genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63323194

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  67  of  199  ( 23841 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25292654--25292692	20	2.0	20	90	5	62	30	23	2	43	1.67
25298053--25298423	144	2.6	144	97	0	697	29	23	18	28	1.98
25305695--25305814	60	2.0	60	90	0	186	30	19	25	25	1.98
25306551--25306643	44	2.1	46	93	4	163	27	4	31	36	1.76
25306551--25306656	39	2.5	44	85	11	141	29	3	32	34	1.75
25306850--25307018	54	2.8	63	70	22	173	51	5	1	42	1.32
25306774--25306956	59	3.0	60	70	10	176	51	3	1	42	1.29
25306895--25306967	10	7.9	10	66	17	50	56	1	0	42	1.08
25306782--25307018	120	2.0	118	92	3	397	51	4	1	42	1.32
25311013--25311291	153	1.8	155	86	1	409	42	16	9	31	1.80
25311951--25312025	31	2.4	31	93	0	132	28	18	13	40	1.88
25313850--25313897	23	2.1	23	81	14	55	14	16	8	60	1.57
25316015--25316041	6	4.5	6	100	0	54	29	37	18	14	1.91
25317460--25317505	21	2.2	21	92	3	76	28	0	0	71	0.86
25324360--25324448	46	1.9	46	90	0	142	37	10	23	29	1.88
25326979--25327118	46	3.0	46	91	0	226	29	25	8	37	1.85
25330464--25330502	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
25330607--25330635	8	3.6	8	100	0	58	24	13	27	34	1.93
25330722--25330797	23	3.3	23	96	0	143	21	21	26	31	1.98
25333249--25333497	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
25333248--25333497	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
25333592--25333623	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25333835--25333892	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
25340834--25341066	50	4.5	50	84	4	270	20	29	24	25	1.99
25340833--25341080	100	2.4	104	86	7	339	20	29	24	25	1.99
25341175--25341206	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
25341417--25341474	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
25370573--25370619	24	2.0	24	82	0	58	40	10	10	38	1.75
25380318--25380356	15	2.6	15	87	0	51	35	2	30	30	1.71
25391873--25391924	24	2.2	24	82	6	61	40	9	11	38	1.74
25393156--25393193	4	9.5	4	94	0	58	26	5	23	44	1.74
25397728--25397767	7	5.7	7	84	0	53	75	0	2	22	0.93
25403791--25403823	15	2.2	15	94	0	57	39	21	21	18	1.93
25412723--25412818	49	2.0	49	87	0	138	28	6	18	46	1.73
25418738--25418866	67	1.9	67	85	3	179	31	15	19	34	1.93
25421176--25421232	28	2.0	28	100	0	114	36	3	24	35	1.73
25423261--25423310	17	3.1	17	72	21	61	58	0	8	34	1.28
25425019--25425064	21	2.2	21	84	7	58	39	0	0	60	0.97
25425008--25425055	13	3.6	13	77	2	51	37	0	0	62	0.95
25425024--25425073	17	2.7	20	73	23	54	44	0	0	56	0.99
25426579--25426622	19	2.3	19	84	11	54	61	2	2	34	1.21
25426559--25426629	29	2.5	29	75	8	74	61	1	1	35	1.13
25430208--25430381	33	5.3	33	87	4	228	16	34	12	36	1.86
25433985--25434023	20	2.0	20	89	0	60	17	25	2	53	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25434049--25434078	14	2.1	14	93	0	51	3	26	10	60	1.45
25439438--25439618	43	4.0	43	69	12	130	25	16	27	30	1.97
25442898--25443259	43	8.3	43	82	3	366	31	29	17	21	1.96
25442898--25443273	129	2.9	128	82	4	412	31	29	17	21	1.96
25443121--25443216	49	2.0	49	87	4	140	31	27	14	27	1.95
25445696--25445728	10	3.4	10	91	8	59	84	0	0	15	0.61
25447368--25447646	41	6.8	41	91	0	423	30	28	18	21	1.97
25447693--25447846	40	3.8	40	82	3	168	22	20	19	37	1.94
25447879--25448058	43	4.2	43	87	5	247	22	20	27	30	1.98
25451505--25451558	3	19.0	3	74	11	51	64	3	1	29	1.21
25455485--25455516	2	16.0	2	93	0	55	50	3	46	0	1.17
25470578--25470732	52	3.0	52	95	0	274	20	21	11	46	1.82
25471723--25471823	52	1.9	52	91	0	166	48	12	19	18	1.80
25471969--25472004	16	2.2	16	95	0	63	33	13	19	33	1.91
25478263--25478299	18	2.1	18	89	0	56	13	5	21	59	1.54
