	57	39	0	14	46	1.45
14467469--14467527	25	2.3	26	91	2	93	13	25	22	38	1.90
14467566--14467617	24	2.2	24	89	0	77	21	25	15	38	1.92
14470092--14470229	45	3.0	44	83	7	177	38	10	22	28	1.87
14473186--14473443	41	6.3	41	90	0	408	29	20	28	22	1.98
14473186--14473437	82	3.1	82	99	0	495	28	19	28	22	1.98
14480645--14480682	19	2.0	19	89	0	58	36	0	15	47	1.46
14480895--14481152	41	6.3	41	90	0	408	29	20	28	22	1.98
14480895--14481146	82	3.1	82	99	0	495	28	19	28	22	1.98
14485557--14485663	23	4.9	23	83	11	136	36	24	21	17	1.95
14486329--14486399	5	14.6	5	74	21	62	38	0	4	57	1.18
14486357--14486399	19	2.3	19	92	8	70	41	0	0	58	0.98
14486409--14486454	15	3.0	15	87	3	65	71	2	23	2	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14486404--14486475	31	2.4	31	84	9	87	70	6	20	1	1.18
14487536--14487617	24	3.5	24	91	5	125	14	21	21	41	1.89
14493572--14493714	71	2.0	71	95	0	259	31	18	20	29	1.96
14494088--14494250	45	3.7	45	77	11	156	31	19	24	24	1.98
14494296--14494789	44	11.2	44	72	10	310	28	18	24	29	1.98
14494293--14494896	88	6.9	88	69	12	333	28	18	24	28	1.98
14494228--14494896	132	5.1	132	94	0	1151	28	18	24	28	1.98
14500150--14500201	16	3.4	16	84	7	72	69	0	17	13	1.19
14500147--14500188	8	5.2	8	94	0	75	73	0	14	11	1.09
14501329--14501466	45	3.1	43	72	5	125	29	21	24	24	1.99
14501512--14501898	44	8.8	44	72	10	254	28	18	24	28	1.98
14501472--14501918	44	10.2	45	66	15	168	27	19	23	29	1.98
14501444--14501981	132	4.1	132	94	0	880	28	18	24	28	1.98
14501449--14502049	264	2.3	263	87	2	720	28	18	23	28	1.98
14513962--14514010	21	2.1	24	85	14	68	0	16	8	75	1.03
14516047--14516105	30	2.0	30	83	6	75	44	6	10	38	1.65
14516293--14516326	13	2.6	13	85	0	50	17	20	35	26	1.95
14516991--14517026	17	2.2	16	90	5	54	83	0	13	2	0.76
14516991--14517054	15	4.5	14	75	16	60	79	7	10	1	0.99
14517323--14517375	13	4.2	13	71	26	51	77	1	20	0	0.87
14517328--14517377	24	2.1	24	88	7	75	76	2	22	0	0.89
14518026--14518050	13	1.9	13	100	0	50	12	24	8	56	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14518916--14519512	44	13.6	45	65	13	211	29	18	24	27	1.98
14518850--14519599	132	5.7	132	93	0	1241	28	18	24	28	1.98
14521066--14521105	15	2.8	15	88	7	57	12	12	10	65	1.49
14522433--14522477	19	2.5	17	82	10	54	37	11	8	42	1.72
14522433--14522478	18	2.5	19	86	6	60	39	10	8	41	1.71
14530760--14530814	28	2.0	27	82	10	67	36	9	9	45	1.68
14551442--14551469	6	4.7	6	100	0	56	14	0	67	17	1.22
14553341--14553380	19	2.2	17	86	8	53	55	0	0	45	0.99
14566493--14566536	22	2.0	23	86	4	63	34	0	0	65	0.93
14567095--14567142	19	2.5	19	89	3	69	33	0	0	66	0.92
14568385--14568508	25	5.2	24	80	10	114	37	18	23	20	1.94
14569370--14569426	26	2.1	27	84	9	73	1	26	3	68	1.15
14585393--14585423	3	10.3	3	100	0	62	67	0	32	0	0.91
14601737--14601796	30	2.0	30	100	0	120	23	13	20	43	1.86
14607052--14607088	14	2.4	17	86	13	53	48	0	0	51	1.00
14607238--14607288	14	3.6	14	74	7	50	68	0	13	17	1.21
14607277--14607310	16	2.1	16	88	5	50	76	5	14	2	1.09
14608188--14608227	21	1.9	21	85	10	55	47	0	20	32	1.50
14608397--14608492	39	2.5	39	80	6	108	20	23	28	27	1.99
14614495--14614531	14	2.4	17	86	13	53	48	0	0	51	1.00
14614681--14614731	14	3.6	14	74	7	50	68	0	13	17	1.21
