genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63323194

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7084714--7084763	9	5.7	9	75	13	50	72	4	0	24	1.02
7090830--7090890	32	1.9	32	93	0	104	27	16	9	45	1.79
7092794--7092834	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
7107218--7107263	17	2.8	18	84	15	64	28	41	30	0	1.56
7125259--7125304	23	2.0	23	82	4	56	41	2	0	56	1.11
7129358--7129383	13	2.0	13	100	0	52	30	7	30	30	1.85
7138551--7138589	21	1.9	21	84	5	53	51	2	10	35	1.50
7144133--7144194	33	1.9	32	83	9	81	67	6	11	14	1.40
7148311--7148350	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
7148319--7148385	35	1.9	35	87	3	100	31	10	13	44	1.77
7148334--7148373	20	2.0	20	85	0	53	27	12	12	47	1.77
7149916--7149941	13	2.0	13	100	0	52	46	15	15	23	1.83
7153205--7153304	21	4.9	21	71	16	75	59	5	0	36	1.20
7154795--7154841	20	2.6	18	78	21	53	34	4	0	61	1.15
7157582--7157621	21	2.0	21	90	5	64	47	0	5	47	1.24
7166476--7166585	55	2.0	55	81	0	130	28	8	13	50	1.70
7168336--7168464	40	3.3	39	73	11	95	33	24	17	24	1.97
7169735--7169761	7	3.9	7	100	0	54	29	0	11	59	1.32
7169728--7169764	14	2.7	13	88	12	56	29	2	8	59	1.40
7170045--7170101	14	3.9	14	75	13	53	68	1	12	17	1.29
7170144--7170169	11	2.4	11	100	0	52	50	7	42	0	1.31
7170820--7170862	12	3.6	12	87	0	50	41	0	6	51	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7170828--7170866	18	2.2	18	90	0	60	38	0	5	56	1.22
7171221--7171316	39	2.5	38	79	12	99	20	25	27	27	1.99
7172360--7172411	4	12.2	4	78	15	52	1	19	1	76	0.97
7172362--7172412	19	2.9	17	86	11	68	1	17	1	78	0.94
7172360--7172417	23	2.5	23	85	2	71	3	17	1	77	0.99
7172497--7172525	5	5.8	5	100	0	58	58	0	0	41	0.98
7172408--7172510	52	2.0	53	92	5	174	33	3	0	62	1.14
7180093--7180121	13	2.1	14	93	6	51	34	0	0	65	0.93
7199678--7199708	3	10.3	3	92	0	53	32	0	3	64	1.09
7205548--7205575	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
7205978--7206048	33	2.2	33	100	0	142	52	18	15	14	1.75
7211375--7211405	14	2.1	15	94	5	55	38	6	0	54	1.26
7215486--7215549	32	2.1	32	82	11	80	48	10	0	40	1.38
7216077--7216115	20	2.0	20	84	0	51	64	5	5	25	1.35
7220410--7220711	95	3.2	94	78	7	254	38	3	16	42	1.64
7220745--7221036	126	2.3	126	89	0	440	32	19	21	26	1.97
7220995--7221079	44	1.9	44	92	0	143	27	27	23	22	1.99
7225442--7225673	46	5.0	46	88	2	340	35	9	25	29	1.88
7233555--7233612	11	5.2	11	89	2	71	46	0	27	25	1.53
7233556--7233621	22	3.0	21	80	8	69	45	0	27	27	1.54
7233570--7233622	11	4.8	11	88	11	58	43	0	30	26	1.55
7241728--7241777	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7246367--7246416	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
7268722--7268747	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
7271355--7271394	13	3.1	13	77	0	53	35	30	7	27	1.84
7279784--7279809	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
7300778--7300820	5	8.8	5	97	2	79	41	0	0	58	0.98
7301573--7301619	24	2.0	23	84	12	60	36	0	14	48	1.44
7301602--7301648	15	3.0	15	77	19	51	38	0	12	48	1.41
7301761--7301895	41	3.4	39	76	7	130	25	16	25	32	1.96
7301761--7301900	40	3.5	40	75	6	133	27	17	24	31	1.97
7313515--7313548	16	2.1	17	88	5	52	64	0	2	32	1.08
7314349--7314383	17	2.1	18	89	10	56	51	0	0	48	1.00
7316578--7316652	37	2.0	37	100	0	150	36	10	29	24	1.89
7316794--7316822	12	2.4	12	100	0	58	24	0	20	55	1.44
7318189--7318233	21	2.2	21	84	4	56	46	2	8	42	1.47
7324108--7324155	25	1.9	25	86	0	69	45	0	2	52	1.12
7326133--7326578	222	2.0	222	99	0	883	34	20	15	29	1.93
