genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63323194

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28108836--28109415	89	6.5	88	84	4	379	26	23	18	30	1.98
28108957--28109773	89	9.2	88	80	6	774	28	23	18	29	1.98
28109579--28109770	45	4.3	44	79	2	195	30	22	17	29	1.96
28111011--28111156	48	3.0	48	83	9	174	13	25	16	45	1.83
28111014--28111158	47	3.0	48	85	5	195	13	26	16	44	1.84
28121034--28121088	19	2.7	20	86	11	76	34	0	0	65	0.93
28122775--28122816	14	3.0	14	80	10	50	40	4	2	52	1.35
28123274--28123322	23	2.1	24	88	3	73	63	12	2	22	1.39
28123281--28123341	26	2.4	24	81	10	59	63	11	4	19	1.45
28130875--28130906	14	2.4	14	94	5	57	31	0	25	43	1.55
28134404--28134446	7	6.1	7	91	0	68	55	11	2	30	1.48
28137216--28137269	21	2.7	20	77	13	56	31	9	29	29	1.88
28139287--28139330	12	3.7	11	82	11	52	68	0	4	27	1.09
28139290--28139331	11	3.7	11	81	12	50	69	0	4	26	1.08
28139290--28139371	24	3.5	23	75	15	71	65	0	2	31	1.05
28139288--28139370	25	3.5	24	76	15	77	66	0	2	31	1.05
28145024--28145131	45	2.4	46	84	10	134	23	21	29	25	1.99
28146941--28146967	13	2.1	13	100	0	54	40	0	0	59	0.98
28149572--28149688	3	39.7	3	74	14	68	28	5	2	63	1.31
28154531--28154581	26	2.0	26	96	0	93	11	23	35	29	1.90
28154453--28154820	103	3.6	104	94	1	618	19	20	30	30	1.97
28162115--28162166	26	2.0	26	96	0	95	13	23	34	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28162037--28162404	103	3.6	104	95	1	627	19	20	29	30	1.97
28166614--28166691	6	12.7	6	76	15	70	83	0	14	2	0.75
28166613--28166692	11	7.7	10	79	12	83	82	0	15	2	0.77
28166614--28166692	17	4.6	17	78	18	85	82	0	15	2	0.78
28167939--28168647	89	8.0	89	86	2	915	29	24	22	22	1.99
28169920--28169948	13	2.1	14	93	6	51	6	6	6	79	1.06
28170606--28170714	3	36.0	3	75	14	75	28	5	2	63	1.31
28170778--28170831	25	2.2	25	90	6	83	42	5	1	50	1.36
28170860--28170890	10	3.1	10	95	0	53	45	0	0	54	0.99
28171346--28171491	73	2.0	74	94	1	258	26	17	18	38	1.92
28172091--28172158	34	2.0	34	100	0	136	29	26	8	35	1.87
28175238--28175274	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
28175631--28175662	17	2.0	17	88	11	50	31	25	0	43	1.55
28180320--28180535	107	2.0	107	94	0	378	30	18	18	33	1.94
28182112--28182151	7	5.7	7	90	0	62	77	0	0	22	0.77
28182111--28182152	13	3.2	13	86	6	57	76	0	0	23	0.79
28182298--28182332	18	1.9	18	88	0	52	0	45	51	2	1.16
28183173--28183275	30	3.5	29	81	5	91	35	12	0	50	1.47
28183202--28183287	29	2.9	29	79	6	102	38	12	2	46	1.55
28183794--28183828	17	2.0	18	88	5	54	74	5	17	2	1.14
28183883--28183927	21	2.0	23	87	12	67	24	44	28	2	1.66
28183942--28183975	13	2.6	13	85	0	50	79	0	20	0	0.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28185927--28185982	29	1.9	29	82	7	69	37	7	3	51	1.47
28185979--28186014	16	2.2	17	90	5	56	36	11	0	52	1.37
28185986--28186046	32	2.0	30	84	9	79	39	6	1	52	1.37
28186012--28186101	41	2.2	41	78	9	94	41	10	3	45	1.54
28186576--28186886	109	2.9	109	86	2	439	29	17	17	35	1.93
28191771--28191824	16	3.4	16	94	0	90	33	0	35	31	1.58
28191803--28191912	45	2.6	43	80	9	129	33	5	29	31	1.80
28192034--28192088	25	2.2	25	84	9	69	52	1	0	45	1.11
28192356--28192408	27	2.1	27	82	10	67	43	0	0	56	0.99
28197588--28197662	38	2.0	38	92	5	125	17	18	18	45	1.86
28199149--28199241	44	2.1	44	90	6	143	36	26	4	32	1.76
28199223--28199278	16	3.5	16	90	0	85	30	23	7	39	1.81
28200516--28200555	20	2.0	20	100	0	80	30	0	40	30	1.57
28205765--28205795	9	3.6	9	95	4	55	70	6	0	22	1.09
28212882--28213902	44	23.7	44	67	10	419	26	20	21	32	1.97
28212859--28213474	129	4.8	129	86	2	835	26	19	22	32	1.97