25478951--25478990	22	1.9	20	85	10	53	35	5	10	50	1.58
25479908--25480135	89	2.6	89	81	5	255	40	17	8	33	1.80
25480214--25480299	20	4.6	18	72	13	66	67	1	3	27	1.14
25480231--25480299	10	7.4	9	72	16	52	69	1	2	26	1.11
25480507--25480575	35	2.0	35	88	0	102	34	1	2	60	1.20
25480533--25480641	46	2.4	46	80	13	118	35	3	2	57	1.31
25481238--25481289	19	2.7	19	77	14	52	63	1	1	32	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25488276--25488317	14	2.8	15	86	10	59	42	0	0	57	0.99
25488278--25488316	16	2.6	16	88	8	55	43	0	0	56	0.99
25489122--25489167	20	2.3	20	80	0	56	45	2	0	52	1.13
25494615--25494653	19	2.0	21	85	10	55	25	10	0	64	1.25
25498447--25498627	92	2.0	92	89	4	276	47	4	13	34	1.64
25498536--25498732	105	1.9	106	84	1	270	48	5	11	34	1.63
25511362--25511440	40	2.0	40	100	0	158	12	25	2	59	1.46
25518566--25518652	43	2.0	44	95	2	158	32	27	14	25	1.95
25530289--25530343	21	2.7	21	83	8	60	30	1	0	67	1.01
25535341--25535441	45	2.2	45	89	3	159	42	18	15	22	1.89
25536660--25536716	30	1.9	29	82	10	71	47	5	0	47	1.24
25536809--25536852	16	2.6	16	79	10	52	47	4	0	47	1.22
25540707--25540749	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
25542788--25542817	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
25544777--25544820	19	2.4	19	80	3	54	36	0	4	59	1.18
25546421--25546561	25	5.8	25	71	13	98	20	26	21	31	1.98
25546433--25546501	23	2.9	23	78	4	75	18	27	21	31	1.97
25546519--25546580	24	2.6	24	80	10	72	19	25	19	35	1.95
25551654--25551680	14	1.9	14	100	0	54	59	0	11	29	1.32
25553020--25553072	26	2.0	26	82	7	63	47	1	7	43	1.42
25553085--25553158	24	3.1	24	74	14	73	51	8	2	37	1.46
25555888--25555938	21	2.4	21	83	0	66	23	33	31	11	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25555990--25556029	21	1.9	21	89	0	62	35	30	17	17	1.93
25569763--25569853	30	3.0	30	87	4	112	30	9	6	52	1.60
25570084--25570123	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
25570069--25570135	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
25570063--25570139	14	5.0	15	71	20	52	33	9	14	42	1.77
25572501--25572567	34	1.9	35	93	3	118	46	11	8	32	1.72
25575063--25575096	13	2.6	13	85	0	50	47	0	0	52	1.00
25575070--25575115	24	1.9	24	82	8	58	41	2	0	56	1.11
25575346--25575396	13	3.9	13	75	10	59	37	23	5	33	1.79
25579056--25579111	9	5.8	10	83	14	57	30	0	3	66	1.09
25579247--25579272	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
25586403--25586873	203	2.2	211	81	7	550	40	12	6	40	1.69
25589081--25589145	11	6.0	11	75	15	64	55	1	1	41	1.18
25589115--25589146	6	5.5	6	92	7	57	53	0	0	46	1.00
25589081--25589145	23	3.0	22	73	10	64	55	1	1	41	1.18
25589543--25589649	52	2.1	50	87	3	151	47	5	6	40	1.53
25590555--25590579	12	2.1	12	100	0	50	56	0	0	44	0.99
25596095--25596131	20	1.9	19	89	10	58	54	5	5	35	1.47
25597784--25597838	27	2.0	28	83	13	71	50	3	7	38	1.48
25598500--25598538	18	2.1	19	85	4	53	76	0	7	15	0.99
25601714--25601752	19	2.1	19	90	9	62	61	2	5	30	1.31
25601789--25601931	75	1.9	74	80	8	164	58	3	6	30	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25603125--25603218	46	2.0	46	100	0	188	45	10	6	37	1.64
25603508--25603548	21	1.9	22	90	5	66	24	0	4	70	1.06
25603528--25603601	25	2.8	27	82	10	73	31	0	5	63	1.17
25611720--25611902	41	4.5	41	83	4	174	21	29	19	29	1.98
25611761--25611919	41	3.9	41	81	6	196	22	29	20	27	1.98
25614344--25614382	18	2.2	18	85	0	51	53	2	0	43	1.14
25615695--25615746	22	2.2	24	86	6	72	65	7	3	23	1.35
25615842--25615883	15	2.7	16	88	7	68	73	2	0	23	0.94
25615891--25616009	29	4.1	28	79	13	125	32	18	5	43	1.72
25616260--25616309	10	5.2	10	80	7	59	70	0	30	0	0.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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