7330230--7330264	9	4.0	9	96	3	63	34	0	0	65	0.93
7330389--7330432	22	2.0	22	82	8	54	45	2	2	50	1.27
7331137--7331223	28	3.1	28	73	17	83	44	1	1	52	1.15
7331145--7331229	26	3.2	26	74	12	91	47	2	0	50	1.14
7331324--7331536	67	3.2	66	64	19	159	46	3	3	46	1.37
7331280--7331701	137	2.9	138	83	8	445	47	4	3	44	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7331428--7331462	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
7331314--7331528	70	3.1	69	66	18	176	46	3	4	46	1.38
7331478--7331691	50	4.2	51	62	20	122	46	5	3	44	1.41
7331404--7331731	156	2.1	156	96	0	611	46	6	3	43	1.45
7331584--7331632	15	2.9	18	80	20	61	44	0	0	55	0.99
7331584--7331638	15	3.4	16	80	16	53	43	0	1	54	1.10
7331784--7331869	44	1.9	45	85	2	120	36	29	6	27	1.83
7331855--7331907	16	3.2	16	84	5	79	39	32	0	28	1.57
7347662--7347703	22	1.9	22	85	0	57	73	2	0	23	0.94
7348068--7348149	40	2.1	38	82	6	94	63	14	1	20	1.37
7352161--7352261	22	4.3	23	80	8	89	36	18	27	16	1.93
7352162--7352249	47	1.9	44	82	11	106	35	19	28	17	1.94
7353218--7353256	11	3.3	13	80	20	50	53	0	0	46	1.00
7372509--7372577	28	2.5	28	88	2	104	39	4	1	55	1.29
7372713--7372865	10	15.3	10	70	20	72	67	0	30	1	0.98
7372714--7372799	28	2.8	30	78	15	88	67	0	32	0	0.91
7372712--7372892	38	4.9	38	79	13	177	67	0	30	1	0.97
7372763--7372835	28	2.6	28	80	8	78	67	0	31	1	1.00
7373565--7373616	19	2.7	19	88	5	70	26	0	5	67	1.13
7373652--7373720	27	2.6	27	93	4	113	40	10	0	49	1.37
7373720--7373750	16	1.9	16	93	0	53	87	3	3	6	0.75
7373729--7373762	9	3.7	9	88	4	50	88	5	2	2	0.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7376058--7376083	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
7376395--7376461	27	2.5	27	92	0	107	16	31	28	23	1.96
7376395--7376471	27	2.9	27	88	0	82	14	33	25	25	1.94
7376502--7376536	16	2.2	16	95	5	63	2	0	5	91	0.50
7376537--7376602	27	2.4	29	92	7	111	48	0	9	42	1.35
7399665--7399707	19	2.3	19	80	4	52	39	2	0	58	1.11
7400194--7400227	13	2.6	13	100	0	68	52	23	5	17	1.66
7402761--7402835	11	7.2	11	74	17	70	54	0	2	42	1.14
7402729--7402846	43	2.7	43	83	8	150	59	0	1	38	1.14
7414505--7414554	13	3.8	13	81	2	55	46	22	2	30	1.63
7414505--7414555	26	2.0	26	92	0	84	45	21	3	29	1.70
7435265--7435306	21	1.9	23	85	9	61	57	14	2	26	1.50
7437036--7437080	18	2.5	18	85	0	63	55	4	0	40	1.20
7437040--7437080	12	3.4	12	86	0	55	53	4	0	41	1.22
7437798--7437834	18	2.0	18	94	5	65	13	10	0	75	1.04
7437798--7437844	19	2.6	19	83	12	55	14	10	0	74	1.07
7437990--7438049	5	12.2	5	76	16	63	58	1	0	40	1.08
7437984--7438049	27	2.4	27	80	14	82	56	1	0	42	1.08
7446678--7446707	13	2.2	14	94	5	53	90	0	6	3	0.56
7446930--7446987	27	2.1	27	93	0	98	27	24	13	34	1.93
7467704--7467754	24	2.1	24	100	0	102	35	11	29	23	1.90
7467800--7467855	26	2.2	26	83	6	69	35	16	26	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7475042--7475196	21	7.4	21	80	5	172	16	20	16	45	1.85
7475043--7475184	42	3.4	42	94	1	241	17	21	16	45	1.86
7477486--7477728	50	4.8	50	89	0	369	26	22	30	20	1.98
7479457--7479592	67	2.0	67	100	0	272	36	22	19	22	1.95
7481006--7481070	16	4.1	15	74	14	60	1	20	6	72	1.14
7482515--7482548	17	2.0	17	100	0	68	17	17	23	41	1.90
7483865--7483904	21	1.9	21	84	0	53	20	20	20	40	1.92
7485686--7485857	72	2.4	72	86	4	260	25	6	13	53	1.65
7487827--7488069	118	2.1	118	94	0	423	39	18	6	34	1.78
7487993--7488046	12	4.2	12	76	17	56	37	18	7	37	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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