genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.57.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63323194

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22154888--22154958	27	2.5	28	81	4	81	46	32	0	21	1.51
22154795--22155026	122	1.9	122	83	7	301	47	28	0	22	1.57
22154923--22155025	43	2.4	43	85	4	136	49	29	0	21	1.50
22155008--22155071	23	2.8	22	78	4	65	54	26	0	18	1.44
22155031--22155085	15	3.8	14	79	13	58	49	23	0	27	1.51
22155100--22155296	21	9.0	21	71	13	107	50	25	0	23	1.49
22155150--22155310	44	3.6	45	84	8	186	51	26	0	21	1.48
22155209--22155240	15	2.1	16	94	5	57	53	21	0	25	1.46
22155291--22155321	7	4.4	7	91	0	53	48	35	0	16	1.46
22155150--22155328	44	4.0	43	78	11	132	51	26	0	21	1.48
22155348--22155407	22	2.8	21	85	7	75	51	25	1	21	1.57
22155376--22155428	15	3.6	14	75	14	54	49	30	0	20	1.50
22155369--22155428	29	2.1	29	83	0	75	50	28	0	21	1.49
22157486--22157514	13	2.1	14	93	6	51	13	3	0	82	0.79
22158266--22158342	3	25.7	3	75	15	52	32	7	2	57	1.41
22158305--22158347	21	2.0	21	90	0	68	25	11	2	60	1.43
22158302--22158348	24	1.9	24	86	4	67	27	10	2	59	1.42
22158402--22158462	25	2.4	25	86	0	86	39	6	1	52	1.37
22163849--22163895	7	7.0	7	80	9	62	68	0	17	14	1.22
22163849--22163895	20	2.3	20	88	0	67	68	0	17	14	1.22
22163849--22163895	13	3.5	14	80	8	62	68	0	17	14	1.22
22165138--22166052	44	21.1	43	69	12	426	30	18	22	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22165136--22166025	85	10.3	83	69	13	330	30	18	22	28	1.97
22165134--22165681	129	4.2	129	94	0	934	29	18	22	29	1.97
22165526--22165994	218	2.1	219	90	3	732	30	19	22	27	1.98
22165917--22166086	88	1.9	88	80	2	198	30	17	23	28	1.97
22167025--22167053	13	2.1	14	93	6	51	13	3	0	82	0.79
22167847--22167889	21	2.0	21	86	0	59	23	11	2	62	1.40
22167946--22168006	25	2.4	25	86	0	86	39	6	1	52	1.37
22170573--22171256	125	5.5	125	88	3	975	30	22	17	28	1.97
22176461--22176557	50	1.9	50	89	0	149	36	12	22	28	1.91
22177811--22177836	5	5.2	5	100	0	52	38	19	19	23	1.93
22177982--22178025	19	2.3	19	88	0	61	56	27	2	13	1.49
22180649--22180859	90	2.4	90	94	2	363	48	9	9	32	1.68
22181164--22181215	17	3.1	17	88	0	77	40	7	1	50	1.42
22181612--22181673	19	3.2	18	75	20	63	51	14	14	19	1.76
22182203--22182233	10	3.1	10	100	0	62	12	9	9	67	1.41
22203624--22203654	16	1.9	16	93	0	53	54	3	6	35	1.42
22204191--22204219	3	10.0	3	92	7	51	68	0	0	31	0.89
22205898--22206195	44	6.8	45	74	10	230	26	21	20	31	1.98
22218950--22218978	3	10.0	3	92	7	51	68	0	0	31	0.89
22230679--22230728	3	16.7	3	100	0	100	66	0	0	34	0.92
22244948--22244984	18	2.0	19	89	5	58	43	0	0	56	0.99
22244941--22244991	18	2.9	18	77	13	52	43	1	1	52	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22251245--22251338	48	2.0	48	87	8	138	40	27	12	19	1.88
22253761--22253854	48	2.0	48	85	12	131	41	27	11	19	1.86
22255100--22255132	15	2.1	16	88	5	50	48	27	0	24	1.51
22265476--22265517	19	2.2	18	87	8	57	16	19	9	54	1.69
22273823--22273981	44	3.7	44	72	15	152	30	27	16	25	1.97
22273831--22273987	86	1.8	85	81	9	194	31	26	17	25	1.97
22278230--22278282	26	2.0	26	85	7	72	49	13	16	20	1.79
22278859--22278915	29	2.0	29	89	0	87	29	12	26	31	1.92
22278933--22279056	62	2.0	62	100	0	248	48	4	14	32	1.65
22297690--22297728	13	2.9	13	88	11	53	46	0	0	53	1.00
22297690--22297731	14	3.1	14	80	16	52	47	0	0	52	1.00
22301887--22301938	25	2.1	25	100	0	104	40	11	19	28	1.86
22304455--22304483	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
22306372--22306668	44	6.8	45	74	10	219	26	20	20	32	1.97
22318780--22318831	24	2.2	24	82	6	61	53	5	5	34	1.49
22433113--22433151	13	2.9	13	88	11	53	46	0	0	53	1.00