28212826--28213474	85	7.6	85	69	11	293	26	19	22	32	1.97
28213162--28214041	433	2.0	433	97	0	1670	26	20	21	31	1.98
28213589--28213907	129	2.5	129	89	1	496	26	18	22	32	1.97
28215457--28215508	19	2.8	18	75	18	52	1	21	0	76	0.87
28215460--28215525	13	5.3	12	77	15	55	1	13	3	81	0.87
28220083--28220352	41	6.6	41	90	5	370	29	24	19	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28221877--28221901	13	1.9	13	100	0	50	68	24	0	8	1.16
28223397--28223442	3	15.0	3	86	4	56	58	0	6	34	1.24
28223389--28223451	28	2.2	29	86	5	85	60	1	6	31	1.31
28223389--28223467	31	2.5	31	83	8	88	59	2	6	31	1.36
28227776--28227815	16	2.5	15	84	11	53	20	7	0	72	1.08
28227871--28227899	12	2.4	12	100	0	58	24	0	6	68	1.13
28229229--28229263	2	17.5	2	93	0	61	0	45	2	51	1.16
28244102--28244203	50	2.0	50	100	0	204	40	18	17	23	1.91
28247423--28248150	358	2.0	362	97	2	1383	40	14	11	33	1.82
28253914--28253947	7	5.1	7	93	6	54	0	11	0	88	0.52
28255768--28256776	334	3.0	334	97	0	1894	33	21	11	33	1.89
28260284--28260325	18	2.4	18	88	4	59	47	0	0	52	1.00
28260317--28260359	19	2.3	19	80	4	52	67	4	0	27	1.10
28263831--28263895	32	2.0	32	100	0	130	30	15	6	47	1.70
28271401--28271518	60	2.0	58	82	9	141	22	16	11	49	1.78
28273340--28273370	14	2.2	14	94	0	53	38	12	9	38	1.77
28274394--28274433	21	1.9	21	100	0	80	30	30	5	35	1.79
28276801--28276830	8	3.8	8	100	0	60	53	0	23	23	1.46
28278686--28278794	23	5.0	22	78	12	109	18	22	22	36	1.95
28279109--28279153	23	1.9	24	86	13	67	53	0	15	31	1.43
28280849--28281001	71	2.1	72	80	5	168	22	20	23	32	1.98
28292069--28292111	15	2.9	14	89	6	59	30	2	2	65	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28297558--28297583	7	3.7	7	100	0	52	88	11	0	0	0.52
28298125--28298150	8	3.2	8	100	0	52	23	11	26	38	1.89
28303015--28303039	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
28304193--28304269	30	2.6	30	87	0	109	28	20	16	33	1.95
28304222--28304374	71	2.2	71	92	0	252	29	27	10	32	1.90
28304395--28304485	45	2.0	46	85	12	125	8	52	3	35	1.49
28309848--28309989	73	1.9	75	94	2	252	33	19	7	39	1.79
28310762--28310798	13	2.5	15	87	12	51	70	8	8	13	1.34
28310839--28310897	27	2.2	27	81	0	64	20	37	23	18	1.94
28310965--28311012	18	2.9	16	79	11	51	62	0	35	2	1.07
28310979--28311013	9	3.9	9	85	14	54	68	0	31	0	0.90
28314713--28314752	6	6.7	6	85	0	53	2	32	42	22	1.67
28314719--28314764	18	2.6	18	89	0	65	2	32	39	26	1.68
28315410--28315444	14	2.5	14	90	0	52	42	5	20	31	1.75
28319590--28319639	18	2.7	19	73	20	52	38	2	8	52	1.43
28322421--28322466	23	2.0	23	86	0	65	26	8	0	65	1.21
28323177--28323222	19	2.5	18	82	13	58	26	4	0	69	1.07
28326605--28326657	25	2.2	25	83	6	65	47	5	16	30	1.70
28329947--28329988	21	2.0	21	95	0	75	14	26	26	33	1.94
28346396--28346538	73	2.0	73	100	0	286	37	18	23	20	1.94
28348820--28348887	5	13.6	5	80	6	75	25	35	0	39	1.56
28349794--28350191	51	7.8	51	73	7	265	29	25	14	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28349900--28349982	26	3.2	26	70	10	80	34	27	8	28	1.86
28349799--28350191	102	3.9	102	83	3	445	29	25	14	30	1.95
28353266--28353436	44	3.9	44	79	8	154	32	25	16	25	1.96
28353266--28353436	87	2.0	86	80	11	197	32	25	16	25	1.96
28357085--28357136	21	2.5	21	80	0	59	26	5	32	34	1.80
28359133--28359173	16	2.6	16	84	7	57	46	4	0	48	1.23
28366573--28366623	10	5.1	10	81	9	59	54	0	1	43	1.11
28366573--28366626	19	2.8	20	88	2	74	53	0	1	44	1.11
28370526--28370747	43	5.2	42	82	11	247	30	29	18	22	1.97
28370522--28370747	86	2.6	85	84	6	280	30	29	17	22	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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