14614720--14614753	16	2.1	16	88	5	50	76	5	14	2	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14615621--14615697	27	3.1	25	78	14	70	38	0	24	36	1.56
14615621--14615678	23	2.5	24	80	11	66	39	0	24	36	1.55
14615841--14615936	39	2.5	39	80	6	108	20	23	28	27	1.99
14617207--14617248	15	2.5	17	85	14	61	38	4	0	57	1.20
14617908--14618068	60	2.6	59	82	5	171	32	0	11	55	1.41
14617949--14618067	60	2.0	60	94	0	211	33	0	12	53	1.39
14627725--14627798	32	2.3	32	95	0	130	37	14	14	32	1.87
14627740--14627811	32	2.2	32	85	4	92	44	11	12	31	1.77
14658092--14658121	6	5.0	6	95	0	51	20	0	63	16	1.31
14658544--14658583	11	3.5	11	82	3	53	17	0	0	82	0.67
14659957--14659998	21	2.1	19	86	8	57	57	0	2	40	1.12
14661892--14661927	5	7.0	5	93	3	54	5	0	19	75	1.00
14665994--14666054	29	2.1	29	96	0	113	49	13	14	22	1.78
14671251--14671296	24	1.9	24	90	0	74	47	0	2	50	1.13
14679528--14679553	13	2.0	13	100	0	52	23	23	15	38	1.92
14684013--14684061	22	2.2	22	78	7	55	30	4	2	63	1.24
14687219--14687259	3	13.7	3	100	0	82	0	31	0	68	0.90
14692458--14692718	129	2.0	129	94	1	461	33	14	24	26	1.95
14693203--14693236	14	2.4	14	95	0	59	38	5	23	32	1.79
14693224--14693263	20	2.0	20	90	0	62	30	10	12	47	1.74
14693210--14693275	34	1.9	35	90	3	107	33	7	15	43	1.74
14693375--14693491	40	3.1	39	65	22	106	31	4	5	58	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14693349--14693491	72	2.0	71	95	1	259	32	4	6	56	1.44
14693564--14693626	34	1.9	32	93	6	108	41	4	9	44	1.58
14695801--14695825	13	1.9	13	100	0	50	40	16	28	16	1.89
14697438--14697504	22	3.0	22	86	4	107	22	20	26	29	1.99
14697437--14697503	23	3.0	23	88	2	109	20	20	26	31	1.98
14697640--14697712	38	1.9	37	86	8	103	45	1	21	31	1.61
14708197--14708221	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
14717431--14717463	16	2.1	16	100	0	66	18	24	0	57	1.40
14719376--14719417	21	2.0	21	90	0	66	35	0	21	42	1.53
14719971--14720075	24	4.3	24	74	17	85	19	24	21	34	1.96
14719989--14720129	25	5.7	25	70	6	92	19	25	22	31	1.98
14721262--14721308	23	2.0	25	87	8	71	29	0	14	55	1.40
14721655--14721706	24	2.2	24	86	6	70	25	25	13	36	1.92
14722733--14722786	22	2.5	20	74	11	54	33	5	5	55	1.46
14726234--14726281	24	2.0	24	95	0	87	35	8	18	37	1.81
14729674--14729714	22	1.9	21	85	5	55	46	2	0	51	1.14
14743667--14743700	3	11.3	3	100	0	68	35	0	0	64	0.94
14752677--14752769	46	2.0	46	100	0	186	31	19	23	25	1.98
14760029--14760170	75	1.9	72	92	4	239	45	7	8	38	1.64
14762110--14762188	20	3.8	20	76	23	76	29	1	1	68	1.05
14762120--14762188	27	2.6	27	82	13	72	28	1	1	68	1.07
14778347--14778492	66	2.2	66	88	0	211	36	15	19	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14778347--14778492	33	4.4	32	70	5	103	36	15	19	27	1.93
14778381--14778511	66	2.0	66	83	1	163	36	18	22	22	1.95
14780120--14780160	21	1.9	22	90	5	66	24	0	29	46	1.53
14785425--14785458	17	1.9	18	94	5	61	73	2	11	11	1.20
14791510--14791964	46	10.6	45	81	14	536	28	20	15	35	1.93
14791692--14791928	36	6.0	36	77	18	240	27	19	15	37	1.92
14791646--14791964	82	3.9	82	93	0	557	28	20	14	36	1.92
14795024--14795064	14	2.9	15	85	7	50	43	0	0	56	0.99
14795025--14795076	20	2.5	20	81	12	61	44	0	0	55	0.99
14795034--14795076	23	1.9	22	85	4	59	44	0	0	55	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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