22433113--22433154	14	3.1	14	80	16	52	47	0	0	52	1.00
22437311--22437362	25	2.1	25	100	0	104	40	11	19	28	1.86
22439091--22439125	18	1.9	18	88	11	54	8	11	22	57	1.61
22441002--22441096	40	2.3	40	90	3	145	0	28	8	63	1.24
22441106--22441176	5	14.2	5	86	10	101	57	0	0	42	0.98
22441838--22441868	10	3.0	10	95	4	53	22	0	0	77	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22446204--22446244	16	2.6	16	88	0	64	41	14	4	39	1.67
22454694--22454723	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
22463760--22463940	91	2.0	89	91	4	292	23	30	10	35	1.89
22466418--22466487	36	1.9	37	94	5	126	48	14	11	25	1.77
22467619--22467703	28	3.0	28	100	0	170	32	14	17	35	1.90
22469740--22469781	15	2.8	15	88	0	57	26	16	7	50	1.71
22472699--22472749	13	3.8	14	79	7	52	39	0	1	58	1.09
22474411--22474436	6	4.3	6	100	0	52	15	15	69	0	1.20
22492409--22492448	17	2.4	17	86	0	53	15	22	27	35	1.94
22494633--22494751	43	2.8	43	81	6	143	32	27	19	20	1.96
22502276--22502404	43	3.0	43	82	6	118	34	26	17	21	1.96
22504506--22504554	19	2.6	19	80	0	53	18	24	32	24	1.97
22515009--22515056	14	3.4	14	82	8	53	18	10	0	70	1.15
22521839--22521942	53	2.0	53	90	3	165	53	8	4	32	1.52
22525126--22525158	16	2.0	17	94	5	59	33	0	6	60	1.21
22527757--22527781	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
22528012--22528050	18	2.1	19	86	13	55	56	2	0	41	1.13
22529183--22529207	12	2.1	12	100	0	50	32	0	24	44	1.54
22531050--22531088	20	2.0	20	89	0	60	15	2	35	46	1.60
22541445--22541480	6	6.0	6	100	0	72	50	0	33	16	1.46
22546085--22546111	12	2.2	12	100	0	54	55	14	0	29	1.40
22557176--22557202	6	4.5	6	100	0	54	81	0	0	18	0.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22557956--22557989	18	1.9	17	88	5	50	29	0	0	70	0.87
22563872--22563920	22	2.3	22	77	19	59	57	2	2	38	1.22
22566889--22567624	48	14.9	48	82	11	857	29	49	6	14	1.69
22566889--22567621	99	7.4	98	87	6	911	29	49	6	14	1.69
22566889--22567624	147	5.0	144	86	8	877	29	49	6	14	1.69
22567509--22567542	6	5.5	6	89	3	50	20	76	0	2	0.92
22567526--22567613	45	2.1	40	85	10	113	28	51	6	13	1.67
22567464--22567587	57	2.2	57	94	1	212	27	58	4	9	1.50
22567594--22567696	36	2.8	37	76	15	97	24	44	5	25	1.76
22568191--22568237	22	2.1	22	84	4	58	63	8	0	27	1.23
22574233--22574371	73	1.9	73	84	8	185	17	23	28	30	1.97
22574284--22574857	114	5.0	114	82	4	647	22	21	24	31	1.98
22575085--22575118	14	2.3	15	90	5	52	35	0	29	35	1.58
22575152--22575191	7	6.0	7	82	11	57	17	0	52	30	1.45
22575153--22575191	12	3.1	12	88	7	51	17	0	51	30	1.46
22575162--22575207	19	2.3	21	85	7	60	21	0	45	32	1.52
22575153--22575206	26	2.1	26	82	0	63	22	0	46	31	1.52
22575291--22575386	7	13.6	7	77	6	68	23	2	44	29	1.65
22575285--22575385	14	7.1	14	79	1	94	24	1	43	29	1.65
22575285--22575386	21	4.8	21	78	6	98	24	1	44	29	1.65
22575661--22575702	18	2.3	19	88	8	61	83	0	4	11	0.79
22575661--22575710	18	2.6	19	81	15	59	80	2	4	14	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22576163--22576587	198	2.2	197	91	3	694	29	17	19	33	1.95
22576987--22577576	295	2.0	295	96	0	1085	35	12	12	38	1.82
22577813--22577856	18	2.4	19	84	3	54	13	15	13	56	1.67
22577845--22577890	22	2.1	22	84	8	58	6	10	10	71	1.30
22578216--22578307	44	2.1	43	82	9	116	41	4	2	52	1.33
22578459--22578613	13	11.8	13	70	10	82	39	10	5	44	1.62
22578478--22578613	53	2.6	53	91	0	227	38	11	4	44	1.61
22578758--22578999	9	27.8	9	70	12	148	45	19	4	31	1.69
22578908--22578999	25	3.7	26	80	9	84	44	19	3	32	1.67
22578906--22579010	51	2.1	50	87	1	147	45	18	2	33	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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